genome.fa.s215.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold215
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2124891

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1411544--1412275	380	1.9	380	85	1	1018	24	26	17	31	1.97
1412046--1412125	40	2.0	40	90	0	124	21	31	17	30	1.96
1411924--1412237	164	1.9	164	84	2	425	24	26	17	31	1.97
1411986--1412179	102	1.9	101	87	3	282	23	29	17	29	1.97
1412089--1412620	62	8.6	62	83	1	654	24	28	18	28	1.98
1411892--1412310	226	1.9	225	82	2	536	23	26	16	32	1.96
1412581--1412660	40	2.0	40	87	0	115	17	35	20	27	1.95
1412457--1412752	164	1.8	164	87	0	448	22	29	18	29	1.98
1412621--1413022	62	6.5	62	80	3	434	22	26	18	31	1.97
1412932--1413116	102	1.8	102	91	0	307	24	28	17	29	1.98
1413034--1413465	62	7.0	62	78	4	460	25	27	18	29	1.98
1412871--1413183	164	1.9	164	85	1	430	24	25	19	30	1.98
1413426--1413506	41	2.0	41	87	0	117	23	22	23	30	1.99
1413300--1413615	164	1.9	164	83	2	411	24	28	19	27	1.99
1413468--1413787	62	5.2	62	84	3	412	24	28	19	27	1.98
1413246--1413691	226	2.0	227	83	1	563	25	28	18	27	1.98
1413753--1413828	40	1.9	40	91	0	125	17	34	19	28	1.94
1413691--1413886	102	1.9	102	88	2	295	21	30	19	27	1.98
1413632--1413950	164	2.0	163	89	1	487	23	29	19	28	1.98
1413793--1414070	123	2.3	124	86	3	382	23	28	20	28	1.99
1413793--1414070	62	4.5	62	84	2	364	23	28	20	28	1.99
1414043--1414118	40	1.9	40	86	5	109	23	31	22	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1414079--1414264	62	3.0	62	82	6	209	23	25	19	30	1.98
1414235--1414294	31	1.9	31	93	0	102	20	25	16	38	1.93
1414116--1414405	154	1.9	155	82	2	368	23	25	19	31	1.98
1414265--1414448	62	3.0	62	83	1	208	23	27	19	29	1.98
1414357--1414543	102	1.8	102	88	2	286	25	28	18	27	1.98
1414462--1414892	62	7.0	62	80	5	460	26	25	18	29	1.98
1414727--1415056	164	2.0	164	84	3	432	26	26	20	27	1.99
1414669--1415119	227	2.0	227	84	2	584	25	25	19	28	1.99
1414926--1415243	125	2.6	123	85	4	390	24	25	18	31	1.98
1414895--1415243	62	5.6	62	80	8	361	24	25	20	30	1.99
1415204--1415284	41	2.0	41	85	0	108	24	24	19	30	1.98
1415246--1415565	62	5.2	62	87	0	408	23	28	18	29	1.98
1415345--1415790	226	2.0	225	87	1	651	22	29	19	28	1.98
1415531--1415606	40	1.9	40	88	0	116	17	32	19	30	1.95
1415469--1415659	102	1.9	102	86	2	276	21	29	20	28	1.98
1415571--1417113	62	25.0	62	80	4	1589	24	26	19	29	1.99
1415410--1415728	164	2.0	163	87	1	469	22	28	19	29	1.98
1415571--1417113	185	8.3	186	79	4	1569	24	26	19	29	1.99
1417075--1417154	41	2.0	41	92	0	133	23	23	21	31	1.98
1416952--1417277	164	2.0	164	87	1	474	24	27	19	29	1.98
1417116--1417440	62	5.3	62	86	0	454	24	28	17	29	1.97
1416891--1417339	226	2.0	226	87	2	652	24	26	18	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1417215--1417666	226	2.0	226	85	1	602	23	27	19	29	1.98
1417401--1417480	40	2.0	40	90	0	124	21	35	17	26	1.95
1417342--1417542	102	2.0	102	85	0	276	24	28	18	28	1.98
1417441--1417790	62	5.6	62	84	2	461	23	28	19	28	1.98
1417280--1417599	164	2.0	164	87	3	466	24	27	19	28	1.98
1417751--1417830	40	2.0	40	87	4	117	21	33	17	27	1.96
1417791--1417975	61	3.0	60	85	5	246	24	25	20	29	1.99
1417645--1418055	163	2.5	161	82	5	479	22	28	20	28	1.98
1417937--1418016	41	2.0	41	89	0	124	22	23	22	31	1.99
1418016--1418095	40	2.0	40	92	0	133	20	35	18	26	1.95
1418056--1418242	62	3.0	62	82	3	209	21	26	19	32	1.98
1418088--1418399	154	2.0	151	80	8	335	22	24	18	34	1.96
1418242--1418643	124	3.3	122	80	6	416	24	26	17	31	1.97
1418242--1418643	62	6.5	61	78	7	355	24	26	17	31	1.97
1418604--1418684	41	2.0	41	87	0	117	23	22	22	32	1.98
