genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2647962--2648105	73	2.0	72	95	1	261	37	14	20	27	1.92
2649933--2649974	17	2.4	18	88	4	59	40	0	0	59	0.97
2651350--2651394	22	2.0	22	86	0	63	44	22	4	28	1.72
2652210--2652236	13	2.1	13	100	0	54	25	0	0	74	0.83
2652498--2652522	2	12.5	2	100	0	50	48	0	52	0	1.00
2654130--2654166	19	1.9	19	88	0	56	48	0	2	48	1.15
2654683--2654713	3	10.7	3	93	6	55	35	0	0	64	0.94
2657025--2657308	141	2.0	141	100	0	568	15	28	16	39	1.89
2657949--2657999	17	2.9	18	80	8	61	39	1	0	58	1.09
2657989--2658022	15	2.3	15	100	0	68	41	0	0	58	0.98
2658573--2658601	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
2661581--2662119	110	4.9	109	80	5	372	30	15	18	35	1.92
2661719--2662117	220	1.8	219	83	3	525	30	14	18	36	1.91
2661673--2662131	110	4.2	109	80	3	449	29	15	19	36	1.92
2662403--2662435	4	8.8	4	87	12	52	75	0	0	24	0.80
2662836--2662866	11	2.8	11	95	0	53	0	22	0	77	0.77
2663459--2663492	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
2663578--2663646	23	3.0	24	79	12	81	43	0	0	56	0.99
2672292--2672331	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2676278--2676303	2	13.0	2	100	0	52	50	0	50	0	1.00
2676879--2676919	2	20.5	2	94	0	73	48	0	2	48	1.14
2679222--2679253	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2688182--2688214	15	2.2	15	89	10	50	60	30	9	0	1.27
2692565--2692590	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2693328--2693701	189	2.0	188	92	1	624	37	14	9	38	1.78
2695950--2695982	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2696423--2696490	27	2.4	30	81	13	83	57	1	1	39	1.17
2698326--2698360	9	3.8	9	88	3	52	40	0	0	60	0.97
2700925--2700981	29	1.9	30	86	10	82	59	1	3	35	1.25
2705928--2705958	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
2707440--2707465	1	26.0	1	100	0	52	0	100	0	0	0.00
2715684--2715866	34	5.4	34	87	0	251	26	7	26	39	1.83
2720279--2720463	34	5.5	34	88	0	264	25	7	26	40	1.82
2721361--2721386	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2722058--2722105	22	2.2	21	85	10	62	47	2	0	50	1.12
2722058--2722105	21	2.2	22	85	10	64	47	2	0	50	1.12
2722185--2722220	17	2.1	18	89	5	56	50	27	0	22	1.50
2722440--2722476	18	1.9	18	89	10	56	59	0	0	40	0.97
2722458--2722502	13	3.3	13	85	14	56	64	0	0	35	0.94
2722499--2722548	23	2.2	23	86	10	68	42	4	0	54	1.19
2722537--2722566	10	2.9	10	95	5	51	30	0	0	70	0.88
2723377--2723419	16	2.7	15	85	7	50	69	2	4	23	1.18
2727057--2727101	3	15.0	3	90	0	72	28	0	0	71	0.87
2733612--2733854	34	6.9	34	80	10	281	40	39	0	19	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2733641--2733696	22	2.5	22	97	0	103	39	41	0	19	1.52
2733612--2733861	56	4.2	56	86	11	356	40	39	0	19	1.52
2733697--2733752	22	2.5	22	97	0	103	39	41	0	19	1.52
2733612--2733861	90	2.8	90	84	11	384	40	39	0	19	1.52
2738484--2738682	34	5.9	34	95	0	344	41	37	0	20	1.53
2738557--2738659	25	4.4	23	67	26	74	40	39	0	19	1.52
2741447--2741490	2	22.5	2	88	4	63	54	0	0	45	0.99
2745518--2745568	17	2.9	17	72	13	50	41	1	1	54	1.22
2746474--2746526	28	2.0	28	85	7	74	43	5	1	49	1.37
2749708--2749748	21	2.0	21	85	9	57	56	0	0	43	0.99
2750070--2750114	22	2.0	22	95	0	81	55	24	0	20	1.43
2753542--2753895	179	2.0	179	84	4	464	28	17	9	44	1.79
2753906--2753933	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
2757217--2757271	26	2.0	27	86	6	76	50	1	1	45	1.22
2757227--2757282	26	2.2	25	80	3	67	50	0	0	50	1.00
2758657--2758772	52	2.3	51	86	3	153	32	10	25	31	1.89
