genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.50.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8529155--8529204	19	2.5	20	77	3	57	32	16	12	40	1.84
8529257--8529355	52	1.9	52	89	4	155	33	15	18	33	1.92
8529770--8529835	35	1.9	34	93	3	114	34	10	21	33	1.88
8531417--8531472	21	2.6	21	82	2	67	60	1	17	19	1.45
8532179--8532316	73	1.9	73	96	0	258	39	14	18	28	1.90
8532548--8532588	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
8532628--8532698	20	3.6	19	77	7	70	40	16	12	29	1.86
8532668--8532804	53	2.6	53	95	1	238	37	18	16	27	1.92
8532828--8532858	10	3.1	10	90	0	53	22	29	6	41	1.78
8532892--8532930	13	3.0	13	88	0	60	33	15	15	35	1.89
8537107--8537147	20	2.0	20	100	0	82	24	14	12	48	1.78
8538006--8538046	21	2.0	21	85	9	57	39	12	9	39	1.76
8538126--8538262	53	2.6	53	92	3	222	37	16	16	28	1.91
8538350--8538388	13	3.0	13	92	0	69	30	15	17	35	1.91
8541685--8541709	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8541779--8541804	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
8548887--8548918	15	2.1	15	94	0	55	28	28	0	43	1.55
8552937--8553155	79	2.8	78	82	5	255	35	14	23	26	1.94
8553100--8553207	51	2.1	51	83	6	130	32	15	25	25	1.96
8553139--8553286	79	1.9	79	87	2	217	30	15	27	27	1.96
8553009--8553415	130	3.1	130	82	4	428	34	14	24	27	1.93
8553220--8553337	51	2.3	51	92	2	193	32	11	24	31	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8553271--8553494	78	2.8	79	85	5	319	32	14	25	27	1.95
8555785--8555858	20	3.7	19	83	7	94	41	10	16	31	1.82
8555874--8555903	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
8556728--8556806	33	2.5	33	85	6	101	32	24	1	41	1.63
8559081--8559105	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8559062--8559123	32	1.9	33	90	3	99	29	16	14	40	1.88
8559171--8559273	52	2.0	52	90	3	163	34	15	16	33	1.90
8559688--8559753	35	1.9	34	90	3	105	33	13	21	31	1.92
8561015--8561096	40	2.0	40	95	0	146	37	15	8	37	1.79
8561521--8561741	112	2.0	112	92	0	370	47	10	7	34	1.65
8561998--8562033	2	18.0	2	88	0	54	50	0	5	44	1.25
8565553--8565608	28	2.0	28	96	0	103	48	17	7	26	1.73
8568403--8568432	16	1.9	15	93	6	51	73	0	3	23	0.98
8570244--8570299	22	2.5	22	94	0	94	37	37	3	21	1.71
8571156--8571221	33	2.0	33	93	0	114	43	18	18	19	1.88
8572217--8572254	13	2.9	13	92	0	58	31	15	15	36	1.90
8573829--8573871	3	14.3	3	100	0	86	34	0	32	32	1.58
8577295--8577375	32	2.5	32	91	0	126	30	12	20	35	1.90
8577328--8577352	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
8577426--8577450	13	1.9	13	100	0	50	36	16	8	40	1.77
8589458--8589497	21	2.0	21	95	5	73	52	5	5	37	1.45
8589593--8589647	19	2.8	19	91	2	83	29	12	12	45	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8589594--8589665	20	3.7	20	85	7	85	30	12	15	41	1.84
8594592--8594839	80	3.1	78	78	6	259	35	13	23	27	1.92
8594782--8594942	51	3.2	51	83	2	182	36	11	23	28	1.89
8597223--8597337	20	5.8	19	86	8	158	42	13	16	26	1.86
8597223--8597337	40	2.9	39	94	2	194	42	13	16	26	1.86
8597223--8597337	60	1.9	60	91	3	187	42	13	16	26	1.86
8601160--8601185	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8603318--8603384	32	2.1	32	100	0	134	11	17	35	34	1.87
8603775--8603800	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
8607636--8607687	21	2.5	20	78	9	59	23	9	3	63	1.41
8613500--8613547	25	2.0	24	83	4	60	43	2	2	52	1.24
8614618--8614674	20	3.0	20	79	5	73	33	14	17	35	1.90
8614703--8614756	20	2.7	20	85	5	74	33	11	18	37	1.86
8616330--8616365	3	12.0	3	87	0	54	38	0	30	30	1.58
8621053--8621092	21	2.0	21	90	5	64	32	20	0	47	1.50
