genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.45.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7608980--7609034	20	2.8	20	83	8	69	40	12	10	36	1.79
7609063--7609116	20	2.7	20	88	5	74	31	12	18	37	1.89
7619896--7619940	23	2.1	21	84	12	56	40	13	6	40	1.71
7619896--7619957	22	2.8	23	77	20	62	37	14	4	43	1.67
7620292--7620336	21	2.4	19	82	17	58	51	6	2	40	1.41
7620675--7620707	16	2.1	16	88	5	50	66	3	0	30	1.06
7621088--7621124	15	2.4	16	86	4	58	56	13	0	29	1.37
7621083--7621124	15	2.7	15	85	3	57	54	11	2	30	1.49
7621837--7621905	12	5.8	12	73	24	58	31	2	1	63	1.18
7623541--7623585	6	7.2	6	87	9	63	55	0	0	44	0.99
7623555--7623589	18	2.1	17	89	10	54	48	0	0	51	1.00
7625037--7625094	15	3.9	15	68	22	50	36	0	1	62	1.06
7626855--7626889	18	1.9	18	88	11	54	40	2	5	51	1.40
7642136--7642643	166	3.1	166	79	9	563	31	10	8	49	1.67
7643262--7643309	11	4.2	11	86	7	69	72	0	25	2	0.95
7643982--7644039	29	2.0	29	100	0	116	65	3	6	24	1.33
7647565--7647685	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
7647565--7647705	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
7647694--7647718	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
7647784--7647808	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
7647762--7647828	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
7648627--7649011	171	2.3	168	89	6	586	36	14	24	24	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7648907--7649039	43	3.1	42	81	9	126	33	17	25	24	1.96
7648935--7649054	43	2.8	43	86	6	156	30	18	25	25	1.98
7649232--7649616	171	2.3	168	90	6	604	37	14	24	24	1.92
7649303--7649456	49	3.0	49	76	6	146	36	16	23	24	1.94
7649512--7649644	43	3.1	42	81	9	126	33	17	25	24	1.96
7648408--7649665	605	2.1	604	95	0	2268	36	14	25	23	1.93
7649540--7649751	43	4.8	43	84	9	268	31	18	25	25	1.98
7649574--7649763	92	2.1	92	95	0	344	31	19	24	24	1.98
7649741--7649814	31	2.4	31	86	4	96	32	12	31	24	1.92
7650849--7650884	16	2.2	16	90	0	54	0	8	5	86	0.72
7652288--7652319	12	2.7	12	100	0	64	15	9	37	37	1.80
7658084--7658204	52	2.3	52	97	0	224	28	18	18	34	1.94
7658084--7658224	52	2.7	51	90	4	212	30	17	18	33	1.94
7658213--7658237	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
7658303--7658327	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
7658281--7658347	33	2.0	33	88	0	98	40	13	11	34	1.81
7660159--7660223	33	2.0	33	84	6	87	27	12	16	43	1.84
7660280--7660325	20	2.3	20	85	7	58	32	15	15	36	1.88
7663580--7663625	7	7.0	7	80	14	53	80	0	15	4	0.86
7663589--7663625	12	3.0	12	88	4	56	78	0	16	5	0.93
7663577--7663616	19	2.1	19	90	0	62	85	0	12	2	0.71
7663663--7663695	17	1.9	17	88	11	50	66	0	21	12	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7665787--7666133	48	7.2	48	78	3	315	19	18	18	43	1.89
7665789--7666132	144	2.4	142	79	5	379	20	18	18	43	1.89
7666191--7667315	44	25.6	43	68	10	436	19	24	16	39	1.91
7666151--7666480	175	1.9	173	81	8	400	19	24	15	40	1.91
7666591--7667046	222	2.1	220	80	3	495	19	25	16	39	1.92
7666145--7667328	88	13.4	89	76	7	741	19	24	16	40	1.91
7668012--7668049	20	2.0	20	89	5	60	39	15	7	36	1.77
7668104--7668133	13	2.3	13	94	0	51	36	16	13	33	1.88
7668179--7668251	20	3.7	19	83	3	74	39	15	15	30	1.87
7668199--7668251	19	2.7	19	88	2	70	41	16	15	26	1.88
7668830--7668881	23	2.3	23	83	3	70	32	13	5	48	1.66
7675210--7675241	12	2.7	12	95	0	55	28	25	0	46	1.53
7676842--7676871	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
7676821--7676885	33	2.0	33	88	11	98	35	15	15	33	1.89
7676917--7676971	19	2.8	20	83	5	76	38	10	16	34	1.84
