genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.42.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7123480--7123559	40	2.0	40	97	0	151	43	10	20	26	1.82
7123534--7123637	55	1.9	55	89	0	163	44	11	21	23	1.84
7123702--7123765	30	2.2	31	80	11	80	23	1	0	75	0.90
7124294--7125012	42	17.1	41	71	8	356	35	18	27	18	1.94
7124657--7125012	169	2.1	168	82	5	425	35	17	26	19	1.94
7124643--7124989	84	4.1	84	81	4	394	35	19	26	18	1.95
7126383--7126437	18	2.9	18	84	10	74	7	9	0	83	0.81
7126391--7126439	20	2.5	20	79	0	62	8	8	0	83	0.81
7139970--7140113	72	2.0	72	98	0	279	37	13	20	28	1.91
7140258--7140345	30	3.0	29	74	22	85	25	1	0	73	0.90
7140285--7140328	19	2.3	19	88	7	63	25	2	0	72	0.96
7140826--7140885	30	2.0	30	96	0	111	35	20	15	30	1.93
7143699--7143760	24	2.6	23	77	10	61	56	6	8	29	1.53
7143701--7143762	23	2.6	24	79	5	63	56	6	8	29	1.53
7144423--7144461	17	2.3	17	95	0	69	61	7	0	30	1.24
7147068--7147110	21	2.0	21	82	8	52	41	9	6	41	1.64
7151212--7151244	17	1.9	17	93	0	57	54	24	6	15	1.63
7158618--7158744	52	2.4	52	92	0	209	29	17	18	35	1.93
7158618--7158764	52	2.8	52	87	2	170	31	16	17	34	1.92
7158818--7158883	32	2.0	33	91	2	107	36	18	12	33	1.88
7159078--7159117	19	2.1	19	95	0	71	32	35	10	22	1.87
7159846--7160264	43	9.2	43	77	12	415	30	17	26	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7159846--7160312	92	5.1	92	92	0	754	30	17	26	25	1.97
7159846--7160312	185	2.5	184	91	1	754	30	17	26	25	1.97
7160346--7161166	34	25.8	33	70	18	361	31	14	33	19	1.92
7160327--7160668	31	10.4	32	79	14	267	31	13	34	19	1.91
7160347--7161165	122	6.4	128	76	15	524	31	14	33	19	1.92
7160830--7161074	61	4.0	61	92	0	400	30	14	35	19	1.91
7160865--7161040	27	6.0	27	73	19	138	28	14	36	20	1.92
7160926--7161131	95	2.2	89	85	9	245	30	14	34	20	1.92
7161041--7161196	63	2.5	63	82	5	172	33	13	30	21	1.92
7160947--7161198	95	2.7	95	83	6	228	33	13	32	20	1.92
7162171--7162231	30	2.0	32	84	12	83	0	11	8	80	0.91
7162177--7162239	24	2.6	24	80	9	74	0	7	7	84	0.79
7162480--7162520	15	2.4	18	80	11	52	2	2	12	82	0.86
7169422--7169546	52	2.4	52	97	0	232	28	18	18	35	1.94
7169422--7169566	52	2.8	51	90	4	220	29	17	18	33	1.95
7169555--7169614	13	5.0	13	70	25	60	35	13	16	35	1.88
7171623--7171676	22	2.5	21	77	11	56	66	0	0	33	0.92
7172055--7172091	19	1.9	19	89	10	58	59	0	0	40	0.97
7173382--7173530	6	24.2	6	71	11	88	2	20	1	75	1.00
7173385--7173477	11	8.9	10	74	13	80	1	18	1	79	0.85
7173388--7173477	41	2.3	39	84	5	110	1	18	1	78	0.87
7173385--7173466	17	5.2	16	76	8	71	1	17	1	80	0.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7173384--7173490	22	5.1	20	72	18	74	1	20	0	76	0.93
7173382--7173541	11	14.9	11	71	22	60	3	21	1	74	1.03
7177764--7177857	46	2.0	46	89	0	143	36	5	27	30	1.79
7179542--7179570	12	2.3	13	94	5	51	65	17	3	13	1.40
7179981--7180023	20	2.0	22	86	13	63	9	11	4	74	1.20
7181658--7181717	31	2.0	31	87	9	88	35	20	11	33	1.88
7181689--7181738	19	2.5	20	83	3	66	36	20	8	36	1.82
7181790--7181814	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
7187927--7187963	13	2.8	13	91	0	65	35	16	16	32	1.91
7188074--7188126	20	2.6	19	75	21	54	39	22	0	37	1.54
7189756--7189784	14	2.0	15	93	6	51	41	0	31	27	1.56
7190419--7190443	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
7190398--7190462	33	2.0	32	87	3	94	30	16	15	36	1.90
7190432--7190484	19	2.7	20	85	2	81	30	20	15	33	1.93
7190529--7190558	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
7190513--7190579	33	2.0	33	88	5	100	37	13	14	34	1.86
7192737--7192803	23	2.9	24	82	14	79	64	1	4	29	1.22