8623444--8623470	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
8623520--8623573	20	2.7	20	85	5	74	33	9	20	37	1.84
8625227--8625278	6	8.7	6	75	8	52	26	1	0	71	0.97
8625191--8625278	24	3.5	25	68	13	63	27	2	2	68	1.14
8625227--8625275	11	4.2	11	80	12	53	24	2	0	73	0.94
8627017--8627386	153	2.4	151	76	7	372	26	12	21	39	1.89
8628901--8628937	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8629660--8629818	74	2.1	74	81	4	187	56	6	6	30	1.50
8631703--8631741	18	2.2	18	100	0	78	30	33	0	35	1.58
8633702--8633938	12	21.2	12	67	23	92	48	2	2	47	1.25
8633727--8633763	15	2.7	14	84	16	51	43	2	5	48	1.40
8633746--8633841	34	2.8	32	79	16	97	45	1	3	50	1.24
8633704--8633885	22	8.1	22	70	17	110	48	2	2	46	1.28
8633704--8633938	74	3.1	75	78	11	210	48	2	2	47	1.25
8633825--8633945	19	6.5	19	72	22	105	50	1	0	47	1.16
8641048--8641080	15	2.1	17	88	11	52	48	0	6	45	1.27
8641310--8641348	2	20.0	2	94	5	71	51	0	0	48	1.00
8641736--8641762	2	13.5	2	100	0	54	0	51	0	48	1.00
8643678--8643738	16	3.8	16	82	0	68	16	13	27	42	1.85
8643698--8643768	16	4.4	16	74	16	58	18	14	23	43	1.86
8643912--8643959	14	3.3	14	77	8	51	31	0	4	64	1.12
8644142--8645205	527	2.0	532	86	2	1471	34	14	9	41	1.79
8645598--8645642	16	2.8	17	83	10	67	26	0	4	68	1.08
8646032--8646065	15	2.3	15	90	10	52	41	0	0	58	0.98
8646556--8646599	22	2.0	22	90	0	70	40	9	2	47	1.48
8646815--8646859	16	2.8	16	86	0	54	15	8	15	60	1.59
8647846--8647915	31	2.2	32	94	2	124	32	12	18	35	1.89
8647846--8647907	19	3.7	18	72	28	64	33	12	17	35	1.88
8653738--8653763	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8656309--8656347	13	3.0	13	96	0	69	35	15	17	30	1.91
8660252--8660296	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
8662501--8662526	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8663203--8663512	158	2.0	158	97	0	584	40	14	21	23	1.91
8669821--8669847	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
8669848--8669978	63	2.1	62	95	1	235	30	22	19	28	1.98
8669949--8670044	19	5.7	19	69	26	90	34	17	18	29	1.94
8669968--8670021	13	3.7	13	74	25	54	35	16	18	29	1.93
8669948--8670042	32	3.0	32	96	0	172	34	17	17	29	1.94
8675202--8675255	20	2.7	20	83	11	67	38	18	11	31	1.86
8676330--8676387	20	3.0	20	82	2	64	29	8	13	48	1.73
8676405--8676429	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8676438--8676566	52	2.5	52	92	0	213	33	17	18	31	1.94
8687201--8687225	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8687181--8687245	33	2.0	32	88	11	96	33	18	13	33	1.90
8687275--8687328	19	2.8	20	88	5	83	37	16	16	29	1.91
8687841--8687878	20	1.9	20	88	0	58	31	28	7	31	1.86
8688614--8689003	204	1.9	201	93	1	663	33	15	19	31	1.93
8696516--8696569	19	2.8	20	82	2	65	38	20	12	27	1.89
8703620--8703672	19	2.7	20	79	2	63	39	20	11	28	1.87
8709246--8709312	34	2.0	34	97	2	127	29	11	5	52	1.62
8727536--8727567	2	16.0	2	100	0	64	50	0	50	0	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8732062--8732117	22	2.4	24	82	5	71	64	0	0	35	0.94
8734464--8734503	16	2.5	16	83	0	62	27	7	15	50	1.70
8737831--8737878	21	2.2	24	82	14	59	52	0	4	43	1.20
8743790--8743882	42	2.2	42	92	0	150	40	3	11	44	1.57
8745140--8745169	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8745375--8745418	21	2.0	22	83	12	56	38	0	2	59	1.10
8747015--8747069	17	3.4	17	75	25	64	58	1	0	40	1.09
8750367--8750464	49	2.0	49	83	0	124	41	9	9	39	1.69
8750679--8750745	35	1.9	35	87	0	98	38	8	10	41	1.71
8752301--8752348	18	2.6	19	90	9	73	72	2	0	25	0.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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