genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2144028--2144088	12	4.8	13	76	15	58	34	0	0	65	0.93
2144029--2144081	9	5.7	9	76	8	52	33	0	0	66	0.92
2144037--2144098	29	2.2	27	83	13	81	37	0	0	62	0.95
2144028--2144101	36	2.0	38	86	5	107	39	0	0	60	0.97
2144824--2144850	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2145742--2145774	15	2.1	17	88	11	52	63	0	0	36	0.95
2145840--2145869	5	6.0	5	92	0	51	40	3	0	56	1.16
2145840--2145868	15	1.9	15	100	0	58	41	3	0	55	1.17
2146356--2146398	2	22.0	2	90	4	70	53	0	0	46	1.00
2146924--2146960	13	2.8	13	84	15	58	67	0	0	32	0.91
2147735--2147783	16	3.0	15	75	18	53	14	10	2	73	1.18
2148938--2148965	5	5.6	5	100	0	56	39	0	0	60	0.97
2149473--2149514	20	2.0	21	86	4	59	38	0	4	57	1.20
2150058--2150095	20	1.9	20	88	0	58	65	0	0	34	0.93
2150062--2150122	28	2.1	30	84	6	81	57	1	0	40	1.08
2151164--2151199	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2151237--2151263	8	3.4	8	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2152437--2152472	10	3.6	10	88	0	54	44	2	5	47	1.41
2153107--2153146	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
2154056--2154095	15	2.7	15	81	18	57	65	0	5	30	1.14
2154150--2154193	16	2.8	16	77	16	56	56	2	0	40	1.11
2154959--2155008	22	2.3	22	79	6	57	36	4	2	58	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2158987--2159021	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
2159021--2159053	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2176430--2176454	3	8.3	3	100	0	50	32	0	32	36	1.58
2181695--2181735	22	2.0	20	90	9	64	39	0	0	60	0.96
2181721--2181789	22	3.1	21	76	12	66	49	1	0	49	1.09
2182455--2182520	28	2.4	26	77	18	71	53	1	0	45	1.09
2185876--2185963	41	2.1	42	89	2	133	27	6	17	48	1.72
2195524--2195581	16	3.6	16	72	9	55	51	18	1	27	1.56
2196065--2196128	29	2.2	29	81	8	69	48	0	0	51	1.00
2196084--2196125	22	1.9	22	85	9	59	52	0	0	47	1.00
2196607--2196660	12	4.7	12	76	19	53	53	1	1	42	1.22
2196607--2196674	23	2.9	24	79	12	70	52	1	1	44	1.19
2196645--2196701	18	3.2	18	73	22	57	50	0	0	49	1.00
2196686--2196727	13	3.0	15	80	16	54	54	0	0	45	0.99
2196692--2196742	20	2.7	19	82	11	70	60	0	0	39	0.97
2197038--2197090	20	2.5	21	78	9	63	60	0	0	39	0.97
2204864--2204903	21	2.0	19	85	9	53	50	5	0	45	1.23
2205894--2205927	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
2214398--2214581	60	3.1	59	69	16	164	10	22	20	46	1.81
2214371--2214586	117	1.8	117	89	0	342	11	23	18	46	1.81
2215243--2215280	18	2.2	17	90	4	58	36	0	2	60	1.11
2215743--2215782	11	3.7	12	78	21	52	37	0	0	62	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2216578--2216604	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
2217649--2217770	2	61.0	2	88	0	163	50	7	0	42	1.30
2217656--2217772	16	6.9	16	88	11	180	50	7	0	41	1.31
2217656--2217772	18	6.9	17	90	8	186	50	7	0	41	1.31
2218066--2218097	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2218702--2218777	19	3.8	19	76	10	62	44	0	1	53	1.08
2218701--2218776	41	1.9	41	86	5	111	44	0	1	53	1.08
2220942--2220988	24	2.0	23	87	4	67	44	0	0	55	0.99
2221124--2221159	3	12.3	3	94	5	65	63	0	0	36	0.94
2222030--2222072	16	2.8	15	79	6	50	53	0	0	46	1.00
2225016--2225056	18	2.4	16	81	14	55	48	0	0	51	1.00
2225021--2225090	18	3.7	18	79	12	70	52	0	0	47	1.00
2226237--2226268	3	10.7	3	100	0	64	34	34	0	31	1.58
2226967--2226996	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
2227204--2227230	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2227737--2227781	24	2.0	24	91	8	76	82	0	8	8	0.85
