genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.2.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6555642

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   

This is table  2  of  37  ( 4421 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
162321--162345	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
162409--162433	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
162442--162570	52	2.5	52	92	0	204	34	16	17	31	1.92
169410--169457	13	3.5	13	84	15	69	33	18	14	33	1.91
169410--169478	29	2.3	30	90	7	104	34	17	13	34	1.88
169976--170007	12	2.7	12	95	0	55	28	25	0	46	1.53
171569--171624	19	2.9	19	86	2	76	39	14	16	30	1.88
171570--171673	20	5.7	18	73	19	74	40	13	14	31	1.85
174861--175019	69	2.3	69	93	2	268	23	8	18	49	1.74
175267--175299	13	2.6	13	95	4	59	57	0	6	36	1.23
179417--179515	50	2.0	50	91	0	162	55	2	0	42	1.11
179624--179664	21	1.9	22	90	5	66	39	2	9	48	1.49
179837--179892	12	4.6	12	80	10	69	82	0	17	0	0.68
179836--179892	13	4.5	13	77	14	57	82	0	17	0	0.67
181751--181777	6	4.5	6	100	0	54	37	48	14	0	1.45
185984--186042	24	2.5	24	94	0	100	47	0	10	42	1.37
186226--186270	18	2.4	19	82	14	58	51	2	0	46	1.13
186283--186309	14	1.9	14	100	0	54	29	0	18	51	1.46
189986--190036	20	2.5	20	87	3	66	43	9	15	31	1.80
190004--190059	20	2.8	20	83	0	67	37	10	10	41	1.75
191173--191239	33	2.0	33	85	5	91	35	16	13	34	1.88
191289--191315	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193606--193652	22	2.2	23	85	14	66	46	0	21	31	1.51
199897--199936	20	2.0	20	95	0	71	35	15	12	37	1.85
199917--199947	13	2.4	13	94	0	53	35	12	16	35	1.87
199897--199963	33	2.0	33	91	5	109	35	16	13	34	1.88
199992--200046	19	2.8	19	83	2	65	36	18	12	32	1.88
200032--200058	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
200556--200580	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
200536--200601	32	2.0	33	91	2	107	34	10	16	37	1.83
200675--200805	52	2.5	52	96	0	244	35	19	16	28	1.94
210088--210163	30	2.6	29	79	12	84	81	7	10	0	0.87
210088--210162	8	9.8	8	73	13	50	82	6	10	0	0.83
210089--210163	34	2.2	34	80	4	89	81	8	10	0	0.88
211107--211346	64	3.9	60	80	8	248	24	28	17	30	1.97
211132--211346	64	3.4	63	83	9	253	22	28	17	31	1.96
211102--211346	30	7.9	31	75	11	207	23	28	16	31	1.96
211350--211545	34	5.9	33	74	13	181	18	33	14	33	1.91
211326--211624	61	4.4	69	71	20	206	18	35	15	31	1.92
211654--211942	32	8.9	32	84	4	339	28	30	18	22	1.97
211657--211942	65	4.4	65	87	5	411	29	31	18	21	1.97
211947--213366	92	15.1	92	88	8	2008	24	26	17	30	1.97
212326--213361	196	5.5	185	89	7	1568	24	26	17	30	1.97
212034--213361	288	4.6	288	95	2	2292	24	26	17	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
211952--213361	380	3.7	370	89	8	2071	24	26	17	30	1.97
214209--214233	13	1.9	13	100	0	50	44	16	8	32	1.76
214189--214254	32	2.0	33	88	2	98	37	12	13	36	1.82
214328--214456	52	2.5	52	100	0	258	35	18	17	27	1.94
221055--221108	19	2.8	20	91	2	92	37	14	18	29	1.91
221097--221121	13	1.9	13	100	0	50	40	20	16	24	1.91
221660--221769	29	4.1	29	72	21	114	37	18	2	41	1.65
221656--221766	48	2.3	48	90	3	168	35	20	2	41	1.67
221689--221725	19	1.9	19	94	0	65	35	21	0	43	1.53
223693--223732	20	2.0	21	90	5	64	32	17	12	37	1.87
228190--228220	12	2.6	12	94	0	53	29	25	0	45	1.54
229818--229850	17	1.9	17	100	0	66	42	18	12	27	1.85
231832--231880	19	2.5	20	80	3	55	34	16	12	36	1.86
231929--231965	13	2.8	14	80	16	51	29	13	21	35	1.92
232382--232425	23	1.9	23	86	9	63	29	9	25	36	1.86
233566--233596	15	2.1	15	93	0	53	32	0	32	35	1.58
