genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.49.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8306591--8307226	55	11.3	55	87	8	799	22	20	29	27	1.98
8307036--8307176	28	5.1	27	62	16	65	21	19	31	28	1.97
8308210--8308270	17	3.6	16	73	18	52	0	8	8	83	0.81
8308193--8308268	27	2.9	27	77	14	86	0	11	5	82	0.81
8320708--8320854	52	2.8	52	82	7	147	33	12	25	28	1.93
8320837--8320912	27	2.8	28	89	2	109	21	21	34	23	1.97
8323377--8323402	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
8323356--8323422	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
8323442--8323509	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
8323464--8323488	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8323445--8323507	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
8323565--8323642	21	3.7	21	98	0	147	37	20	10	32	1.86
8323871--8324006	31	4.3	31	70	19	95	54	1	1	42	1.18
8324122--8324182	16	3.8	16	74	8	52	45	22	18	13	1.83
8324134--8324196	32	2.0	32	87	0	90	42	25	17	14	1.87
8325785--8325826	19	2.2	20	95	4	77	76	0	4	19	0.96
8336184--8336373	80	2.4	79	79	6	195	36	12	22	28	1.91
8336300--8336497	79	2.5	78	75	15	192	32	15	25	25	1.95
8338870--8338944	20	3.8	20	96	0	132	46	12	13	28	1.78
8339620--8340082	62	7.5	62	84	3	574	27	19	27	25	1.99
8339622--8340082	124	3.7	125	88	2	653	27	19	27	25	1.99
8340000--8340189	99	1.9	100	84	1	256	31	17	28	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8341144--8341255	1	112.0	1	69	0	71	0	3	10	84	0.78
8341158--8341252	5	20.8	5	78	17	100	1	1	12	85	0.71
8341144--8341255	18	6.1	18	80	14	113	0	3	10	84	0.78
8354142--8354193	20	2.7	20	85	11	72	30	15	17	36	1.91
8354142--8354199	19	3.0	18	80	12	62	27	13	20	37	1.91
8354837--8355163	79	4.1	78	82	8	333	31	15	26	26	1.96
8355042--8355238	107	1.8	106	84	3	270	31	13	27	26	1.94
8355120--8355190	28	2.5	28	84	8	83	30	16	29	22	1.96
8357605--8357673	20	3.5	20	95	0	120	43	14	15	26	1.85
8357605--8357681	20	3.8	20	94	0	118	44	14	15	25	1.84
8374049--8374075	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
8386006--8386069	33	2.0	32	84	3	83	28	15	15	40	1.88
8386118--8386168	20	2.5	20	87	0	66	33	11	23	31	1.91
8388047--8388078	17	1.9	17	93	6	57	18	9	9	62	1.52
8388597--8388661	32	2.0	32	84	3	85	27	12	16	43	1.84
8388839--8388892	19	2.8	20	82	5	74	35	9	16	38	1.81
8388776--8388952	81	2.2	81	97	0	336	35	14	16	34	1.89
8388917--8388963	20	2.3	21	73	23	55	34	12	21	31	1.91
8388937--8389261	162	2.0	162	99	0	641	43	18	15	22	1.87
8389493--8389584	36	2.7	33	80	12	107	34	11	21	31	1.90
8391178--8391235	21	2.7	22	80	15	68	51	1	25	20	1.57
8391827--8391865	21	1.9	20	84	5	51	17	7	12	61	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8398559--8398612	20	2.6	21	82	5	74	31	12	9	46	1.74
8400035--8400222	103	1.8	103	88	5	290	17	16	11	54	1.70
8401441--8401707	133	2.0	133	93	0	453	40	11	10	36	1.77
8402823--8402883	15	3.9	15	77	14	52	80	1	14	3	0.92
8402834--8402886	8	6.5	8	76	10	54	83	0	15	1	0.74
8402838--8402869	11	2.8	11	95	4	55	87	0	12	0	0.54
8402841--8402886	18	2.7	17	83	9	58	84	0	13	2	0.71
8402841--8402886	23	2.0	23	86	4	65	84	0	13	2	0.71
8402834--8402885	26	2.0	26	88	7	79	84	0	13	1	0.70
8402838--8402868	6	5.3	6	92	7	55	87	0	12	0	0.55
8403636--8404058	58	7.3	57	76	8	315	26	10	14	48	1.76
8403724--8403856	57	2.3	57	84	2	158	27	10	11	50	1.71
8403840--8404048	29	7.2	29	72	20	136	25	10	15	48	1.76
8403636--8404057	115	3.7	114	77	8	374	26	10	14	48	1.76
8407344--8407368	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
8411525--8411550	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
8411506--8411570	33	2.0	33	84	6	87	29	16	13	40	1.88
