genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_018397254.1 Herrania umbratica cultivar Fairchild unplaced genomic scaffold, ASM216827v2 scaffold_30.0, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15579451

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8656056--8656121	5	11.0	6	74	20	50	68	0	0	31	0.90
8656056--8656121	11	5.5	12	69	24	50	68	0	0	31	0.90
8655962--8656304	27	12.1	28	69	21	159	63	0	2	33	1.14
8655962--8656304	112	3.0	113	95	3	602	63	0	2	33	1.14
8656101--8656287	63	3.2	61	71	19	198	63	1	3	32	1.18
8656154--8656227	21	3.5	22	82	14	93	68	0	0	31	0.89
8656164--8656234	23	3.0	23	75	22	74	69	0	0	30	0.89
8656453--8656506	15	3.6	15	87	0	72	37	25	3	33	1.74
8668960--8669039	41	2.0	41	87	0	115	43	12	8	35	1.73
8669083--8669109	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
8674873--8674906	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
8675128--8675170	5	8.6	5	85	10	61	20	2	0	76	0.89
8676443--8676467	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
8677604--8677638	2	18.0	2	88	5	54	51	2	0	45	1.16
8678275--8678480	108	1.9	108	89	0	322	48	3	11	36	1.57
8682531--8682605	31	2.3	32	86	6	107	29	1	2	66	1.13
8682585--8682653	29	2.4	30	79	16	83	34	0	5	59	1.21
8687665--8687690	13	2.0	13	100	0	52	23	15	23	38	1.92
8698472--8698496	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
8699259--8699306	25	1.9	25	83	8	62	56	0	6	37	1.25
8701253--8701305	21	2.5	20	80	16	63	67	1	0	30	1.01
8701241--8701330	34	2.7	33	84	8	110	63	4	0	32	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8704652--8704686	15	2.3	15	95	0	61	37	0	0	62	0.95
8705385--8705415	3	10.3	3	92	0	53	32	0	0	67	0.91
8710755--8710781	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
8711035--8711089	22	2.5	22	85	5	67	54	5	3	36	1.41
8712591--8712696	51	2.0	56	85	9	150	66	0	1	31	1.09
8712674--8712747	24	3.0	26	72	20	77	67	0	2	29	1.04
8712714--8712877	14	10.5	17	68	24	55	64	0	2	32	1.11
8712791--8712932	33	4.1	35	68	19	93	66	0	2	31	1.04
8712711--8713143	106	4.0	107	89	8	641	64	0	2	32	1.10
8712903--8713076	26	6.8	24	67	26	83	66	0	1	31	1.02
8712902--8712961	21	2.7	23	80	15	72	70	0	0	30	0.88
8712711--8713143	216	2.0	215	89	7	675	64	0	2	32	1.10
8713002--8713088	20	4.5	19	75	16	81	68	0	1	29	0.96
8712997--8713092	51	2.0	47	82	15	115	66	0	1	32	0.99
8714271--8714316	20	2.3	20	92	0	74	41	4	17	36	1.69
8714390--8714435	15	2.9	15	83	6	56	45	0	0	54	0.99
8714491--8714530	20	2.0	20	85	9	55	55	0	2	42	1.13
8715800--8715845	16	2.9	16	75	18	51	2	23	0	73	0.94
8715801--8715854	28	2.0	28	85	10	76	3	20	0	75	0.95
8716007--8716044	15	2.5	15	87	12	51	23	0	0	76	0.79
8717081--8717291	27	7.7	27	78	4	140	38	12	9	38	1.76
8717063--8717233	29	6.1	29	77	8	140	35	15	10	38	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8717063--8717267	111	1.8	111	85	2	286	36	14	10	39	1.80
8717246--8717306	25	2.4	25	86	10	79	42	4	6	45	1.51
8717270--8717320	25	1.9	25	84	11	66	47	3	5	43	1.46
8723995--8724019	12	2.1	12	100	0	50	60	0	40	0	0.97
8754091--8754116	7	3.7	7	100	0	52	42	0	57	0	0.98
8756944--8756998	23	2.3	24	84	12	69	41	0	0	58	0.98
8756815--8756968	78	2.0	78	83	6	195	41	5	1	51	1.35
8760998--8761068	29	2.4	29	84	9	83	33	0	2	63	1.09
8761066--8761094	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
8761319--8761416	30	3.3	30	83	7	119	57	1	1	40	1.12
8761320--8761417	29	3.3	28	80	9	97	58	1	1	39	1.12
8785149--8785178	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8790892--8790922	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
8790960--8791032	29	2.5	30	88	4	105	27	12	6	53	1.63
