genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6555642

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31--102	26	2.6	28	78	12	87	25	33	20	20	1.97
85--309	52	4.4	50	79	9	188	30	24	11	33	1.91
122--304	52	3.5	52	81	5	201	31	24	10	33	1.89
3320--3381	20	3.1	20	90	0	97	43	9	16	30	1.80
5912--6055	77	1.9	78	84	7	195	26	26	11	35	1.91
5928--6097	72	2.3	73	79	14	181	26	27	12	34	1.92
5984--6198	72	2.9	74	79	15	187	29	27	9	33	1.88
6061--6215	80	2.0	78	85	10	208	30	28	9	30	1.89
14314--14352	20	2.0	20	100	0	78	30	10	23	35	1.88
23854--23916	24	2.6	25	85	7	85	30	30	7	31	1.86
27632--27656	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
27611--27676	32	2.0	33	88	2	98	37	15	12	34	1.84
27864--27895	10	3.2	10	90	0	55	50	9	6	34	1.60
28441--28818	48	7.7	49	81	5	406	31	18	26	23	1.97
28441--28821	97	3.9	98	82	6	432	31	18	26	24	1.97
28491--28821	149	2.2	147	90	4	506	32	18	25	23	1.97
28851--28945	28	3.3	29	82	10	99	16	14	29	38	1.89
28877--28949	28	2.6	28	89	2	103	19	15	28	36	1.92
28920--29014	35	2.8	34	76	6	93	30	13	30	25	1.94
28989--29158	29	5.9	29	79	4	164	25	17	29	28	1.97
29011--29157	56	2.5	57	78	5	152	25	17	27	29	1.98
28994--29164	86	2.0	86	86	2	236	24	16	29	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44560--44584	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
45918--47951	27	74.5	27	83	4	2240	24	33	14	27	1.94
47919--49012	28	38.2	28	80	6	867	29	29	17	23	1.97
47970--49012	204	5.2	202	82	5	853	30	29	17	23	1.97
49000--49048	25	2.0	25	83	0	62	30	24	22	22	1.99
48486--49012	145	3.7	141	79	7	428	30	29	16	23	1.96
49166--49267	48	2.1	48	94	0	177	21	28	14	35	1.93
55940--55964	11	2.3	11	100	0	50	92	8	0	0	0.40
57256--57635	28	13.5	28	82	3	386	32	27	14	25	1.95
57260--57635	85	4.5	84	83	4	391	32	27	14	25	1.95
61489--61728	81	3.0	80	88	3	338	31	23	10	34	1.89
61920--61969	22	2.2	22	82	10	57	20	6	14	60	1.55
65860--65906	20	2.3	20	85	7	60	36	17	10	36	1.84
74704--74756	13	4.5	13	71	26	55	37	15	13	33	1.86
74704--74878	32	5.5	33	72	11	123	36	16	16	31	1.91
74801--74865	19	3.7	19	76	23	88	38	16	15	29	1.90
74822--74879	13	5.0	13	76	23	67	34	15	15	34	1.89
74803--74878	32	2.4	32	100	0	152	36	15	15	31	1.90
76052--76314	76	3.4	74	77	5	240	42	11	17	28	1.84
76703--76815	60	1.9	60	88	3	174	42	16	19	21	1.89
80349--80401	20	2.6	21	74	20	58	35	15	9	39	1.79
80367--80420	20	2.7	20	91	2	81	37	12	9	40	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
81549--81880	111	3.0	113	79	3	339	37	13	16	33	1.88
82487--82520	18	1.9	17	88	5	50	8	2	2	85	0.80
83888--83943	20	2.8	19	89	5	76	37	16	17	28	1.91
83995--84046	21	2.6	20	93	6	88	46	15	11	26	1.80
88089--88119	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
90193--90217	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
90329--90374	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
92641--92696	20	2.8	20	91	5	87	37	14	17	30	1.90
92748--92812	21	3.6	19	73	26	70	44	15	12	27	1.82
92766--92791	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
92748--92812	34	2.0	33	93	6	114	44	15	12	27	1.82
93867--94171	155	2.0	154	80	5	346	37	19	18	24	1.94
95910--95959	19	2.7	18	87	6	73	20	24	10	46	1.81
96257--96441	95	2.0	93	85	4	248	42	13	27	17	1.86
97517--97730	101	2.1	101	80	5	238	28	22	13	36	1.91
97667--97797	70	1.9	69	85	4	183	31	19	11	38	1.87
102039--102069	13	2.4	13	94	0	53	12	32	3	51	1.56
