genome.fa.s25.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold25
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9553305

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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          49   50   51   52   53   54   55   56   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2494298--2494352	21	2.5	22	79	5	67	56	0	0	43	0.99
2494697--2494728	15	2.1	15	94	0	55	43	0	0	56	0.99
2494740--2494790	21	2.5	21	78	9	52	27	0	1	70	0.98
2494880--2494909	14	2.2	14	94	5	53	46	0	0	53	1.00
2494970--2494998	12	2.3	13	94	5	51	68	6	0	24	1.13
2494970--2495003	12	2.9	11	87	12	50	64	5	0	29	1.17
2495304--2495371	27	2.3	30	83	14	81	54	10	10	25	1.65
2498551--2498577	12	2.2	12	100	0	54	0	11	0	88	0.50
2504260--2504318	14	4.1	14	77	14	57	44	0	0	55	0.99
2506453--2506479	2	13.5	2	100	0	54	0	0	48	51	1.00
2507311--2507377	33	2.0	33	100	0	134	35	11	22	29	1.90
2510669--2510709	21	1.9	22	85	14	59	56	2	0	41	1.13
2511103--2511153	22	2.3	22	83	6	68	56	3	0	39	1.18
2513520--2513596	32	2.3	32	82	6	82	57	1	0	41	1.07
2513545--2513595	16	3.1	18	72	18	56	52	0	0	47	1.00
2513846--2513870	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2517927--2517985	27	2.1	28	84	3	75	44	0	1	54	1.10
2518813--2518853	16	2.5	16	88	4	55	68	0	0	31	0.90
2519808--2519864	16	3.6	16	76	9	62	43	0	0	56	0.99
2519916--2519993	32	2.4	32	85	4	104	50	7	2	39	1.45
2519917--2519993	16	4.9	15	73	10	64	49	7	2	40	1.45
2520050--2520124	19	3.9	19	75	6	64	48	0	0	52	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2525064--2525128	10	6.4	10	73	16	53	33	0	3	63	1.10
2525269--2525318	18	2.9	17	79	5	64	38	2	0	60	1.09
2525291--2525346	27	2.1	27	86	0	76	35	0	0	64	0.94
2527482--2527528	16	2.9	17	84	6	53	59	2	2	36	1.21
2527486--2527533	22	2.2	22	78	10	55	64	2	2	31	1.16
2527639--2527709	16	4.7	15	74	19	58	46	0	0	53	1.00
2527637--2527715	14	5.6	14	68	21	58	44	0	0	55	0.99
2527627--2527732	56	1.9	57	85	11	150	42	0	0	57	0.98
2528962--2529012	23	2.2	23	86	6	68	43	0	1	54	1.11
2532334--2532371	20	1.9	20	84	10	51	39	0	0	60	0.97
2532344--2532381	20	1.9	20	84	10	51	39	0	0	60	0.97
2533635--2533703	33	2.2	33	80	14	83	55	0	1	43	1.08
2533871--2533899	4	7.2	4	100	0	58	72	0	0	27	0.85
2534265--2534331	27	2.4	28	73	9	66	50	0	1	47	1.10
2534462--2534532	32	2.3	29	76	7	70	46	1	1	50	1.18
2534694--2534719	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2534809--2534871	26	2.4	26	84	7	74	33	0	0	66	0.92
2537832--2537879	21	2.2	22	85	10	64	35	0	0	64	0.94
2538215--2538241	13	2.1	13	100	0	54	0	14	0	85	0.61
2538255--2538293	18	2.3	16	86	8	51	23	5	0	71	1.05
2538265--2538320	23	2.5	22	78	13	69	21	7	0	71	1.09
2538793--2538857	25	2.6	25	76	11	71	40	1	1	56	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2548117--2548174	15	3.8	15	77	4	53	32	0	0	67	0.91
2548151--2548194	13	3.3	13	83	3	52	52	0	0	47	1.00
2548288--2548338	21	2.5	20	78	15	59	49	0	0	50	1.00
2548312--2548344	17	2.0	17	88	5	50	54	0	0	45	0.99
2548296--2548414	15	6.9	17	66	24	54	50	0	0	47	1.12
2548363--2548424	15	4.1	15	75	12	56	45	1	0	53	1.10
2555948--2555986	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2556204--2556237	17	1.9	18	88	5	52	29	0	0	70	0.87
2557766--2557935	92	1.9	90	88	4	261	30	14	9	45	1.77
2560992--2561040	23	2.2	22	81	3	53	36	0	0	63	0.95
2561291--2561343	20	2.5	21	79	20	65	60	0	0	39	0.97
2561347--2561397	21	2.4	21	83	3	57	33	7	0	58	1.27
2564123--2564171	19	2.6	18	81	9	53	46	0	0	53	1.00
2564986--2565036	23	2.1	23	85	7	66	47	1	0	50	1.12
