genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7970343--7970948	301	2.0	301	98	0	1176	42	10	12	34	1.76
7971437--7971479	20	2.2	19	83	4	50	44	25	0	30	1.55
7975756--7975810	20	2.8	20	94	0	92	36	10	12	40	1.79
7976884--7976922	16	2.5	16	87	4	53	5	35	0	58	1.20
7984596--7984805	79	2.7	78	78	7	217	36	12	24	26	1.91
7991117--7991168	13	3.5	13	73	26	50	34	17	15	32	1.91
7991125--7991189	19	3.8	18	75	24	77	36	16	13	32	1.89
7991117--7991187	32	2.2	32	95	5	126	35	18	14	32	1.90
7991719--7991745	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
7991796--7991820	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
7995735--7995883	73	2.0	73	97	0	280	48	17	19	14	1.80
7997940--7997966	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
7998093--7998132	20	2.0	20	85	14	55	32	22	0	45	1.53
8000450--8000475	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8001456--8002029	61	9.4	61	82	1	659	29	17	26	26	1.98
8001388--8002029	122	5.2	122	83	2	723	29	17	26	26	1.97
8001391--8002002	183	3.3	181	82	4	751	29	17	26	26	1.97
8002944--8003000	1	57.0	1	75	0	51	5	5	1	87	0.72
8002944--8003000	23	2.7	20	81	13	69	5	5	1	87	0.72
8002949--8002998	14	3.7	13	84	7	64	6	4	2	88	0.70
8015331--8015481	79	1.9	79	82	2	187	37	11	19	31	1.87
8022957--8022981	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8024631--8024797	89	1.9	89	83	5	221	50	3	4	41	1.41
8026724--8026757	14	2.3	15	90	10	52	26	0	0	73	0.83
8028709--8028734	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
8029266--8029313	19	2.6	18	80	6	60	56	0	2	41	1.11
8029489--8029625	37	3.5	37	70	19	123	56	1	7	35	1.36
8029450--8029728	83	3.4	84	85	4	345	49	2	8	39	1.48
8029526--8029672	46	3.4	46	67	20	118	51	1	8	38	1.42
8029967--8030005	20	2.0	20	85	10	53	20	5	5	69	1.28
8030049--8030163	56	2.2	50	81	12	124	38	7	0	53	1.36
8030034--8030539	232	2.2	237	88	3	747	40	6	2	50	1.44
8030633--8030692	24	2.5	23	81	10	66	35	0	1	63	1.05
8030653--8030705	22	2.3	24	84	12	67	43	0	0	56	0.99
8031080--8031104	13	1.9	13	100	0	50	36	8	0	56	1.29
8031103--8031189	43	2.0	42	84	4	111	33	9	4	52	1.54
8031093--8031183	43	2.3	41	83	11	109	35	8	3	52	1.49
8034087--8034121	18	2.0	17	94	5	61	60	5	0	34	1.21
8035059--8035100	20	2.0	20	90	4	66	45	0	0	54	0.99
8035467--8035508	20	2.0	20	90	4	66	45	0	0	54	0.99
8035591--8035737	73	2.0	73	97	0	276	53	2	5	38	1.38
8035598--8035763	73	2.2	72	89	6	226	54	1	6	37	1.34
8036174--8036215	20	2.0	20	90	4	66	45	0	0	54	0.99
8036298--8036434	73	1.9	73	95	0	247	54	2	5	37	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8036381--8036446	32	2.1	32	82	5	80	57	0	3	39	1.14
8036299--8036466	73	2.3	72	83	10	205	55	2	5	36	1.38
8036838--8036936	32	2.8	35	73	14	87	55	3	1	40	1.22
8037126--8037744	197	3.1	200	85	6	883	47	3	8	40	1.53
8037820--8037844	13	1.9	13	100	0	50	76	0	8	16	1.02
8038881--8038909	3	9.7	3	100	0	58	31	0	0	68	0.89
8040366--8040400	18	1.9	18	94	0	61	40	22	11	25	1.88
8050330--8050394	12	5.4	12	83	0	76	49	12	1	36	1.50
8054721--8054761	19	2.2	19	100	0	82	36	9	4	48	1.58
8061316--8061450	60	2.2	60	80	7	168	48	17	14	20	1.81
8062227--8062283	20	2.8	20	83	0	69	38	14	15	31	1.87
8062269--8062297	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
8062285--8062337	20	2.6	21	84	3	72	39	15	16	28	1.89
8062370--8062421	20	2.7	20	84	3	61	40	17	11	30	1.85
8068556--8068580	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8071033--8071083	20	2.5	20	87	0	66	35	15	15	33	1.90
