genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.52.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   

This is table  52  of  56  ( 6609 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8907609--8907796	97	1.9	97	80	5	220	30	18	10	40	1.85
8908554--8908672	53	2.2	53	95	0	211	36	17	17	27	1.93
8908747--8908785	13	3.0	13	84	0	60	30	12	17	38	1.88
8909255--8909321	36	1.9	35	88	11	102	32	10	25	31	1.89
8911838--8911903	34	1.9	33	82	11	80	54	1	1	42	1.18
8915095--8915154	10	5.8	10	71	21	52	36	0	1	61	1.06
8915093--8915161	21	3.3	21	82	8	95	39	0	1	59	1.06
8915095--8915161	11	6.4	11	71	20	54	37	0	1	61	1.05
8915311--8915341	16	1.9	16	93	0	53	38	6	3	51	1.44
8918338--8918376	3	13.0	3	94	0	69	35	0	30	33	1.58
8919521--8919573	25	2.1	25	92	0	88	28	20	16	33	1.95
8919840--8919907	20	3.8	19	71	26	67	27	10	13	48	1.74
8919858--8919883	13	2.0	13	100	0	52	30	7	15	46	1.74
8919840--8919903	33	1.9	33	93	0	110	28	9	14	48	1.74
8922149--8922423	131	2.1	131	85	2	374	28	25	12	33	1.92
8934825--8934890	1	66.0	1	75	0	51	86	10	3	0	0.68
8934826--8934888	8	7.9	8	77	13	67	85	11	3	0	0.70
8934825--8934905	10	8.1	10	75	16	53	83	8	7	0	0.80
8935874--8936199	62	5.4	61	85	6	400	25	27	20	26	1.99
8935954--8936055	34	3.2	34	63	21	92	22	26	17	33	1.96
8936056--8936352	161	1.8	160	86	5	429	25	27	19	28	1.98
8935994--8936420	222	1.9	224	87	3	630	24	27	19	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8936216--8936806	62	9.6	62	82	6	662	24	25	18	31	1.98
8936217--8936805	186	3.2	184	87	4	803	24	25	18	31	1.98
8936771--8937084	41	7.5	44	73	11	164	22	24	12	40	1.89
8936775--8937029	41	6.1	41	76	11	209	20	24	12	42	1.87
8936797--8936993	43	4.6	42	76	10	141	21	24	10	43	1.84
8937693--8937722	13	2.3	13	94	0	51	30	13	13	43	1.82
8937655--8937711	20	2.8	20	94	0	96	26	10	14	49	1.75
8941983--8942058	20	3.8	19	77	6	80	42	11	11	34	1.78
8941980--8942058	40	2.0	39	87	2	113	41	12	11	34	1.79
8942617--8944869	28	78.2	29	82	8	1664	22	16	32	27	1.96
8942618--8944476	89	21.2	87	81	9	1357	22	17	32	28	1.96
8942789--8944869	82	24.2	83	80	8	1040	22	17	32	27	1.96
8942705--8944869	55	37.7	56	80	8	1159	22	16	32	27	1.96
8946184--8946237	14	4.3	13	71	23	53	5	14	12	66	1.41
8953215--8953289	20	3.8	19	78	7	87	41	12	13	33	1.81
8953212--8953289	40	2.0	39	89	2	120	41	12	12	33	1.82
8954833--8954948	51	2.2	52	83	1	135	31	25	11	31	1.91
8954755--8955089	131	2.6	130	87	1	465	30	23	10	35	1.89
8957633--8958494	431	2.0	431	97	0	1627	27	16	18	37	1.92
8961873--8962123	112	2.2	109	81	8	308	40	14	12	32	1.84
8964225--8964530	131	2.3	131	78	5	276	22	11	19	46	1.81
8965932--8965992	31	2.0	31	96	0	113	34	6	14	44	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8967660--8967692	7	4.4	8	85	14	52	0	87	0	12	0.53
8967660--8967692	15	2.2	15	94	0	57	0	87	0	12	0.53
8981776--8981828	24	2.2	25	89	3	81	28	11	30	30	1.91
8981776--8981814	12	3.1	14	72	27	50	30	12	30	25	1.93
8987480--8987569	30	3.0	30	86	0	135	33	12	20	34	1.89
8987943--8987987	22	2.0	23	86	4	65	42	11	13	33	1.79
8988407--8988443	10	3.6	10	85	7	56	37	27	24	10	1.88
8990240--8990327	30	2.9	30	89	0	140	27	14	25	32	1.95
8996670--8996716	23	2.1	22	84	11	60	51	8	6	34	1.58
9002414--9002800	214	1.8	215	91	1	643	36	19	13	30	1.91
9003361--9003433	2	38.0	2	85	13	91	52	1	1	45	1.18
9003349--9003411	31	2.0	31	100	0	126	55	3	3	38	1.32
9012199--9012232	16	2.1	16	100	0	68	38	26	5	29	1.80
9014905--9015116	79	2.7	79	80	7	216	39	13	20	26	1.89
9016880--9016936	20	2.8	20	89	0	87	33	15	7	43	1.74
9023983--9024052	23	3.0	23	72	21	58	70	7	12	10	1.34
