genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.39.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6740310--6740373	32	2.0	33	90	3	103	39	18	14	28	1.90
6742573--6742622	21	2.3	21	80	10	57	54	4	18	24	1.61
6746515--6746540	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
6748872--6748897	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
6748854--6748917	32	2.0	33	87	3	94	37	18	15	28	1.92
6751308--6751592	146	2.0	144	81	6	333	30	12	7	50	1.67
6752251--6752296	12	3.9	12	83	13	60	73	0	23	2	0.94
6752247--6752282	14	2.5	14	95	4	63	72	0	27	0	0.85
6753215--6753695	163	3.0	162	86	3	678	34	10	13	41	1.78
6753916--6754288	155	2.4	155	83	3	466	23	15	22	38	1.92
6767215--6767335	52	2.3	52	92	0	206	28	17	17	36	1.93
6767215--6767355	52	2.7	52	84	4	178	29	17	18	34	1.93
6767344--6767368	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
6767410--6767476	33	2.0	33	88	0	98	40	13	8	37	1.76
6768239--6768365	67	1.9	68	86	1	184	38	12	25	23	1.90
6768378--6769034	49	13.7	49	86	6	902	31	17	25	25	1.97
6768368--6769034	141	4.7	142	89	5	990	31	17	25	25	1.97
6769034--6769154	33	3.7	33	92	4	201	19	19	33	27	1.96
6769027--6769154	65	2.0	63	92	6	213	18	18	34	28	1.95
6769140--6769202	33	1.9	33	83	6	83	33	15	28	22	1.95
6769140--6769226	35	2.6	33	79	3	93	29	17	32	20	1.95
6769202--6769271	25	3.0	24	80	18	85	22	20	38	18	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6769140--6769431	120	2.5	111	80	14	281	28	16	34	21	1.94
6769251--6769748	34	15.7	31	75	16	307	29	14	34	21	1.93
6769529--6769654	67	1.9	67	93	0	216	30	14	34	20	1.92
6769602--6769753	63	2.4	62	81	6	175	27	16	32	23	1.96
6769475--6769748	94	2.9	97	82	8	255	29	15	33	22	1.94
6770742--6770786	22	2.0	23	87	12	67	0	4	11	84	0.76
6777927--6778047	52	2.3	52	94	0	215	28	17	18	35	1.93
6777927--6778067	52	2.7	52	85	4	187	29	17	19	34	1.94
6778056--6778080	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
6778144--6778168	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
6778576--6778840	51	5.1	51	82	7	295	43	11	24	20	1.85
6778568--6778840	106	2.6	105	83	6	342	44	10	24	20	1.83
6780299--6780472	42	4.1	42	76	7	138	18	28	17	36	1.93
6780454--6780725	84	3.3	84	75	5	239	20	29	15	34	1.94
6780674--6781502	42	19.8	42	69	7	178	19	29	16	35	1.93
6780884--6781204	84	3.8	84	71	2	243	19	31	16	33	1.94
6780841--6781502	168	3.9	168	74	4	485	19	29	16	34	1.93
6780674--6781059	126	3.1	125	72	8	352	18	30	16	34	1.93
6782379--6783211	166	5.0	163	81	8	857	29	11	7	51	1.64
6782418--6783198	329	2.4	331	83	6	962	29	10	7	52	1.63
6782418--6783292	329	2.6	328	81	8	934	29	10	8	51	1.66
6782418--6783370	330	2.9	328	80	6	761	29	11	8	51	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6783656--6783715	22	2.7	23	73	19	63	68	0	20	11	1.20
6783676--6783714	11	3.5	11	80	13	53	64	0	23	12	1.28
6783673--6783716	12	3.8	12	79	14	56	61	0	22	15	1.34
6783668--6783721	22	2.5	22	93	6	92	64	0	20	14	1.28
6783668--6783733	22	3.0	22	89	8	82	63	1	21	13	1.37
6783824--6783854	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
6784658--6785125	156	2.9	161	87	4	671	34	10	13	41	1.78
6790256--6790310	20	2.7	21	83	5	60	34	14	10	40	1.81
6804163--6804288	17	7.4	17	76	12	109	83	13	3	0	0.77
6804165--6804279	28	4.1	27	80	14	128	83	13	3	0	0.77
6804164--6804288	43	2.9	43	85	7	157	83	13	3	0	0.77
6804162--6804288	60	2.1	61	85	10	172	82	14	3	0	0.78
6804174--6804282	24	4.8	24	75	17	88	82	13	3	0	0.80
6804164--6804282	47	2.6	46	84	10	140	83	13	3	0	0.77
6804163--6804275	1	113.0	1	68	0	64	84	12	3	0	0.75
6805702--6805933	28	8.3	28	85	3	281	34	30	18	17	1.94