8071069--8071097	13	2.2	13	100	0	58	31	17	13	37	1.89
8071169--8071236	33	2.1	32	86	2	91	35	14	14	35	1.87
8072914--8072954	8	5.1	8	81	0	55	80	2	2	14	0.92
8073211--8073354	55	2.6	55	83	2	173	40	19	20	20	1.92
8075436--8075466	3	10.7	3	93	6	55	70	0	0	29	0.87
8075433--8075474	9	4.9	8	88	11	57	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8077230--8077273	17	2.6	17	82	7	54	2	15	2	79	0.93
8080447--8080512	20	3.7	20	69	26	74	33	18	10	37	1.85
8080448--8080527	33	2.4	33	95	0	151	32	17	11	38	1.85
8080501--8080525	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8080448--8080545	33	3.0	32	89	5	135	32	17	12	37	1.87
8080573--8080646	20	3.8	19	84	8	87	36	13	16	33	1.88
8089599--8089653	20	2.8	20	86	5	76	40	12	16	30	1.86
8089671--8089695	13	1.9	13	100	0	50	44	16	16	24	1.86
8091770--8091806	15	2.5	15	90	0	56	29	24	0	45	1.53
8091770--8091807	18	2.1	18	90	0	58	28	26	0	44	1.54
8093406--8093468	33	1.9	33	87	6	92	30	12	15	41	1.85
8093499--8093556	19	3.1	18	88	11	89	32	15	17	34	1.91
8098629--8098677	24	2.0	25	88	4	73	55	6	4	34	1.44
8099256--8099299	20	2.2	20	84	8	54	31	6	6	54	1.53
8103083--8103131	19	2.6	18	78	9	53	48	0	0	51	1.00
8103477--8103515	14	2.8	14	88	7	53	53	0	0	46	1.00
8103477--8103513	13	2.7	14	84	15	51	54	0	0	45	1.00
8103476--8103544	27	2.5	28	75	13	72	57	0	0	42	0.98
8103488--8103579	14	6.3	15	71	13	66	52	0	1	46	1.07
8103471--8103599	31	4.2	32	75	16	112	55	0	1	43	1.09
8103618--8103670	16	3.2	16	75	12	54	54	0	1	43	1.11
8105858--8105887	2	15.0	2	100	0	60	0	50	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8107218--8107253	17	2.2	16	90	9	56	63	0	0	36	0.94
8107225--8107258	17	2.0	17	94	0	59	61	0	0	38	0.96
8107226--8107270	22	2.2	19	88	11	63	64	0	0	35	0.94
8107277--8107336	24	2.5	24	100	0	120	56	0	3	40	1.16
8108366--8108396	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8109412--8109446	14	2.4	15	85	9	54	77	0	8	14	0.99
8109768--8109833	2	36.5	2	74	19	56	53	0	1	45	1.09
8109767--8109833	19	3.8	18	75	16	59	52	0	1	46	1.09
8111791--8112101	89	3.5	90	83	3	371	32	18	13	36	1.89
8111772--8112101	178	1.9	176	83	3	428	33	17	13	36	1.89
8112102--8112150	19	2.5	20	86	3	73	69	6	8	16	1.33
8112180--8112226	19	2.5	20	80	13	55	68	6	0	25	1.13
8112226--8112493	2	154.5	2	66	28	109	52	1	0	44	1.15
8112216--8112493	7	39.1	7	73	17	173	53	1	0	43	1.14
8112213--8112453	128	1.9	128	84	9	310	54	1	0	43	1.14
8114698--8114731	18	1.9	18	88	5	52	47	0	14	38	1.45
8115513--8115568	22	2.6	21	76	18	53	35	0	3	60	1.14
8120776--8120804	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
8120961--8121013	22	2.4	21	78	9	61	39	0	1	58	1.09
8121203--8121279	32	2.4	32	93	0	109	45	5	0	49	1.24
8122150--8122185	2	18.0	2	94	0	63	50	0	2	47	1.15
8124870--8124926	2	28.5	2	92	0	96	47	0	3	49	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8126706--8126754	22	2.2	22	92	0	80	18	10	24	46	1.79
8129593--8129629	18	2.1	18	94	0	65	27	29	21	21	1.99
8131613--8131664	21	2.4	22	93	3	88	19	13	25	42	1.87
8137188--8137220	6	5.5	6	92	0	57	3	15	0	81	0.80
8137754--8137832	24	3.0	24	72	22	70	63	0	0	36	0.95
8138811--8138859	2	24.5	2	100	0	98	51	0	48	0	1.00
8139005--8139054	15	3.4	15	84	10	68	78	0	16	6	0.95
8139008--8139045	16	2.5	15	91	4	58	76	0	21	2	0.91
8139129--8139177	7	7.0	7	77	9	55	77	0	20	2	0.87
8139124--8139189	18	3.7	18	71	18	66	75	0	16	7	1.02

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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