genome.fa.s8094.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008094.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110610_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9952466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2171298--2171621	72	4.6	73	77	10	257	26	19	15	38	1.91
2171340--2171483	36	4.0	36	92	0	252	25	20	13	39	1.90
2171341--2171621	72	4.0	71	77	10	326	25	19	14	39	1.90
2171359--2171789	65	6.3	66	72	14	259	28	20	12	38	1.89
2171498--2171620	36	3.4	36	83	7	160	24	21	14	39	1.91
2171359--2171684	138	2.4	137	86	2	465	27	20	13	38	1.90
2171570--2171752	68	2.7	67	83	4	210	30	22	9	37	1.86
2172396--2172949	105	5.3	105	95	0	946	34	25	16	23	1.96
2172897--2172967	24	3.2	24	64	25	64	39	22	19	18	1.92
2172888--2172992	43	2.4	43	95	0	183	36	23	19	20	1.95
2172783--2173097	148	2.1	148	94	0	549	34	26	17	21	1.96
2172678--2173197	253	2.1	248	92	2	862	34	25	17	22	1.96
2172931--2173270	100	3.3	102	86	4	450	33	25	18	22	1.96
2173818--2173919	34	2.9	36	89	5	163	44	13	13	28	1.82
2173815--2173953	37	3.8	37	83	5	158	41	13	12	31	1.83
2174298--2174380	33	2.5	33	82	3	87	33	3	4	57	1.37
2174361--2174391	2	15.5	2	93	0	53	45	0	0	54	0.99
2174454--2174491	20	1.9	20	88	0	58	26	7	2	63	1.35
2174502--2174536	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
2177670--2177742	32	2.3	32	79	9	78	76	8	15	0	1.00
2177677--2177742	23	2.8	24	76	17	75	77	7	15	0	0.98
2179306--2179629	72	4.6	73	78	9	264	26	19	15	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2179348--2179491	36	4.0	36	92	0	252	25	20	13	39	1.90
2179439--2179796	65	5.3	65	73	10	245	28	20	12	38	1.88
2179506--2179629	36	3.4	36	84	3	160	25	20	14	40	1.90
2179367--2179692	138	2.4	137	86	1	472	27	20	13	39	1.89
2179587--2179759	67	2.6	67	84	3	208	32	21	8	36	1.84
2180895--2180999	43	2.4	43	91	0	174	36	22	19	21	1.95
2180403--2180948	105	5.2	105	94	0	939	33	26	16	23	1.95
2180790--2181104	148	2.1	148	94	0	540	34	25	17	22	1.96
2180685--2181204	253	2.1	248	91	2	844	34	25	17	23	1.96
2180938--2181277	100	3.3	102	86	4	441	33	24	18	23	1.97
2181825--2181926	34	2.9	36	89	5	163	44	13	13	28	1.82
2181822--2181960	37	3.8	37	83	5	158	41	13	12	31	1.83
2182305--2182378	34	2.2	34	83	4	89	29	4	5	60	1.37
2182456--2182493	20	1.9	20	88	0	58	26	7	2	63	1.35
2182504--2182538	16	2.1	18	89	10	56	25	8	0	65	1.21
2185275--2185375	37	2.7	37	87	0	130	42	12	14	29	1.83
2185731--2185777	18	2.8	17	78	12	53	25	2	4	68	1.19
2191743--2192279	183	2.9	183	94	1	943	27	19	21	31	1.98
2193435--2193548	36	3.2	34	74	9	95	25	15	14	44	1.84
2193419--2193580	72	2.2	76	84	8	210	27	18	12	40	1.87
2193688--2193762	39	1.9	39	83	5	98	28	22	12	37	1.90
2193665--2193983	105	3.1	103	89	3	480	31	20	11	36	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2193883--2193958	36	2.1	36	90	0	116	23	21	14	40	1.90
2194158--2194683	105	5.0	105	85	2	684	33	25	17	23	1.96
2195226--2195330	37	2.8	37	85	0	138	40	15	14	29	1.86
2195686--2195746	18	3.5	17	78	14	54	31	1	3	63	1.20
2202590--2202683	27	3.4	27	80	5	100	35	12	4	47	1.61
2202590--2202709	27	4.5	25	76	15	82	37	11	4	46	1.60
2205794--2205928	60	2.3	58	80	8	148	50	5	15	28	1.65
2209095--2209179	29	2.9	29	83	0	107	12	29	40	17	1.87
2214982--2215021	3	13.3	3	89	0	62	35	27	0	37	1.57
2215350--2215389	21	1.9	21	89	0	62	30	10	35	25	1.88
2221630--2221711	41	2.0	41	97	0	155	30	9	30	29	1.89
2222208--2222770	4	140.8	4	93	0	874	25	3	23	46	1.69
2223005--2223048	21	2.1	21	83	8	54	54	13	4	27	1.58
2224339--2224478	63	2.2	63	82	5	158	32	21	20	25	1.97
2225074--2225137	24	2.6	25	87	2	85	18	21	26	32	1.97