2228673--2228715	17	2.6	17	81	3	52	55	0	0	44	0.99
2232904--2232939	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2234212--2234257	22	2.2	20	84	11	56	50	0	0	50	1.00
2245531--2245555	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2247716--2248295	201	2.9	201	85	7	734	34	18	15	31	1.92
2249417--2249464	19	2.4	21	83	13	66	64	0	2	33	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2249419--2249461	20	2.2	20	87	8	61	67	0	2	30	1.03
2250105--2250288	34	5.4	34	84	1	237	27	7	24	40	1.82
2254700--2254884	34	5.5	34	85	4	232	26	7	25	40	1.82
2255175--2255231	12	4.6	12	77	16	53	40	0	0	59	0.97
2255413--2255456	16	2.6	18	89	7	65	36	2	0	61	1.09
2255711--2256789	379	2.8	383	82	6	1239	39	10	9	41	1.71
2258219--2258277	26	2.2	28	82	11	70	55	0	1	42	1.09
2258219--2258277	27	2.1	28	81	9	68	55	0	1	42	1.09
2265165--2265205	15	2.6	16	77	18	50	58	2	0	39	1.11
2265149--2265196	17	3.1	15	77	13	53	60	2	0	37	1.09
2268369--2268426	24	2.3	26	88	5	84	34	25	13	25	1.93
2268416--2268481	27	2.4	27	87	5	89	24	9	19	46	1.78
2268414--2268503	27	3.4	27	82	7	80	23	8	21	46	1.79
2268443--2268512	24	2.8	24	77	14	70	21	8	22	47	1.78
2271057--2271102	21	2.1	22	84	4	58	32	19	26	21	1.97
2272966--2273023	24	2.3	26	88	5	84	34	25	13	25	1.93
2273013--2273078	27	2.4	27	87	5	89	24	9	19	46	1.78
2273011--2273100	27	3.4	27	82	7	80	23	8	21	46	1.79
2273040--2273109	24	2.8	24	77	14	70	21	8	22	47	1.78
2274537--2274571	12	2.9	12	91	0	52	25	0	8	65	1.21
2274673--2274714	22	2.0	22	85	4	59	42	4	2	50	1.36
2274673--2274730	22	2.6	21	81	10	55	39	6	1	51	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2275658--2275727	30	2.3	30	100	0	140	21	21	8	48	1.76
2278109--2278348	70	3.4	70	97	0	444	30	28	12	28	1.92
2279018--2279066	21	2.4	19	83	12	62	67	0	4	28	1.09
2279045--2279074	12	2.5	12	94	0	51	63	0	3	33	1.11
2279028--2279074	21	2.1	21	84	11	58	63	0	4	31	1.13
2280018--2280052	2	18.0	2	94	5	63	48	0	0	51	1.00
2281011--2281060	22	2.3	21	76	10	55	68	0	2	30	1.01
2281395--2281432	15	2.4	16	86	4	51	10	10	36	42	1.74
2281459--2281491	17	2.0	17	94	5	59	30	9	12	48	1.71
2282336--2282378	16	2.7	16	85	0	50	25	18	16	39	1.91
2282350--2282410	16	3.8	16	82	4	61	14	18	26	40	1.89
2282365--2282425	16	3.8	16	88	0	86	11	14	31	42	1.81
2284987--2285024	6	6.3	6	93	0	67	0	34	0	65	0.93
2285501--2285561	30	2.0	30	100	0	122	26	9	39	24	1.86
2293532--2293581	2	25.5	2	87	4	75	50	4	0	46	1.20
2296226--2296265	15	2.7	15	88	0	62	22	62	15	0	1.32
2297215--2297244	15	2.0	15	100	0	60	46	0	0	53	1.00
2299146--2299176	16	2.0	16	93	6	55	54	0	0	45	0.99
2300050--2300100	23	2.1	22	82	13	57	29	1	0	68	1.00
2300058--2300103	21	2.0	21	84	12	56	30	4	0	65	1.12
2301115--2301163	18	2.6	19	81	15	57	65	0	2	32	1.04
2302507--2302571	26	2.4	26	75	14	69	56	1	0	41	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2304259--2304309	17	3.1	16	78	13	50	66	3	0	29	1.09
2304277--2304317	20	2.0	20	85	4	55	65	0	0	34	0.93
2305014--2305038	6	4.2	6	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2306181--2306263	2	41.5	2	85	0	112	50	2	2	44	1.28
2311720--2311749	15	2.0	15	93	0	51	63	6	20	10	1.47
2322889--2322931	18	2.5	17	81	11	52	76	2	4	16	1.05
2324478--2324574	36	2.6	38	79	15	103	48	3	0	48	1.17
2324494--2324586	36	2.7	35	80	11	93	47	3	0	49	1.17
2324559--2324625	25	2.8	24	82	12	77	43	1	0	55	1.09
2327542--2327709	84	2.0	84	95	2	302	26	12	21	39	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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