genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   

This is table  12  of  56  ( 6609 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2328836--2328882	19	2.6	18	79	3	58	51	0	0	48	1.00
2329900--2329926	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
2330026--2330054	15	2.0	15	93	6	51	34	0	6	58	1.25
2330460--2330557	48	2.0	48	96	0	178	22	23	21	32	1.98
2330716--2330975	50	5.2	50	90	3	407	31	19	20	28	1.97
2335368--2335627	50	5.2	50	90	5	418	30	19	20	29	1.97
2339112--2339158	19	2.6	18	79	3	58	51	2	0	46	1.13
2340720--2340749	12	2.6	12	94	5	53	0	20	0	80	0.72
2344452--2344494	14	3.2	13	77	9	50	37	0	0	62	0.95
2344450--2344536	31	3.0	29	77	15	90	43	0	1	55	1.07
2345267--2345312	18	2.6	19	76	13	53	52	0	0	47	1.00
2345853--2345895	16	2.7	15	82	17	52	44	0	0	55	0.99
2347416--2347469	29	1.9	29	81	7	67	57	3	0	38	1.17
2347828--2347860	14	2.4	14	90	5	50	36	0	0	63	0.95
2347828--2347874	18	2.6	19	80	12	55	34	2	0	63	1.06
2348120--2348161	21	2.0	22	86	13	61	52	0	0	47	1.00
2348735--2348777	21	2.0	21	86	9	59	39	0	2	58	1.11
2348844--2348898	13	4.1	14	72	13	53	56	1	1	40	1.21
2351198--2351228	16	2.0	16	93	6	55	38	0	6	54	1.26
2351635--2351727	47	2.0	48	87	8	138	19	25	22	32	1.97
2351903--2352088	96	1.9	94	82	9	225	27	24	21	26	1.99
2351904--2352134	47	4.9	47	74	13	181	29	22	22	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2362719--2362775	21	2.6	21	72	5	51	3	21	15	59	1.51
2366768--2366813	23	2.0	23	84	12	60	30	4	4	60	1.35
2366842--2366888	19	2.5	20	76	13	55	51	0	0	48	1.00
2367801--2367850	23	2.4	22	81	15	61	28	8	8	56	1.57
2368642--2368671	15	2.0	15	93	0	51	50	0	0	50	1.00
2370327--2370489	81	2.0	85	91	7	273	26	12	22	39	1.89
2372678--2372704	11	2.5	11	100	0	54	74	0	0	25	0.83
2373233--2373330	48	2.0	48	96	0	178	22	23	21	32	1.98
2373489--2373748	50	5.2	50	90	3	407	31	19	20	28	1.97
2378145--2378404	50	5.2	50	90	5	418	30	19	20	29	1.97
2383485--2383514	12	2.6	12	94	5	53	0	20	0	80	0.72
2387216--2387257	15	2.9	15	79	6	52	42	0	0	57	0.99
2387216--2387310	30	3.3	26	74	20	73	44	0	2	53	1.12
2388040--2388085	18	2.6	19	76	13	53	52	0	0	47	1.00
2388636--2388679	16	2.6	17	82	13	56	45	0	0	54	0.99
2390206--2390270	29	2.3	28	82	10	78	56	3	0	40	1.15
2390654--2390686	18	1.9	17	88	11	50	33	3	0	63	1.10
2390911--2390988	29	2.7	29	80	11	88	52	3	0	43	1.19
2391560--2391674	44	2.7	41	80	12	117	50	0	0	48	1.06
2391560--2391672	43	2.7	39	78	14	102	50	0	0	48	1.06
2396896--2396944	23	2.1	23	92	0	80	18	2	18	61	1.45
2396896--2396955	23	2.7	23	86	2	68	16	3	16	63	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2397004--2397061	30	1.9	30	85	0	80	34	1	1	62	1.16
2397212--2397269	17	3.4	16	75	17	55	41	0	1	56	1.09
2399691--2399727	2	18.5	2	94	0	65	48	0	2	48	1.15
2400024--2400098	34	2.2	34	85	7	98	41	0	1	57	1.07
2400034--2400106	19	4.7	15	73	18	53	41	0	1	57	1.07
2400024--2400141	35	3.4	35	75	13	100	41	0	0	57	1.04
2400038--2400114	40	1.9	41	84	7	104	40	0	1	58	1.06
2400478--2400625	34	4.4	34	74	19	123	37	0	0	62	1.01
2400498--2400610	17	6.8	16	75	21	90	33	0	0	65	0.99
2400564--2400611	12	4.2	12	73	21	50	25	0	0	75	0.81
2400898--2400950	22	2.3	23	80	12	63	43	0	0	56	0.99
2401187--2401213	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2405854--2405896	14	3.1	14	86	3	52	25	16	2	55	1.53
2405872--2405897	13	2.0	13	100	0	52	23	15	0	61	1.33
2407127--2407152	6	4.3	6	100	0	52	0	15	69	15	1.20