7677293--7677907	88	7.2	87	76	10	390	19	23	15	41	1.89
7677333--7677907	44	13.4	43	71	15	284	19	22	15	42	1.89
7677511--7677817	164	1.9	164	85	2	429	19	22	16	41	1.90
7677674--7678003	88	3.8	86	79	5	227	20	23	14	40	1.90
7677987--7678027	20	2.0	20	95	0	73	24	46	9	19	1.80
7680269--7680334	20	3.3	20	78	0	69	37	10	7	43	1.68
7681227--7681265	20	2.0	20	84	0	51	25	15	7	51	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7694160--7694206	20	2.3	20	82	7	60	76	14	4	4	1.09
7695501--7696283	58	13.7	57	82	5	782	27	29	17	25	1.97
7695501--7696268	88	8.9	86	83	7	791	27	29	17	25	1.98
7695498--7696283	28	27.5	28	82	6	821	27	29	17	25	1.97
7697969--7698007	20	2.0	20	84	0	51	23	15	7	53	1.67
7699208--7699320	49	2.3	50	90	3	185	27	24	11	36	1.90
7699271--7699305	17	1.9	19	88	11	56	25	17	5	51	1.67
7699587--7699665	20	4.0	19	85	6	104	37	16	11	34	1.85
7699646--7699672	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
7699627--7699691	32	2.0	32	90	3	103	40	15	15	29	1.88
7705767--7706030	144	1.8	144	91	1	440	25	15	13	44	1.84
7707853--7707993	20	7.0	19	71	13	104	34	17	15	33	1.91
7707853--7707905	19	2.7	20	91	2	90	37	15	11	35	1.83
7707976--7708000	13	1.9	13	100	0	50	40	16	16	28	1.89
7712709--7712773	22	3.0	23	80	8	73	15	9	12	63	1.52
7712689--7712800	53	2.1	53	89	0	170	12	10	13	63	1.53
7721859--7721897	2	20.0	2	94	5	71	48	0	0	51	1.00
7723020--7723082	29	2.2	29	85	2	83	33	7	11	47	1.68
7723017--7723067	15	3.5	15	78	7	61	39	5	7	47	1.57
7723033--7723127	43	2.2	43	78	0	109	34	9	13	42	1.77
7723033--7723139	43	2.5	43	78	0	106	33	8	14	43	1.75
7725872--7725906	3	11.7	3	100	0	70	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7726699--7726769	16	4.5	16	73	16	58	30	0	2	66	1.06
7726733--7726784	16	3.4	15	79	10	61	40	0	1	57	1.10
7729011--7729050	21	2.0	21	90	5	64	60	0	0	40	0.97
7730602--7730638	2	18.5	2	94	0	65	48	2	0	48	1.15
7730853--7730882	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7731870--7731916	2	24.0	2	86	4	69	55	0	0	44	0.99
7732136--7732166	2	15.5	2	100	0	62	0	48	0	51	1.00
7732648--7732688	3	13.7	3	100	0	82	0	34	0	65	0.93
7733594--7733627	1	34.0	1	93	0	59	0	97	0	2	0.19
7737175--7737218	21	2.1	21	95	0	79	47	4	11	36	1.60
7741217--7741333	51	2.3	51	92	0	189	42	13	16	27	1.85
7741299--7741350	20	2.6	20	84	0	68	38	13	13	34	1.84
7742207--7742549	145	2.4	145	85	6	441	23	16	29	30	1.96
7742210--7742568	28	12.5	28	81	8	373	23	16	29	30	1.96
7742579--7742616	13	2.8	14	84	8	51	36	13	13	36	1.83
7743806--7743867	15	3.9	15	83	8	70	1	1	11	85	0.74
7743806--7743869	8	7.9	8	78	13	69	1	1	12	84	0.77
7757798--7757873	20	3.8	20	87	3	100	44	11	11	31	1.77
7757820--7757956	71	1.9	71	85	2	186	43	10	13	31	1.79
7757889--7757942	20	2.7	20	76	0	54	38	7	16	37	1.77
7765466--7765515	26	1.9	26	88	8	75	28	4	6	62	1.37
7765876--7765930	29	1.9	28	85	10	76	41	0	1	56	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7773672--7773726	23	2.3	25	75	12	62	21	1	12	63	1.38
7779274--7779558	34	8.4	34	92	0	453	41	34	0	23	1.55
7784266--7784550	34	8.4	34	93	0	462	41	35	0	23	1.55
7785897--7785935	18	2.2	17	82	13	51	38	2	2	56	1.27
7795568--7795603	2	18.0	2	88	0	54	50	0	5	44	1.25
7800945--7801021	5	15.6	5	71	12	52	40	1	0	58	1.06
7800945--7801012	14	4.7	14	80	5	64	38	1	0	60	1.06
7800973--7801033	14	4.1	15	79	10	63	44	0	0	55	0.99
7800982--7801085	16	6.9	16	73	15	80	42	1	0	54	1.17
7801227--7801260	17	1.9	17	88	5	50	17	0	2	79	0.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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