genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.9.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6555642

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1435185--1435239	20	2.7	20	81	10	67	47	10	12	29	1.76
1435391--1435446	21	2.7	21	100	0	112	42	10	14	32	1.80
1438955--1439346	31	12.5	31	81	3	304	22	19	13	44	1.86
1438938--1439385	31	14.4	31	78	4	197	24	19	14	41	1.88
1438934--1439402	62	7.6	62	77	5	378	23	18	14	42	1.87
1440066--1440179	20	5.6	20	74	8	104	35	10	14	39	1.80
1440052--1440183	41	3.2	41	96	0	237	34	11	13	40	1.81
1442162--1442186	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1442141--1442204	33	2.0	33	84	3	85	29	14	17	39	1.88
1442252--1442359	52	2.1	52	85	0	144	37	13	14	33	1.86
1442780--1442874	34	2.9	33	79	13	108	32	11	22	33	1.90
1448809--1448933	31	4.0	31	80	4	117	32	11	22	33	1.89
1453657--1453810	76	2.0	76	98	0	299	35	22	14	28	1.93
1454707--1454822	61	2.0	57	84	6	151	42	17	12	28	1.85
1454895--1454964	28	2.4	29	76	9	72	12	20	5	61	1.51
1458077--1458770	166	4.2	165	81	7	736	29	10	10	50	1.69
1458130--1458778	331	2.0	323	82	7	771	30	10	9	49	1.68
1458805--1458852	20	2.4	20	86	6	62	35	2	4	58	1.29
1458932--1458968	10	3.7	10	92	0	56	0	40	8	51	1.32
1458932--1458968	12	3.1	12	92	0	56	0	40	8	51	1.32
1463351--1463376	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1463874--1463911	20	1.9	20	94	0	67	34	18	7	39	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1464610--1464649	21	1.9	21	94	0	71	32	22	0	45	1.53
1471764--1471806	21	2.0	22	95	4	79	30	27	0	41	1.56
1471906--1471950	22	2.0	22	100	0	90	46	13	4	35	1.63
1472009--1472060	24	2.2	24	96	0	95	55	7	25	11	1.61
1478149--1478191	3	14.3	3	90	0	50	25	34	0	39	1.56
1479219--1479281	33	1.9	32	84	12	83	34	15	14	34	1.88
1479311--1479364	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
1481714--1481761	21	2.3	20	80	13	53	47	0	18	33	1.49
1481721--1481762	21	2.0	22	85	4	59	52	0	19	28	1.46
1484087--1484249	79	2.1	79	83	3	202	32	9	26	31	1.89
1484104--1484249	79	1.8	79	86	2	213	34	9	26	30	1.88
1486626--1486678	20	2.7	20	90	0	79	41	16	15	26	1.88
1487251--1487603	41	8.4	41	75	12	217	40	12	24	21	1.89
1487275--1487583	85	3.6	84	79	10	272	43	11	25	20	1.85
1487248--1487607	84	4.3	84	78	11	348	40	12	24	21	1.88
1487587--1487760	61	2.9	59	79	10	183	27	18	24	29	1.98
1489356--1489382	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
1490009--1490056	21	2.2	23	88	7	73	27	29	4	39	1.75
1491923--1492001	34	2.4	34	95	2	142	37	15	17	29	1.90
1491936--1492001	20	3.6	20	67	28	65	37	13	18	30	1.89
1492118--1492180	30	2.1	30	85	8	83	58	20	0	20	1.39
1498185--1498238	19	2.8	20	91	2	83	37	18	14	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1498815--1498881	1	67.0	1	78	0	71	0	1	8	89	0.54
1498800--1498881	11	7.2	11	89	6	78	0	6	7	86	0.70
1498815--1498881	12	5.6	12	83	11	84	0	1	8	89	0.54
1506085--1506129	22	2.0	22	100	0	90	26	17	26	28	1.98
1511293--1511521	79	2.9	78	84	5	291	31	13	26	27	1.94
1513918--1513947	13	2.3	13	94	0	51	43	13	13	30	1.82
1513929--1513985	20	2.8	20	89	0	87	45	15	12	26	1.82
1518649--1518674	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1518631--1518694	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
1522125--1522155	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
1524235--1524272	13	2.9	13	96	0	67	34	18	15	31	1.92
1524384--1524429	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
1524693--1524735	20	2.1	20	82	4	50	20	39	25	13	1.90
1526797--1526822	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
1526779--1526842	32	2.0	33	90	3	103	42	15	14	28	1.86
1536774--1536826	20	2.7	20	85	5	63	39	11	16	32	1.85
