genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6555642

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
586422--586447	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
586402--586468	34	2.0	33	91	2	107	25	16	13	44	1.84
588911--588981	27	2.6	27	84	13	92	25	33	19	21	1.97
588966--589188	52	4.3	51	77	9	182	29	25	12	32	1.92
589013--589191	52	3.4	52	78	6	200	29	26	12	31	1.92
589171--589247	28	2.8	28	82	7	86	23	35	19	22	1.96
591923--591980	21	2.8	21	82	12	75	36	12	15	36	1.85
592794--592831	20	1.9	20	100	0	76	39	15	10	34	1.82
592958--593011	19	2.8	20	88	2	74	33	18	18	29	1.95
595301--595342	18	2.3	18	88	8	59	11	19	9	59	1.59
599360--599512	74	2.1	74	100	0	306	28	28	10	32	1.90
602499--602569	28	2.5	28	90	0	106	26	30	18	23	1.97
602527--602965	79	5.6	80	85	2	539	26	24	14	34	1.94
602527--602983	158	2.9	157	84	2	612	26	24	13	35	1.93
606280--607350	159	6.7	160	76	7	612	37	14	16	31	1.89
606763--607338	159	3.7	157	83	4	621	37	14	16	32	1.88
620902--620935	8	4.2	8	96	0	59	14	0	20	64	1.28
621591--621635	20	2.1	22	88	8	67	22	48	24	4	1.68
623732--623757	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
623713--623777	33	2.0	33	87	6	96	38	20	15	26	1.92
625867--626248	157	2.5	153	81	4	439	37	12	18	30	1.88
626407--626477	37	1.9	37	88	5	108	47	16	14	21	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
627039--627101	28	2.2	28	80	5	74	58	7	22	11	1.58
632958--632995	17	2.2	17	90	0	58	18	13	2	65	1.37
633014--633076	32	2.0	32	83	0	81	20	9	14	55	1.67
636206--636605	50	7.9	50	79	5	324	33	20	20	26	1.97
636229--636605	151	2.5	150	81	6	420	33	19	20	25	1.96
636230--636606	101	3.7	100	78	4	301	34	19	20	25	1.96
639815--639846	16	2.0	16	93	0	55	40	6	15	37	1.73
640396--640538	52	2.8	52	85	0	178	30	17	9	42	1.81
640501--640555	20	2.8	20	80	0	74	32	18	9	40	1.82
653534--653598	12	5.7	11	73	23	55	38	1	46	13	1.53
653534--653603	33	2.1	33	92	5	115	40	1	44	14	1.54
653552--653631	42	1.9	42	87	5	117	40	2	43	13	1.58
661927--662275	28	12.1	28	79	6	281	27	33	11	26	1.91
661928--662284	29	12.3	29	80	6	314	27	33	11	27	1.92
661928--662284	87	4.1	88	79	6	352	27	33	11	27	1.92
662276--662870	32	19.4	32	76	7	241	30	29	15	23	1.96
662246--662509	97	2.8	94	80	8	268	29	32	15	21	1.95
662275--662625	65	5.7	65	78	10	243	31	29	15	23	1.96
662153--662671	29	17.3	29	76	9	280	29	30	15	24	1.95
662650--662720	31	2.2	32	90	2	108	28	25	11	35	1.90
662925--663027	52	2.0	52	86	3	145	28	30	9	32	1.89
662879--663177	164	1.8	162	80	7	354	26	27	15	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
670432--670550	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
670465--670540	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
670456--670541	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
670447--670517	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
675557--675675	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
675590--675665	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
675581--675666	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
675572--675642	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
679814--679895	28	3.0	28	79	13	98	12	20	7	59	1.56
683122--683180	24	2.5	24	88	0	82	38	1	49	10	1.47
683122--683180	12	4.9	12	72	15	50	38	1	49	10	1.47
688933--689008	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
688932--689017	24	3.8	24	72	17	85	41	2	45	10	1.51
688923--689041	42	2.8	42	92	0	193	42	2	46	8	1.47
700061--700095	12	2.9	12	84	16	54	40	0	48	11	1.39
