genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6555642

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2338227--2338375	52	2.9	51	87	4	201	32	18	16	33	1.93
2338364--2338388	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2339277--2339571	52	5.7	55	77	12	208	32	18	26	22	1.97
2339331--2339706	43	7.9	50	78	10	307	32	18	25	24	1.97
2339382--2339711	92	3.6	92	89	2	491	31	17	25	24	1.97
2339954--2340380	49	8.8	52	76	13	359	31	17	25	25	1.97
2340061--2340385	43	7.1	43	77	11	335	30	17	25	25	1.97
2340008--2340385	92	4.1	92	91	1	612	31	17	25	25	1.97
2339055--2340338	627	2.1	610	86	3	1784	34	16	25	23	1.95
2340380--2340549	32	5.2	33	86	9	251	20	17	34	28	1.95
2340378--2340541	65	2.5	64	91	4	251	18	17	33	29	1.95
2341678--2341746	29	2.4	29	84	15	90	0	10	7	82	0.84
2341678--2341746	31	2.4	31	86	13	94	0	10	7	82	0.84
2341682--2341734	27	2.0	26	85	7	72	0	9	7	83	0.83
2346794--2346911	52	2.3	52	92	0	200	32	16	15	35	1.90
2346794--2346931	52	2.7	52	85	4	172	33	16	15	34	1.91
2346920--2346944	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2347006--2347030	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2346987--2347050	32	2.0	33	93	3	112	35	17	12	34	1.87
2353840--2353893	20	2.7	20	100	0	108	35	11	18	35	1.86
2354000--2354096	32	3.0	32	86	0	131	35	16	12	36	1.86
2354253--2354448	42	4.7	41	81	6	205	14	31	17	36	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2357427--2357489	33	1.9	32	96	3	117	39	26	6	26	1.80
2357521--2357547	11	2.5	11	100	0	54	85	0	0	14	0.61
2362186--2362226	3	13.7	3	89	0	64	39	0	31	29	1.57
2365161--2365224	19	3.7	19	70	23	68	32	14	17	35	1.89
2365162--2365232	32	2.2	32	94	0	124	32	14	18	35	1.90
2365277--2365301	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2368935--2369001	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2369451--2369491	13	3.2	12	90	10	64	31	17	17	34	1.93
2369551--2369628	22	3.6	23	83	13	94	41	8	25	24	1.84
2369596--2369646	10	4.9	10	81	9	66	41	7	29	21	1.81
2369596--2369646	22	2.5	20	93	6	84	41	7	29	21	1.81
2369723--2369793	20	3.5	20	77	11	74	29	14	16	39	1.88
2369833--2369873	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2374945--2375121	61	2.9	61	81	8	184	24	31	16	27	1.96
2374940--2375274	31	11.1	31	73	13	195	23	32	14	28	1.94
2374940--2375151	92	2.3	91	82	10	252	23	30	16	30	1.96
2375007--2375302	61	4.9	58	76	14	172	23	33	13	28	1.93
2375166--2375273	54	2.0	55	87	8	159	26	36	13	23	1.92
2375165--2375274	28	4.0	28	81	8	138	26	35	13	24	1.93
2375244--2375312	34	2.1	33	86	10	97	20	27	11	40	1.87
2375318--2375370	27	2.0	27	88	0	79	28	35	9	26	1.87
2375379--2375458	28	2.8	27	84	9	88	36	28	18	16	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2375470--2377480	95	21.0	95	81	11	1761	24	25	18	32	1.97
2375470--2377426	333	5.8	327	85	8	1828	24	25	18	32	1.97
2378425--2378494	32	2.2	32	94	0	122	31	14	18	35	1.91
2378384--2378487	19	5.7	19	73	15	85	34	13	16	35	1.88
2378540--2378567	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2382722--2382774	20	2.7	20	85	5	72	37	13	16	32	1.88
2382917--2383419	249	2.0	249	98	0	961	36	18	23	21	1.95
2388544--2388591	21	2.3	20	79	10	53	39	20	0	39	1.53
2388563--2388639	33	2.4	31	79	12	82	38	23	0	37	1.55
2390975--2391012	20	2.0	20	89	5	60	31	26	10	31	1.90
2391063--2391092	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
2393259--2393298	9	4.1	9	82	17	53	30	20	0	50	1.49
2394288--2394388	19	5.6	19	84	13	151	33	11	19	34	1.89
2394266--2394389	32	3.4	36	85	14	166	35	12	18	33	1.89
2394345--2394399	13	3.8	13	75	25	56	34	12	18	34	1.89
