genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.8.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6555642

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1281652--1281816	90	1.8	90	84	2	224	26	11	35	27	1.91
1288319--1288392	21	3.6	21	81	7	80	41	14	14	28	1.86
1290150--1290188	20	1.9	20	85	15	53	46	7	0	46	1.31
1290943--1291264	79	4.2	76	80	8	285	27	24	12	35	1.91
1295390--1295978	295	2.0	296	99	0	1162	26	16	20	36	1.94
1296221--1296356	67	2.0	67	85	2	184	30	19	24	25	1.98
1299192--1299518	98	3.3	97	80	5	336	36	10	24	28	1.89
1303925--1303960	11	3.2	11	84	7	54	75	0	25	0	0.81
1303926--1303964	13	3.1	13	81	7	53	74	0	25	0	0.82
1303930--1303964	13	2.6	14	91	8	56	77	0	22	0	0.78
1310497--1310554	19	3.0	20	80	7	75	34	15	15	34	1.89
1310538--1310562	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1311691--1311876	84	2.2	85	83	7	225	20	18	15	45	1.86
1312727--1312785	30	2.0	30	82	0	73	27	23	13	35	1.92
1312840--1313123	47	6.1	47	75	5	191	21	22	14	40	1.90
1312891--1313119	47	4.9	47	77	3	203	22	20	14	42	1.88
1313183--1313589	84	4.9	83	82	3	397	18	29	12	38	1.88
1313183--1313589	168	2.4	168	83	4	491	18	29	12	38	1.88
1313348--1313589	42	5.7	43	69	14	157	19	30	12	38	1.89
1313593--1313721	42	3.1	40	73	11	116	18	31	14	35	1.91
1313470--1313719	136	1.8	136	84	3	342	19	30	14	36	1.91
1313606--1313824	84	2.6	84	80	7	219	17	31	14	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1313374--1313811	220	2.0	223	83	4	557	18	30	14	36	1.90
1316848--1316901	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
1324341--1324479	71	2.0	71	91	2	226	42	10	16	30	1.81
1325052--1325104	19	2.8	20	80	8	65	35	15	15	33	1.88
1325137--1325190	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
1325911--1326215	128	2.4	128	84	6	368	33	11	13	41	1.80
1326822--1327389	154	3.7	153	79	5	565	21	16	21	40	1.91
1333217--1333242	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1333197--1333261	33	2.0	33	87	6	96	27	13	16	41	1.87
1335331--1335373	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
1334743--1336049	652	2.0	652	100	0	2614	25	18	29	26	1.98
1335983--1336025	20	2.1	20	82	4	50	11	30	41	16	1.83
1336464--1336503	13	3.2	12	86	13	62	32	20	17	30	1.95
1343088--1343202	52	2.2	52	93	0	194	28	16	18	36	1.92
1343088--1343224	52	2.6	52	88	2	177	29	16	18	35	1.92
1343211--1343237	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1343279--1343376	19	5.8	18	68	28	72	37	17	11	33	1.85
1343274--1343374	32	3.1	32	88	1	157	36	17	10	34	1.85
1343330--1343354	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1344137--1344320	98	1.9	99	89	1	289	33	17	24	24	1.97
1344152--1344322	49	3.5	49	83	3	227	30	18	24	25	1.98
1354948--1355565	30	20.0	30	82	6	698	23	29	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1354945--1355599	62	10.5	62	85	6	776	23	29	16	30	1.96
1354950--1355635	310	2.2	311	86	6	971	23	29	16	31	1.96
1355514--1355792	95	3.0	94	84	7	338	21	29	12	36	1.90
1355669--1355792	27	4.2	27	73	18	104	19	30	12	37	1.89
1355514--1355781	61	4.3	62	72	16	178	21	29	12	36	1.91
1358121--1358155	13	2.7	13	86	0	52	37	14	14	34	1.86
1358267--1358312	22	2.2	21	77	18	51	34	17	0	47	1.48
1361626--1361798	52	3.4	51	80	5	195	32	12	24	30	1.92
1361784--1361855	27	2.6	27	86	2	90	20	20	34	23	1.96
1361573--1361962	211	1.8	211	88	2	595	31	12	26	29	1.93
1364297--1364322	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1364276--1364342	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1364362--1364429	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1364384--1364408	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1364365--1364427	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1364465--1364526	20	3.0	20	83	4	79	35	11	16	37	1.84
