genome.fa.s215.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold215
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2124891

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
693024--693151	52	2.5	52	94	0	229	26	18	17	36	1.94
693158--693185	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
693230--693281	13	3.5	13	73	26	50	36	17	13	32	1.89
693238--693302	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
693230--693300	32	2.2	32	97	0	133	36	18	12	32	1.88
696736--696810	20	3.8	20	75	7	80	41	10	10	37	1.75
697377--698215	29	28.9	29	87	5	1119	23	17	30	28	1.97
697376--698215	115	7.2	114	86	5	1107	23	17	30	28	1.97
699442--699497	1	56.0	1	78	0	58	1	1	7	89	0.63
699442--699497	9	6.4	9	83	8	64	1	1	7	89	0.63
699452--699497	15	3.2	14	90	9	67	2	0	6	91	0.50
699440--699496	24	2.3	25	90	3	89	3	1	7	87	0.71
709179--709218	19	2.1	19	85	0	53	70	7	10	12	1.35
713461--713535	20	3.8	20	84	7	107	41	13	12	33	1.81
725466--725513	21	2.4	20	80	13	55	39	0	6	54	1.26
729393--729458	31	2.1	31	82	2	78	31	9	6	53	1.57
734696--734734	21	1.9	21	89	5	62	41	12	10	35	1.77
736129--736331	77	2.6	77	78	3	232	33	14	16	34	1.89
743428--743472	22	2.0	22	100	0	90	35	17	4	42	1.70
747064--747114	23	2.2	23	89	0	75	56	3	1	37	1.29
747184--747240	15	3.1	19	71	23	50	49	0	0	50	1.00
752585--752790	78	2.6	78	83	2	243	28	16	30	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
752742--752811	28	2.5	28	88	0	95	24	17	35	22	1.95
752801--753022	52	4.3	51	81	2	237	31	10	26	31	1.90
753005--753078	28	2.6	28	100	0	148	21	22	33	21	1.97
753096--753214	51	2.3	53	85	7	154	33	11	22	31	1.90
755584--755609	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
755563--755629	33	2.0	32	86	11	91	44	16	13	25	1.84
755649--755716	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
755671--755695	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
755652--755714	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
755752--755807	21	2.7	21	97	0	103	35	19	10	33	1.87
756555--757303	55	13.3	55	84	9	814	22	21	30	26	1.99
756576--757303	171	4.3	167	84	7	840	21	21	30	26	1.98
756962--757043	26	2.9	29	63	17	73	19	20	31	28	1.97
769772--769977	78	2.6	78	82	2	234	29	16	29	24	1.97
769929--769998	28	2.5	28	88	0	95	24	17	35	22	1.95
769988--770208	103	2.1	103	81	4	250	31	10	26	31	1.91
770191--770266	27	2.8	27	90	6	109	22	21	32	23	1.98
770022--770372	51	6.7	52	71	10	241	31	12	25	29	1.93
772740--772765	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
772719--772785	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
772805--772872	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
772827--772851	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
772808--772870	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
773732--773813	28	3.0	28	63	21	64	21	23	28	26	1.99
773712--774459	55	13.3	55	83	9	787	22	20	29	26	1.99
773838--774459	59	10.9	56	84	7	660	22	20	30	26	1.98
775428--775485	25	2.3	24	80	8	62	0	8	6	84	0.78
775443--775485	12	3.5	12	90	6	68	0	2	9	88	0.60
775425--775491	15	4.5	15	78	10	66	0	10	5	83	0.80
776968--776999	13	2.5	13	94	0	55	50	0	0	50	1.00
778662--778707	22	2.1	22	88	4	67	60	6	0	32	1.22
793168--793347	1	180.0	1	72	0	135	86	12	1	0	0.67
793171--793346	24	7.5	23	78	15	191	85	12	1	0	0.68
793168--793347	58	3.1	55	82	12	204	86	12	1	0	0.67
794776--795000	28	7.9	28	83	10	287	31	28	18	21	1.97
794770--794995	85	2.7	84	90	3	364	31	28	18	21	1.97
