genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6555642

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2662343--2662376	9	3.8	9	88	11	52	44	0	26	29	1.55
2666907--2666969	20	3.5	20	68	28	68	30	19	12	38	1.89
2666907--2666969	33	1.9	33	96	0	117	30	19	12	38	1.89
2669512--2669567	19	2.9	19	84	10	69	30	16	16	37	1.90
2669599--2669649	20	2.5	20	90	6	77	37	13	15	33	1.87
2670066--2670721	328	2.0	328	92	1	1091	29	17	17	34	1.94
2674024--2674050	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2674005--2674069	32	2.0	32	90	3	103	26	16	16	40	1.90
2674034--2674091	19	2.9	19	87	5	80	32	15	17	34	1.91
2680319--2680346	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2682610--2682662	19	2.7	20	88	2	72	26	16	16	39	1.91
2684163--2684214	14	3.8	14	84	2	70	38	11	17	32	1.85
2684265--2684809	33	16.7	33	80	2	573	27	28	20	23	1.99
2684265--2684809	98	5.6	99	80	4	568	27	28	20	23	1.99
2684298--2684811	229	2.2	229	96	1	942	27	28	20	23	1.99
2684814--2684938	58	2.2	58	81	4	146	26	28	14	31	1.95
2685153--2685278	52	2.4	52	85	2	146	26	24	15	33	1.95
2685186--2685318	52	2.6	52	86	4	171	25	23	16	34	1.95
2685969--2686006	20	1.9	20	94	0	67	26	23	10	39	1.87
2693056--2693102	18	2.6	19	80	12	55	38	2	0	59	1.09
2693889--2694187	165	1.8	165	85	1	420	28	10	16	44	1.80
2694467--2694521	20	2.8	20	83	10	69	29	14	14	41	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2694507--2694533	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2696220--2696254	15	2.3	15	90	9	54	45	0	25	28	1.54
2698551--2698582	12	2.8	12	95	4	57	25	15	25	34	1.95
2701688--2701760	20	3.7	19	82	12	78	28	15	15	41	1.87
2701728--2701781	19	2.8	19	91	2	81	29	16	16	37	1.91
2701809--2701878	33	2.1	33	86	5	97	31	11	18	38	1.86
2704633--2704767	65	2.2	65	82	11	160	34	8	22	35	1.84
2704690--2705005	93	3.4	93	88	1	447	28	10	26	34	1.89
2708614--2708680	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2709139--2709164	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2710090--2710221	64	2.1	63	98	1	255	33	25	7	33	1.84
2711655--2711701	23	2.0	24	84	12	62	61	19	4	14	1.49
2714272--2714338	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2714797--2714822	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2715358--2715660	161	1.9	162	84	2	414	41	12	9	35	1.76
2716297--2716497	47	4.3	47	73	11	171	23	23	16	36	1.94
2716297--2716521	47	4.8	46	70	11	163	22	23	15	38	1.92
2716624--2717064	84	5.2	83	79	4	404	17	25	13	43	1.85
2716616--2716763	42	3.5	41	71	8	118	18	23	13	44	1.85
2716834--2717058	42	5.3	42	67	11	136	16	25	14	43	1.85
2716981--2717107	42	3.0	43	70	6	114	16	22	16	44	1.86
2716828--2717107	85	3.3	84	82	6	316	17	24	14	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2718273--2718311	19	2.1	19	85	0	51	28	10	5	56	1.54
2718240--2718625	167	2.3	166	86	4	557	30	9	10	49	1.68
2719278--2719320	10	4.2	10	80	13	52	79	0	16	4	0.90
2719266--2719311	12	3.7	13	80	11	60	76	0	21	2	0.90
2719267--2719320	21	2.6	22	85	8	69	77	0	18	3	0.91
2720413--2720709	156	1.9	156	79	2	337	23	19	19	37	1.94
2725094--2725205	55	2.0	55	100	0	224	18	16	11	53	1.72
2729611--2729647	16	2.2	18	90	9	60	64	5	10	18	1.43
2729890--2729989	20	5.7	20	69	29	93	33	18	17	32	1.93
2729911--2729968	13	4.9	13	70	23	56	31	17	17	34	1.93
2729891--2729988	33	3.0	33	98	0	187	31	18	17	32	1.94
2731491--2731726	83	2.8	84	75	9	216	36	13	19	31	1.90
2734353--2734424	20	3.5	20	76	14	74	30	15	13	40	1.86
2738633--2738660	13	2.2	13	100	0	56	28	14	14	42	1.84
2740852--2740917	32	2.1	32	97	0	123	54	6	33	6	1.50