239642--239691	21	2.4	21	82	0	73	42	0	24	34	1.55
240312--240350	20	1.9	20	89	5	60	46	23	7	23	1.78
240508--240546	12	3.6	12	74	25	50	38	12	15	33	1.85
240877--240920	23	1.9	23	86	9	63	29	9	25	36	1.86
243911--244015	52	2.0	51	81	5	122	27	15	15	41	1.87
246420--246744	79	4.1	79	80	7	322	28	19	13	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246446--246744	158	1.9	157	83	2	384	28	19	12	39	1.88
247719--248103	146	2.6	146	80	3	400	28	15	27	28	1.96
247672--248103	74	5.9	72	78	7	372	28	15	27	28	1.96
257616--258239	312	2.0	312	95	0	1133	22	24	13	38	1.91
265242--265290	9	5.1	9	82	7	53	2	20	0	77	0.87
265249--265280	16	2.0	16	93	0	55	0	15	0	84	0.63
269015--269419	79	5.1	79	81	3	433	32	14	24	27	1.94
269351--269468	51	2.3	51	80	2	139	29	13	30	26	1.94
269394--269971	79	7.3	77	77	4	406	33	12	25	28	1.93
269184--269627	209	2.1	209	80	4	468	32	13	25	28	1.93
269119--269706	288	2.0	288	83	3	720	33	13	24	28	1.93
269402--269972	158	3.6	154	77	8	506	32	13	25	28	1.93
269062--269784	367	2.0	367	83	3	927	34	12	24	28	1.92
269930--270000	28	2.5	28	86	0	97	22	14	30	32	1.93
269690--270236	265	2.1	264	86	1	765	31	12	26	28	1.93
269955--270613	79	8.4	79	79	8	599	33	12	25	28	1.92
269799--270157	186	1.9	185	81	7	433	31	13	26	28	1.94
270017--270613	157	3.8	154	77	10	564	34	12	24	28	1.92
269957--270602	316	2.0	314	81	6	736	33	12	25	28	1.93
270931--270955	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
270910--270972	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
271024--271091	33	2.1	32	89	8	102	35	11	17	35	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
279696--279720	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
279675--279737	33	1.9	32	87	3	90	33	20	15	30	1.94
279808--279833	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
279788--279855	33	2.1	32	91	8	111	35	16	16	32	1.91
280625--281042	79	5.3	77	77	7	333	36	11	23	28	1.90
280595--281042	157	2.8	158	75	6	356	35	11	23	28	1.90
283484--283547	33	1.9	34	87	3	94	29	10	18	40	1.85
284359--284555	43	4.7	42	76	10	129	46	14	22	16	1.84
284283--284429	77	1.9	77	88	0	222	41	16	23	19	1.90
284401--284554	84	1.8	83	86	4	220	48	14	20	16	1.81
284401--284515	41	2.8	41	87	2	158	49	16	17	16	1.80
284401--284547	43	3.5	43	82	6	185	47	15	19	17	1.83
284576--284768	42	4.5	42	79	10	212	43	11	26	18	1.84
284768--285584	62	13.4	61	81	5	798	31	19	25	23	1.98
285185--285282	51	1.9	51	89	0	151	33	17	24	24	1.96
285124--285582	113	3.9	114	82	5	426	31	19	25	23	1.98
284801--285584	359	2.2	364	86	3	1062	31	19	25	23	1.98
285240--285582	123	2.8	123	85	1	382	31	19	25	23	1.98
287805--287865	15	4.1	15	79	10	54	6	9	0	83	0.80
287808--287864	11	5.4	10	80	15	53	7	8	0	84	0.79
287811--287851	21	2.0	21	85	0	55	4	12	0	82	0.81
287834--287866	14	2.4	14	85	5	50	15	0	0	84	0.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
297968--298019	4	13.0	4	87	0	77	69	0	5	25	1.10
297968--298019	16	3.2	16	91	0	86	69	0	5	25	1.10
298783--298808	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
298762--298827	33	2.0	34	87	3	98	27	13	16	42	1.86
303450--303480	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
306972--306997	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
306951--307016	33	2.0	34	87	3	98	27	13	16	42	1.86
309345--309511	78	2.1	78	80	3	174	34	10	26	29	1.89
309365--309512	78	1.9	79	83	4	192	35	8	26	29	1.85
311822--311916	50	1.9	50	91	0	154	45	13	14	26	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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