genome.fa.s215.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold215
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  2124891

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
868804--868951	40	3.9	39	82	13	200	27	14	14	44	1.83
868862--868931	33	2.1	33	100	0	140	27	15	14	42	1.86
868882--868912	13	2.4	13	94	0	53	29	12	16	41	1.85
868842--868951	53	2.1	53	84	6	143	28	15	13	42	1.85
869298--869979	353	1.9	353	94	0	1202	26	22	27	24	2.00
870603--870822	79	2.8	78	81	6	230	32	13	25	28	1.93
870757--870871	50	2.3	51	86	7	171	29	10	27	32	1.90
870860--870923	28	2.3	27	84	10	76	28	12	31	28	1.93
870840--871036	108	1.8	109	88	3	308	31	15	26	26	1.96
870966--871036	28	2.5	28	90	0	106	25	21	30	22	1.98
874222--874327	42	2.5	43	82	10	121	44	14	24	16	1.85
874344--874597	122	2.1	115	87	6	348	24	21	27	25	1.99
874344--874597	61	4.3	61	84	6	310	24	21	27	25	1.99
874514--874691	94	1.9	93	86	5	252	25	19	30	24	1.98
874620--874752	55	2.4	54	86	6	178	22	19	27	30	1.98
874466--874819	149	2.3	148	85	6	460	24	18	29	26	1.98
874766--875001	61	3.9	61	82	7	318	25	20	28	25	1.99
874343--875273	425	2.2	425	92	1	1560	25	19	29	25	1.99
875047--875177	55	2.4	55	81	1	156	22	21	28	27	1.99
874887--875246	149	2.4	148	84	4	443	25	20	29	25	1.99
876249--876321	1	73.0	1	75	0	65	1	1	9	87	0.66
876249--876321	32	2.3	31	86	11	103	1	1	9	87	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
876249--876321	16	4.6	15	83	11	92	1	1	9	87	0.66
876249--876321	21	3.5	20	83	7	92	1	1	9	87	0.66
888876--889184	107	2.9	104	77	4	323	31	16	25	25	1.96
894302--894421	52	2.3	52	95	0	213	30	17	18	34	1.94
894302--894441	52	2.7	51	88	4	201	31	17	18	32	1.94
894430--894454	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
894520--894544	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
894498--894564	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
894602--894643	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
895166--895554	49	7.9	49	87	0	571	31	17	26	23	1.97
895162--895554	98	4.0	98	97	0	750	32	17	26	23	1.97
895584--895676	33	2.8	33	93	6	163	15	19	36	29	1.92
895681--896131	36	12.9	36	88	5	586	33	11	34	19	1.89
895681--896133	70	6.5	70	88	6	602	33	11	34	19	1.89
895683--896133	106	4.3	103	91	5	642	33	11	34	19	1.89
896077--896255	62	2.8	63	83	9	199	26	17	31	24	1.97
896111--896255	31	4.7	31	83	10	172	24	18	31	25	1.98
896265--896289	9	2.8	9	100	0	50	8	0	0	92	0.40
904506--904625	52	2.3	52	95	0	213	30	17	18	34	1.94
904506--904645	52	2.7	51	88	4	201	31	17	18	32	1.94
904634--904658	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
904724--904748	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
904702--904768	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
904806--904847	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
905370--905758	49	7.9	49	87	0	571	31	17	26	23	1.97
905366--905758	98	4.0	98	97	0	750	32	17	26	23	1.97
905788--905880	33	2.8	33	93	6	163	15	19	36	29	1.92
905885--906336	36	12.9	36	87	6	588	34	11	34	19	1.89
905885--906338	70	6.5	70	88	6	602	34	11	34	19	1.89
905887--906338	106	4.3	104	91	5	646	34	11	34	19	1.89
906282--906460	62	2.8	63	83	9	199	26	17	31	24	1.97
906316--906460	31	4.7	31	83	10	172	24	18	31	25	1.98
906470--906494	9	2.8	9	100	0	50	8	0	0	92	0.40
914712--914831	52	2.3	52	95	0	213	30	17	18	34	1.94
914712--914851	52	2.7	51	88	4	201	31	17	18	32	1.94
914840--914864	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
914930--914954	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
