genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6555642

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2021318--2022448	286	3.9	284	86	5	1354	27	19	26	27	1.99
2023545--2023579	9	4.0	9	85	7	54	2	0	11	85	0.69
2023545--2023579	18	2.0	17	94	5	61	2	0	11	85	0.69
2023545--2023579	8	4.1	8	86	13	52	2	0	11	85	0.69
2032872--2032902	16	1.9	16	100	0	62	22	32	6	38	1.80
2035900--2036284	79	4.9	78	74	6	285	32	13	25	28	1.93
2038577--2038708	50	2.7	50	89	2	187	40	15	17	26	1.89
2041295--2041324	10	3.0	10	90	0	51	86	0	13	0	0.57
2041682--2042036	77	4.7	73	82	10	310	71	3	16	7	1.23
2041854--2041920	16	4.1	16	76	12	57	76	2	16	4	1.08
2041933--2041971	20	1.9	20	84	5	51	74	2	23	0	0.94
2041722--2042036	77	4.2	75	84	9	428	70	2	18	8	1.24
2045040--2045099	20	3.0	20	80	7	77	38	18	11	31	1.87
2045040--2045095	19	2.8	20	89	2	78	39	17	12	30	1.87
2045114--2045152	20	1.9	21	84	5	53	28	12	20	38	1.89
2052388--2052502	19	6.8	18	75	22	106	35	11	17	35	1.86
2052409--2052510	32	3.2	32	98	1	197	33	12	18	35	1.89
2052428--2052510	13	5.5	13	72	27	67	33	13	18	34	1.89
2052588--2052718	52	2.5	52	88	0	208	35	18	16	30	1.92
2059773--2059803	15	2.1	15	93	0	53	48	16	22	12	1.80
2061886--2061923	13	2.9	13	92	0	58	34	15	15	34	1.90
2062035--2062080	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2063535--2063578	23	2.0	21	82	8	52	15	9	15	59	1.61
2064499--2064524	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2064483--2064544	32	1.9	33	90	3	99	43	16	12	27	1.84
2074275--2074321	15	3.1	15	75	0	58	42	40	0	17	1.49
2080242--2080294	10	5.5	10	75	8	56	84	13	1	0	0.69
2080235--2080294	16	3.6	16	86	4	66	85	11	1	1	0.76
2080242--2080293	15	3.6	14	87	7	68	84	13	1	0	0.70
2081500--2081572	26	2.8	27	76	14	80	34	13	16	35	1.88
2081568--2081931	28	12.9	28	88	4	462	27	30	19	22	1.98
2081572--2082056	28	16.7	30	83	8	286	27	30	20	22	1.98
2081781--2082047	63	4.4	62	83	6	243	27	30	20	21	1.98
2090320--2090383	30	2.1	30	100	0	128	42	10	18	28	1.84
2091106--2091164	20	3.0	20	89	0	91	35	8	20	35	1.83
2091181--2091265	20	3.8	20	72	21	80	32	15	16	35	1.90
2091128--2091265	52	2.8	48	82	7	168	34	13	17	34	1.89
2093349--2093400	19	2.7	20	90	6	88	44	15	11	28	1.81
2096537--2097655	156	7.2	155	77	6	686	39	17	14	28	1.89
2096499--2097633	311	3.7	310	76	6	861	39	17	14	29	1.89
2096704--2097599	467	1.9	463	80	4	1014	39	17	14	28	1.89
2097971--2098291	154	2.1	154	84	4	409	46	17	5	30	1.71
2103495--2103556	33	1.9	33	86	3	90	38	11	14	35	1.82
2104189--2104231	19	2.2	20	87	8	61	62	23	0	13	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2104896--2104932	16	2.4	15	86	8	56	56	8	5	29	1.51
2107825--2107870	18	2.3	20	82	17	69	36	19	4	39	1.72
2107835--2107873	18	2.2	18	100	0	78	33	25	5	35	1.78
2112939--2112992	20	2.7	20	97	0	99	25	12	16	44	1.84
2112978--2113004	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2113073--2113174	33	3.1	33	84	5	127	34	11	16	37	1.85
2121187--2121241	20	2.8	20	83	5	67	34	14	10	40	1.81
2126224--2126318	19	5.6	19	71	27	79	36	14	12	35	1.85
2126211--2126333	32	3.8	32	93	0	210	36	14	13	34	1.86
2126243--2126331	13	5.9	13	71	27	61	34	15	13	35	1.87
2127050--2127326	49	5.6	48	81	5	275	34	19	23	22	1.96
2127050--2127325	98	2.8	100	82	4	324	34	19	23	22	1.97
2126902--2127383	102	4.8	99	75	10	320	33	17	24	23	1.96
2127048--2127386	49	6.8	50	79	4	175	33	17	24	24	1.96
2127460--2127570	28	4.0	28	75	3	107	22	18	31	27	1.97
2127460--2127569	56	2.0	56	80	10	127	21	18	31	28	1.97
2127439--2127569	28	4.7	27	74	11	102	20	16	32	30	1.95
2127553--2127829	34	8.2	34	74	12	239	36	11	29	22	1.90
