genome.fa.s8094.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008094.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110610_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9952466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1975538--1975576	20	2.0	20	89	0	60	30	33	15	20	1.94
1975596--1975682	45	1.9	46	90	2	140	27	25	19	27	1.99
1990273--1990312	14	2.9	13	82	10	53	72	7	0	20	1.08
1990274--1990312	13	2.9	14	85	7	55	71	7	0	20	1.10
1998346--1998412	20	3.3	20	85	0	89	37	23	19	19	1.94
1998486--1998524	19	2.0	20	90	5	62	12	15	20	51	1.76
1998529--1998617	20	4.4	20	87	5	117	20	21	25	32	1.97
1998604--1998647	20	2.2	20	95	0	79	13	13	22	50	1.77
1999129--1999209	21	3.9	21	71	18	69	24	35	13	25	1.92
1999134--1999245	42	2.7	42	81	5	111	24	34	16	24	1.95
1999176--1999245	21	3.3	21	69	11	63	24	35	18	21	1.95
2000744--2000815	20	3.6	20	94	0	117	50	22	13	13	1.77
2000730--2000827	40	2.5	40	82	0	124	46	24	14	14	1.81
2000832--2000968	34	3.9	34	81	12	159	21	18	24	35	1.95
2000866--2000976	20	5.8	20	82	12	153	24	18	23	33	1.97
2000826--2000976	74	2.0	74	91	2	241	23	18	22	35	1.95
2001144--2001182	12	3.2	12	85	0	51	15	0	28	56	1.40
2001147--2001181	18	1.9	18	94	0	61	17	0	25	57	1.40
2004110--2004145	17	2.1	17	100	0	72	25	5	36	33	1.79
2004405--2004441	19	1.9	19	94	0	65	21	16	29	32	1.95
2009312--2009369	29	2.0	29	89	0	89	43	22	13	20	1.87
2011932--2012210	136	2.1	136	95	1	506	31	17	18	31	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2014911--2014935	6	4.2	6	100	0	50	16	0	0	84	0.63
2017878--2017908	15	2.1	15	100	0	62	35	6	25	32	1.82
2018145--2018199	20	2.6	21	77	13	60	16	18	21	43	1.88
2020290--2020457	55	3.0	55	87	2	239	33	13	20	31	1.92
2020669--2021331	271	2.4	271	90	2	1017	31	15	22	29	1.95
2020669--2021331	68	9.8	68	87	1	918	31	15	22	29	1.95
2021289--2021556	81	3.3	81	85	2	324	35	10	23	30	1.89
2021284--2021603	81	4.0	81	81	5	315	37	11	22	28	1.89
2021660--2021701	2	21.0	2	100	0	84	50	0	0	50	1.00
2023308--2023396	45	2.0	45	82	4	108	33	25	15	24	1.95
2026954--2027013	7	8.6	7	100	0	120	15	43	13	28	1.84
2032123--2032194	36	2.0	36	97	0	135	50	11	18	20	1.77
2039871--2039914	9	4.8	9	80	5	52	65	0	0	34	0.93
2039883--2039926	3	14.0	3	81	9	52	63	2	0	34	1.07
2039889--2039926	16	2.4	16	86	0	58	65	2	0	31	1.06
2042496--2042939	55	8.1	55	87	3	569	27	20	18	33	1.96
2043277--2043487	95	2.2	95	87	0	287	25	26	14	33	1.95
2047694--2048123	55	7.8	55	86	2	535	27	19	17	35	1.94
2048449--2048670	95	2.3	95	83	3	241	25	25	15	34	1.95
2052913--2052991	21	3.8	21	80	8	81	27	31	10	30	1.90
2053214--2053266	20	2.7	20	96	0	97	43	15	5	35	1.70
2060245--2060279	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2061760--2061866	45	2.4	45	87	6	155	28	19	16	35	1.94
2069075--2069233	64	2.5	64	91	0	246	30	21	17	30	1.96
2076109--2076204	45	2.1	45	98	0	183	35	10	10	43	1.73
2077807--2077892	41	2.1	41	88	0	127	33	32	13	19	1.91
2078433--2078466	15	2.3	15	90	5	52	52	23	17	5	1.66
2081261--2081304	17	2.6	17	79	13	54	59	11	15	13	1.62
2081601--2081858	118	2.2	119	83	2	313	37	16	21	24	1.94
2081635--2081894	119	2.2	118	82	3	308	37	15	22	24	1.93
2088952--2088981	15	2.0	15	100	0	60	40	20	20	20	1.92
2089103--2089145	14	3.1	14	93	0	68	60	0	4	34	1.17
2089100--2089144	20	2.2	20	80	7	56	60	0	6	33	1.23
2089865--2089895	11	2.8	11	90	0	53	83	0	9	6	0.79
2090402--2090452	19	2.7	19	100	0	102	50	0	0	49	1.00
2090640--2090757	53	2.2	53	82	8	150	38	17	8	35	1.81
2090868--2090893	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
2091165--2091234	18	4.0	18	73	14	65	30	22	10	37	1.87
