genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6555642

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2188214--2188251	19	2.0	20	89	5	60	28	18	13	39	1.88
2188183--2188262	32	2.5	33	82	11	94	28	16	15	40	1.88
2188312--2188384	20	3.7	20	87	3	94	34	10	19	35	1.87
2191011--2191049	20	2.0	20	84	0	51	51	2	2	43	1.29
2192886--2193286	163	2.4	163	83	7	497	28	11	10	49	1.72
2196874--2197526	155	4.2	154	81	6	617	40	21	15	22	1.91
2196940--2197526	154	3.8	153	81	6	571	39	21	15	22	1.91
2198386--2198438	19	2.7	20	85	8	72	28	13	18	39	1.88
2198386--2198444	19	3.0	18	80	14	64	25	11	22	40	1.88
2199310--2199353	20	2.0	20	87	12	61	63	13	9	13	1.51
2200489--2200531	20	2.1	20	86	4	59	9	30	44	16	1.79
2201186--2201211	8	3.2	8	100	0	52	61	26	0	11	1.30
2201184--2201226	16	2.6	16	81	7	50	67	20	0	11	1.22
2204517--2204548	12	2.7	12	100	0	64	50	25	0	25	1.50
2205618--2205672	21	2.6	21	97	0	101	43	14	14	27	1.84
2205759--2205796	20	1.9	20	100	0	76	31	13	10	44	1.77
2205730--2205837	51	2.1	51	91	1	173	26	16	10	46	1.79
2209635--2210096	166	2.8	166	86	3	592	52	9	9	28	1.66
2211472--2211497	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2211452--2211515	32	2.0	33	87	9	96	29	14	17	39	1.88
2214041--2214070	13	2.3	13	100	0	60	36	13	16	33	1.88
2216152--2216182	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2219659--2219684	13	2.0	13	100	0	52	30	15	15	38	1.88
2219639--2219702	32	2.0	33	87	9	96	29	14	17	39	1.88
2220207--2220231	11	2.3	11	100	0	50	28	40	0	32	1.57
2221876--2221918	21	2.0	21	86	8	61	39	0	9	51	1.34
2222590--2223082	166	3.0	164	81	9	540	31	9	8	50	1.65
2224222--2224584	165	2.2	165	99	0	717	40	8	6	44	1.60
2224494--2225010	140	3.8	138	84	7	583	34	10	10	44	1.73
2224494--2225004	139	3.7	139	84	6	596	34	10	10	44	1.73
2225532--2225912	132	2.9	131	92	1	611	22	14	26	37	1.92
2226728--2226756	15	1.9	15	100	0	58	48	6	17	27	1.72
2228818--2229107	156	1.9	155	83	2	384	38	21	16	23	1.92
2229137--2231764	155	17.0	155	75	8	1538	37	20	17	24	1.93
2229286--2231420	306	6.9	306	77	8	932	38	20	16	24	1.93
2232866--2232911	23	2.2	20	81	14	56	2	8	23	65	1.32
2233036--2233075	21	1.9	21	89	0	62	10	35	12	42	1.76
2233054--2233103	25	2.0	25	84	0	64	10	26	10	54	1.65
2233080--2233196	33	3.5	33	85	0	126	11	29	12	46	1.78
2233174--2233229	25	2.2	25	90	0	85	8	21	16	53	1.69
2233751--2234398	165	3.9	162	77	10	656	50	8	11	29	1.68
2233768--2234368	329	1.8	330	83	5	795	50	8	11	29	1.68
2235983--2236021	20	1.9	21	89	5	62	20	12	20	46	1.83
2236733--2236802	35	2.0	35	91	0	113	27	25	0	47	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2243180--2243259	39	2.1	39	95	0	142	42	10	7	40	1.67
2244734--2244761	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2247810--2247848	20	1.9	21	94	5	71	20	12	20	46	1.83
2248952--2248986	16	2.2	16	89	0	52	28	0	11	60	1.32
2249881--2249933	28	2.0	26	88	7	79	77	0	13	9	0.99
2250525--2250849	111	2.9	110	78	8	284	32	14	13	39	1.85
2251592--2251849	89	2.9	86	81	6	266	29	26	13	30	1.94
2252138--2252187	20	2.5	20	80	3	57	30	14	16	40	1.87
2252734--2252888	32	4.9	30	79	16	154	30	14	24	30	1.94
2252734--2252887	65	2.4	65	82	8	190	30	14	24	31	1.94
2253299--2253367	33	2.1	33	83	0	84	31	10	20	37	1.86
2262664--2262718	20	2.8	19	83	5	74	30	16	16	36	1.91
2262747--2262809	33	1.9	32	87	12	92	33	12	19	34	1.89
2265754--2265861	54	2.0	54	100	0	216	38	18	12	29	1.88
2268958--2268982	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2270884--2270920	17	2.1	18	95	5	67	48	0	18	32	1.49