2225079--2225137	25	2.4	24	88	2	82	18	23	27	30	1.98
2225384--2225454	3	23.7	3	100	0	142	33	0	0	66	0.92
2231304--2231462	63	2.5	63	85	2	194	33	20	20	25	1.97
2232059--2232108	25	2.0	25	88	3	75	20	30	24	26	1.98
2232369--2232523	3	51.7	3	100	0	310	33	0	0	66	0.92
2240053--2240109	25	2.3	24	80	16	64	57	10	5	26	1.53
2242225--2242265	11	3.7	11	96	0	73	21	17	2	58	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2242896--2242937	21	2.0	21	86	9	59	64	2	0	33	1.07
2243025--2243093	30	2.3	30	94	0	120	63	0	8	27	1.23
2243025--2243115	30	2.9	33	85	9	102	62	0	7	29	1.23
2243227--2243251	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2243765--2243813	3	15.7	3	83	8	55	26	0	2	71	0.97
2250414--2250447	13	2.5	14	95	4	61	85	0	2	11	0.71
2250486--2250538	14	3.8	13	78	14	52	71	5	5	16	1.25
2252256--2253136	105	8.3	105	87	3	1189	22	18	25	34	1.96
2253866--2253915	14	3.6	14	82	12	59	0	22	2	76	0.89
2253872--2253913	23	1.9	21	90	9	66	0	21	2	76	0.90
2253883--2254012	64	2.0	67	83	7	169	10	22	11	55	1.66
2259683--2259709	12	2.2	12	100	0	54	14	0	48	37	1.45
2264336--2264384	14	3.6	13	83	5	53	79	4	6	10	1.03
2264351--2264384	13	2.5	14	95	4	61	85	0	2	11	0.71
2264422--2264474	14	3.8	13	78	14	52	71	5	5	16	1.25
2267345--2267403	28	2.1	28	100	0	118	23	25	18	32	1.97
2275294--2275395	43	2.4	43	85	4	127	34	19	24	21	1.96
2276083--2276141	27	2.2	27	81	0	64	33	11	28	25	1.91
2282649--2282707	22	2.7	21	76	7	64	44	0	0	55	0.99
2282650--2282708	29	2.1	29	87	6	86	45	0	0	54	0.99
2285472--2286394	460	2.0	461	92	0	1524	38	15	17	28	1.90
2289346--2289412	19	3.5	19	72	0	53	49	7	10	32	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2290083--2290339	54	4.8	54	88	0	361	31	18	19	30	1.96
2290083--2290390	108	2.9	108	83	3	300	32	18	17	31	1.95
2294403--2294591	95	2.0	96	87	5	276	32	17	22	27	1.96
2294406--2294614	95	2.2	95	84	4	251	32	16	22	27	1.96
2295064--2295329	45	5.8	45	85	8	340	38	10	22	28	1.86
2295064--2295329	94	2.9	92	83	9	314	38	10	22	28	1.86
2297345--2297403	29	2.0	31	83	6	77	45	6	13	33	1.70
2299385--2299463	19	4.2	19	83	0	104	46	3	18	30	1.67
2299391--2299463	38	1.9	38	91	0	119	47	4	19	28	1.67
2300882--2300912	16	1.9	16	93	0	53	61	3	3	32	1.28
2316360--2318735	791	3.0	791	98	0	4538	30	18	24	27	1.98
2325093--2325273	65	2.8	62	80	15	188	27	19	24	28	1.98
2325113--2325273	65	2.5	65	87	6	220	27	19	23	29	1.98
2327885--2327963	21	3.6	22	77	5	79	24	24	25	26	2.00
2333775--2333977	65	3.2	63	81	13	220	28	17	22	31	1.97
2355039--2355069	16	2.0	15	93	6	53	67	0	6	25	1.14
2363789--2363846	28	2.1	28	100	0	116	36	20	20	22	1.95
2372906--2372946	21	2.0	21	85	0	55	31	21	9	36	1.86
2376521--2376568	18	2.7	18	100	0	96	56	0	20	22	1.43
2384050--2384329	139	2.0	139	93	0	479	36	14	11	37	1.82
2388489--2388521	16	2.1	16	100	0	66	33	18	24	24	1.97
2388487--2388523	16	2.5	14	84	16	56	32	18	27	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2396336--2396370	3	11.7	3	93	0	61	71	28	0	0	0.86
2398503--2398565	27	2.3	27	100	0	126	34	25	23	15	1.95
2414892--2415194	44	6.9	44	83	2	367	42	10	19	27	1.84
2414892--2415197	132	2.3	132	87	0	441	42	10	19	27	1.84
2414892--2415200	88	3.5	88	86	0	429	42	11	19	27	1.85
2415851--2415897	20	2.3	21	85	7	62	10	8	2	78	1.04
2426935--2427014	35	2.3	35	100	0	160	27	17	10	45	1.80
2429052--2429199	60	2.5	60	78	5	156	34	16	4	44	1.67
2429298--2429390	29	3.1	29	69	14	73	46	4	13	35	1.64
2429222--2429385	60	2.7	60	77	14	158	42	4	16	35	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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