genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   

This is table  48  of  56  ( 6609 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8142161--8142189	15	1.9	15	100	0	58	58	0	0	41	0.98
8142331--8142363	12	2.6	13	90	4	50	30	0	0	69	0.88
8142334--8142405	23	2.8	24	78	17	74	34	0	1	63	1.03
8143988--8144012	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
8143968--8144031	33	2.0	32	90	3	101	28	12	21	37	1.90
8144064--8144115	20	2.5	21	84	3	70	26	17	15	40	1.89
8144671--8144715	22	2.0	22	91	8	74	35	28	0	35	1.58
8146435--8146475	22	2.0	21	86	13	59	41	4	21	31	1.74
8146607--8146703	47	2.0	50	84	9	130	28	17	17	36	1.93
8152786--8152840	20	2.7	21	80	2	67	25	16	16	41	1.88
8154293--8154387	48	2.1	47	81	13	110	37	1	3	57	1.21
8154580--8154617	15	2.5	16	83	8	53	68	15	5	10	1.36
8164827--8164860	12	2.6	14	86	13	54	79	5	0	14	0.91
8164829--8164859	13	2.5	13	94	5	55	80	6	0	12	0.89
8166323--8166744	143	3.0	143	79	5	433	28	13	19	37	1.90
8170854--8170901	17	2.8	17	90	6	71	39	20	6	33	1.78
8170871--8170921	17	3.1	17	82	2	59	45	19	3	31	1.69
8170882--8170931	21	2.6	19	84	9	57	46	20	4	30	1.69
8178145--8178192	22	2.2	21	77	3	51	77	4	0	18	0.93
8179600--8179796	107	1.8	107	85	0	277	16	19	15	48	1.82
8179603--8179834	107	2.2	106	81	2	257	17	20	15	47	1.83
8179629--8179867	107	2.2	107	79	1	246	18	19	14	46	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8180134--8180312	41	4.4	40	74	6	117	18	21	13	46	1.83
8180212--8180402	82	2.3	81	82	2	231	19	20	13	46	1.83
8180212--8180365	41	3.8	40	77	7	157	18	20	14	46	1.84
8180501--8180588	41	2.1	41	81	4	97	22	13	11	52	1.72
8187152--8187876	28	24.9	28	82	8	711	23	17	30	28	1.97
8187166--8187876	259	2.7	257	84	5	865	23	17	30	28	1.97
8189098--8189152	23	2.4	23	84	0	74	1	1	12	83	0.80
8189097--8189151	11	4.9	11	84	4	74	1	1	10	85	0.75
8194162--8194216	19	2.9	19	97	0	101	34	10	14	40	1.81
8196632--8196762	51	2.5	53	80	10	153	32	25	9	32	1.87
8196777--8196998	52	4.3	51	79	2	210	28	24	13	33	1.93
8196986--8197057	28	2.6	28	89	8	103	22	33	19	25	1.97
8196932--8197136	107	1.9	107	81	5	243	25	27	17	29	1.97
8205082--8205326	95	2.5	97	85	2	332	29	13	28	27	1.95
8207407--8207480	20	3.7	19	85	0	85	40	12	13	33	1.82
8211542--8211592	18	2.8	17	77	11	57	37	3	5	52	1.44
8213202--8213243	15	2.8	15	82	10	50	45	16	9	28	1.79
8214345--8214404	20	2.9	21	78	14	61	45	1	0	53	1.10
8217241--8217275	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
8217732--8217770	3	13.0	3	94	0	69	64	0	2	33	1.08
8217915--8217995	2	41.0	2	84	7	103	50	0	1	48	1.08
8218446--8218479	13	2.5	14	90	4	52	17	0	8	73	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8221446--8221483	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
8224572--8224628	28	2.0	28	86	0	78	22	1	19	56	1.51
8232935--8232977	21	2.0	21	90	0	68	58	4	2	34	1.32
8233120--8233171	26	2.0	26	81	7	61	40	0	1	57	1.10
8233147--8233189	22	2.0	22	85	0	59	48	0	0	51	1.00
8233579--8233654	39	1.9	39	81	2	89	42	9	3	44	1.55
8235635--8235664	13	2.3	13	94	0	51	53	0	3	43	1.17
8237872--8237994	61	2.0	62	91	1	203	27	19	13	39	1.90
8238828--8238939	44	2.5	44	91	0	179	31	12	16	40	1.85
8243122--8243196	37	2.0	37	97	0	141	33	16	25	25	1.95
8243379--8243490	44	2.5	44	88	0	161	41	19	10	27	1.85
8243420--8243481	21	2.9	20	66	15	52	43	20	6	29	1.77
8243722--8243854	49	2.8	47	86	2	194	22	14	9	53	1.70
8244491--8244628	47	2.9	49	79	5	156	52	10	14	21	1.72
8244738--8244822	35	2.4	35	100	0	170	57	11	14	16	1.65
8244738--8244822	18	4.9	17	84	5	116	57	11	14	16	1.65
