genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.34.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6555642

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5924435--5924483	24	2.0	26	92	8	84	36	0	0	63	0.95
5924455--5924501	14	3.2	16	72	27	50	38	0	0	61	0.96
5928033--5928072	20	2.0	20	85	9	55	32	0	2	65	1.06
5928041--5928078	19	2.0	19	90	10	60	28	0	0	71	0.87
5928087--5928149	19	3.1	22	77	13	64	44	1	3	50	1.27
5928850--5928923	36	2.1	36	82	7	89	29	2	1	66	1.14
5929437--5929535	20	4.9	20	78	8	103	35	6	7	51	1.54
5929437--5929528	40	2.3	40	81	9	116	35	5	7	51	1.54
5929539--5929707	21	8.0	21	72	7	101	32	7	11	49	1.66
5930781--5930875	41	2.3	43	92	3	158	29	14	20	35	1.92
5930930--5930990	19	3.5	19	75	25	80	36	11	19	32	1.88
5930948--5930972	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5930930--5930990	32	1.9	32	100	0	122	36	11	19	32	1.88
5932028--5932064	18	2.0	19	89	5	58	40	24	5	29	1.77
5933682--5933706	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5935020--5935084	33	2.0	32	88	11	96	35	15	18	30	1.92
5935040--5935064	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5936355--5936418	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
5936375--5936400	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
5936500--5936524	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5936534--5936572	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
5937119--5937150	16	2.0	16	100	0	64	37	18	6	37	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5938525--5938569	20	2.1	21	84	8	56	4	31	46	17	1.68
5938838--5938879	22	2.0	21	86	13	61	40	0	19	40	1.51
5945157--5945211	20	2.8	20	100	0	110	27	10	21	40	1.87
5945198--5945223	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
5945178--5945241	33	2.0	32	90	3	101	26	14	20	39	1.90
5945283--5945335	20	2.6	21	82	8	65	30	16	15	37	1.90
5945323--5945347	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5945357--5945395	20	2.0	19	95	5	69	30	10	23	35	1.88
5949859--5949889	16	1.9	16	93	0	53	54	0	9	35	1.33
5951305--5951344	13	3.1	13	81	0	53	37	12	10	40	1.77
5952815--5952887	33	2.2	33	92	0	119	20	23	21	34	1.97
5954074--5954155	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
5954138--5954308	51	3.3	51	79	4	189	32	11	26	29	1.91
5954291--5954363	27	2.6	28	81	14	89	20	20	34	24	1.97
5956839--5956864	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
5956818--5956884	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
5956995--5957051	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
5957056--5957101	1	46.0	1	88	0	56	4	2	2	91	0.56
5957063--5957104	21	2.0	21	95	0	75	9	4	2	83	0.88
5957062--5957104	22	2.0	21	95	4	77	9	4	2	83	0.87
5957697--5958319	55	11.3	55	90	5	924	20	20	30	29	1.97
5957697--5958319	165	3.8	165	95	1	1072	20	20	30	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5959316--5959345	11	2.7	11	94	0	51	0	3	3	93	0.42
5971744--5971825	28	2.9	28	80	7	96	26	17	31	24	1.97
5971808--5971978	51	3.3	51	79	4	189	32	11	26	29	1.91
5971961--5972033	27	2.6	28	81	14	89	20	20	34	24	1.97
5974507--5974532	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
5974486--5974552	33	2.0	33	88	0	98	43	16	14	25	1.86
5974572--5974639	19	3.9	18	76	23	83	38	14	11	35	1.83
5974594--5974618	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
5974575--5974637	32	2.0	32	96	0	117	36	15	12	34	1.86
5974695--5974751	21	2.7	21	97	0	105	36	19	10	33	1.86
5975690--5975716	13	2.1	13	100	0	54	22	18	14	44	1.86
5975705--5975760	20	2.8	20	89	2	78	35	14	16	33	1.88
5978767--5978974	79	2.6	79	78	8	217	33	13	25	27	1.93
5978929--5979149	51	4.3	51	79	4	187	31	14	27	27	1.94
5979212--5979336	51	2.5	51	88	2	171	32	11	26	29	1.91
