genome.fa.s215.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold215
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2124891

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1702451--1702478	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
1702431--1702496	33	2.0	33	88	5	98	30	15	13	40	1.85
1706649--1706711	33	1.9	33	83	0	81	30	19	26	23	1.98
1713466--1713532	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1714011--1714036	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
1714133--1714174	21	2.0	21	90	0	66	40	11	21	26	1.88
1714224--1714360	53	2.6	53	95	1	247	27	17	18	37	1.93
1714330--1714400	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
1714440--1714480	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1715028--1715201	83	2.1	83	98	1	341	31	17	3	47	1.65
1716194--1716218	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1716781--1716827	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
1719414--1719480	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
1719959--1719984	13	2.0	13	100	0	52	30	23	15	30	1.95
1720082--1720122	21	2.0	21	95	0	73	34	12	24	29	1.91
1720172--1720308	53	2.6	53	94	1	238	27	16	18	37	1.92
1720278--1720348	20	3.5	20	77	11	74	29	12	16	40	1.86
1720388--1720428	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
1721644--1721695	20	2.6	21	84	9	72	30	19	15	34	1.93
1721873--1721924	22	2.4	22	76	20	56	46	11	5	36	1.64
1723646--1724017	186	2.0	186	98	0	717	33	16	22	27	1.95
1724603--1724628	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1724583--1724646	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
1724583--1724653	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
1726719--1726761	20	2.1	20	82	4	50	9	27	44	18	1.80
1727036--1727082	21	2.3	21	82	10	62	44	4	19	31	1.70
1727202--1727240	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
1727226--1727304	20	3.7	20	76	15	77	44	15	13	26	1.84
1733403--1733428	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1733383--1733446	32	2.0	33	90	3	103	28	14	18	39	1.90
1733383--1733453	19	4.0	18	72	25	62	26	12	21	39	1.89
1734315--1734358	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
1734413--1734438	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1735325--1735368	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
1735423--1735448	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1737860--1737906	21	2.3	20	78	10	51	42	4	19	34	1.70
1738028--1738052	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
1744146--1744189	20	2.1	22	91	8	74	29	9	20	40	1.83
1744234--1744259	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1745833--1745870	20	2.0	20	89	5	60	36	13	10	39	1.79
1745905--1745968	33	1.9	33	87	12	96	31	15	14	39	1.87
1746000--1746056	19	2.9	19	89	5	78	35	17	15	31	1.92
1746041--1746067	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1746022--1746086	32	2.0	32	90	3	103	40	16	15	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1746820--1746880	22	2.8	22	87	0	86	34	8	14	42	1.76
1746991--1747045	22	2.5	22	82	5	67	29	12	12	45	1.79
1747582--1747606	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1747594--1747646	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
1747707--1747732	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1747687--1747754	33	2.1	32	91	8	111	35	16	16	32	1.91
1754377--1754418	20	2.0	21	90	4	68	19	42	28	9	1.82
1756370--1756407	13	2.9	13	100	0	76	31	15	15	36	1.90
1756395--1756447	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
1756508--1756533	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1756488--1756555	33	2.1	32	91	8	111	35	16	17	30	1.92
1758612--1758650	20	1.9	21	84	5	53	43	20	10	25	1.83