914908--914974	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
915012--915053	21	2.0	21	90	0	66	35	14	14	35	1.86
915509--915562	20	2.7	20	91	5	83	42	14	16	25	1.87
915613--915688	20	3.8	20	98	0	143	39	9	14	36	1.78
915786--915824	21	1.9	20	94	5	69	35	12	15	35	1.86
917984--918192	51	4.2	51	77	1	199	29	23	11	35	1.89
917984--918177	102	1.9	102	82	0	244	29	22	11	35	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
918193--918312	51	2.4	51	81	2	143	31	25	12	30	1.92
918012--918438	181	2.4	180	83	3	500	29	23	12	33	1.92
918331--918523	79	2.4	79	83	1	235	26	26	13	32	1.94
932025--932269	55	4.4	54	81	5	258	28	26	19	24	1.99
932089--932492	211	1.9	210	86	0	574	26	26	20	25	1.99
932136--932435	150	2.0	152	87	5	437	26	27	19	27	1.99
932314--932612	122	2.5	116	78	7	357	25	26	20	27	1.99
932315--932620	61	5.1	60	82	6	320	24	26	20	28	1.99
932669--932763	42	2.3	42	80	10	113	18	26	11	43	1.84
934523--934826	97	3.1	95	76	8	285	38	11	21	28	1.88
936460--936546	20	4.7	19	75	23	80	26	18	13	41	1.88
936477--936546	33	2.1	33	97	0	131	27	18	12	41	1.87
936497--936527	13	2.4	13	100	0	62	29	16	16	38	1.90
936508--936586	20	4.0	20	83	5	88	31	15	8	44	1.77
937412--937441	13	2.3	13	100	0	60	0	0	33	66	0.92
938896--939073	51	3.5	51	75	6	148	28	23	11	36	1.90
939061--939131	28	2.6	27	82	8	81	22	30	19	26	1.98
939164--939234	28	2.5	28	84	4	81	23	25	22	28	2.00
939011--939287	107	2.6	107	79	2	290	27	23	15	33	1.95
939223--939390	51	3.3	51	83	1	167	28	24	13	33	1.93
939326--939545	79	2.8	77	76	12	214	27	24	13	34	1.93
941461--941485	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
941438--941503	33	2.0	33	93	0	114	28	16	18	36	1.93
941559--941621	33	1.9	32	87	3	90	41	19	14	25	1.89
942880--942905	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
948980--949018	13	3.0	13	85	14	62	33	20	15	30	1.94
949150--949190	22	2.0	21	86	13	59	31	21	4	41	1.74
951480--951504	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
951457--951522	33	2.0	33	93	0	114	28	16	18	36	1.93
951595--951620	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
951577--951640	33	2.0	32	87	3	92	39	18	14	28	1.90
956344--956396	19	2.6	21	85	5	74	39	13	15	32	1.85
956448--956473	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
956512--956585	20	3.7	19	87	7	103	28	16	13	41	1.86
958880--959013	51	2.6	51	84	4	189	31	27	10	30	1.90
958996--959071	27	2.8	27	88	6	100	23	31	21	23	1.98
959023--959229	79	2.6	79	92	0	342	24	28	17	28	1.98
959184--959255	28	2.6	28	81	0	99	23	29	20	26	1.99
959116--959314	107	1.9	107	81	6	242	26	25	15	33	1.95
958948--959388	186	2.4	185	80	6	455	26	27	15	30	1.96
959106--959336	107	2.2	106	77	6	234	26	27	16	30	1.96
960590--960745	77	2.0	77	89	0	240	30	24	17	26	1.97
962899--962954	20	2.8	20	76	15	62	75	3	14	7	1.16
963702--963731	16	1.9	16	93	6	53	23	13	20	43	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
965431--965527	31	3.1	31	88	4	142	30	35	17	16	1.92
965482--965622	75	1.9	75	80	5	169	26	31	15	26	1.96
965555--965974	63	6.7	63	79	8	381	30	32	15	21	1.94
965555--965974	31	13.3	31	81	6	373	30	32	15	21	1.94
965983--966303	61	5.5	58	74	10	217	24	23	14	38	1.92
966080--966364	120	2.4	118	79	9	305	24	24	13	37	1.91
965979--966425	112	3.9	111	76	10	393	24	23	14	37	1.92
966426--966579	52	3.0	52	84	0	184	24	23	17	35	1.96
967365--967418	20	2.6	21	85	8	67	38	11	16	33	1.84
967462--967538	20	3.8	20	80	11	93	31	18	14	36	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16