genome.fa.s7.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: Scaffold7
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  6555642

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   

This is table  14  of  37  ( 4421 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2461977--2462024	1	48.0	1	78	0	51	2	0	8	89	0.56
2461950--2462024	28	2.7	27	82	8	89	2	2	9	85	0.79
2461957--2462021	6	11.5	6	79	14	68	3	1	10	84	0.80
2472332--2472356	4	6.2	4	100	0	50	76	0	0	24	0.80
2474398--2474553	79	2.0	80	89	3	244	35	14	23	26	1.94
2474613--2474781	51	3.3	51	80	4	155	29	11	27	30	1.92
2477076--2477128	20	2.7	20	91	5	81	41	9	15	33	1.79
2477637--2477848	60	3.4	62	75	12	184	43	16	10	29	1.81
2483922--2485225	52	25.3	52	77	5	1175	36	14	23	25	1.92
2483972--2484051	41	2.0	41	87	0	115	27	17	25	30	1.97
2484012--2485225	156	7.8	156	81	3	1354	37	14	23	25	1.92
2486299--2486887	79	7.5	78	78	8	468	36	12	22	28	1.91
2486298--2486887	158	3.8	156	78	9	556	36	12	22	28	1.91
2488004--2488059	19	2.9	19	86	2	76	28	23	12	35	1.91
2488011--2488058	20	2.5	19	89	3	69	31	22	10	35	1.88
2491653--2491680	13	2.2	13	100	0	56	35	14	10	39	1.81
2496415--2496444	16	1.9	15	93	6	51	53	0	6	40	1.27
2502442--2502494	20	2.5	22	90	6	83	43	9	13	33	1.76
2502565--2502591	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2502543--2502610	34	2.0	34	85	5	93	30	14	11	42	1.82
2503069--2503506	61	7.0	61	77	10	349	31	17	24	26	1.97
2503102--2503448	122	2.8	122	81	5	407	31	17	25	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2503173--2503506	119	2.8	120	80	6	383	32	17	23	26	1.96
2504365--2504397	9	3.6	9	95	4	57	0	0	12	87	0.53
2504351--2504397	19	2.3	21	85	7	62	2	4	8	85	0.81
2504365--2504411	14	3.3	14	84	3	58	0	0	14	85	0.61
2505404--2505466	19	3.7	18	76	24	73	33	12	15	38	1.86
2505423--2505447	13	1.9	13	100	0	50	36	16	16	32	1.90
2505404--2505474	32	2.2	32	95	5	126	32	12	16	38	1.87
2515029--2515143	51	2.3	50	82	13	137	34	6	27	31	1.81
2514981--2515222	130	1.9	129	83	5	317	35	9	25	29	1.87
2515076--2515225	79	1.9	79	83	5	196	35	10	24	29	1.89
2515159--2515270	51	2.2	50	92	6	181	36	9	25	28	1.88
2514981--2515270	130	2.2	130	79	6	309	36	9	24	28	1.87
2515233--2515312	42	1.9	42	87	10	119	36	5	30	28	1.78
2515270--2515615	79	4.4	79	84	3	455	34	11	26	28	1.91
2515270--2515615	158	2.2	158	89	2	525	34	11	26	28	1.91
2519197--2519235	10	4.1	9	81	12	51	5	0	10	84	0.76
2522769--2522825	20	2.8	20	84	7	71	35	14	12	38	1.83
2522811--2522836	13	2.0	13	100	0	52	38	7	15	38	1.76
2525509--2525601	48	1.9	48	82	0	114	40	13	12	32	1.83
2526438--2526511	20	3.8	20	87	1	96	29	14	17	37	1.90
2526541--2526605	33	2.0	32	85	11	87	35	15	16	32	1.91
2535055--2535107	19	2.7	19	82	2	61	30	18	18	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2535254--2535292	20	2.0	20	89	0	60	33	7	15	43	1.75
2539167--2539192	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
2546008--2546038	15	2.1	15	93	0	53	12	22	16	48	1.80
2547842--2547886	21	2.1	21	84	8	56	22	20	4	53	1.63
2550078--2550136	29	2.0	29	87	6	84	28	11	18	40	1.86
2550159--2550231	20	3.6	20	81	9	76	28	17	15	38	1.90
2550179--2550234	20	2.8	20	89	5	78	28	17	16	37	1.91
2556997--2557116	60	2.0	61	83	1	152	35	12	26	25	1.92
2557066--2558020	52	18.1	52	75	8	159	38	15	23	23	1.92
2557222--2557386	60	2.7	60	81	2	215	40	14	21	23	1.90
2557346--2557988	105	6.2	104	83	4	699	38	14	23	23	1.92
2557348--2557988	260	2.5	261	81	6	800	38	14	23	23	1.92
2559593--2559648	21	2.6	22	80	8	80	39	10	17	32	1.84
2559785--2559822	20	1.9	20	94	0	67	28	18	13	39	1.88
