genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8752302--8752345	22	1.9	24	90	9	74	72	2	0	25	0.96
8752308--8752348	14	3.1	14	86	13	61	73	0	0	26	0.84
8752307--8752357	22	2.3	22	86	6	68	70	0	3	25	1.04
8753300--8753346	24	2.0	23	84	15	62	38	0	0	61	0.96
8753760--8753835	29	2.5	29	80	16	75	51	6	10	31	1.62
8755658--8755695	11	3.7	10	86	13	51	47	0	0	52	1.00
8756083--8756115	2	16.5	2	100	0	66	0	51	0	48	1.00
8756684--8756723	2	20.5	2	94	5	73	0	50	0	50	1.00
8756981--8757095	13	8.6	14	69	27	65	40	1	0	57	1.15
8757053--8757136	5	18.2	5	69	22	51	35	0	0	64	0.94
8757053--8757097	11	3.9	12	83	16	60	33	0	0	66	0.92
8757019--8757138	61	2.0	59	79	15	129	36	0	0	62	1.01
8757046--8757092	19	2.6	18	77	9	51	34	0	2	63	1.06
8757055--8757097	22	1.9	23	90	4	70	32	0	0	67	0.91
8757057--8757138	27	2.7	31	82	17	102	34	0	0	65	0.93
8757446--8757484	19	2.0	20	90	5	62	48	0	0	51	1.00
8762161--8762190	1	30.0	1	100	0	60	0	0	100	0	0.00
8764092--8764157	16	4.0	16	78	9	62	42	3	3	51	1.32
8771897--8771983	8	10.5	8	72	18	63	78	4	0	17	0.92
8771928--8771989	13	4.7	13	76	9	54	80	4	0	14	0.87
8771924--8771989	22	3.4	19	76	18	64	81	4	0	13	0.83
8771914--8771983	17	4.4	17	74	18	69	78	5	0	15	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8786809--8787551	42	17.7	42	76	7	569	17	27	19	35	1.94
8786809--8787559	84	9.0	83	81	3	688	17	27	19	35	1.94
8786809--8787559	126	6.0	127	77	5	629	17	27	19	35	1.94
8788119--8788207	24	3.4	27	79	13	96	75	6	0	17	1.02
8788141--8788181	20	2.0	20	90	4	64	70	12	0	17	1.16
8788119--8788193	9	8.3	9	80	12	75	74	8	0	17	1.04
8788119--8788207	8	10.2	8	77	15	70	75	6	0	17	1.02
8788507--8788540	14	2.4	14	90	0	50	82	2	14	0	0.79
8789780--8789804	10	2.5	10	100	0	50	84	16	0	0	0.63
8792716--8792769	20	2.7	20	88	11	76	35	18	14	31	1.91
8793433--8793491	31	1.9	31	89	3	93	35	20	10	33	1.86
8793923--8793947	3	8.3	3	100	0	50	32	0	68	0	0.90
8795207--8795253	21	2.3	20	82	10	51	46	0	19	34	1.50
8795365--8795403	13	3.0	13	92	0	69	38	12	15	33	1.85
8799910--8799943	3	11.3	3	87	0	50	29	32	0	38	1.58
8801535--8801588	20	2.7	20	100	0	108	33	18	18	29	1.95
8801617--8801671	19	2.8	20	77	5	67	34	14	18	32	1.91
8801657--8801683	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
8802795--8802833	19	2.1	18	95	4	69	35	0	0	64	0.94
8802799--8802846	19	2.5	19	83	13	62	39	0	0	60	0.97
8802769--8802876	28	4.0	28	74	10	82	46	0	0	52	1.06
8802842--8802895	17	3.2	16	82	14	65	51	1	0	46	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8803108--8803137	6	5.2	6	92	8	53	50	33	0	16	1.46
8803108--8803137	11	2.6	12	94	5	53	50	33	0	16	1.46
8806229--8806271	8	5.1	8	83	8	50	18	0	2	79	0.85
8806229--8806271	16	2.6	16	85	3	59	18	0	2	79	0.85
8806758--8806803	2	23.0	2	90	0	74	52	2	0	45	1.13
8806886--8806929	23	1.9	23	90	0	70	65	0	0	34	0.93
8809061--8809319	80	3.3	79	81	6	310	33	9	29	27	1.88
8811675--8811725	20	2.5	20	87	6	68	35	11	19	33	1.88
8812130--8812171	2	21.5	2	95	4	77	47	0	0	52	1.00
8814302--8814347	22	2.1	22	83	0	56	19	15	39	26	1.91
8816878--8816950	20	3.7	20	81	5	85	41	12	13	32	1.82
8819941--8820022	33	2.5	33	77	0	92	31	20	9	37	1.85
8821869--8821928	29	2.1	29	96	0	111	25	25	3	46	1.68
8823417--8823441	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8823426--8823465	19	2.1	19	90	0	62	27	22	12	37	1.90
8824970--8825000	3	10.3	3	92	0	53	38	0	32	29	1.57
8824999--8825079	44	1.9	40	100	0	126	35	9	29	24	1.88
8826055--8826248	97	2.0	97	87	4	284	29	23	9	37	1.87
8826060--8826284	97	2.3	97	84	6	260	29	26	9	35	1.87