8792949--8794949	868	2.3	862	88	3	2876	33	14	17	34	1.90
8799839--8799868	16	1.9	16	93	6	53	73	0	6	20	1.05
8811546--8811588	18	2.4	18	85	14	54	53	0	0	46	1.00
8811510--8811588	39	2.0	39	80	9	90	48	0	1	50	1.08
8812067--8812119	18	3.0	16	83	13	52	77	1	0	20	0.87
8812056--8812223	27	6.3	26	69	18	96	69	1	1	27	1.06
8812064--8812215	79	1.9	80	81	13	184	67	1	1	28	1.09
8812064--8812233	79	2.2	78	79	9	172	67	1	2	28	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8817201--8817377	78	2.3	77	80	14	186	36	15	22	25	1.93
8818091--8818120	13	2.3	13	100	0	60	63	0	0	36	0.95
8831388--8831427	20	2.0	20	85	0	53	42	2	0	55	1.13
8831411--8831459	14	3.7	14	76	10	50	30	0	0	69	0.89
8831938--8831984	20	2.3	21	79	17	55	59	0	2	38	1.09
8831915--8831997	43	1.9	43	82	4	105	53	1	1	44	1.16
8832353--8832434	16	5.3	16	69	30	63	52	0	1	46	1.08
8832267--8832468	42	4.8	42	72	16	109	52	2	1	42	1.27
8832498--8832548	26	1.9	27	84	4	68	60	0	3	35	1.15
8832821--8832874	21	2.6	20	82	8	72	51	0	0	48	1.00
8833043--8833149	30	3.7	29	78	10	121	59	1	0	38	1.08
8841828--8841857	6	5.0	6	100	0	60	16	66	16	0	1.25
8843314--8843404	27	3.3	27	76	14	80	45	8	10	35	1.71
8847065--8848040	504	1.9	511	86	4	1384	36	9	11	43	1.72
8858084--8858135	14	3.1	17	84	13	56	61	0	1	36	1.07
8880407--8880442	13	2.7	13	91	4	54	61	0	0	38	0.96
8880420--8880466	24	2.0	24	83	8	60	61	2	2	34	1.20
8885969--8886022	27	2.1	26	83	10	67	33	9	3	53	1.50
8899945--8900319	186	2.0	185	94	0	651	35	17	16	30	1.92
8916079--8916360	36	7.8	36	78	7	157	30	23	25	21	1.99
8916207--8916359	72	2.1	72	85	2	209	28	21	27	22	1.99
8918288--8918331	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8922571--8922609	2	19.5	2	100	0	78	0	51	0	48	1.00
8926735--8926780	15	3.1	15	90	6	67	28	34	2	34	1.70
8927741--8927785	2	22.5	2	100	0	90	51	48	0	0	1.00
8930792--8930821	15	1.9	16	93	6	53	53	0	0	46	1.00
8941765--8941793	13	2.1	14	93	6	51	82	0	17	0	0.66
8947074--8947111	4	9.8	4	94	5	69	76	0	23	0	0.79
8971300--8971336	15	2.5	15	100	0	74	13	8	27	51	1.69
8986680--8986709	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
8987098--8987131	17	2.0	17	88	0	50	44	23	2	29	1.68
9001771--9001869	51	1.9	51	89	0	153	27	30	22	20	1.98
9001805--9002143	33	10.2	33	78	5	315	30	26	20	21	1.98
9001756--9001884	15	7.9	15	67	10	51	27	30	21	20	1.98
9001937--9002103	18	9.8	18	69	11	100	30	26	19	23	1.98
9001805--9002143	135	2.6	132	81	6	355	30	26	20	21	1.98
9005777--9006163	33	11.8	32	76	8	259	29	25	20	23	1.99
9005937--9006148	51	4.2	51	67	17	136	30	25	19	23	1.98
9005784--9006016	66	3.5	66	87	2	308	27	27	21	23	1.99
9005943--9006232	150	1.9	150	86	1	411	31	25	20	23	1.98
9006119--9006183	18	3.8	17	71	19	55	29	24	21	24	1.99
9006104--9006233	33	4.0	32	78	5	143	30	25	21	23	1.99
9006090--9006241	33	4.6	33	75	8	121	28	26	22	22	1.99
9006132--9006316	66	2.8	65	81	4	210	31	28	19	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9006623--9006654	16	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
9008917--9008994	33	2.4	33	91	0	120	34	25	26	12	1.92
9008934--9009003	33	2.1	33	86	0	95	40	25	20	14	1.90
9009011--9009102	33	2.8	33	78	3	96	29	25	28	17	1.97
9011997--9012071	6	11.8	6	73	16	53	70	1	1	26	1.03
9011985--9012138	19	8.2	19	65	26	62	67	0	1	30	1.03
9011994--9012179	14	12.1	15	69	15	80	66	1	2	30	1.11
9011996--9012143	5	28.4	5	68	20	54	68	0	1	29	1.02
9011985--9012054	33	2.1	33	87	10	99	67	1	1	30	1.08
9012037--9012143	23	4.6	23	69	20	71	70	0	0	28	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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