102524--102586	30	2.1	30	88	5	92	79	6	9	4	1.05
102533--102597	24	2.7	24	86	11	80	81	4	7	6	0.98
102548--102596	18	2.8	17	84	6	53	83	6	6	4	0.90
103826--104086	32	8.3	32	83	6	320	23	29	13	33	1.93
103837--104086	95	2.7	95	94	1	432	24	29	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
103826--104086	63	4.2	64	83	6	338	23	29	13	33	1.93
104058--104171	35	3.4	34	81	12	119	22	24	10	42	1.85
104119--104213	27	3.3	27	76	13	82	22	29	10	37	1.87
104440--104600	32	5.0	32	85	6	202	32	29	18	19	1.95
104447--104600	64	2.4	64	87	1	229	33	28	18	19	1.96
104624--104686	21	3.1	19	67	20	54	28	22	15	33	1.95
104614--104747	52	2.9	43	77	18	160	24	26	15	33	1.95
104648--104852	52	3.9	53	77	12	176	23	23	15	36	1.94
104705--105021	104	3.0	104	82	0	285	23	22	17	35	1.96
104717--105165	52	8.6	52	71	9	209	24	22	17	34	1.96
104717--105003	156	1.8	156	81	4	355	23	22	18	35	1.96
104771--105051	104	2.7	104	82	2	348	24	22	19	34	1.97
104771--105165	104	3.8	103	78	2	344	25	22	17	34	1.96
104773--105156	156	2.5	154	78	4	376	25	22	18	34	1.96
106033--106078	5	9.6	5	86	9	60	19	21	13	45	1.84
106047--106085	14	2.8	14	88	7	53	17	20	10	51	1.74
106026--106087	19	3.3	19	95	2	108	19	22	9	48	1.78
106388--106577	92	2.0	93	82	4	231	43	14	26	16	1.86
109849--109879	13	2.4	13	94	0	53	41	12	12	32	1.81
109829--109895	33	2.0	33	85	5	91	38	16	11	32	1.85
109944--109970	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
112478--112517	13	3.1	13	82	10	55	42	12	15	30	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118684--118747	33	1.9	33	87	6	94	35	14	14	35	1.86
118799--118825	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
119148--119177	13	2.2	14	94	5	53	3	13	0	83	0.77
119418--119571	52	2.9	53	82	4	193	24	23	16	36	1.94
120442--120491	17	2.7	19	81	15	68	32	10	18	40	1.83
120534--120558	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
120567--120691	52	2.4	52	95	0	223	35	17	18	28	1.94
128252--128294	3	15.3	3	90	9	65	72	0	0	27	0.85
129359--129817	30	15.2	29	70	17	210	25	28	12	33	1.92
129361--129634	89	3.0	88	79	12	256	25	26	13	34	1.93
129487--130006	32	16.8	32	79	7	504	24	30	11	33	1.91
129487--130017	60	8.6	60	78	11	411	24	30	11	32	1.91
129358--129939	32	19.2	28	74	13	123	24	29	12	33	1.92
129452--130006	92	6.0	92	79	10	449	24	30	11	33	1.91
129995--130086	31	3.0	31	87	6	134	28	28	19	23	1.98
130089--130201	31	3.6	31	81	3	120	32	30	17	19	1.95
132197--132441	50	5.0	50	93	2	408	28	22	19	29	1.98
133226--133265	2	20.0	2	89	0	62	45	0	0	55	0.99
134401--134441	16	2.7	16	79	20	52	34	0	0	65	0.93
139548--139610	33	1.9	33	90	0	99	34	19	11	34	1.87
139692--139745	20	2.7	20	100	0	108	44	14	14	25	1.84
140839--140984	50	2.9	51	86	4	197	29	17	9	43	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
144317--144348	10	3.0	11	90	9	57	28	18	15	37	1.92
146093--146125	11	3.2	11	83	16	52	48	0	18	33	1.48
151305--151357	20	2.7	20	88	5	72	39	15	16	28	1.89
151375--151432	13	4.0	13	74	23	53	32	17	15	34	1.91
151389--151451	19	3.6	19	76	24	84	34	19	12	33	1.89
151376--151451	32	2.4	32	97	0	143	34	18	14	32	1.91
152343--152368	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
152324--152388	32	2.0	33	87	3	96	41	16	13	27	1.87
158548--158585	13	2.9	13	96	0	67	34	15	15	34	1.90
158706--158751	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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