genome.fa.s215.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold215
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2124891

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210046--210071	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
212287--212331	21	2.1	21	84	8	56	53	4	20	22	1.63
213223--213253	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
215055--215099	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
217300--217351	19	2.7	20	90	6	88	28	11	15	44	1.81
218219--218273	21	2.5	22	85	11	69	21	1	7	69	1.23
218198--218301	48	2.1	48	80	5	111	21	6	7	64	1.43
219982--220119	51	2.7	51	85	2	179	31	15	12	41	1.84
222329--222721	79	5.0	79	77	5	330	30	25	10	33	1.90
222329--222695	157	2.3	158	83	3	470	29	25	11	33	1.91
224589--224672	9	8.3	10	72	17	50	77	7	7	8	1.13
224574--224637	18	3.7	18	72	6	60	78	7	3	10	1.07
224584--224673	39	2.3	37	78	12	92	76	6	7	8	1.15
225784--226012	29	7.8	29	72	6	158	24	32	13	30	1.93
225784--226000	87	2.5	88	79	1	229	24	32	12	29	1.93
225784--226007	58	3.8	58	73	9	195	25	32	13	29	1.93
226009--226135	33	3.9	33	83	7	152	28	25	19	26	1.99
226422--226533	52	2.2	52	86	0	161	28	25	13	33	1.93
226449--226946	111	4.6	110	77	8	404	28	26	13	30	1.94
226771--226960	52	3.7	51	79	6	202	27	27	14	30	1.95
226769--226960	104	1.8	104	86	2	278	27	28	14	29	1.95
227620--227793	53	3.4	51	81	3	188	32	12	12	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228425--228492	33	2.1	33	97	0	127	27	13	14	44	1.83
228425--228492	20	3.8	20	72	25	78	27	13	14	44	1.83
228443--228474	13	2.5	13	100	0	64	28	15	15	40	1.88
230816--231086	79	3.4	78	79	3	283	27	25	14	32	1.95
243451--243505	1	55.0	1	77	0	56	89	3	3	3	0.67
243452--243505	19	2.8	19	86	8	74	88	3	3	3	0.68
244615--245105	61	8.1	61	80	8	556	26	27	17	27	1.98
244740--244978	62	4.1	55	75	16	160	27	27	17	27	1.98
244595--245105	178	2.8	176	85	5	634	26	27	18	27	1.98
245199--245329	41	3.2	40	77	11	131	25	22	10	41	1.86
245931--245960	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
245893--245949	20	2.8	20	86	0	87	22	14	15	47	1.82
248280--248593	79	4.0	78	76	8	294	26	23	15	34	1.95
255152--255245	20	4.7	20	88	5	120	28	17	12	41	1.86
257566--257684	51	2.4	51	82	4	134	31	24	12	31	1.92
257671--257743	28	2.6	28	93	2	121	23	32	21	21	1.98
257621--257895	109	2.6	107	75	9	260	28	24	13	32	1.94
257835--257951	51	2.3	52	85	4	166	31	23	11	33	1.90
259369--259433	19	3.4	19	70	21	55	49	1	6	43	1.37
265255--265287	16	2.1	16	94	0	57	48	9	12	30	1.71
270114--270186	27	2.7	27	86	0	101	26	9	17	46	1.79
270172--270227	24	2.3	25	85	11	73	28	7	14	50	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
274681--274759	27	2.9	27	75	0	86	22	10	21	45	1.81
276564--276602	20	1.9	21	84	5	53	35	0	2	61	1.10
276610--276656	19	2.5	19	83	10	53	42	0	8	48	1.33
276904--277013	57	1.9	57	92	0	184	22	11	23	41	1.87
282491--282534	22	2.0	22	95	0	79	52	13	15	18	1.75
287217--287262	22	2.0	23	87	4	67	58	6	13	21	1.57
289197--289274	41	1.9	41	89	5	122	37	24	11	26	1.90
293261--293308	22	2.2	22	100	0	96	39	16	4	39	1.68
295807--295836	2	15.0	2	92	0	51	50	3	46	0	1.18
296296--296325	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
297502--297531	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
303275--303369	42	2.4	38	80	17	115	55	1	1	42	1.13
303479--303554	13	5.4	15	75	13	65	53	0	0	46	1.00
303471--303520	15	3.2	16	83	11	59	56	0	0	44	0.99
303572--303605	17	2.0	17	88	0	50	67	2	0	29	1.05
303575--303636	24	2.7	24	85	9	76	67	1	1	29	1.09