1537253--1537605	178	2.0	178	93	2	602	22	19	17	40	1.92
1538378--1538421	23	1.9	24	86	9	65	36	22	11	29	1.89
1540603--1540779	87	2.0	87	90	0	273	37	34	9	19	1.83
1544692--1545027	159	2.1	160	82	6	430	26	26	12	33	1.92
1544692--1545053	80	4.5	80	80	3	372	26	27	12	32	1.93
1549449--1549969	79	6.6	79	76	8	436	29	24	11	34	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1549449--1549968	158	3.3	154	80	5	551	29	24	11	35	1.90
1549907--1550020	50	2.3	51	84	7	144	31	28	7	32	1.86
1549829--1550098	129	2.1	130	81	3	312	30	26	9	34	1.88
1549906--1550021	51	2.3	51	83	4	155	31	28	8	31	1.87
1552178--1552215	16	2.4	16	95	0	67	28	2	0	68	1.03
1552178--1552215	8	4.8	8	84	9	51	28	2	0	68	1.03
1554491--1554545	20	2.8	20	85	0	74	36	18	9	36	1.82
1562521--1562546	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1562606--1562678	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
1562585--1562661	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
1562585--1562678	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
1563232--1563327	48	2.0	48	100	0	192	25	29	8	37	1.85
1565168--1565206	13	3.0	13	92	0	60	38	15	15	30	1.88
1571362--1571387	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
1571447--1571519	20	3.6	20	81	3	101	31	17	13	36	1.89
1571426--1571502	21	3.7	21	77	6	86	28	16	11	42	1.84
1571426--1571519	41	2.3	41	94	3	163	29	18	12	39	1.88
1573447--1573493	19	2.4	20	89	3	69	36	14	17	31	1.90
1575057--1575142	43	2.0	43	100	0	172	37	16	18	27	1.92
1579039--1579075	16	2.4	15	86	8	56	16	10	0	72	1.10
1579799--1579823	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
1579779--1579845	33	2.0	33	88	0	98	32	11	14	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1579886--1579910	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
1579919--1580047	52	2.5	52	94	0	222	34	17	17	30	1.94
1584156--1584182	10	2.7	10	100	0	54	0	0	22	77	0.76
1860483--1860624	1	142.0	1	89	0	212	0	0	94	4	0.34
1862994--1863117	30	4.1	30	81	8	130	25	28	16	29	1.96
1863101--1863134	17	2.0	17	94	0	59	23	26	17	32	1.97
1863071--1863164	47	2.0	47	89	0	143	25	28	14	30	1.95
1863118--1863193	30	2.5	30	84	0	98	27	26	13	32	1.93
1863214--1863291	30	2.6	30	93	0	129	26	23	10	39	1.86
1863274--1863451	29	6.1	30	71	14	131	24	26	12	36	1.91
1863273--1863367	32	3.1	32	81	6	115	22	24	12	41	1.88
1863336--1863450	27	4.1	27	76	5	113	26	27	11	33	1.91
1863245--1863397	61	2.6	59	78	5	173	24	25	11	38	1.89
1863406--1863519	28	4.1	28	76	5	97	28	28	15	27	1.96
1863274--1863484	28	7.3	27	74	10	109	25	25	13	35	1.93
1863467--1863852	29	13.2	29	73	12	247	29	22	18	29	1.97
1863475--1863850	28	12.9	29	69	16	138	29	22	17	30	1.97
1863628--1863844	89	2.5	88	79	7	219	31	23	16	28	1.96
1863476--1863863	57	6.6	56	75	10	294	29	23	17	29	1.97
1864739--1864777	20	2.0	20	89	0	60	38	10	20	30	1.86
1864837--1864955	51	2.3	52	86	1	159	29	15	10	44	1.80
1864837--1864969	52	2.6	51	84	1	149	30	15	11	43	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1867431--1867484	26	2.1	26	96	0	99	37	12	1	48	1.53
1870729--1870760	16	2.1	16	88	11	50	18	6	6	68	1.32
1871930--1871984	9	6.1	9	89	6	85	78	0	12	9	0.97
1872554--1872800	105	2.4	104	80	4	275	28	21	13	36	1.92
1873936--1874388	41	11.1	41	74	5	263	19	26	13	39	1.89
1874054--1874144	40	2.3	41	84	7	116	21	34	13	30	1.92
1873955--1874247	121	2.4	123	82	4	351	19	28	13	38	1.90
1874309--1874412	41	2.5	41	84	3	120	18	19	16	46	1.85
1873936--1874451	123	4.2	122	76	6	456	19	25	13	40	1.89
1874349--1874451	41	2.5	40	80	9	102	17	20	15	46	1.84

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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