1364465--1364520	21	2.8	20	86	5	76	33	12	14	39	1.83
1365270--1366112	55	15.3	55	92	2	1322	20	20	30	28	1.97
1365430--1365512	27	3.0	27	60	16	62	21	19	30	28	1.98
1366930--1366979	23	2.2	23	89	7	75	0	4	10	86	0.71
1366928--1366980	18	2.8	18	81	16	63	0	5	11	83	0.81
1369200--1369225	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1369179--1369245	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
1369265--1369332	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
1369287--1369311	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1369268--1369330	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
1369368--1369429	20	3.0	20	83	4	79	33	12	16	37	1.87
1369368--1369423	21	2.8	20	86	5	76	32	14	14	39	1.86
1369653--1369705	20	2.7	20	85	2	72	30	13	18	37	1.89
1369751--1369815	13	5.5	13	74	20	70	33	12	16	36	1.87
1369734--1369813	33	2.4	32	89	8	117	32	12	17	37	1.87
1375652--1375920	137	2.0	136	86	5	373	48	5	11	34	1.63
1374759--1375783	474	2.1	469	83	5	1119	48	7	10	32	1.67
1375796--1376096	165	1.8	165	86	3	435	51	6	10	31	1.62
1377138--1377219	43	1.9	43	87	5	121	41	8	25	24	1.83
1381030--1381056	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
1381040--1381096	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
1381125--1381178	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
1388336--1388360	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1388316--1388382	33	2.0	33	85	0	89	34	10	14	40	1.81
1388422--1388567	52	2.8	50	84	6	193	34	17	17	30	1.93
1394784--1394815	16	2.0	16	93	0	55	84	9	6	0	0.78
1395747--1395890	30	4.7	30	83	7	175	25	28	18	27	1.98
1395746--1395911	62	2.7	61	85	8	219	24	29	16	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1395903--1396049	61	2.3	63	85	9	194	23	37	13	25	1.92
1395875--1396148	33	8.6	31	72	20	194	20	36	13	28	1.91
1395871--1396118	93	2.7	90	82	12	285	21	36	13	28	1.92
1395997--1396078	31	2.9	27	84	10	101	23	40	15	20	1.91
1396139--1396257	33	3.7	33	87	6	158	26	34	18	20	1.96
1396250--1396764	49	10.7	49	86	6	682	25	26	18	30	1.98
1396250--1396830	98	6.0	98	85	8	724	25	25	17	31	1.97
1396674--1396827	52	2.9	53	81	4	193	24	23	16	36	1.94
1396674--1396824	55	2.8	53	83	3	196	24	23	16	35	1.95
1397527--1397551	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1397507--1397573	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
1397614--1397638	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1397647--1397771	52	2.4	52	91	0	205	36	16	17	28	1.92
1402497--1402550	20	2.7	20	97	0	99	29	12	18	38	1.88
1407756--1408003	78	3.2	76	84	5	293	27	24	13	35	1.92
1407756--1408036	156	1.8	155	80	6	343	27	23	13	35	1.92
1417000--1417064	7	9.0	7	77	12	60	81	3	0	15	0.81
1417003--1417065	8	7.9	8	77	15	51	82	3	0	14	0.79
1417000--1417072	15	5.0	14	75	6	65	82	4	0	13	0.81
1417030--1417080	9	5.9	9	81	9	61	86	7	0	5	0.71
1417030--1417080	25	2.1	25	92	3	86	86	7	0	5	0.71
1417023--1417073	16	3.2	16	81	10	61	86	5	0	7	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1418026--1418072	3	15.7	3	100	0	94	68	0	0	31	0.90
1418360--1419088	87	8.3	87	75	7	517	20	21	15	42	1.89
1418360--1419088	44	16.5	44	70	10	305	20	21	15	42	1.89
1418358--1419007	133	4.9	131	74	7	564	20	21	15	42	1.89
1418939--1419124	89	2.1	89	83	6	225	23	18	14	43	1.87
1420328--1421206	166	5.3	163	77	8	708	29	11	9	49	1.70
1421552--1421589	14	2.9	14	88	7	53	76	2	21	0	0.91
1421564--1421611	21	2.3	21	78	7	53	72	2	20	4	1.11
1426333--1426552	81	2.7	79	80	7	255	28	25	11	33	1.91
1426333--1426543	80	2.6	81	81	8	270	27	26	12	33	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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