genome.fa.s215.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold215
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2124891

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1448951--1449337	62	6.3	62	87	0	497	22	29	19	28	1.98
1448724--1449174	226	2.0	227	84	1	582	24	27	19	28	1.99
1449298--1449377	40	2.0	40	90	0	124	17	36	20	26	1.94
1449236--1449426	102	1.9	102	88	0	292	22	30	19	27	1.98
1449338--1449678	62	5.5	62	82	3	400	23	27	19	30	1.98
1449341--1449678	123	2.7	124	79	4	385	23	26	19	30	1.98
1447283--1465738	411	43.9	412	74	11	11086	23	26	19	29	1.98
1449588--1449780	102	1.9	102	87	0	287	25	30	17	26	1.97
1449690--1450120	62	7.0	62	80	5	478	24	26	18	30	1.98
1449526--1449827	164	1.8	164	85	1	426	25	27	17	29	1.97
1450081--1450161	41	2.0	41	87	0	117	24	23	22	29	1.99
1450123--1450408	62	4.6	62	83	4	382	24	26	19	29	1.99
1449955--1450284	164	2.0	164	84	3	432	24	25	20	29	1.99
1450370--1450449	41	2.0	41	92	5	135	21	28	21	28	1.98
1450411--1450612	62	3.3	62	87	0	269	22	29	18	29	1.97
1450184--1450860	227	3.0	226	78	6	733	23	27	18	30	1.98
1450308--1450511	103	2.0	103	89	1	311	23	27	18	29	1.98
1450246--1450561	165	1.9	165	89	2	492	24	27	18	29	1.98
1450511--1450701	102	1.9	102	87	0	283	23	29	19	27	1.98
1450613--1450922	62	5.0	62	83	3	383	24	27	18	30	1.98
1449937--1450746	226	3.6	222	77	7	774	24	27	19	29	1.98
1450651--1450920	123	2.2	124	82	4	339	24	26	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1450883--1450963	41	2.0	41	90	0	126	24	23	23	28	2.00
1450925--1451210	62	4.6	62	83	4	382	24	26	19	29	1.99
1449774--1452362	288	9.0	288	75	8	1433	24	26	19	30	1.98
1450729--1451148	226	1.9	226	84	4	569	23	25	19	31	1.98
1451172--1451251	41	2.0	41	92	5	135	21	28	21	28	1.98
1451213--1451414	62	3.3	62	87	0	269	22	28	18	30	1.97
1451110--1451313	103	2.0	103	89	1	311	23	27	18	29	1.98
1450986--1451662	227	3.0	226	78	6	724	23	26	19	30	1.98
1451048--1451363	165	1.9	165	89	2	492	24	27	18	29	1.98
1451313--1451503	102	1.9	102	86	0	274	23	28	19	28	1.98
1451415--1451755	62	5.5	62	82	3	382	23	26	19	30	1.98
1451418--1451755	123	2.7	124	79	4	367	23	26	19	30	1.98
1451665--1451857	102	1.9	102	89	0	296	24	30	18	26	1.98
1451764--1452197	62	7.0	62	80	5	475	24	26	18	30	1.98
1451603--1451904	164	1.8	164	86	1	435	25	27	17	29	1.98
1452097--1452286	103	1.8	103	90	0	308	24	27	20	27	1.99
1452200--1452463	62	4.3	62	89	0	402	23	27	20	29	1.98
1452040--1452362	165	2.0	165	87	0	466	23	27	19	29	1.99
1451974--1452637	227	2.9	227	82	4	702	24	27	19	29	1.98
1452424--1452503	40	2.0	40	92	0	133	21	33	17	27	1.96
1452316--1452615	164	1.8	164	90	1	485	24	28	19	28	1.98
1452362--1452565	102	2.0	102	92	1	338	22	30	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1452464--1452835	62	6.0	62	81	3	417	25	25	18	30	1.98
1452798--1452876	41	1.9	41	89	0	122	24	26	21	27	1.99
1452683--1452999	164	1.9	165	87	0	465	25	25	19	29	1.98
1452573--1453410	288	2.9	285	78	6	850	24	25	18	30	1.98
1452839--1453101	62	4.3	62	85	2	341	24	27	18	29	1.98
1453061--1453140	40	2.0	40	92	0	133	20	33	18	27	1.96
1452940--1453252	164	1.9	164	85	1	430	23	27	18	30	1.98
1452679--1453274	226	2.7	221	80	7	589	24	27	18	29	1.98
1453101--1453534	62	7.0	62	84	1	539	24	26	18	29	1.98
1453002--1453191	102	1.9	102	87	4	285	22	30	18	27	1.98
1453497--1453575	41	1.9	41	86	0	113	24	27	17	30	1.97
1453435--1453636	103	2.0	103	89	1	307	24	29	17	27	1.98
1453373--1453684	164	1.9	165	88	2	475	24	28	19	27	1.98
1453538--1454131	62	9.6	62	85	1	762	24	27	19	29	1.98
1453315--1453748	226	1.9	227	89	2	676	25	27	18	27	1.98