5981613--5981720	20	5.8	20	71	22	90	39	12	17	30	1.86
5981656--5981680	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
5981616--5981721	53	2.0	53	83	7	135	37	12	17	32	1.87
5981636--5981705	33	2.1	33	94	0	122	35	12	20	31	1.90
5982505--5982546	17	2.5	17	100	0	84	30	9	35	23	1.87
5984394--5984431	3	12.7	3	88	0	58	31	28	0	39	1.57
5985798--5985823	13	2.0	13	100	0	52	0	15	7	76	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5986704--5986768	20	3.6	20	71	26	72	29	13	15	41	1.86
5986724--5986748	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5986703--5986780	33	2.4	33	97	0	147	30	14	15	39	1.87
5995578--5995602	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
5996569--5996634	21	3.1	21	86	6	89	31	10	12	45	1.76
5996561--5996656	42	2.3	42	82	7	106	33	10	10	45	1.72
5996576--5996656	21	3.8	22	82	11	89	32	11	9	46	1.72
5996420--5997022	278	2.2	275	88	4	874	30	9	10	49	1.68
5996730--5997013	21	13.6	21	73	6	148	30	7	10	51	1.64
5997339--5997386	21	2.3	20	79	10	51	33	2	10	54	1.46
5997443--5997519	21	3.7	21	75	6	75	37	7	6	48	1.58
5997627--5997677	21	2.4	21	76	0	57	35	13	7	43	1.73
5997660--5997779	11	11.4	11	71	19	69	31	4	10	54	1.53
5997936--5997990	28	2.0	28	82	3	67	23	1	9	65	1.31
5998097--5998181	42	2.0	44	84	9	113	38	8	4	48	1.54
5998089--5998201	21	5.4	21	78	8	88	35	8	6	49	1.59
5998095--5998241	21	7.2	21	67	21	80	37	7	6	48	1.56
5998763--5998801	17	2.3	17	86	0	51	38	15	7	38	1.76
6003386--6003480	36	2.8	34	79	14	117	29	25	13	31	1.94
6004032--6004056	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
6004158--6004201	22	2.1	21	87	8	63	36	11	6	45	1.67
6007210--6007267	21	2.8	21	86	0	71	20	20	0	58	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6008834--6008926	36	2.7	35	79	9	113	31	24	12	31	1.93
6009610--6009650	20	2.0	21	90	9	66	39	7	7	46	1.60
6011651--6011708	31	1.9	30	83	16	75	37	22	6	32	1.81
6014914--6014946	13	2.5	13	90	9	50	33	0	9	57	1.30
6015200--6015266	28	2.4	29	78	9	77	35	5	10	47	1.62
6020562--6020648	42	2.1	42	97	0	165	39	13	10	36	1.79
6021537--6021571	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
6031694--6031751	22	2.6	22	72	20	66	51	3	12	32	1.56
6036714--6036739	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
6038225--6038291	33	2.0	33	85	5	91	26	31	14	26	1.95
6038505--6038534	12	2.5	12	100	0	60	23	10	10	56	1.62
6039258--6039284	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
6039270--6039325	19	2.9	19	86	5	76	32	12	17	37	1.88
6039270--6039324	20	2.8	20	88	2	76	30	12	18	38	1.88
6043720--6043924	79	2.6	78	81	6	243	32	16	24	26	1.96
6043876--6043949	28	2.6	28	81	10	89	27	20	28	24	1.99
6043936--6044051	51	2.3	51	92	3	189	28	12	28	31	1.92
6046422--6046451	13	2.3	13	94	0	51	40	10	16	33	1.82
6046435--6046489	20	2.8	20	94	0	101	45	12	14	27	1.81
6048059--6048110	13	4.5	13	73	26	62	32	13	17	36	1.89
6048042--6048110	33	2.1	33	91	5	113	31	13	18	36	1.89
6049982--6050021	20	2.0	21	85	5	55	50	0	7	42	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6054547--6054599	19	2.7	20	82	2	63	33	18	16	30	1.94
6055075--6055241	57	2.9	57	99	0	325	30	18	8	42	1.80
6056283--6056308	13	2.0	13	100	0	52	38	23	15	23	1.92
6062475--6062500	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
6063073--6063198	32	4.0	31	77	13	123	33	14	23	29	1.94
6063521--6063576	29	2.0	28	82	10	69	33	16	5	44	1.70
6069894--6070101	80	2.6	79	82	2	220	29	16	28	24	1.97
6070053--6070124	28	2.6	28	88	0	99	25	19	33	22	1.97
6069974--6070391	107	3.9	107	73	9	334	30	15	27	27	1.96
6070113--6070449	52	6.4	51	71	14	220	31	12	25	29	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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