8244738--8244830	17	5.4	16	80	14	105	58	10	13	17	1.63
8247480--8247536	28	2.0	29	86	3	80	47	0	3	49	1.18
8248976--8249029	22	2.5	22	87	3	74	44	5	11	38	1.63
8251999--8252060	27	2.4	25	86	8	79	50	0	0	50	1.00
8252028--8252081	21	2.5	22	88	8	76	55	0	0	44	0.99
8252023--8252094	31	2.3	32	81	15	89	55	0	0	44	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8252028--8252092	21	3.0	21	78	13	62	56	0	0	43	0.99
8252182--8252257	14	5.8	13	70	14	50	44	2	1	51	1.23
8252149--8252248	40	2.6	38	77	13	96	46	4	1	49	1.27
8252886--8252938	16	3.4	15	76	7	52	35	0	5	58	1.22
8252895--8252946	15	3.4	15	78	5	59	44	0	3	51	1.19
8255212--8255236	6	4.2	6	100	0	50	52	16	16	16	1.76
8256083--8256121	19	2.1	19	100	0	78	35	15	5	43	1.69
8257114--8257181	28	2.4	29	85	7	95	47	1	4	47	1.31
8257135--8257195	28	2.2	28	82	5	70	52	3	4	39	1.39
8264101--8264209	2	54.0	2	92	5	184	47	2	0	49	1.15
8265178--8265232	14	4.2	13	76	19	60	61	1	9	27	1.36
8265276--8265340	8	7.8	9	76	15	52	67	0	1	30	1.00
8265361--8265409	22	2.2	22	82	7	64	32	2	0	65	1.04
8265362--8265419	29	2.0	28	86	3	80	32	1	0	65	1.03
8266192--8266216	6	4.2	6	100	0	50	32	36	0	32	1.58
8268010--8268056	23	2.1	23	84	11	62	44	0	0	55	0.99
8268578--8268636	26	2.3	26	82	11	68	49	3	1	45	1.28
8268568--8268655	36	2.4	36	80	10	92	50	3	1	45	1.26
8268569--8268919	10	31.1	12	70	21	167	50	2	2	44	1.29
8268638--8268737	42	2.4	42	83	11	125	53	2	1	44	1.19
8268639--8268877	13	17.1	14	65	21	74	50	2	2	44	1.28
8268733--8268919	22	8.4	21	71	17	92	49	2	3	44	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8268617--8268910	34	8.9	32	68	22	105	50	2	2	45	1.27
8268685--8268911	101	2.2	100	80	9	248	49	2	3	44	1.30
8269722--8269762	20	2.0	20	100	0	82	31	14	19	34	1.92
8270409--8270487	29	2.7	28	71	21	72	26	8	13	50	1.71
8270332--8270628	58	5.1	58	74	6	208	27	7	14	50	1.68
8270351--8270776	116	3.7	114	73	9	324	26	8	14	50	1.70
8272082--8272160	29	2.7	28	71	21	72	26	8	13	50	1.71
8272005--8272301	58	5.1	58	74	6	208	27	7	14	50	1.68
8272024--8272449	116	3.7	114	73	9	324	26	8	14	50	1.70
8279768--8279887	60	2.0	60	96	0	222	39	17	6	36	1.76
8279907--8279937	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8287278--8287413	52	2.6	53	84	4	177	32	13	27	27	1.93
8287238--8287628	51	7.5	52	70	12	219	32	12	25	29	1.93
8287446--8287514	27	2.5	27	86	6	86	24	21	28	24	1.99
8289983--8290008	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
8289962--8290028	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
8290049--8290114	19	3.8	19	73	22	72	37	15	10	36	1.82
8290063--8290093	13	2.3	14	94	5	55	29	16	12	41	1.85
8290051--8290112	32	1.9	32	93	0	106	35	16	11	37	1.84
8290170--8290249	21	3.8	21	100	0	160	37	22	10	30	1.87
8290730--8290759	15	2.0	15	93	0	51	56	13	6	23	1.60
8290792--8290839	16	3.0	16	81	6	53	54	18	8	18	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8292143--8292207	33	2.0	33	84	6	87	29	13	15	41	1.86
8294771--8294808	13	2.9	13	92	0	58	31	13	18	36	1.89
8298708--8298758	21	2.5	20	80	6	57	23	11	3	60	1.47
8300986--8301011	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8300966--8301030	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
8302944--8303283	52	6.4	52	68	15	180	32	12	25	29	1.92
8303085--8303169	27	3.1	27	86	8	111	25	20	30	23	1.98
8305609--8305675	33	2.0	33	85	0	89	44	16	13	25	1.84
8305630--8305655	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
8305786--8305842	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56