2409020--2409044	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
2410919--2410951	17	2.1	16	88	11	50	51	0	0	48	1.00
2411393--2411428	2	18.0	2	100	0	72	0	50	0	50	1.00
2415006--2415033	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2423176--2423209	14	2.4	14	90	5	50	0	11	0	88	0.52
2423758--2423904	75	2.0	75	83	1	188	43	4	12	39	1.62
2430847--2430873	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2435358--2435429	29	2.4	30	79	13	76	48	2	4	44	1.36
2435554--2435602	19	2.5	20	86	3	64	59	2	2	36	1.21
2435611--2435644	17	1.9	18	88	5	52	55	0	0	44	0.99
2435614--2435664	27	1.9	26	88	4	75	58	0	0	41	0.98
2444634--2444691	15	3.9	15	73	15	50	56	0	0	43	0.99
2444634--2444697	29	2.3	28	78	10	69	56	0	0	43	0.99
2447116--2447258	75	1.9	72	90	4	223	34	6	25	32	1.83
2449477--2449516	17	2.4	17	87	4	64	55	0	0	45	0.99
2452352--2452386	2	17.5	2	93	0	52	42	0	0	57	0.99
2452354--2452402	12	4.1	12	84	5	55	38	0	2	59	1.09
2452537--2452580	20	2.3	19	80	4	52	63	6	0	29	1.20
2452529--2452584	24	2.3	24	82	11	69	64	5	0	30	1.16
2452972--2453004	11	2.8	12	86	9	50	30	3	0	66	1.06
2455515--2455555	21	2.0	22	90	9	68	48	0	0	51	1.00
2456817--2456842	5	5.2	5	100	0	52	80	0	19	0	0.71
2457026--2457093	34	2.0	34	82	5	84	47	0	1	51	1.09
2457508--2457539	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2457856--2457894	2	19.5	2	100	0	78	51	0	0	48	1.00
2460441--2460481	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
2460791--2460840	22	2.2	23	79	10	59	38	2	4	56	1.30
2461169--2461197	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2461739--2461782	22	2.0	22	86	8	63	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2463371--2463406	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
2463847--2463912	31	2.1	31	83	5	80	40	3	1	54	1.25
2463855--2463912	31	1.9	31	85	3	82	41	1	0	56	1.09
2464870--2464896	12	2.2	12	100	0	54	48	0	18	33	1.49
2466039--2466097	14	4.5	13	77	14	59	52	0	1	45	1.10
2466054--2466102	24	2.0	25	88	4	73	53	0	0	46	1.00
2466541--2466585	24	1.9	24	86	4	65	42	0	6	51	1.28
2466915--2466950	2	18.0	2	94	0	63	0	47	0	52	1.00
2466905--2466954	12	3.9	13	82	12	59	0	46	4	50	1.20
2472899--2472923	7	3.6	7	100	0	50	12	0	0	88	0.53
2474277--2474315	2	20.0	2	89	5	62	46	2	0	51	1.14
2476842--2476979	69	2.0	70	94	1	242	31	13	13	42	1.83
2477639--2477902	70	3.8	70	83	3	300	21	12	16	49	1.78
2479964--2479989	1	26.0	1	100	0	52	0	0	100	0	0.00
2483065--2483142	36	2.2	36	86	13	108	30	34	5	29	1.79
2483068--2483130	18	3.5	18	84	4	83	30	34	6	28	1.82
2483068--2483138	18	3.9	17	83	7	79	29	35	5	29	1.80
2484809--2484876	16	4.2	16	75	16	59	23	0	14	61	1.33
2484808--2484855	17	2.9	16	81	9	53	18	0	16	64	1.29
2484819--2484889	32	2.2	32	78	12	74	22	1	16	59	1.45
2488749--2488827	25	3.0	28	68	20	71	44	0	0	55	0.99
2488764--2488832	25	2.7	26	82	10	90	40	0	0	59	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2488734--2488811	16	5.1	15	69	16	52	46	0	0	53	1.00
2488723--2488859	26	5.5	24	69	15	73	43	0	0	55	1.05
2491927--2491954	3	9.3	3	100	0	56	32	0	0	67	0.91
2492295--2492337	19	2.2	20	80	12	54	51	0	0	48	1.00
2492315--2492372	22	2.6	23	76	20	68	56	0	0	43	0.99
2492294--2492369	32	2.4	33	80	14	88	55	0	0	44	0.99
2492331--2492371	21	2.0	21	90	9	66	60	0	0	39	0.96
2492542--2492595	24	2.2	24	81	9	65	44	0	1	53	1.11
2492567--2492615	17	3.0	15	83	16	62	57	0	0	42	0.99
2494239--2494276	19	2.0	20	84	5	51	42	0	2	55	1.14

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56