1454093--1454172	41	2.0	41	92	5	135	23	27	20	28	1.99
1453969--1454281	164	1.9	165	90	2	495	23	28	19	27	1.99
1454134--1454728	62	9.6	62	84	2	739	24	27	19	29	1.98
1453912--1454353	226	2.0	227	89	1	681	24	28	19	27	1.98
1454566--1454869	164	1.8	165	89	2	477	24	29	19	27	1.98
1454731--1455117	62	6.3	62	86	1	499	23	29	18	28	1.98
1454509--1454954	226	2.0	227	88	2	673	24	28	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1455078--1455157	40	2.0	40	87	0	115	17	35	20	27	1.95
1455016--1455211	102	1.9	102	91	2	322	21	31	18	28	1.97
1455118--1455551	62	7.0	62	82	1	512	25	26	18	29	1.98
1454957--1455269	164	1.9	164	90	0	500	24	28	17	28	1.98
1454295--1465654	823	13.5	821	75	11	5484	23	26	19	30	1.98
1455512--1455592	41	2.0	41	92	0	135	23	23	24	28	2.00
1455386--1455715	164	2.0	164	87	2	475	23	27	20	28	1.99
1455554--1455940	62	6.3	62	88	0	542	22	28	19	29	1.98
1455332--1455777	226	2.0	227	86	0	624	24	27	19	28	1.99
1455901--1455980	40	2.0	40	87	0	115	21	33	16	28	1.95
1455715--1456140	226	1.9	225	85	0	582	24	28	17	29	1.97
1455839--1456042	102	2.0	102	90	3	322	22	30	17	28	1.97
1455941--1456343	62	6.5	62	83	1	504	25	27	18	28	1.98
1455970--1456326	185	1.9	186	84	1	475	25	26	17	29	1.98
1456250--1456445	102	1.9	102	91	0	320	23	30	19	26	1.98
1456352--1456784	62	7.0	62	80	5	484	24	26	18	30	1.98
1456188--1456492	164	1.9	164	91	0	502	25	28	18	27	1.98
1456352--1456772	184	2.3	183	81	6	499	25	26	18	29	1.98
1456745--1456825	41	2.0	41	92	0	135	23	23	24	28	2.00
1456619--1456948	164	2.0	164	88	2	493	23	27	20	28	1.99
1456787--1457173	62	6.3	62	87	0	542	23	28	19	29	1.98
1456561--1457010	226	2.0	227	87	0	650	24	27	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1457134--1457213	40	2.0	40	87	0	115	22	32	16	28	1.95
1456948--1457373	226	1.9	225	86	0	600	24	28	17	30	1.97
1457072--1457275	102	2.0	102	90	3	322	23	30	17	28	1.97
1457174--1457770	62	9.6	62	86	1	775	24	27	18	29	1.98
1457026--1457321	164	1.8	164	90	0	475	24	28	17	29	1.98
1457669--1457864	102	1.9	102	88	2	295	22	30	17	28	1.97
1457771--1458181	62	6.6	62	79	3	389	22	27	18	30	1.97
1458142--1458222	40	2.0	40	90	0	126	19	33	18	28	1.96
1458182--1458584	62	6.5	62	81	2	416	21	26	19	32	1.97
1458080--1458270	102	1.9	102	86	0	274	23	30	19	26	1.98
1458596--1459025	62	7.0	62	81	5	480	25	26	19	29	1.98
1458432--1458743	163	1.9	164	83	0	410	24	26	19	29	1.98
1458986--1459066	41	2.0	41	87	0	117	24	23	23	28	2.00
1458860--1459189	164	2.0	164	84	3	423	23	26	20	28	1.99
1459028--1459414	62	6.3	62	86	3	494	23	27	19	29	1.98
1458802--1459251	226	2.0	227	86	1	634	24	26	20	28	1.99
1459315--1459508	102	1.9	102	88	0	289	22	30	18	28	1.97
1459417--1459825	62	6.6	62	80	3	421	21	27	19	31	1.97
1459418--1459769	123	2.8	123	77	5	377	22	26	19	31	1.97
1459786--1459865	40	2.0	40	92	0	133	20	35	18	26	1.95
1459826--1465738	62	95.2	62	76	6	4217	23	26	19	30	1.98
1459724--1459919	102	1.9	102	95	0	356	23	31	18	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1461580--1461659	41	2.0	41	87	0	115	22	26	21	30	1.99
1461524--1461720	103	1.9	102	82	5	245	26	28	17	27	1.98
1461457--1461763	164	1.9	165	84	3	413	24	28	18	28	1.98
1461400--1461844	226	2.0	227	83	2	572	25	28	18	27	1.98
1461969--1462044	40	1.9	40	94	0	134	17	35	19	27	1.94
1461907--1462102	102	1.9	102	90	2	313	21	31	19	27	1.97
1461848--1462166	164	2.0	163	89	4	491	22	29	18	29	1.98
1469812--1469842	16	1.9	16	93	0	53	54	0	9	35	1.33
1473748--1473812	19	3.3	19	80	6	67	30	16	13	38	1.88
1473761--1473833	20	3.7	19	85	7	76	28	16	15	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16