genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6555642

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1874464--1874634	41	4.2	41	75	8	132	16	25	14	44	1.85
1876811--1876849	14	2.9	14	92	3	62	23	2	0	74	0.94
1878435--1878871	166	2.6	169	83	4	528	49	9	11	30	1.70
1879852--1880461	42	14.6	42	75	11	353	39	18	24	17	1.91
1879844--1880422	85	6.9	85	76	10	458	39	18	24	17	1.92
1880466--1881000	60	8.9	60	80	3	479	38	10	25	25	1.88
1880602--1881019	30	14.0	30	65	9	145	38	10	25	25	1.88
1881281--1881758	55	8.7	54	82	11	571	27	30	21	20	1.98
1881281--1881758	171	2.9	163	85	6	596	27	30	21	20	1.98
1881585--1881736	47	3.0	48	80	17	200	29	30	22	17	1.97
1881311--1881736	116	4.0	102	83	10	471	28	30	21	20	1.98
1881305--1881759	157	2.8	162	84	7	568	28	30	21	20	1.98
1882534--1882601	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1882536--1882598	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1882555--1882579	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1882621--1882687	33	2.0	33	85	0	89	25	13	16	44	1.84
1883205--1883233	10	3.0	10	95	5	51	79	20	0	0	0.74
1885033--1885156	51	2.4	50	85	5	167	33	24	10	32	1.89
1885140--1885216	28	2.8	28	85	0	91	22	33	20	23	1.97
1896475--1896515	21	2.0	21	100	0	82	19	21	29	29	1.98
1898776--1900247	59	25.4	60	86	7	1688	25	29	20	24	1.99
1898775--1900247	119	12.7	119	86	7	1766	25	29	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1900075--1900220	47	2.9	47	84	12	177	30	28	21	19	1.98
1901024--1901091	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
1901045--1901069	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1901026--1901088	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
1901111--1901177	33	2.0	33	85	0	89	25	13	16	44	1.84
1901696--1901731	10	3.7	10	96	3	65	83	16	0	0	0.65
1901694--1901735	21	2.0	21	90	0	66	80	19	0	0	0.70
1901693--1901735	11	4.0	11	87	6	61	81	18	0	0	0.69
1903555--1903678	51	2.4	50	84	5	158	33	23	10	33	1.89
1903667--1903736	28	2.5	28	86	4	88	25	32	15	25	1.95
1905364--1905510	44	3.3	43	74	14	129	46	12	18	22	1.82
1905363--1905526	88	1.9	87	82	3	204	46	12	18	22	1.82
1905629--1905700	20	3.5	20	76	10	72	43	13	16	26	1.86
1907748--1907814	15	4.3	15	76	12	55	0	11	8	79	0.95
1908466--1908892	166	2.6	163	84	7	540	51	6	10	31	1.62
1908472--1909055	166	3.5	166	80	6	464	51	7	10	31	1.64
1917098--1917123	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1919684--1919721	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1923634--1923678	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1925701--1925726	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1927625--1927715	39	2.3	40	77	9	96	36	6	23	34	1.81
1927938--1932155	55	75.3	55	82	7	4489	26	27	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1928167--1928248	27	3.0	28	70	10	69	31	21	23	23	1.98
1929139--1929224	27	3.1	27	64	9	75	31	20	20	26	1.98
1930444--1930534	29	3.2	29	65	14	82	27	31	17	23	1.97
1932297--1933107	55	14.3	56	80	8	711	26	27	21	24	1.99
1932567--1932654	26	3.3	26	65	14	70	25	31	20	22	1.98
1927919--1933924	165	35.9	163	81	8	5813	26	27	21	24	1.99
1933128--1933924	55	14.3	55	88	2	1090	27	26	21	24	1.99
1933205--1933291	27	3.2	28	63	16	65	27	24	20	27	1.99
1934936--1935022	20	4.7	19	72	21	69	29	17	11	41	1.84
1934936--1935000	33	2.0	33	93	0	112	27	18	13	40	1.89
1937342--1937439	51	1.9	52	87	2	144	31	25	8	34	1.85
1937374--1937629	79	3.2	79	84	0	314	25	27	15	32	1.95
1938943--1939239	28	10.3	28	81	7	294	27	29	18	23	1.98
1938948--1939236	58	5.0	57	85	4	325	28	29	19	22	1.98
1940221--1940295	20	3.8	20	78	0	87	32	13	13	41	1.83
1940139--1940277	71	2.0	71	92	0	233	29	15	12	42	1.84
1942463--1942681	95	2.3	97	85	7	304	31	27	12	27	1.93
