genome.fa.s215.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold215
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2124891

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1423939--1424276	123	2.7	124	78	4	367	23	26	18	30	1.98
1423747--1424633	349	2.5	348	85	3	1169	23	27	18	31	1.97
1424186--1424378	102	1.9	102	87	0	287	24	30	17	27	1.97
1424285--1424718	62	7.0	62	79	5	457	24	26	18	30	1.98
1424124--1424425	164	1.8	164	84	1	408	25	27	17	29	1.97
1424372--1431842	349	21.0	350	71	14	1173	24	27	18	29	1.98
1424618--1424807	101	1.9	102	88	2	285	24	28	19	27	1.99
1424561--1424867	163	1.9	165	86	2	449	24	28	19	28	1.98
1424721--1425106	62	6.3	62	86	0	470	23	29	18	28	1.98
1424495--1424932	225	1.9	227	86	0	619	25	27	19	27	1.99
1425067--1425146	40	2.0	40	87	0	115	17	35	21	26	1.95
1425005--1425195	102	1.9	102	87	0	283	22	29	19	27	1.98
1425107--1425447	62	5.5	62	81	3	373	23	27	19	30	1.98
1425110--1425447	123	2.7	124	78	4	360	23	26	19	30	1.98
1425357--1425549	102	1.9	102	87	0	287	24	30	17	27	1.97
1425456--1425889	62	7.0	62	79	5	466	24	26	18	30	1.98
1425295--1425596	164	1.8	164	84	1	408	25	27	17	29	1.97
1425789--1425978	101	1.9	103	89	2	303	24	28	19	26	1.99
1425732--1426038	163	1.9	165	87	2	458	24	28	19	27	1.98
1425892--1426277	62	6.3	62	85	0	461	23	29	19	28	1.98
1425666--1426103	225	1.9	227	86	0	628	25	27	19	27	1.99
1426238--1426317	40	2.0	40	87	0	115	17	35	21	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1426176--1426366	102	1.9	102	86	0	274	21	29	20	27	1.98
1426278--1426618	62	5.5	62	80	3	364	23	27	19	30	1.98
1426281--1426618	123	2.7	124	78	4	351	23	26	19	30	1.98
1426528--1426720	102	1.9	102	87	0	287	24	30	17	27	1.97
1426627--1427060	62	7.0	62	79	5	466	24	26	18	30	1.98
1426466--1426767	164	1.8	164	84	1	408	25	27	17	29	1.97
1426960--1427149	101	1.9	103	89	2	303	24	28	19	26	1.99
1426903--1427209	163	1.9	165	87	2	458	24	28	19	27	1.98
1427063--1427448	62	6.3	62	85	0	461	23	29	19	28	1.98
1426837--1427274	225	1.9	227	86	0	628	25	27	19	27	1.99
1427409--1427488	40	2.0	40	90	0	124	17	36	20	26	1.94
1427347--1427537	102	1.9	102	87	0	283	21	30	19	27	1.98
1427449--1427789	62	5.5	62	81	3	382	23	27	18	30	1.98
1427452--1427789	123	2.7	124	78	4	367	23	27	18	30	1.98
1427699--1427891	102	1.9	102	87	0	287	24	30	17	27	1.97
1427798--1428231	62	7.0	62	79	5	466	24	26	18	30	1.98
1427637--1427938	164	1.8	164	84	1	408	25	27	17	29	1.97
1428131--1428320	101	1.9	103	89	2	303	24	28	19	26	1.99
1428074--1428380	163	1.9	165	87	2	458	24	28	19	27	1.98
1428234--1428619	62	6.3	62	86	0	470	23	29	18	28	1.98
1428008--1428445	225	1.9	227	86	0	628	25	27	19	27	1.99
1428580--1428659	40	2.0	40	90	0	124	17	36	20	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1428518--1428708	102	1.9	102	88	0	292	22	30	19	27	1.98
1428623--1428960	123	2.7	124	79	5	326	23	26	19	30	1.98
1428620--1428960	62	5.5	62	82	3	391	23	26	19	30	1.98
1428870--1429062	102	1.9	102	86	0	278	24	29	17	27	1.97
1428969--1429402	62	7.0	62	80	5	475	23	26	18	30	1.98
1428808--1429109	164	1.8	164	85	2	419	25	27	17	30	1.97
1429363--1429443	41	2.0	41	92	0	135	23	23	24	28	2.00
1429237--1429566	164	2.0	164	86	2	466	23	27	20	29	1.99
1429405--1429791	62	6.3	62	86	0	524	23	27	19	29	1.98
1429179--1429628	226	2.0	227	86	0	623	24	26	20	28	1.99
1429752--1429831	40	2.0	40	92	0	133	21	33	17	27	1.96
1429690--1429893	102	2.0	102	91	1	329	23	30	17	28	1.97
1429792--1430163	62	6.0	62	81	3	426	25	25	19	30	1.98
1429644--1429943	164	1.8	164	89	1	467	24	27	18	29	1.98
1430126--1430204	41	1.9	41	89	0	122	24	26	21	27	1.99
1430299--1430378	40	2.0	40	92	0	133	20	35	18	26	1.95
