genome.fa.s8094.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008094.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110610_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9952466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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This is table  1  of  43  ( 5090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3585--3611	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
4765--4795	15	2.1	15	93	0	53	41	0	16	41	1.48
5337--5386	23	2.2	23	85	7	66	66	4	2	28	1.21
5652--5676	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
5852--5884	2	16.0	2	93	6	57	48	3	0	48	1.17
7531--7570	19	2.1	19	95	0	71	37	0	5	57	1.21
8900--8954	28	2.0	28	85	7	76	36	12	7	43	1.71
12129--12216	39	2.3	39	91	0	140	38	13	13	34	1.84
23953--24091	54	2.6	53	79	8	129	30	20	19	29	1.97
24078--24123	22	2.2	20	88	7	65	19	17	34	28	1.94
24078--24131	20	2.6	21	82	11	67	20	20	31	27	1.97
24659--24714	21	2.7	21	83	8	71	19	17	28	33	1.95
24696--24752	24	2.5	22	81	13	80	26	21	26	26	1.99
24658--24759	24	4.7	21	76	17	77	20	21	26	31	1.98
25663--25712	2	25.0	2	100	0	100	50	0	0	50	1.00
26950--27001	21	2.5	21	96	0	95	48	9	23	19	1.78
28352--28385	2	17.5	2	93	6	61	50	0	0	50	1.00
31271--31344	24	3.1	25	82	5	82	40	1	1	56	1.16
31271--31331	25	2.5	24	83	5	77	39	1	0	59	1.08
41025--41085	32	1.9	32	86	0	86	50	0	9	39	1.35
41103--41216	47	2.6	43	75	15	115	49	4	2	43	1.36
43994--44087	29	3.2	28	70	8	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43997--44104	58	1.9	56	87	11	157	48	0	0	50	1.07
44034--44137	44	2.4	43	83	10	126	47	0	0	50	1.14
44901--44940	21	1.9	21	100	0	80	45	27	5	22	1.73
57449--57491	19	2.3	19	95	0	77	51	4	9	34	1.55
59963--60033	36	2.0	36	94	0	124	39	15	14	30	1.87
62823--62855	8	4.1	8	100	0	66	87	0	0	12	0.53
62859--62916	9	6.6	9	74	21	52	75	0	24	0	0.80
62863--62920	22	2.6	23	81	5	75	75	0	24	0	0.80
64022--64173	78	1.9	78	86	2	216	29	13	23	33	1.93
65850--66054	37	5.6	37	66	15	122	30	15	11	42	1.82
65848--66108	72	3.6	73	92	3	434	31	14	10	42	1.81
65851--66114	147	1.8	146	92	2	449	30	15	10	42	1.82
66156--66479	120	2.7	122	85	4	413	41	14	18	25	1.89
66156--66509	121	2.9	119	83	5	406	40	14	18	26	1.89
67875--67932	31	1.9	31	86	6	84	27	6	3	62	1.37
70367--70582	31	7.0	31	90	3	310	37	21	18	23	1.94
70367--70582	62	3.5	62	93	1	353	37	21	18	23	1.94
70367--70582	93	2.3	93	91	1	344	37	21	18	23	1.94
73015--73052	20	1.9	20	88	0	58	44	2	2	50	1.30
73021--73045	13	1.9	13	100	0	50	40	0	4	56	1.18
74129--74231	46	2.2	46	89	0	152	12	7	33	45	1.71
74144--74250	46	2.3	46	85	0	133	16	8	28	46	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75454--75506	21	2.5	21	84	0	70	22	24	16	35	1.95
75496--75589	20	4.7	20	85	2	134	39	20	20	20	1.93
75786--75851	22	3.0	22	86	0	96	24	37	15	22	1.92
78153--78303	34	4.3	34	71	11	124	43	20	18	17	1.88
78224--78282	20	3.0	20	94	0	100	37	20	20	22	1.95
78329--78415	20	4.3	20	95	0	120	21	19	22	35	1.96
78327--78425	20	4.9	20	87	2	76	21	19	22	37	1.94
78902--78943	21	2.2	19	87	12	59	21	35	19	23	1.96
80382--80417	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
80539--80625	33	2.6	33	85	3	111	17	22	18	41	1.90
80598--80690	20	4.7	20	87	2	134	20	21	23	34	1.97
83091--83144	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
83091--83158	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
83985--84052	20	3.4	20	79	4	66	26	19	20	33	1.96