1759267--1759293	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1759248--1759312	33	2.0	32	93	3	112	26	15	16	41	1.88
1759277--1759334	19	2.9	19	84	5	71	32	13	17	36	1.89
1759364--1759401	20	1.9	20	94	0	67	31	10	18	39	1.85
1759363--1759429	33	2.0	32	86	11	91	37	11	16	34	1.85
1760664--1760715	22	2.3	24	83	12	74	13	17	0	69	1.19
1762544--1762607	28	2.3	28	81	8	76	62	10	14	12	1.55
1765512--1765549	19	2.0	19	100	0	76	31	15	15	36	1.90
1765640--1766488	154	5.5	154	85	3	1026	38	20	17	23	1.93
1765641--1766488	310	2.7	306	85	4	1094	38	20	17	23	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1770639--1770712	20	3.6	21	87	7	107	37	10	13	37	1.80
1770737--1770762	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1771613--1771638	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1771593--1771656	32	2.0	33	87	3	94	28	15	14	42	1.86
1771698--1771770	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
1771677--1771753	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
1771677--1771770	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
1773333--1773377	17	2.8	16	83	6	56	66	4	0	28	1.11
1773535--1773856	176	1.8	173	81	7	391	50	7	10	30	1.65
1774734--1774829	22	4.4	22	71	10	79	53	14	3	29	1.56
1774955--1775027	36	2.0	36	97	0	137	34	5	15	45	1.69
1775244--1775300	20	2.7	19	74	15	51	54	3	3	38	1.35
1775429--1775499	31	2.3	31	82	4	81	46	21	7	25	1.76
1776960--1777315	53	6.9	53	73	15	252	52	6	2	38	1.41
1777013--1777221	107	2.0	107	80	3	242	50	6	2	40	1.42
1777211--1777321	56	2.0	55	89	3	170	54	6	1	37	1.37
1777309--1777369	26	2.4	26	83	2	70	37	1	1	59	1.17
1779426--1779458	12	2.8	12	90	0	57	45	0	27	27	1.54
1783804--1783901	20	5.6	20	69	30	98	27	15	15	41	1.87
1783823--1783913	13	7.9	13	68	26	80	27	15	15	41	1.87
1783804--1783913	33	3.3	33	100	0	220	27	15	15	41	1.87
1786494--1786531	20	2.0	20	94	5	69	36	10	15	36	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1787202--1787942	49	14.2	51	79	11	684	38	2	5	54	1.34
1787471--1787574	42	2.5	42	78	12	115	36	1	5	55	1.35
1791104--1791148	16	2.9	16	83	12	58	26	0	20	53	1.46
1793667--1793693	5	5.4	5	100	0	54	18	0	0	81	0.69
1794653--1794691	20	1.9	21	94	5	71	35	23	15	25	1.94
1794702--1794789	13	5.8	13	67	27	50	30	15	11	42	1.83
1794715--1794776	19	3.6	19	71	24	73	27	16	12	43	1.84
1794682--1794790	32	3.4	32	96	1	191	30	15	12	41	1.85
1794838--1794937	52	1.9	52	83	0	128	36	11	16	37	1.83
1795967--1796309	145	2.3	148	81	7	378	31	11	17	40	1.85
1797276--1797340	32	2.0	32	93	0	112	38	9	23	29	1.85
1799136--1799830	154	4.5	154	77	4	558	37	20	18	24	1.94
1801015--1801174	23	6.7	23	75	16	89	3	18	24	54	1.58
1801013--1801174	11	13.7	11	69	23	82	3	17	24	54	1.58
1801110--1801175	23	2.8	24	84	11	91	3	16	27	53	1.58
1801467--1801541	25	3.0	25	76	0	78	13	22	16	48	1.80
1801656--1801715	25	2.3	26	80	5	68	5	20	0	75	0.99
1801680--1801727	25	1.9	25	83	8	62	4	22	2	70	1.15
1801846--1801882	17	2.2	17	90	0	56	2	21	0	75	0.92
1801831--1801897	28	2.3	29	80	9	75	1	22	1	74	0.98
1804208--1804249	21	2.0	21	100	0	84	38	9	23	28	1.86
1812112--1812184	20	3.6	21	83	12	82	38	12	16	32	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1812208--1812264	20	2.8	20	91	2	87	43	12	8	35	1.73
1823502--1823547	20	2.3	20	84	0	56	36	13	13	36	1.83
1824421--1824462	17	2.5	17	88	3	59	14	7	21	57	1.61
1827148--1827532	195	2.0	193	92	2	646	36	19	10	33	1.86
1833009--1833703	79	8.8	79	75	9	488	32	13	25	28	1.93
1833009--1833703	158	4.4	159	73	9	562	32	13	25	28	1.93
1833375--1833443	28	2.4	29	83	13	99	27	17	27	27	1.98
1833430--1833545	51	2.3	51	90	3	180	31	10	25	32	1.89
1836812--1836905	48	2.0	47	89	2	143	30	13	29	25	1.94
1836859--1837648	62	12.8	61	84	4	1003	30	19	25	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16