303676--303727	18	3.1	18	70	30	60	55	0	0	44	0.99
304296--304358	10	6.5	10	72	20	53	66	1	0	31	1.01
304296--304382	37	2.5	34	82	12	99	66	1	0	32	0.99
304397--304447	8	5.9	8	78	17	57	1	15	0	82	0.76
304396--304450	23	2.4	24	80	17	71	1	16	0	81	0.77
304395--304447	27	2.0	26	92	3	88	3	15	0	81	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
304832--304872	13	3.1	13	85	3	55	0	12	2	85	0.70
305142--305202	17	3.4	18	82	15	65	26	0	3	70	1.02
305165--305202	16	2.3	16	90	4	58	21	0	2	76	0.91
306193--306244	13	4.3	13	71	26	51	57	0	0	42	0.98
306191--306250	11	5.2	12	79	15	65	53	0	0	46	1.00
310440--310504	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
310458--310483	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
310440--310504	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
314548--314578	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
316640--316690	13	3.9	13	94	0	93	33	19	15	31	1.93
316637--316690	26	2.1	26	100	0	108	35	20	14	29	1.93
316802--316847	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
319239--319264	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
319221--319285	34	2.0	33	90	6	105	46	15	10	27	1.79
325721--325771	20	2.5	20	93	0	84	37	9	17	35	1.83
326543--326572	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
328432--328470	19	2.1	19	95	0	69	46	10	17	25	1.80
329135--329159	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
329115--329215	32	3.1	32	91	1	166	35	11	18	33	1.88
329114--329210	19	5.7	19	68	27	83	35	12	18	34	1.88
329253--329277	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
329286--329414	52	2.5	52	96	0	231	34	19	18	27	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
343255--343349	20	5.3	18	74	19	83	82	13	2	2	0.86
343270--343337	12	5.5	12	77	6	64	83	11	2	1	0.82
343278--343349	15	4.9	15	77	20	80	83	13	1	1	0.79
343270--343343	6	12.0	6	78	20	57	82	13	2	1	0.84
344821--345171	29	12.0	29	91	3	571	28	31	17	23	1.97
344821--345171	59	6.0	58	92	4	571	28	31	17	23	1.97
344822--345176	88	4.0	88	92	3	590	28	31	16	23	1.96
345146--345227	28	2.9	28	83	12	96	34	28	18	19	1.95
344827--345217	59	6.7	57	87	4	505	29	31	16	21	1.96
344822--345217	88	4.5	88	89	4	552	29	31	16	22	1.96
345239--345466	43	5.0	43	79	9	231	26	25	16	31	1.96
353447--353618	49	3.5	49	80	9	197	29	20	25	24	1.99
353447--353642	98	2.0	96	87	2	275	30	19	25	24	1.98
353663--353775	27	3.9	30	78	9	108	23	15	27	33	1.95
353653--353761	58	1.9	57	86	5	157	22	15	29	33	1.95
353653--353749	27	3.4	27	78	12	104	19	14	30	35	1.92
355225--355282	17	3.4	17	77	15	57	1	5	10	82	0.89
355213--355286	24	3.1	23	78	16	71	4	4	10	81	0.97
355238--355287	21	2.4	21	80	6	57	2	6	10	82	0.92
369104--369232	52	2.5	52	96	0	231	28	17	17	35	1.93
369241--369265	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
369309--369406	19	5.8	18	67	28	72	38	17	10	33	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
369304--369404	32	3.1	32	94	1	166	37	17	9	34	1.83
371300--371324	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
373929--373959	13	2.4	13	100	0	62	38	16	6	38	1.74
373913--373981	33	2.1	33	88	0	102	34	13	14	37	1.85
374965--374994	13	2.3	13	94	0	51	36	10	16	36	1.82
374943--375011	33	2.1	33	89	10	106	36	14	15	33	1.89
378127--378179	19	2.8	19	85	2	72	9	15	32	43	1.78
379558--379608	25	2.1	24	88	3	75	21	3	0	74	0.98
379565--379628	11	6.4	10	72	18	53	18	1	1	78	0.92
379569--379628	18	3.5	17	77	8	50	18	1	1	78	0.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16