2741288--2741361	20	3.8	20	79	15	82	35	16	10	37	1.83
2741306--2741481	70	2.5	71	89	2	266	31	16	11	40	1.84
2746396--2746458	33	1.9	33	87	6	92	33	14	14	38	1.86
2749065--2749117	20	2.7	20	75	21	58	54	20	1	22	1.54
2765243--2765287	22	2.0	22	83	8	56	64	6	2	26	1.30
2769855--2769885	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
2770313--2770339	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2770323--2770379	19	2.9	19	84	2	69	33	15	14	36	1.88
2776627--2776651	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2778113--2778179	33	2.0	33	85	0	89	29	31	13	25	1.94
2783386--2783410	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2783426--2783462	18	2.0	19	94	5	67	43	0	8	48	1.32
2786479--2786553	39	1.9	39	83	5	98	50	12	14	22	1.76
2790724--2790765	19	2.2	19	84	16	52	61	0	0	38	0.96
2791246--2791299	27	2.0	27	83	16	69	37	3	1	57	1.27
2796203--2796230	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2804228--2804276	24	2.0	24	92	0	80	42	8	20	28	1.80
2804311--2804361	20	2.6	20	87	9	70	37	15	15	31	1.89
2805765--2806392	154	4.1	154	77	7	519	42	17	14	25	1.86
2812939--2812988	20	2.6	19	87	3	64	38	16	14	32	1.88
2813734--2813773	21	2.0	21	90	5	64	35	20	10	35	1.86
2817555--2817579	13	1.9	13	100	0	50	40	8	16	36	1.77
2817536--2817599	33	1.9	33	84	6	85	40	9	15	34	1.80
2827000--2827272	80	3.4	79	78	7	243	31	10	30	27	1.90
2829603--2829674	20	3.5	20	73	14	67	34	9	19	36	1.85
2829933--2829986	20	2.7	20	85	5	65	33	11	16	38	1.84
2831543--2831576	3	11.3	3	87	0	50	41	0	29	29	1.57
2834608--2834674	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2837800--2837824	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2840109--2840175	37	1.9	35	88	11	102	32	11	25	29	1.92
2845232--2845285	20	2.7	20	91	5	83	31	12	18	37	1.89
2846070--2846124	20	2.7	21	83	11	69	36	20	10	32	1.87
2846070--2846140	21	3.5	20	80	7	72	36	16	11	35	1.85
2846132--2846282	70	2.2	70	82	2	187	37	12	16	33	1.87
2849107--2849206	39	2.6	39	81	0	119	39	12	12	37	1.79
2851455--2851611	82	1.9	83	86	5	228	35	15	15	34	1.89
2855177--2855249	21	3.5	21	77	3	85	26	15	16	42	1.87
2856569--2856597	15	1.9	15	100	0	58	75	3	6	13	1.13
2864743--2864802	20	3.0	20	78	4	68	31	13	16	38	1.87
2866442--2866476	18	1.9	18	94	0	61	40	0	28	31	1.57
2871157--2871196	20	2.0	20	85	14	55	30	22	0	47	1.52
2871466--2871510	20	2.1	22	84	8	58	17	37	28	15	1.91
2873533--2873586	19	2.8	20	88	2	74	29	12	18	38	1.88
2879192--2879235	21	2.1	21	91	0	70	47	6	38	6	1.57
2880606--2880645	21	1.9	21	84	0	53	22	25	2	50	1.62
2882781--2883021	58	4.2	57	76	10	229	47	16	10	24	1.79
2882871--2883021	59	2.6	57	82	5	169	49	15	11	23	1.78
2883052--2883432	58	6.6	58	76	7	294	49	12	10	27	1.74
2883142--2883287	29	5.1	28	70	15	111	50	10	9	29	1.69
2883216--2883308	29	3.2	28	75	17	91	52	8	8	30	1.62
2883053--2883432	172	2.2	171	82	4	424	49	12	10	27	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2883063--2883456	114	3.4	115	78	8	331	48	12	11	27	1.75
2884783--2884844	21	3.0	21	78	4	72	30	12	19	37	1.89
2884875--2885002	66	1.9	67	85	1	177	28	17	24	30	1.97
2885178--2885286	49	2.2	50	90	1	166	28	12	12	45	1.79
2885178--2885311	49	2.7	49	87	3	162	28	13	11	46	1.79
2885200--2885311	50	2.3	49	87	4	154	28	14	12	44	1.81
2887655--2887936	79	3.6	79	85	2	372	30	24	10	34	1.89
2887873--2888038	51	3.3	51	83	9	178	32	26	7	33	1.84
2887975--2888275	79	3.8	79	83	5	333	30	23	11	34	1.90
2888212--2888321	51	2.1	52	85	5	143	33	23	9	33	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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