794770--795041	28	9.6	28	78	10	268	32	29	16	21	1.96
794770--795041	56	4.8	56	83	10	322	32	29	16	21	1.96
794770--795058	85	3.4	84	84	5	359	31	28	17	22	1.97
795063--795197	43	3.0	43	68	16	119	25	22	18	32	1.97
795063--795240	49	3.8	48	78	5	186	25	23	18	32	1.97
798367--798441	20	3.8	20	89	3	107	40	10	14	34	1.81
798427--798566	62	2.3	62	96	0	253	29	17	15	37	1.91
798871--799098	49	4.6	49	79	6	237	23	27	17	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
803242--803298	29	2.0	29	85	0	78	50	3	5	40	1.42
805121--805166	22	2.1	22	88	4	67	60	6	0	32	1.22
805694--805733	20	1.9	20	85	10	53	30	17	10	42	1.82
808079--808281	79	2.6	79	84	5	252	29	25	13	31	1.94
808215--808383	51	3.3	51	82	5	182	31	26	10	31	1.90
808314--808497	79	2.3	79	80	7	221	26	23	15	34	1.94
810042--810087	23	2.0	23	83	8	58	34	21	13	30	1.91
811095--811564	158	3.0	157	81	6	522	35	12	23	27	1.92
811114--811546	236	1.8	236	85	4	606	34	13	23	27	1.93
811114--811583	79	5.9	78	78	6	428	35	13	23	27	1.92
811132--811582	157	2.9	157	82	4	399	36	12	23	27	1.91
814667--814691	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
814719--814773	19	2.8	20	80	5	76	38	12	12	36	1.82
815796--815830	12	2.9	12	91	0	52	31	28	8	31	1.87
818243--818299	19	3.3	19	65	27	54	35	10	19	35	1.86
818239--818339	32	3.2	31	92	2	166	34	11	17	35	1.87
819261--819299	20	2.0	20	84	0	51	28	15	10	46	1.78
821992--822057	20	3.7	20	73	26	83	34	12	18	34	1.88
822013--822070	13	3.9	13	73	26	53	36	13	17	32	1.89
821993--822091	33	3.0	33	95	1	173	36	12	16	35	1.85
822132--822156	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
830646--830670	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
831313--831366	18	3.2	18	66	28	55	53	5	1	38	1.35
832500--832549	21	2.5	20	83	9	57	56	6	2	36	1.36
832747--832780	17	2.0	17	88	0	50	29	0	2	67	1.05
833946--833991	19	2.6	18	87	12	69	73	0	0	26	0.83
833954--833992	15	2.6	15	80	15	53	71	0	0	28	0.86
834452--834507	19	2.8	19	74	25	53	69	1	0	28	0.98
834658--834705	23	2.1	22	85	11	62	56	4	2	37	1.30
834657--834719	24	2.6	25	78	19	78	57	3	1	38	1.24
836767--836794	8	3.5	8	100	0	56	60	0	0	39	0.97
837218--837251	18	1.9	17	88	5	50	52	2	0	44	1.16
838758--838797	18	2.2	18	90	0	62	42	7	27	22	1.80
838839--838946	43	2.5	43	81	3	110	44	16	21	17	1.87
838988--839135	80	1.9	80	87	4	219	41	20	25	12	1.87
838989--839131	38	3.6	39	75	10	139	41	19	25	13	1.87
839099--839319	40	5.5	40	74	2	199	37	16	29	16	1.90
838981--839319	81	4.2	81	81	4	350	39	17	28	15	1.90
838981--839776	162	5.0	162	78	8	699	40	16	26	16	1.89
839179--839474	148	2.0	149	87	2	425	37	15	30	16	1.90
839322--839780	81	5.7	82	77	6	321	42	16	24	16	1.88
839477--839684	40	5.2	40	67	13	138	43	16	23	16	1.88
839494--839769	41	6.8	39	70	12	155	42	17	24	16	1.89
840423--840597	93	1.9	93	84	2	235	29	16	26	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
840586--840897	90	3.5	90	90	0	471	31	15	26	25	1.96
846835--846929	30	3.5	29	68	26	82	45	9	15	29	1.78
846832--846926	50	1.9	50	93	0	163	47	8	15	28	1.75
846832--846910	20	3.2	24	70	25	58	49	8	15	26	1.73
857930--857954	6	4.2	6	100	0	50	0	36	0	64	0.94
864827--864932	55	1.9	57	84	7	146	42	16	17	22	1.89
865113--865184	34	2.1	34	84	5	92	29	12	18	40	1.87
865383--865664	133	2.1	133	80	3	325	32	14	18	34	1.92
865651--865766	43	2.6	45	75	5	110	37	14	18	29	1.91
868804--868951	20	7.8	20	79	14	161	27	14	14	44	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16