1430339--1430772	62	7.0	62	84	1	539	24	26	18	29	1.98
1430735--1430813	41	1.9	41	92	0	131	24	27	17	30	1.97
1430611--1430922	164	1.9	165	89	2	493	24	28	19	27	1.98
1430776--1431369	62	9.6	62	84	1	735	24	27	18	29	1.98
1430553--1430986	226	1.9	227	88	1	665	25	28	18	27	1.98
1430776--1431892	247	4.6	246	81	7	1226	24	27	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1431207--1431519	164	1.9	165	88	2	477	23	28	19	28	1.98
1431372--1431904	62	8.6	62	84	2	642	24	26	18	29	1.98
1431150--1431591	226	2.0	227	87	1	645	24	28	18	28	1.98
1431867--1431945	41	1.9	41	89	0	122	24	26	21	27	1.99
1432040--1432119	40	2.0	40	90	0	124	21	35	17	26	1.95
1432083--1432288	62	3.3	62	84	2	279	27	27	17	28	1.98
1435367--1435487	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
1435367--1435507	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
1435496--1435520	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1435561--1435630	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
1435586--1435610	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1436388--1436514	67	1.9	68	85	1	175	37	11	25	24	1.90
1436528--1437329	49	16.7	49	80	9	904	31	18	26	24	1.97
1436528--1437329	92	8.4	93	87	7	744	31	18	26	24	1.97
1436576--1437329	141	5.3	139	81	9	748	30	18	26	24	1.98
1437329--1437435	33	3.2	33	89	7	164	19	15	36	28	1.93
1437437--1438003	33	16.8	34	82	10	573	33	12	34	19	1.90
1437437--1438004	106	5.6	102	82	10	621	33	12	34	19	1.90
1437607--1437699	27	3.2	27	77	16	96	31	15	36	17	1.90
1437667--1438004	34	9.8	34	83	9	402	32	12	34	20	1.89
1437674--1438099	32	12.8	32	77	13	171	32	13	33	20	1.92
1437996--1438193	62	3.2	63	86	7	280	28	16	30	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1437852--1438190	93	3.6	93	81	9	287	29	15	32	23	1.95
1438015--1438190	31	5.7	31	89	6	259	25	18	30	25	1.98
1446399--1446519	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
1446399--1446539	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
1446528--1446552	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1446593--1446662	33	2.1	33	89	0	104	40	14	11	34	1.82
1446618--1446642	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1447048--1447181	62	2.2	63	86	5	184	28	27	17	26	1.97
1446967--1447205	62	3.9	62	75	3	178	26	25	17	30	1.97
1447176--1447231	26	2.2	26	90	6	87	30	21	17	30	1.96
1447199--1447775	62	9.4	62	78	3	558	24	25	19	30	1.98
1447737--1447816	41	2.0	41	92	0	133	23	23	21	31	1.98
1447613--1447939	164	2.0	165	87	0	476	23	27	19	29	1.98
1447778--1448102	62	5.3	62	86	0	454	24	28	18	29	1.98
1447552--1448001	226	2.0	227	87	2	654	24	27	18	29	1.98
1447427--1465654	350	50.0	351	72	13	8566	23	27	19	29	1.98
1447877--1448328	226	2.0	226	86	0	627	24	28	18	29	1.98
1448063--1448142	40	2.0	40	90	0	124	21	35	17	26	1.95
1447552--1448350	288	2.8	284	84	4	964	24	27	18	29	1.98
1448004--1448204	102	2.0	102	86	0	285	24	28	18	27	1.98
1447942--1448266	164	2.0	164	87	2	465	24	28	18	28	1.98
1448103--1448659	124	4.5	124	79	2	600	25	26	17	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1448101--1448645	184	2.9	186	79	3	515	26	27	17	28	1.98
1448140--1448596	246	1.9	246	85	1	639	25	26	18	29	1.98
1448105--1448659	62	9.0	61	78	2	522	25	26	18	29	1.98
1448620--1448700	41	2.0	41	90	0	126	23	23	22	30	1.99
1448559--1448748	103	1.8	103	86	0	272	24	27	19	28	1.99
1448662--1448948	62	4.6	62	81	1	333	24	27	19	28	1.98
1448494--1448824	165	2.0	164	83	6	411	24	26	19	29	1.98
1448440--1448887	227	2.0	227	81	4	537	25	27	18	28	1.98
1448909--1448989	41	2.0	41	87	0	117	23	22	22	32	1.98
1448783--1449112	164	2.0	164	86	3	459	24	26	19	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16