9027242--9027591	166	2.1	166	81	6	399	34	12	11	42	1.78
9030284--9030317	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
9031790--9031842	20	2.7	20	83	11	65	81	5	3	9	0.98
9031812--9031836	9	2.8	9	100	0	50	80	8	0	12	0.92
9031790--9031845	18	3.0	17	78	19	58	82	5	3	8	0.94
9031852--9031903	18	3.1	17	83	8	61	73	0	11	15	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9031867--9031903	17	2.2	18	90	9	60	78	0	8	13	0.96
9038171--9038738	49	11.7	49	78	7	444	32	15	26	25	1.96
9038171--9038738	101	5.8	100	77	7	460	32	15	26	25	1.96
9038211--9038696	150	3.3	150	80	6	402	32	15	26	25	1.95
9038372--9038738	193	1.9	187	86	3	509	31	14	26	26	1.95
9038409--9038738	144	2.3	141	89	2	509	31	15	26	26	1.95
9038795--9039185	27	14.1	27	80	7	351	20	17	27	34	1.95
9038804--9039185	83	4.6	83	89	3	504	20	17	27	33	1.96
9038786--9039185	110	3.6	109	83	7	389	20	17	27	34	1.95
9038803--9039191	28	14.0	28	80	6	328	21	17	27	33	1.96
9039548--9039628	37	2.2	37	97	0	153	45	14	13	25	1.82
9040654--9040782	1	129.0	1	68	0	78	3	0	11	84	0.78
9040650--9040780	13	9.9	13	78	16	94	3	0	12	83	0.79
9040654--9040783	30	4.3	28	77	16	118	3	0	12	83	0.79
9040676--9040782	32	3.2	33	84	13	125	0	0	14	85	0.66
9040647--9040783	44	3.2	41	83	14	154	2	0	13	83	0.81
9040676--9040782	18	5.8	19	84	6	132	0	0	14	85	0.66
9046828--9046852	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
9046808--9046874	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
9060848--9060892	1	45.0	1	81	0	54	91	8	0	0	0.43
9060851--9060892	9	4.9	9	82	11	61	90	9	0	0	0.45
9060848--9060889	16	2.8	16	92	7	70	90	9	0	0	0.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9062268--9062460	61	3.2	60	85	6	241	30	27	16	25	1.97
9062268--9062460	30	6.5	30	88	4	214	30	27	16	25	1.97
9062480--9063000	52	11.0	43	81	10	376	23	26	19	31	1.98
9062664--9063012	52	7.1	51	88	6	437	22	25	18	33	1.97
9062768--9062835	22	3.1	22	60	19	52	20	29	20	29	1.98
9062482--9063000	190	2.8	192	89	5	769	23	26	19	31	1.98
9063847--9063871	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
9063827--9063891	33	2.0	33	87	0	94	30	12	16	40	1.86
9063934--9063958	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
9063967--9064095	52	2.5	52	93	0	213	35	19	15	29	1.93
9071555--9071634	20	3.8	20	75	15	79	26	15	15	43	1.85
9071620--9071658	13	3.0	13	96	0	69	30	17	15	35	1.91
9074188--9074213	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
9085312--9085339	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
9085294--9085356	33	1.9	33	87	6	92	39	12	15	31	1.85
9087230--9088232	155	6.5	153	79	6	862	23	17	19	38	1.93
9087230--9087870	311	2.1	311	84	5	832	24	17	19	38	1.92
9088336--9088521	93	2.0	95	91	2	304	20	25	31	22	1.98
9091508--9091632	52	2.4	52	94	0	214	27	18	18	36	1.94
9091508--9091652	52	2.8	52	85	4	202	28	17	18	35	1.94
9091641--9091665	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
9091731--9091755	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9091710--9091775	32	2.0	33	88	2	98	39	13	12	34	1.82
9092291--9092417	67	1.9	68	85	1	175	37	13	25	23	1.91
9092474--9093530	49	23.1	43	66	21	328	32	16	25	25	1.96
9092364--9092714	98	3.6	98	81	9	419	32	17	25	25	1.96
9092255--9093436	363	3.3	362	94	2	2036	32	16	25	25	1.96
9092793--9093081	49	6.0	49	84	6	376	29	17	26	25	1.98
9092727--9093081	98	3.6	98	80	9	400	30	17	26	25	1.97
9093143--9093525	49	8.0	49	82	9	450	32	16	24	25	1.96
9093146--9093530	92	4.1	93	89	6	560	32	16	25	25	1.96
9093518--9093660	32	4.5	32	86	5	202	16	16	37	30	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56