84019--84172	20	7.7	20	88	1	218	23	20	18	37	1.94
84170--84209	21	1.9	21	94	0	71	45	17	20	17	1.86
84587--84635	25	2.0	23	85	14	64	42	6	4	46	1.47
85080--85155	31	2.5	31	88	0	125	26	13	6	53	1.63
89891--89928	17	2.5	15	80	19	51	34	21	21	23	1.97
90495--90542	23	2.1	23	100	0	96	22	16	35	25	1.95
99962--99994	16	2.1	16	100	0	66	57	24	12	6	1.57
100060--100134	10	7.7	10	67	21	52	56	20	13	10	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
100064--100128	16	4.1	16	87	0	103	55	21	13	9	1.66
100878--100933	14	4.3	14	80	17	66	53	25	12	8	1.67
100858--100932	24	3.1	24	88	3	98	56	21	10	12	1.66
114405--114494	29	3.2	27	73	16	85	53	2	1	43	1.20
122438--122463	5	5.2	5	100	0	52	38	0	0	61	0.96
129625--129681	29	2.0	29	93	6	100	49	14	12	24	1.77
132159--132210	21	2.5	21	84	3	70	40	19	23	17	1.91
132178--132332	81	1.9	81	84	2	204	32	24	19	23	1.97
132199--132332	20	6.7	20	86	5	153	31	25	18	24	1.98
132840--132885	19	2.5	18	82	6	65	45	28	17	8	1.78
132881--133061	20	10.0	19	73	18	136	12	20	22	44	1.85
132953--133038	33	2.6	33	92	1	136	11	24	25	38	1.89
136473--136506	14	2.4	14	95	0	59	32	0	23	44	1.54
138393--138458	19	3.5	19	81	6	80	36	24	24	15	1.93
138374--138489	20	6.4	19	73	16	77	40	25	20	13	1.89
138431--138508	32	2.4	33	93	4	133	46	24	19	10	1.81
138520--138605	27	2.8	32	79	18	119	11	18	20	48	1.79
138590--138644	20	2.8	19	83	8	65	16	23	23	36	1.94
139117--139161	18	2.5	18	85	0	63	15	15	42	26	1.87
140995--141108	20	5.7	20	81	2	111	25	18	24	31	1.97
140975--141112	41	3.4	41	77	2	116	24	17	23	34	1.96
141098--141173	21	3.7	21	76	3	91	17	25	17	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141037--141171	41	3.3	41	81	4	130	20	21	20	38	1.94
141117--141183	20	3.3	20	75	4	80	17	23	16	41	1.89
141098--141186	41	2.2	41	97	0	169	17	24	15	41	1.89
143358--143394	19	2.0	19	89	5	58	43	0	0	56	0.99
144097--144146	21	2.2	22	82	13	66	46	2	0	52	1.12
144089--144165	38	2.0	40	82	10	97	44	2	0	53	1.14
144107--144165	14	4.8	12	78	15	52	49	1	0	49	1.11
144129--144166	14	2.7	15	88	8	53	50	2	0	47	1.15
147819--147885	25	2.9	23	75	22	68	41	5	0	52	1.26
147827--147885	21	2.6	22	85	15	84	42	6	0	50	1.28
147831--147899	25	2.6	27	78	21	83	42	5	0	52	1.25
147827--147901	27	3.1	24	85	12	84	42	5	0	52	1.24
148295--148326	10	3.1	10	95	4	55	50	0	0	50	1.00
148378--148446	22	3.1	22	97	0	129	43	4	7	44	1.51
148936--148961	13	2.0	13	100	0	52	53	7	15	23	1.67
151550--151618	26	2.6	25	77	11	68	42	2	2	52	1.31
151583--151654	25	2.8	26	85	6	85	40	2	0	56	1.13
151712--151780	28	2.5	28	95	0	120	33	28	23	14	1.94
154970--155066	36	2.6	37	81	13	96	12	10	37	40	1.77
155526--155571	18	2.7	18	90	6	69	28	30	6	34	1.82
157958--158037	16	4.9	16	82	1	79	13	13	26	46	1.81
157980--158055	32	2.4	32	82	6	91	13	14	23	48	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
158093--158126	15	2.3	15	94	0	59	52	0	2	44	1.16
158918--158968	21	2.4	21	84	12	61	68	1	7	21	1.25
160417--160642	103	2.2	104	83	5	271	21	18	26	34	1.96
160947--161137	67	2.8	67	84	3	233	37	12	20	28	1.90
161043--161169	31	3.9	30	72	16	85	33	12	21	33	1.91
161092--161205	32	3.5	33	86	8	153	31	11	19	37	1.87
161245--161591	36	10.4	36	68	21	145	39	11	19	29	1.87
161381--161679	99	3.0	101	86	7	423	37	13	19	30	1.90
162874--163208	183	1.8	182	94	1	600	30	21	21	27	1.98
167348--167384	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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