2565696--2565749	22	2.3	23	84	12	67	33	0	3	62	1.12
2565696--2565741	23	2.0	24	87	12	69	30	0	2	67	1.03
2566733--2566781	21	2.3	21	89	10	73	46	0	4	48	1.20
2570603--2570797	97	2.0	96	95	1	354	40	12	21	26	1.88
2573109--2573146	15	2.4	16	91	4	60	55	0	0	44	0.99
2574367--2574395	14	2.0	15	93	6	51	6	13	3	75	1.13
2577051--2577177	34	3.7	34	87	0	182	41	33	0	25	1.56
2577047--2577177	68	1.9	67	90	1	208	42	32	0	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2577544--2577628	43	2.0	42	95	2	152	41	14	10	34	1.80
2579405--2579459	16	3.6	15	83	9	67	34	5	5	54	1.46
2580151--2580191	21	1.9	21	85	5	55	46	7	0	46	1.30
2580260--2580389	64	2.0	64	98	0	251	37	21	15	25	1.93
2584411--2584442	12	2.7	12	95	0	55	28	25	28	18	1.98
2590435--2590464	16	1.9	15	93	6	51	76	0	20	3	0.92
2594323--2594384	22	2.9	21	79	9	63	43	3	9	43	1.53
2595529--2595566	2	19.0	2	94	0	67	47	0	0	52	1.00
2595940--2596000	16	3.8	16	70	8	61	77	4	4	13	1.10
2597770--2597826	2	28.5	2	100	0	114	49	0	0	50	1.00
2597969--2598087	63	1.9	63	87	0	175	39	17	10	32	1.83
2602002--2602095	34	2.7	34	93	4	154	19	10	9	60	1.56
2602362--2602423	32	1.9	32	100	0	124	30	27	12	29	1.93
2607577--2607703	63	2.0	63	90	0	200	30	19	15	33	1.93
2612886--2612918	8	4.2	8	92	3	50	6	12	0	81	0.85
2614770--2614812	12	3.6	12	93	0	68	9	51	13	25	1.71
2615338--2615380	2	22.0	2	95	4	79	48	0	0	51	1.00
2617839--2617889	20	2.6	19	77	17	52	54	0	0	45	0.99
2619444--2619621	92	1.9	92	79	13	197	43	6	16	33	1.73
2620526--2621021	74	6.8	73	82	3	527	54	12	1	30	1.48
2620528--2621052	219	2.4	217	82	6	605	54	12	1	30	1.47
2621132--2621200	25	2.9	23	81	12	77	60	8	0	30	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2621454--2621487	15	2.3	15	89	0	50	32	0	0	67	0.91
2623958--2623996	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
2625347--2625430	32	2.7	32	81	1	98	38	1	5	54	1.32
2625335--2625385	21	2.5	21	81	9	61	37	0	3	58	1.16
2625442--2625555	35	3.2	35	69	8	86	48	2	4	44	1.36
2625447--2625639	76	2.6	75	89	5	279	48	2	5	43	1.40
2625644--2625696	24	2.2	24	83	9	65	45	5	1	47	1.37
2627797--2627846	24	2.1	24	85	7	66	40	0	2	58	1.10
2628397--2628452	24	2.3	24	84	0	76	48	0	0	51	1.00
2628407--2628441	12	3.0	11	84	15	52	40	0	0	60	0.97
2628760--2628814	28	2.0	28	85	3	76	49	1	3	45	1.30
2629331--2629376	24	1.9	24	86	8	67	60	0	2	36	1.09
2631166--2631212	23	2.1	23	88	7	71	65	8	12	12	1.46
2637876--2637984	21	5.2	21	74	8	62	34	2	7	55	1.42
2638124--2638179	27	2.1	27	86	0	76	17	12	8	60	1.57
2638442--2638477	2	17.5	2	94	5	63	50	0	2	47	1.15
2641614--2641818	104	2.0	104	89	0	311	45	9	12	32	1.74
2643077--2643157	9	9.2	9	67	15	53	60	1	0	38	1.05
2643078--2643160	22	3.5	22	79	17	78	61	1	0	37	1.04
2643544--2643617	20	3.7	20	74	15	57	43	0	1	55	1.08
2643561--2643664	11	10.4	11	69	19	50	42	0	0	56	1.05
2643571--2643646	16	4.6	16	73	25	52	42	0	0	57	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2643585--2643658	18	4.1	18	72	27	59	43	0	1	55	1.08
2643586--2643647	31	1.9	31	87	6	88	43	0	0	56	0.99
2643610--2643720	20	5.4	21	70	16	74	36	0	1	61	1.07
2643655--2643740	19	4.7	19	72	16	74	37	0	1	61	1.04
2643649--2643748	27	3.7	27	75	17	91	36	0	3	61	1.12
2643552--2643740	7	27.7	7	67	23	75	40	0	1	58	1.05
2643565--2643722	14	11.5	13	73	19	101	38	0	1	60	1.05
2643592--2643748	81	1.9	81	80	12	180	38	0	2	59	1.11
2643794--2643824	15	2.1	15	93	0	53	90	0	6	3	0.55
2644105--2644142	18	2.2	18	85	4	51	42	2	5	50	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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