1944108--1944255	44	3.3	44	66	4	118	27	18	12	42	1.85
1944078--1944275	88	2.2	88	89	0	297	24	19	13	42	1.86
1944710--1944885	90	2.0	90	82	4	221	28	27	17	26	1.97
1944870--1945052	77	2.4	77	82	1	206	28	25	16	28	1.97
1944876--1945087	77	2.7	77	78	3	203	28	25	16	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1945458--1945727	42	6.3	42	74	10	199	17	24	18	40	1.91
1945445--1945667	86	2.6	86	77	7	222	17	24	18	38	1.93
1945811--1946024	84	2.5	84	82	6	263	21	30	14	33	1.93
1945832--1945965	43	3.2	43	67	12	123	20	30	17	32	1.95
1946191--1947407	153	7.9	154	83	3	1326	23	19	20	36	1.95
1946191--1947312	460	2.4	459	85	3	1513	23	19	20	36	1.95
1949005--1949124	51	2.3	52	86	1	161	30	15	12	41	1.84
1949005--1949143	52	2.7	51	84	1	134	30	16	12	40	1.85
1951482--1951970	81	6.1	81	80	8	504	30	25	11	31	1.91
1951528--1951953	234	1.8	234	86	2	622	31	25	10	32	1.90
1954846--1954871	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1954855--1954911	19	2.9	19	89	2	87	31	15	17	35	1.92
1954940--1955008	33	2.1	33	86	5	95	31	11	18	37	1.87
1963620--1963645	11	2.4	11	100	0	52	65	7	11	15	1.46
1964518--1964557	20	2.0	20	100	0	80	20	10	20	50	1.76
1968652--1968705	20	2.7	20	88	5	74	37	16	12	33	1.87
1968755--1968781	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1970014--1970055	20	2.0	21	95	4	77	42	23	14	19	1.87
1970061--1970087	13	2.1	13	100	0	54	29	7	14	48	1.71
1970160--1970210	26	2.0	26	100	0	102	33	15	15	35	1.90
1970153--1970217	13	5.0	13	86	0	85	32	13	18	35	1.90
1970487--1970558	34	2.1	35	84	7	94	16	15	12	55	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1971818--1971856	12	3.2	12	85	0	51	46	0	30	23	1.53
1982024--1982049	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1982088--1982163	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
1982108--1982181	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
1982088--1982181	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
1982908--1983435	262	2.0	262	100	0	1056	39	16	17	25	1.91
1984895--1984932	13	2.9	13	96	0	67	31	15	18	34	1.92
1984921--1984997	20	3.6	20	74	19	66	44	15	14	25	1.84
1986492--1987103	333	1.8	333	94	0	1098	30	21	12	34	1.91
1989181--1989225	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
1991430--1991455	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1991410--1991530	33	3.4	33	67	20	98	28	15	15	39	1.89
1991337--1991542	76	2.8	76	91	6	318	30	15	15	38	1.89
1991506--1991531	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1991570--1991645	21	3.7	21	82	3	109	28	18	11	40	1.86
1991590--1991663	20	3.7	20	81	3	103	31	20	13	35	1.91
1991570--1991663	41	2.3	41	100	0	188	29	19	12	38	1.89
1994958--1995011	20	2.7	20	85	2	63	35	14	9	40	1.78
1995699--1995725	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2008023--2008151	52	2.5	52	96	0	231	29	18	17	34	1.94
2008222--2008290	32	2.1	33	94	2	122	36	18	10	34	1.85
2009300--2009400	43	2.3	43	86	0	130	19	11	19	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2013121--2013187	33	2.0	33	82	0	80	31	10	14	43	1.80
2013228--2013255	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2016936--2017300	79	4.6	79	79	3	356	33	14	24	27	1.94
2016958--2017300	158	2.2	158	80	4	397	34	14	23	27	1.93
2019576--2019707	50	2.7	50	89	2	187	40	15	17	26	1.89
2020490--2020622	50	2.7	50	84	2	180	41	15	17	26	1.88
2020490--2020607	49	2.4	49	88	2	166	42	15	16	26	1.87
2021278--2022426	61	19.5	60	80	7	1017	27	19	26	27	1.99
2021318--2022448	110	9.7	109	76	9	604	27	19	26	27	1.99
2021923--2022010	27	3.1	29	60	15	67	28	15	27	28	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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