2758607--2758852	130	1.9	131	86	3	354	34	11	24	29	1.90
2758705--2758957	78	3.2	77	83	6	312	32	13	26	27	1.93
2758912--2758984	28	2.6	28	91	4	112	26	17	30	26	1.98
2758838--2759061	106	2.1	105	84	6	283	30	14	28	26	1.95
2758942--2759174	79	3.0	77	82	9	294	32	12	27	27	1.92
2758759--2759138	185	2.1	184	88	5	554	32	12	27	27	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2761551--2761651	51	2.0	51	92	0	166	43	14	12	28	1.83
2761551--2761664	51	2.2	51	88	0	165	42	14	13	28	1.84
2762189--2762221	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2763018--2763049	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
2763253--2763292	15	2.7	15	84	0	53	40	0	0	60	0.97
2763379--2763422	23	1.9	23	86	9	63	50	2	0	47	1.13
2764005--2764037	2	16.5	2	93	0	57	48	0	3	48	1.17
2764208--2764377	88	1.9	87	95	1	304	50	11	8	29	1.68
2765113--2765139	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
2765503--2765577	25	3.2	25	63	33	65	37	6	22	33	1.80
2765485--2765577	46	2.0	46	97	0	177	36	6	22	34	1.80
2765581--2765658	26	2.6	30	78	19	83	64	2	1	32	1.15
2765589--2765650	24	2.5	25	77	15	65	66	3	1	29	1.17
2765609--2765659	19	2.6	19	79	11	59	66	1	0	31	1.03
2766143--2766244	34	3.0	34	91	0	168	22	0	36	41	1.54
2766145--2766330	56	2.9	66	75	18	212	23	0	35	41	1.55
2766211--2766352	22	6.4	22	70	12	110	22	0	36	40	1.54
2766136--2766385	90	2.8	90	96	0	446	23	0	35	41	1.55
2766242--2766334	34	2.7	34	91	0	141	23	0	35	40	1.55
2766276--2766385	56	2.0	56	92	0	184	22	0	36	40	1.54
2766330--2766396	34	1.9	34	87	6	98	26	1	31	40	1.65
2771059--2771126	34	2.0	34	91	0	109	25	0	33	41	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2771083--2771141	22	2.5	24	81	13	77	23	0	35	40	1.55
2771101--2771148	22	2.2	22	92	0	78	27	0	37	35	1.57
2771052--2771178	56	2.3	56	94	0	218	25	0	33	40	1.56
2773576--2773615	20	2.1	18	86	9	53	52	5	5	37	1.45
2774567--2774598	2	16.5	2	93	6	57	50	0	0	50	1.00
2775942--2775994	25	2.1	25	86	10	72	52	3	1	41	1.30
2777797--2777829	16	2.0	17	88	5	50	66	3	15	15	1.37
2780101--2780183	25	3.3	25	72	6	78	50	0	3	45	1.19
2780223--2780270	23	2.0	25	84	15	66	47	4	0	47	1.21
2782707--2782781	20	3.8	20	77	10	75	56	1	0	42	1.08
2782712--2782764	9	5.4	10	77	18	58	50	0	0	49	1.00
2782716--2782764	10	4.8	11	80	16	61	51	0	0	48	1.00
2784975--2785007	3	11.0	3	100	0	66	66	0	0	33	0.92
2787206--2787685	239	2.0	235	88	5	707	42	9	3	44	1.56
2790061--2790115	24	2.3	24	87	6	76	58	1	3	36	1.26
2790110--2790161	16	3.4	15	72	12	52	53	0	0	46	1.00
2791950--2791984	16	2.3	16	90	9	56	42	0	0	57	0.99
2792245--2792284	16	2.5	16	83	0	53	60	0	2	37	1.11
2793045--2793084	16	2.6	16	88	4	64	42	0	0	57	0.98
2793142--2793208	28	2.4	28	77	2	73	34	7	4	53	1.49
2793161--2793243	31	2.8	31	79	12	86	39	6	4	49	1.49
2793622--2793647	8	3.2	8	100	0	52	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2793677--2793732	26	2.2	26	81	12	62	53	5	1	39	1.34
2793898--2793989	31	3.0	31	73	20	95	60	0	5	33	1.19
2793893--2794037	59	2.4	58	80	14	152	57	0	6	35	1.29
2794084--2794110	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
2798859--2798892	13	2.6	13	90	0	50	50	5	17	26	1.69
2803015--2803064	18	2.5	22	70	29	58	60	2	0	38	1.09
2803153--2803212	27	2.2	26	82	8	75	50	3	0	46	1.18
2803107--2803299	34	5.7	32	68	21	103	55	1	1	41	1.19
2804565--2804632	14	4.7	14	74	5	55	60	1	0	38	1.06
2804592--2804618	5	5.4	5	100	0	54	77	0	0	22	0.76

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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