8415896--8415951	20	2.8	19	81	7	67	23	19	14	42	1.88
8415976--8416031	19	2.9	19	89	2	85	37	14	17	30	1.90
8420507--8420548	22	1.9	22	90	0	66	21	33	4	40	1.74
8428646--8428676	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
8428624--8428692	33	2.1	33	89	5	104	37	17	13	31	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8429199--8429262	33	2.0	33	90	3	103	26	12	17	43	1.84
8431003--8431046	3	14.7	3	95	0	79	36	0	31	31	1.58
8443477--8443519	22	2.0	22	90	0	68	65	0	0	34	0.93
8443487--8443520	16	2.1	16	100	0	68	64	0	0	35	0.94
8445052--8445076	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
8445281--8445331	16	3.3	16	74	17	54	66	0	1	31	1.03
8446194--8446218	6	4.2	6	100	0	50	32	36	0	32	1.58
8448547--8448605	26	2.3	26	82	11	68	47	5	1	45	1.34
8448610--8448921	21	16.0	19	65	28	85	50	2	2	44	1.27
8448591--8448912	10	30.2	10	70	20	135	50	2	2	44	1.27
8448677--8448836	13	11.6	14	65	20	52	50	2	3	43	1.31
8448840--8448916	35	2.2	34	88	2	118	54	2	0	42	1.14
8449375--8449436	12	5.0	12	77	12	54	27	0	3	69	1.04
8449361--8449430	11	5.7	13	71	15	60	30	1	1	67	1.08
8450397--8450674	58	4.8	58	76	5	229	27	10	14	48	1.75
8450397--8450475	29	2.7	29	71	21	83	26	10	15	48	1.76
8450363--8450591	116	2.0	117	82	4	284	26	8	13	51	1.69
8450384--8450621	116	2.1	116	80	3	264	26	8	15	49	1.72
8450546--8450621	29	2.7	27	73	18	73	28	10	11	48	1.73
8458072--8458191	60	2.0	60	96	0	222	39	17	6	36	1.76
8458211--8458241	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
8462823--8462858	17	2.1	17	100	0	72	27	27	5	38	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8465561--8465951	51	7.5	52	71	12	246	32	12	25	29	1.93
8465765--8465840	27	2.8	28	82	6	93	25	21	30	23	1.99
8468336--8468403	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
8468358--8468382	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8468339--8468401	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
8469184--8470255	55	19.9	55	89	5	1642	22	20	28	29	1.98
8476515--8476904	51	7.5	52	71	12	226	32	12	25	28	1.93
8476721--8476790	28	2.6	26	86	8	88	24	21	30	24	1.99
8476721--8476793	26	2.7	28	87	8	98	24	20	30	24	1.99
8479235--8479289	20	2.8	20	77	0	65	43	16	14	25	1.86
8479312--8479374	32	2.0	32	90	0	99	38	14	11	36	1.81
8479906--8479935	15	2.0	15	93	0	51	56	13	6	23	1.60
8479968--8480018	16	3.2	16	76	18	52	52	21	9	15	1.71
8481339--8481364	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8481319--8481383	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
8483960--8484036	20	3.6	20	75	16	73	42	15	14	27	1.85
8488785--8488812	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
8492970--8492995	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
8492951--8493015	33	2.0	33	84	6	87	29	16	13	40	1.88
8497338--8497393	20	2.8	19	81	7	67	23	19	14	42	1.88
8497418--8497473	19	2.9	19	89	2	85	37	14	17	30	1.90
8501942--8501983	22	1.9	22	90	0	66	21	33	4	40	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8510078--8510108	13	2.4	13	100	0	62	38	12	16	32	1.86
8510056--8510124	33	2.1	33	89	5	104	37	17	13	31	1.88
8510633--8510696	33	2.0	33	90	3	103	26	12	17	43	1.84
8512437--8512483	3	15.7	3	95	0	85	36	0	31	31	1.58
8516903--8516952	19	2.6	20	81	6	50	42	10	12	36	1.76
8522483--8522522	18	2.2	18	100	0	80	42	22	15	20	1.88
8523884--8523924	21	2.0	21	90	0	64	26	0	0	73	0.84
8523969--8524004	19	1.9	18	88	5	54	55	2	0	41	1.14
8525265--8525302	10	4.0	10	83	10	53	7	0	10	81	0.87
8527294--8527355	26	2.4	25	81	8	61	54	3	12	29	1.53

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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