1418684--1418763	40	2.0	40	92	0	133	20	33	18	27	1.96
1418724--1418909	62	3.0	62	81	3	214	22	25	19	31	1.98
1418910--1419103	62	3.1	62	78	1	210	22	28	17	31	1.96
1419064--1419143	40	2.0	40	87	0	115	18	36	17	27	1.94
1419104--1419475	62	6.0	62	83	3	435	24	26	18	30	1.98
1419437--1419516	41	2.0	41	87	0	115	23	27	21	27	1.99
1419375--1419575	103	2.0	103	86	1	287	24	28	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1419478--1419802	62	5.3	62	87	0	409	23	30	18	27	1.98
1419256--1419701	226	2.0	227	85	1	599	24	28	19	28	1.98
1419596--1420027	226	1.9	225	85	0	576	23	28	18	30	1.97
1419639--1419950	164	1.9	164	89	0	489	24	28	17	29	1.98
1419701--1419904	102	2.0	102	89	3	313	23	29	17	28	1.97
1419803--1420112	62	5.0	62	80	1	327	24	26	17	31	1.97
1419810--1420101	123	2.4	124	78	3	320	25	26	18	30	1.98
1419889--1420338	226	2.0	226	83	1	562	24	26	18	30	1.98
1420074--1420153	41	2.0	41	90	5	126	22	27	20	30	1.98
1419959--1420262	164	1.8	165	83	2	405	23	26	19	30	1.98
1420115--1420502	62	6.3	62	88	0	562	22	29	19	28	1.98
1420115--1420502	125	3.1	124	87	1	562	22	29	19	28	1.98
1420115--1420502	187	2.1	185	88	1	571	22	29	19	28	1.98
1420463--1420542	40	2.0	40	90	0	124	22	33	16	27	1.95
1420401--1420604	102	2.0	102	87	5	297	24	30	16	28	1.96
1420503--1420936	62	7.0	62	83	1	530	24	27	18	29	1.98
1420342--1420650	164	1.9	164	88	0	465	25	29	16	28	1.97
1420898--1420977	41	2.0	41	92	5	135	23	27	20	28	1.99
1420774--1421086	164	1.9	165	87	2	459	24	28	19	27	1.99
1420939--1421325	62	6.3	62	87	0	497	22	29	18	28	1.98
1420713--1421151	226	1.9	227	87	1	648	24	28	19	27	1.99
1421286--1421365	40	2.0	40	90	0	124	17	36	20	26	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1421224--1421414	102	1.9	102	86	0	274	21	30	18	28	1.97
1421326--1421666	62	5.5	62	81	2	380	22	26	18	31	1.97
1421329--1421666	123	2.7	124	78	4	358	23	26	18	31	1.97
1421576--1421768	102	1.9	102	87	0	287	25	30	17	26	1.97
1421675--1422108	62	7.0	62	81	4	482	24	26	18	29	1.98
1421514--1421815	164	1.8	164	85	1	426	25	27	17	29	1.97
1422069--1422149	41	2.0	41	90	4	128	24	28	19	27	1.99
1421951--1422258	164	1.9	165	88	2	467	24	29	19	26	1.98
1422111--1422497	62	6.3	62	87	0	515	23	29	18	28	1.98
1421885--1422322	226	1.9	227	87	0	644	24	28	19	27	1.99
1422458--1422537	40	2.0	40	85	0	106	17	33	20	28	1.95
1422396--1422599	102	2.0	102	86	1	284	22	29	17	30	1.96
1422498--1422661	62	2.6	62	86	1	213	21	29	17	31	1.96
1422337--1422793	164	2.8	163	92	1	734	22	28	17	30	1.97
1422560--1422750	102	1.9	102	89	0	301	21	29	19	29	1.98
1422622--1422701	40	2.0	40	87	0	115	17	35	20	27	1.95
1422662--1423001	62	5.5	62	79	6	341	22	25	19	32	1.97
1422665--1423001	123	2.7	124	78	5	308	23	25	19	32	1.98
1422665--1422998	185	1.8	185	84	2	456	23	25	19	32	1.98
1423010--1423443	62	7.0	62	81	4	464	24	26	18	29	1.98
1423404--1423484	41	2.0	41	87	0	117	24	24	23	27	2.00
1423446--1423731	62	4.6	62	85	4	400	24	26	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1423278--1423607	164	2.0	164	85	2	448	24	26	20	28	1.99
1423220--1423669	226	2.0	227	87	1	643	24	26	20	28	1.99
1423569--1424060	165	3.0	165	79	6	484	22	27	18	30	1.98
1423693--1423772	41	2.0	41	92	5	135	21	28	21	28	1.98
1423734--1423935	62	3.3	62	83	2	235	20	29	18	31	1.96
1423631--1423834	103	2.0	103	87	3	295	23	27	18	30	1.97
1423286--1424183	226	4.0	224	77	7	739	23	27	19	30	1.98
1423896--1423975	40	2.0	40	87	0	115	17	35	20	27	1.95
1423834--1424024	102	1.9	102	89	0	301	21	29	19	29	1.98
1423936--1424276	62	5.5	62	81	3	382	23	26	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16