6805702--6805909	83	2.5	83	88	2	301	34	29	18	16	1.94
6805776--6805954	28	6.4	27	85	7	92	33	29	18	17	1.95
6805952--6806354	52	7.9	52	81	3	417	24	23	17	34	1.96
6805944--6806298	153	2.3	153	92	0	575	24	23	16	35	1.95
6805944--6806433	101	4.8	103	78	7	390	24	23	16	35	1.95
6805944--6806352	153	2.7	153	88	0	487	24	23	17	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6805952--6806434	205	2.4	205	80	4	512	24	23	16	35	1.95
6805952--6806430	52	9.3	52	77	7	345	24	23	16	35	1.95
6805944--6806438	153	3.2	152	83	3	404	24	23	16	34	1.95
6820349--6820524	88	2.0	87	91	5	284	26	25	14	34	1.94
6820455--6821377	63	14.4	62	74	8	614	28	22	16	33	1.95
6820447--6821377	191	4.8	188	78	6	732	28	22	16	33	1.95
6821095--6821353	66	3.9	67	76	6	201	30	22	16	30	1.96
6820448--6821377	129	7.3	126	74	10	499	28	21	16	33	1.95
6821381--6821540	63	2.5	63	85	6	191	27	21	16	35	1.94
6821819--6821913	20	4.8	20	85	5	129	27	15	14	42	1.86
6824316--6824613	79	3.8	79	85	4	392	29	27	12	30	1.93
6824598--6824819	79	2.9	75	79	9	232	29	27	12	30	1.93
6824389--6825330	205	4.5	204	73	15	800	29	26	12	31	1.93
6824754--6824916	48	3.3	48	86	4	193	29	28	11	30	1.91
6824930--6825094	51	3.3	51	80	5	185	29	27	10	32	1.90
6824721--6825173	178	2.6	175	86	5	612	28	27	12	31	1.93
6825033--6825248	79	2.8	78	85	4	269	29	27	12	31	1.92
6838739--6838881	61	2.3	61	89	2	225	26	26	20	25	1.99
6838861--6838960	39	2.6	39	91	0	164	23	34	16	27	1.95
6838941--6839129	55	3.3	56	80	8	168	27	28	20	23	1.99
6839014--6839136	62	2.0	63	87	4	178	26	28	17	27	1.97
6839145--6839265	55	2.2	55	91	4	192	28	29	18	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6839016--6839514	255	2.0	255	91	0	818	26	28	18	26	1.98
6839400--6839530	55	2.4	55	96	2	237	27	29	20	22	1.98
6839400--6839486	26	3.3	26	65	16	70	26	31	20	21	1.98
6839536--6840080	61	8.9	62	86	4	707	25	27	19	27	1.98
6840079--6840242	42	3.8	43	75	10	129	21	27	10	39	1.87
6840079--6840271	88	2.2	86	80	8	214	22	26	11	38	1.89
6840275--6840380	41	2.6	39	80	11	117	19	25	10	44	1.82
6840278--6840376	40	2.4	41	85	6	121	19	26	10	44	1.82
6840919--6840948	13	2.3	13	100	0	60	30	16	13	40	1.87
6840964--6841037	20	3.7	19	85	7	94	28	17	13	40	1.87
6842808--6842966	51	3.1	51	76	6	162	27	23	11	37	1.90
6842971--6843221	79	3.2	78	86	2	315	29	28	12	29	1.93
6843155--6843270	51	2.4	48	83	4	142	30	29	12	27	1.93
6843079--6843475	127	3.1	126	88	4	528	29	27	12	29	1.93
6843285--6843396	51	2.3	48	84	4	143	29	30	10	29	1.91
6842997--6843682	333	2.1	332	87	2	980	29	26	13	30	1.94
6842874--6843888	206	4.9	204	82	7	1198	28	26	12	31	1.93
6843378--6843554	79	2.2	79	84	2	221	28	26	15	29	1.96
6843409--6843681	127	2.1	129	86	4	374	28	25	14	31	1.95
6843542--6843759	78	2.8	78	85	6	302	27	27	13	31	1.94
6843696--6843809	51	2.3	48	86	4	147	28	28	11	31	1.91
6842874--6843888	411	2.5	405	84	6	1246	28	26	12	31	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6843615--6843935	127	2.5	127	84	6	387	28	26	12	32	1.93
6843822--6843991	51	3.3	52	80	2	200	30	27	11	30	1.91
6845090--6845438	194	1.8	193	84	3	477	30	21	16	31	1.95
6844991--6845577	66	9.2	63	75	7	391	30	21	16	31	1.95
6846202--6846247	20	2.3	20	88	0	65	47	8	13	30	1.72
6846204--6846253	20	2.5	20	86	3	64	46	8	12	34	1.70
6848604--6848757	79	1.9	79	84	2	202	30	26	9	33	1.89
6848637--6848906	126	2.1	126	81	8	305	28	24	11	35	1.90
6848761--6849132	79	4.6	80	80	5	376	28	24	11	35	1.90
6848761--6849133	162	2.3	160	82	5	432	28	24	10	35	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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