8830394--8830445	21	2.5	21	69	12	52	32	17	21	28	1.96
8830472--8830538	33	2.0	33	88	0	98	34	11	13	40	1.81
8830492--8830516	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8830613--8830737	52	2.4	52	94	0	214	36	18	16	28	1.93
8835165--8835293	52	2.5	52	98	0	249	27	18	18	34	1.95
8835365--8835422	13	4.0	13	74	23	53	34	15	15	34	1.89
8835379--8835443	19	3.7	19	75	23	79	38	16	12	32	1.86
8835366--8835441	32	2.4	32	95	0	134	35	17	14	32	1.90
8846424--8846481	21	2.8	21	91	0	98	32	8	18	39	1.82
8846422--8846500	21	3.8	20	75	8	68	35	13	16	34	1.88
8846537--8846587	19	2.7	19	100	0	102	31	11	19	37	1.88
8846639--8846664	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8846655--8846704	20	2.5	20	100	0	100	32	16	18	34	1.92
8849038--8849475	53	8.4	51	72	13	297	30	25	11	32	1.91
8849197--8849271	27	2.7	27	89	6	107	24	33	20	22	1.97
8849302--8849476	52	3.4	51	79	10	194	30	25	11	33	1.91
8849039--8849584	263	2.1	261	86	5	762	29	26	12	32	1.93
8851727--8851803	20	3.8	20	80	0	100	32	12	11	42	1.80
8851697--8851850	50	3.3	50	73	17	175	29	15	11	43	1.81
8854029--8854260	97	2.4	97	84	4	306	29	25	12	32	1.92
8856332--8856404	20	3.7	19	85	7	76	31	15	16	36	1.90
8861863--8861910	20	2.4	20	89	0	69	35	14	12	37	1.84
8861992--8862016	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
8861974--8862037	33	2.0	33	90	3	103	39	14	15	31	1.87
8867926--8867962	19	1.9	19	100	0	74	40	16	16	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8867947--8867973	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
8869630--8869663	10	3.3	10	88	8	50	47	8	0	44	1.34
8871473--8871546	20	3.7	19	85	7	103	39	13	14	32	1.86
8877731--8877773	3	14.3	3	95	0	77	30	34	0	34	1.58
8883107--8883148	12	3.6	12	77	6	50	76	0	21	2	0.90
8883111--8883157	23	2.0	25	87	8	71	78	0	17	4	0.90
8884037--8884299	142	1.9	142	83	3	350	36	11	9	42	1.74
8890440--8890470	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
8892274--8892318	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
8894544--8894569	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
8895956--8896006	20	2.5	21	80	6	68	41	11	15	31	1.83
8896653--8896677	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
8896633--8896699	33	2.0	33	85	0	89	32	10	14	41	1.80
8898143--8898170	14	2.0	14	100	0	56	78	0	14	7	0.95
8898406--8898507	1	102.0	1	68	0	60	84	7	7	0	0.78
8898407--8898514	15	7.3	15	81	12	118	83	8	8	0	0.82
8898406--8898514	35	3.0	35	78	18	107	83	8	8	0	0.81
8899387--8899424	16	2.3	17	86	4	51	44	23	5	26	1.74
8899562--8900195	33	18.9	33	78	14	454	19	33	13	33	1.91
8899560--8900152	101	5.9	100	78	9	496	19	33	13	32	1.91
8899530--8900175	134	4.8	133	86	6	826	19	33	14	33	1.92
8899566--8900084	167	3.1	165	84	5	618	18	33	14	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8899593--8900152	167	3.4	165	81	6	596	19	33	13	33	1.91
8900199--8900300	32	3.3	31	87	5	152	29	33	18	18	1.95
8900342--8900989	43	14.0	43	76	14	533	25	26	18	30	1.98
8900288--8901034	92	8.0	92	89	4	1109	25	26	17	30	1.97
8900827--8901029	51	4.0	50	76	8	187	26	25	17	30	1.98
8900845--8901082	52	4.6	52	78	6	198	25	25	16	32	1.96
8901048--8901174	67	1.9	68	86	1	184	23	25	12	38	1.90
8901968--8902032	33	2.0	33	87	0	94	35	12	12	40	1.80
8902073--8902097	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
8902106--8902234	52	2.5	52	93	0	222	36	15	17	31	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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