700064--700109	12	3.9	12	81	13	51	43	0	43	13	1.43
707956--708074	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
707989--708064	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
707980--708065	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
707971--708041	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
713076--713194	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
713109--713184	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
713100--713185	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
713091--713161	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
722674--722792	42	2.8	42	92	0	193	8	46	2	42	1.47
722707--722782	12	6.9	11	75	15	52	9	48	2	39	1.49
722698--722783	24	3.8	24	72	17	85	10	45	2	41	1.51
722689--722759	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
724075--724694	333	1.9	333	99	0	1231	28	27	11	31	1.92
733201--733235	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
733168--733286	42	2.8	42	89	0	175	9	45	1	43	1.46
733192--733277	24	3.8	24	70	17	76	11	44	1	43	1.48
734218--734683	234	2.0	234	99	0	914	43	15	19	21	1.88
736257--736332	12	6.9	11	75	15	52	39	2	48	9	1.49
736247--736365	42	2.8	42	93	0	202	42	1	46	9	1.46
736322--736371	18	2.8	18	81	6	57	44	2	46	8	1.44
743055--743124	9	7.8	9	73	17	65	44	0	42	12	1.42
743070--743138	30	2.3	30	94	0	120	43	0	44	11	1.40
743055--743119	12	5.9	12	81	15	63	43	0	44	12	1.41
743046--743122	9	7.5	10	77	18	54	46	0	42	10	1.38
743073--743149	30	2.6	30	89	4	102	42	1	45	10	1.46
743746--743778	11	2.8	12	90	4	50	45	0	51	3	1.16
755835--755902	12	6.4	10	76	17	50	38	0	50	11	1.39
755825--755944	42	2.9	42	88	0	177	41	1	47	9	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
760754--760785	9	3.6	9	91	0	55	12	43	0	43	1.42
760772--760806	12	2.9	12	84	16	54	11	48	0	40	1.39
764141--764222	28	2.9	29	78	7	98	56	7	23	13	1.62
777250--777293	13	3.7	13	77	22	60	31	13	18	36	1.90
777248--777305	22	2.6	22	100	0	116	32	13	17	36	1.89
777319--777412	43	2.2	42	96	3	179	35	19	13	31	1.91
779920--780134	106	2.0	106	100	0	430	40	14	22	22	1.90
791607--791677	18	3.6	18	69	20	61	9	43	1	45	1.46
791586--791701	24	5.3	24	68	24	94	8	47	1	42	1.44
791586--791701	42	2.7	42	91	1	196	8	47	1	42	1.44
799845--799909	18	3.3	18	67	29	51	9	49	1	40	1.44
799848--799966	42	2.8	42	92	0	193	9	45	2	42	1.49
799863--799933	18	3.6	18	69	20	52	9	43	2	43	1.52
806928--807045	42	2.9	41	90	1	182	43	2	45	8	1.48
806937--807045	41	2.6	42	92	1	184	41	2	46	9	1.50
817228--817326	22	4.4	22	78	7	101	44	11	10	34	1.74
817228--817326	46	2.2	44	80	7	110	44	11	10	34	1.74
817468--817541	22	3.4	22	71	17	57	47	14	6	31	1.71
817723--817867	45	3.0	46	77	17	159	40	3	2	53	1.32
817723--817881	54	3.1	51	70	24	138	39	3	2	54	1.30
817671--817928	99	2.6	99	84	6	276	39	3	3	53	1.36
817832--817937	45	2.4	43	85	6	140	39	2	5	51	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
817832--818188	43	8.1	44	72	13	227	38	2	6	53	1.39
818006--818111	50	2.1	51	85	7	144	36	1	2	58	1.24
818054--818190	42	3.2	40	82	8	130	35	2	7	54	1.40
818087--818190	42	2.5	41	87	3	163	36	1	7	53	1.41
832070--832109	21	1.9	21	89	0	62	82	0	10	7	0.84
832070--832117	19	2.5	20	80	13	64	81	0	10	8	0.88
832070--832116	21	2.2	21	84	0	58	82	0	10	6	0.82
833519--833998	155	3.1	153	82	2	557	25	16	18	39	1.91
833605--834029	154	2.7	153	82	4	478	25	16	20	38	1.92
834500--834741	129	1.9	129	97	0	457	34	19	19	27	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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