2127533--2127724	97	2.0	97	90	0	303	33	13	29	23	1.93
2127651--2127833	69	2.6	68	84	4	240	36	11	30	21	1.89
2127814--2127987	28	6.1	29	79	6	185	19	16	32	31	1.94
2127842--2127978	29	4.7	29	84	3	186	18	18	32	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2127813--2127977	87	1.9	87	93	0	285	19	17	32	30	1.95
2127837--2127987	57	2.6	58	88	2	205	19	16	33	30	1.94
2129098--2129176	9	8.6	9	82	6	79	1	2	8	87	0.69
2129098--2129178	18	4.3	18	84	10	92	1	2	8	87	0.68
2129098--2129178	14	5.8	14	80	12	78	1	2	8	87	0.68
2129107--2129178	1	72.0	1	78	0	72	1	2	6	88	0.65
2143072--2143097	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2147741--2148525	34	24.4	33	77	13	671	20	31	12	35	1.90
2147741--2148485	95	7.8	94	82	9	793	20	31	12	35	1.90
2147741--2148525	129	6.1	126	78	12	696	20	31	12	35	1.90
2148499--2148595	30	3.4	29	79	11	103	32	31	19	15	1.93
2148527--2148622	27	3.4	28	80	8	106	34	34	17	13	1.89
2148649--2149446	39	17.8	48	73	16	264	26	26	18	28	1.98
2148785--2149339	87	6.4	87	93	0	903	26	27	19	27	1.99
2148693--2149206	126	4.0	126	76	13	535	26	27	19	26	1.99
2149268--2149536	52	5.4	49	76	7	247	24	27	17	30	1.97
2149254--2149494	101	2.4	100	85	2	313	24	27	17	29	1.97
2150329--2150393	20	3.6	20	69	26	72	36	12	7	43	1.71
2150349--2150373	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
2150327--2150407	33	2.5	33	97	0	153	35	11	9	43	1.74
2150327--2150425	33	3.0	32	91	5	137	34	12	10	43	1.76
2151136--2151355	106	2.1	106	98	1	424	21	17	24	37	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2153573--2153598	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2153555--2153619	32	2.0	34	87	6	98	38	16	15	29	1.90
2156426--2156452	1	27.0	1	100	0	54	100	0	0	0	0.00
2156456--2156512	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2156568--2156635	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2156589--2156613	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2156570--2156632	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
2156675--2156700	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2156655--2156721	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2159167--2159239	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
2159376--2159451	28	2.7	27	80	8	82	25	31	14	28	1.95
2171849--2171920	7	9.4	8	77	10	53	84	5	9	0	0.76
2171849--2171904	19	3.0	18	80	17	69	89	7	3	0	0.59
2171849--2171904	1	56.0	1	78	0	58	89	7	3	0	0.59
2172933--2173022	26	3.3	26	68	14	83	28	32	17	21	1.96
2172886--2173508	55	11.3	55	91	4	922	29	30	20	20	1.98
2173208--2173297	26	3.3	26	67	19	76	30	34	16	18	1.94
2175018--2175045	1	28.0	1	100	0	56	100	0	0	0	0.00
2175049--2175105	21	2.7	21	97	0	105	33	10	19	36	1.86
2175161--2175228	19	3.9	19	78	21	85	35	11	14	38	1.83
2175182--2175206	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2175163--2175225	32	2.0	32	96	0	117	34	12	15	36	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2175268--2175293	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2175248--2175314	33	2.0	33	88	0	98	25	14	16	43	1.86
2177760--2177832	27	2.7	27	87	6	94	23	34	21	20	1.97
2177963--2178044	28	2.9	28	82	7	96	24	30	17	28	1.97
2183615--2183660	21	2.2	20	81	11	58	32	19	4	43	1.71
2186045--2186070	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2186027--2186091	32	2.0	32	87	6	94	40	18	13	27	1.89
2187595--2187670	22	3.4	22	85	8	100	34	5	35	25	1.78
2187595--2187670	23	3.4	23	90	5	120	34	5	35	25	1.78
2188203--2188229	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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