2271286--2271679	79	5.1	77	75	11	351	34	12	24	28	1.92
2271342--2271473	70	1.9	70	85	0	183	38	10	21	29	1.87
2274008--2274126	50	2.4	50	94	0	202	42	15	16	26	1.88
2277325--2277440	51	2.3	51	92	3	189	43	12	16	27	1.83
2277341--2277421	20	3.2	25	71	28	73	46	9	17	25	1.78
2285325--2285366	20	2.2	19	86	4	57	23	21	11	42	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2295083--2295538	164	2.8	166	82	5	550	28	9	7	54	1.60
2295083--2295519	167	2.7	164	84	3	549	28	9	7	54	1.61
2295070--2295572	167	3.1	161	79	8	525	28	10	7	53	1.62
2296159--2296203	10	4.2	11	83	13	58	80	0	17	2	0.82
2297689--2297769	19	4.5	19	75	19	84	27	14	16	41	1.87
2297706--2297769	32	2.0	32	96	0	119	25	14	18	42	1.88
2298645--2298669	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2298657--2298709	20	2.6	21	82	8	65	35	16	18	28	1.93
2304694--2304718	13	1.9	13	100	0	50	32	16	20	32	1.94
2307173--2307197	13	1.9	13	100	0	50	32	16	16	36	1.90
2307185--2307237	20	2.6	21	82	8	65	37	16	16	28	1.91
2307279--2307311	13	2.4	14	85	15	50	42	15	15	27	1.86
2307286--2307311	13	2.0	13	100	0	52	38	15	15	30	1.88
2307268--2307332	34	2.0	32	88	11	96	38	16	15	29	1.90
2313545--2313589	22	2.0	23	82	4	56	33	20	2	44	1.63
2321786--2322176	42	9.5	42	76	9	349	15	30	16	37	1.90
2321918--2321980	33	1.9	33	83	0	81	15	28	15	39	1.89
2321871--2322015	75	1.9	75	84	5	195	15	30	17	36	1.91
2321946--2322176	83	2.8	84	82	4	295	16	31	16	36	1.90
2321786--2322176	125	3.2	124	79	11	444	15	30	16	37	1.90
2323148--2323304	32	5.1	31	87	9	205	22	32	15	28	1.95
2323151--2323298	62	2.4	62	90	3	235	24	32	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2323244--2323782	61	8.2	69	83	8	450	20	34	12	32	1.90
2323246--2323739	104	4.9	104	81	11	538	20	34	12	32	1.90
2323552--2323761	27	7.1	27	73	17	150	21	34	14	29	1.93
2323552--2323810	61	4.2	60	84	7	258	22	35	14	28	1.93
2323803--2324356	49	11.8	48	82	9	662	24	24	18	32	1.97
2323798--2324365	92	6.1	92	90	3	857	24	25	17	32	1.97
2323803--2324312	141	3.7	141	84	7	693	24	25	18	31	1.97
2324266--2324419	52	2.9	53	80	8	186	24	22	15	37	1.93
2324369--2324495	67	1.9	68	85	4	177	23	24	12	39	1.89
2326166--2326212	21	2.3	20	82	13	60	25	17	14	42	1.87
2330889--2330942	21	2.7	20	77	8	65	35	14	14	35	1.88
2331582--2332048	49	9.2	52	75	11	194	33	17	25	23	1.96
2331629--2332674	49	21.5	49	81	7	1104	32	18	26	23	1.97
2331678--2332674	101	10.3	101	83	7	1150	31	18	26	23	1.97
2331924--2332674	48	15.8	43	74	16	202	31	18	26	23	1.97
2331883--2332638	99	8.0	92	78	13	595	31	18	26	23	1.97
2331676--2332674	383	2.6	384	84	7	1255	32	18	26	23	1.97
2332477--2332544	22	3.1	22	62	26	54	30	20	27	20	1.98
2332456--2332523	21	3.2	21	62	25	52	27	19	29	23	1.98
2332697--2332778	28	2.8	27	80	12	83	21	18	24	35	1.96
2332707--2332803	30	3.3	29	76	15	101	18	15	30	35	1.92
2332801--2332937	34	4.0	33	87	5	130	37	11	29	20	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2332812--2333200	37	11.0	36	81	8	408	36	10	31	21	1.88
2332837--2333190	108	3.3	108	81	6	445	35	10	31	21	1.88
2332812--2333193	71	5.4	71	87	4	499	35	10	31	21	1.88
2333165--2333379	31	7.1	31	81	9	239	32	16	27	23	1.96
2333170--2333376	61	3.4	61	81	6	231	30	16	28	24	1.97
2333163--2333379	92	2.4	91	87	6	298	32	16	27	23	1.96
2333479--2333516	16	2.3	17	86	4	51	26	5	23	44	1.74
2334676--2334727	16	3.1	17	81	18	63	0	0	21	78	0.74
2334676--2334727	17	3.1	16	83	10	68	0	0	21	78	0.74
2338227--2338355	52	2.5	52	93	0	213	31	18	15	34	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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