2394288--2394435	32	4.4	32	88	6	188	32	12	18	35	1.89
2394452--2394507	20	2.8	20	89	5	78	32	16	12	39	1.85
2398618--2398670	19	2.7	20	97	2	99	33	11	18	35	1.87
2398777--2398873	32	3.0	32	89	0	149	34	17	13	35	1.89
2398818--2398901	19	4.6	19	66	20	54	33	16	13	36	1.87
2399006--2399205	42	4.8	42	83	4	206	14	31	17	37	1.89
2399722--2399781	32	1.9	32	86	3	86	36	40	5	18	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2402177--2402238	32	1.9	32	100	0	124	38	27	6	27	1.81
2402270--2402296	11	2.5	11	100	0	54	85	0	0	14	0.61
2406934--2406974	3	13.7	3	84	0	55	41	0	29	29	1.56
2406934--2406974	12	3.4	12	89	0	64	41	0	29	29	1.56
2409907--2409970	19	3.7	19	70	23	68	32	14	17	35	1.89
2409908--2409978	32	2.2	32	94	0	124	32	14	18	35	1.90
2410023--2410047	13	1.9	13	100	0	50	32	20	16	32	1.94
2413009--2413075	37	1.9	35	88	11	102	29	25	11	32	1.92
2413609--2413638	10	3.0	10	95	0	51	40	6	30	23	1.80
2413515--2413714	70	2.7	71	81	9	201	39	9	25	26	1.86
2413571--2413682	55	2.0	56	92	1	190	41	8	25	23	1.83
2413664--2413714	10	4.9	10	81	9	66	41	7	29	21	1.81
2413617--2413714	22	4.5	22	80	12	114	41	8	26	23	1.82
2413901--2413941	21	2.0	21	85	9	57	39	9	12	39	1.76
2419012--2419223	31	6.9	30	78	11	198	23	30	15	30	1.95
2419017--2419193	61	2.9	61	83	6	200	24	31	15	28	1.96
2419012--2419223	92	2.3	91	84	8	268	23	30	15	30	1.95
2419197--2419374	62	3.0	59	78	14	188	23	34	14	28	1.93
2419232--2419345	54	2.1	55	85	9	162	24	35	14	25	1.93
2419233--2419346	28	4.2	28	84	7	155	24	35	14	26	1.93
2419316--2419384	34	2.1	33	86	10	97	20	27	11	40	1.87
2419390--2419442	27	2.0	27	88	0	79	28	35	9	26	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2419451--2419530	28	2.8	27	84	9	88	36	28	18	16	1.93
2419542--2421552	95	21.0	95	79	13	1795	23	25	18	32	1.97
2419542--2421498	333	5.8	326	87	7	1881	23	25	18	32	1.97
2422497--2422566	32	2.2	32	94	0	122	31	14	18	35	1.91
2422456--2422559	19	5.7	19	75	15	94	34	14	16	34	1.89
2422612--2422639	13	2.2	13	100	0	56	28	14	17	39	1.89
2426770--2426822	20	2.7	20	85	5	72	37	13	16	32	1.88
2426965--2427467	249	2.0	249	98	0	970	36	18	23	21	1.95
2432618--2432665	21	2.3	20	79	10	53	39	20	0	39	1.53
2432637--2432713	33	2.4	31	79	12	82	38	23	0	37	1.55
2435047--2435084	20	2.0	20	89	5	60	31	26	10	31	1.90
2435135--2435164	13	2.3	13	94	0	51	36	16	10	36	1.82
2437332--2437371	9	4.1	9	82	17	53	30	20	0	50	1.49
2442108--2442160	19	2.7	20	82	2	72	28	16	16	37	1.91
2449863--2449897	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2452109--2452167	23	2.4	25	83	13	70	8	18	0	72	1.09
2452109--2452165	25	2.3	23	80	11	60	8	17	0	73	1.07
2453624--2453949	79	4.2	79	79	9	346	31	14	26	27	1.94
2453620--2453943	155	2.1	156	83	7	399	31	12	27	27	1.93
2453885--2454053	51	3.3	51	82	6	175	31	13	27	28	1.93
2456305--2456414	20	5.9	19	81	16	115	40	13	17	28	1.87
2456305--2456414	33	2.9	40	74	21	128	40	13	17	28	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2456364--2456424	13	5.2	13	77	22	80	40	16	14	27	1.88
2456344--2456444	33	3.1	32	91	5	157	40	14	15	28	1.87
2460184--2460285	42	2.4	42	81	6	116	49	13	23	13	1.78
2460301--2460534	61	3.9	61	85	4	296	26	20	26	25	1.99
2460471--2460655	94	2.0	94	89	6	286	28	19	28	23	1.98
2460574--2460706	55	2.4	55	93	0	221	23	21	26	28	1.99
2460419--2460862	149	2.9	151	85	6	601	25	20	28	25	1.99
2460713--2460974	55	4.5	59	82	8	299	25	20	28	25	1.99
2460356--2460993	209	3.0	204	72	15	528	26	20	28	24	1.99
2461950--2462022	17	4.4	16	81	13	76	2	2	9	84	0.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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