2095981--2096013	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2102792--2102960	61	2.8	61	92	0	284	40	21	13	24	1.89
2104317--2104359	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
2104363--2104475	2	57.5	2	85	10	135	44	1	0	53	1.10
2106003--2106044	10	4.4	10	82	8	52	19	4	0	76	0.96
2109506--2109551	21	2.2	21	88	7	67	80	6	10	2	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2110597--2110632	18	2.0	18	94	0	63	16	8	33	41	1.78
2111117--2111193	36	2.1	38	92	4	131	24	23	15	36	1.94
2111327--2111436	37	2.9	37	73	6	96	26	20	11	41	1.86
2112055--2112585	106	5.0	106	94	0	893	34	24	19	21	1.96
2113876--2113918	18	2.5	17	85	7	61	25	4	2	67	1.22
2114166--2114200	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2114414--2114492	40	2.0	40	85	9	110	30	5	7	56	1.49
2114417--2114505	38	2.4	37	79	9	99	26	4	5	62	1.36
2114557--2114581	9	2.8	9	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2117426--2117522	24	4.0	24	70	14	72	19	15	14	50	1.78
2117643--2117702	29	2.1	29	100	0	120	28	33	6	31	1.83
2119981--2120073	44	2.1	43	82	5	107	41	20	18	19	1.90
2120023--2120270	43	5.8	42	86	4	300	34	24	23	17	1.96
2120023--2120270	86	2.9	85	86	4	347	34	24	23	17	1.96
2125036--2125221	43	4.4	42	88	5	257	31	25	26	16	1.97
2127731--2127767	13	2.8	13	95	0	65	18	24	40	16	1.90
2128973--2129159	29	6.5	28	86	6	241	39	22	3	35	1.70
2134954--2135133	28	6.2	29	83	5	202	38	20	3	37	1.71
2134957--2135133	57	3.1	57	84	9	225	38	20	3	37	1.71
2135141--2135173	17	1.9	17	93	0	57	12	21	45	21	1.84
2135172--2135215	19	2.4	18	92	7	72	22	34	27	15	1.95
2136532--2136615	30	2.9	29	91	5	118	15	9	14	60	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2136541--2136625	30	2.8	30	92	3	136	15	8	14	62	1.53
2136645--2136737	23	4.0	23	73	8	80	26	16	16	40	1.89
2136646--2136749	23	4.4	23	71	8	75	24	15	16	44	1.86
2136732--2136786	11	5.0	11	75	0	56	14	9	18	58	1.62
2136732--2136787	22	2.5	22	82	0	67	14	8	19	57	1.63
2139856--2139880	13	1.9	13	100	0	50	8	28	16	48	1.74
2140160--2140222	12	5.3	12	73	16	51	34	1	0	63	1.04
2140391--2140427	3	12.3	3	88	11	58	32	0	0	67	0.91
2140392--2140428	18	2.0	19	94	5	67	35	0	0	64	0.94
2140762--2140786	12	2.1	12	100	0	50	32	8	0	60	1.26
2140866--2140901	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
2151643--2151680	18	2.1	18	95	0	67	18	21	44	15	1.86
2155926--2155967	19	2.2	19	100	0	84	14	21	28	35	1.92
2160267--2160304	18	2.1	18	100	0	76	15	21	47	15	1.82
2160352--2160380	9	3.0	10	90	10	51	20	20	41	17	1.90
2162965--2163301	116	2.9	120	81	7	379	34	24	14	26	1.94
2165004--2165127	2	63.5	2	80	4	128	45	4	1	47	1.33
2165210--2165283	32	2.5	30	79	14	84	27	2	0	70	1.01
2165211--2165281	34	2.0	36	84	10	94	25	2	0	71	0.99
2165231--2165283	15	3.4	15	77	10	61	26	1	0	71	0.96
2165190--2165280	44	2.1	44	84	12	116	24	3	1	71	1.08
2165219--2165286	6	12.2	6	76	20	51	27	2	0	69	1.03
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2165192--2165286	9	11.4	8	76	18	54	24	3	1	71	1.07
2165794--2165958	82	2.0	83	97	1	314	21	5	14	58	1.57
2166117--2166214	9	10.3	9	70	18	58	17	7	3	72	1.20
2166159--2166224	19	3.1	22	72	26	61	19	9	4	66	1.37
2166262--2166362	34	2.8	36	91	4	161	44	12	13	28	1.81
2166262--2166396	37	3.7	37	86	2	150	42	12	13	31	1.81
2169653--2169732	16	5.1	16	75	19	64	77	8	13	0	0.99
2169659--2169733	9	8.4	9	72	15	50	78	8	13	0	0.95
2169660--2169731	36	2.0	36	84	13	94	77	8	13	0	0.98
2169659--2169724	8	8.9	7	78	15	62	78	7	13	0	0.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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