2559683--2559873	52	3.7	53	84	5	234	29	16	13	39	1.87
2559837--2559890	19	2.8	20	91	2	92	35	18	9	37	1.83
2559683--2559873	103	1.9	101	82	4	240	29	16	13	39	1.87
2562330--2562432	51	2.0	50	83	9	129	33	17	5	43	1.73
2562367--2562553	78	2.4	79	83	7	240	28	20	9	41	1.84
2567189--2567241	20	2.7	20	96	0	97	41	15	9	33	1.79
2567999--2568047	22	2.2	22	81	3	53	28	26	2	42	1.66
2569591--2569630	20	2.0	20	95	0	71	27	22	10	40	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2576811--2576867	28	2.0	28	86	0	78	47	1	21	29	1.61
2581042--2581198	42	3.7	42	84	4	174	17	31	17	33	1.94
2581730--2581783	23	2.3	23	84	6	74	79	3	3	12	1.00
2581861--2581946	21	4.5	21	68	21	71	25	19	9	45	1.80
2581868--2581959	17	5.2	17	69	23	64	27	20	8	43	1.81
2581827--2581947	55	2.1	60	87	9	180	26	19	9	45	1.79
2581919--2581991	30	2.4	32	84	6	89	24	21	10	42	1.85
2582235--2582271	17	2.1	18	90	5	58	54	13	27	5	1.61
2582196--2582320	45	2.8	45	89	4	173	54	13	24	7	1.64
2582529--2582659	40	3.3	40	84	2	156	29	40	16	13	1.87
2582599--2582697	40	2.5	39	82	9	103	30	35	19	15	1.92
2584284--2584614	157	2.1	154	90	3	515	21	16	20	40	1.91
2584312--2584652	157	2.2	157	87	2	467	21	17	21	39	1.92
2588228--2588264	17	2.1	18	85	14	51	43	2	0	54	1.14
2599861--2599910	21	2.3	22	80	10	59	28	8	16	48	1.74
2600114--2600178	33	2.0	32	85	11	87	35	13	18	32	1.90
2600146--2600323	72	2.5	72	92	0	293	39	13	14	32	1.85
2606339--2606390	20	2.9	17	83	13	61	40	9	13	36	1.77
2608696--2608745	21	2.3	22	80	10	59	28	8	16	48	1.74
2608873--2608899	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2608854--2608918	32	2.0	32	88	8	96	27	16	13	41	1.87
2608970--2609033	33	1.9	33	84	12	87	37	15	17	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2614070--2614174	20	4.8	20	68	21	75	45	8	16	29	1.76
2614020--2614155	50	2.7	50	84	1	173	46	8	16	29	1.75
2614068--2614245	71	2.5	71	88	2	261	43	10	16	29	1.81
2614191--2614254	20	3.2	20	76	8	76	40	14	15	29	1.86
2614800--2614934	49	2.8	48	88	4	207	31	19	28	20	1.97
2614990--2615069	30	2.6	31	78	6	81	25	21	26	27	1.99
2615040--2615303	28	9.5	29	75	16	166	26	16	27	29	1.97
2614985--2615523	32	18.3	28	73	14	265	24	17	27	30	1.97
2615089--2615281	76	2.4	77	83	9	228	24	15	29	30	1.96
2616737--2616788	11	4.8	10	79	11	50	1	1	11	84	0.78
2616737--2616787	12	4.5	11	85	7	66	1	1	9	86	0.73
2616736--2616774	8	5.0	8	81	6	53	2	2	10	84	0.81
2619711--2619936	75	3.0	75	95	0	407	25	23	19	31	1.98
2623838--2623864	13	2.1	13	100	0	54	29	14	14	40	1.86
2634925--2634991	33	2.0	33	85	5	91	38	13	16	31	1.87
2635023--2635113	19	4.7	19	94	2	146	35	18	12	34	1.88
2635792--2637256	49	30.4	49	80	9	1477	31	18	25	24	1.97
2635792--2637256	150	10.1	148	82	8	1613	31	18	25	24	1.97
2636487--2637225	43	16.1	43	77	13	661	31	18	25	24	1.98
2636340--2637273	92	10.0	92	90	3	1411	31	18	25	24	1.97
2637305--2637364	27	2.2	28	90	3	95	26	13	35	25	1.93
2637337--2637653	34	9.5	33	78	8	277	35	11	30	21	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2637364--2637653	64	4.4	65	75	12	191	36	11	30	21	1.89
2637310--2637628	97	3.2	99	76	12	266	35	11	30	22	1.90
2637310--2637692	166	2.3	166	81	9	430	34	12	30	22	1.91
2646001--2646028	13	2.2	13	100	0	56	39	17	14	28	1.89
2645982--2646048	33	2.0	33	85	5	91	41	11	16	29	1.84
2646080--2646132	21	2.6	21	88	5	74	33	16	13	35	1.88
2651427--2651668	20	11.0	20	70	20	146	42	11	16	28	1.84
2651372--2651547	71	2.5	72	89	0	255	46	10	15	27	1.79
2651444--2651658	111	1.9	111	91	1	351	42	12	16	28	1.84
2660606--2660664	20	3.1	19	87	2	82	35	13	15	35	1.87

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37