7192881--7192924	23	1.9	23	85	0	61	65	11	4	18	1.40
7193185--7193272	46	1.9	46	100	0	176	43	9	6	40	1.63
7194526--7194700	79	2.2	80	83	5	221	32	12	25	30	1.92
7194635--7194752	51	2.3	51	84	5	150	31	12	24	31	1.93
7194572--7194831	130	2.0	129	85	5	346	32	11	25	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7197179--7197281	50	2.1	50	92	0	170	40	16	16	26	1.89
7197179--7197310	50	2.6	50	87	0	165	43	15	14	27	1.85
7197729--7197768	3	13.3	3	83	0	53	62	5	2	30	1.29
7198904--7198961	13	4.9	13	72	20	56	32	15	13	37	1.87
7198904--7198981	33	2.4	33	93	0	129	32	17	12	37	1.88
7199010--7199065	19	2.9	19	81	2	67	41	16	14	28	1.87
7200547--7200583	12	3.1	12	92	0	56	45	0	43	10	1.39
7201584--7201623	13	3.1	13	88	0	62	40	15	12	32	1.84
7207770--7207854	13	7.6	12	66	24	60	30	20	12	36	1.90
7207763--7207879	33	3.6	33	93	4	195	29	19	11	38	1.88
7207784--7207850	20	3.7	20	68	25	67	29	20	11	37	1.89
7209588--7209623	2	18.0	2	88	0	54	47	2	2	47	1.31
7211214--7211251	13	2.9	13	88	0	58	31	13	18	36	1.89
7211701--7211793	36	2.8	34	83	9	120	31	12	25	30	1.93
7211701--7211798	32	3.0	31	84	14	119	31	12	26	29	1.92
7213576--7213677	33	3.1	33	94	0	168	35	16	15	32	1.91
7213598--7213660	13	5.3	13	75	21	75	34	15	17	31	1.92
7213578--7213617	20	2.0	20	90	0	62	35	12	12	40	1.81
7213611--7213677	20	3.7	20	74	25	85	34	17	17	29	1.94
7213707--7213733	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
7216096--7216131	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
7218042--7218103	24	2.6	25	75	14	69	41	4	0	53	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7218048--7218122	17	4.5	17	71	22	61	40	5	0	54	1.23
7218540--7218614	38	1.9	39	84	15	102	49	1	1	48	1.18
7219521--7219599	37	2.1	37	81	9	90	59	0	2	37	1.11
7221379--7221414	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
7223495--7223525	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
7223818--7223908	16	6.0	16	75	14	86	37	0	2	60	1.09
7223827--7223908	30	2.8	30	76	12	89	39	0	2	58	1.11
7223822--7223912	45	2.0	44	85	12	123	35	0	3	61	1.12
7224851--7224905	16	3.5	16	82	2	58	30	3	5	60	1.37
7224855--7224911	16	3.5	15	75	13	51	29	1	7	61	1.32
7225727--7225821	11	8.5	11	73	19	63	28	4	2	65	1.23
7225818--7225843	12	2.2	12	100	0	52	26	15	0	57	1.38
7225881--7225913	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
7230004--7230108	55	1.9	55	84	0	138	20	14	21	43	1.87
7233696--7233742	20	2.4	20	86	10	62	38	6	23	31	1.80
7235212--7235256	22	2.0	22	91	0	72	55	0	26	17	1.42
7236731--7236769	20	1.9	21	94	5	71	35	10	10	43	1.73
7236824--7236849	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7236804--7236867	32	2.0	33	87	3	94	28	15	14	42	1.86
7236888--7236963	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
7236909--7236981	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
7236888--7236981	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7239439--7239477	13	3.0	13	100	0	78	38	15	15	30	1.88
7239463--7239541	20	3.7	20	75	18	70	45	15	13	25	1.83
7241557--7241587	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
7245648--7245673	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
7245628--7245691	32	2.0	33	87	3	94	28	15	14	42	1.86
7245712--7245787	21	3.7	21	80	3	100	28	17	11	42	1.84
7245733--7245805	20	3.6	20	81	3	101	31	19	13	35	1.91
7245712--7245805	41	2.3	41	98	0	179	29	18	12	39	1.88
7246833--7247671	420	2.0	420	94	0	1453	31	18	15	35	1.91
7248623--7248649	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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