genome.fa.s8094.2.7.7.80.10.50.1000.37.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008094.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110610_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9952466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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This is table  37  of  43  ( 5090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8003661--8003725	32	2.0	34	85	11	91	26	1	10	61	1.38
8003600--8003753	76	2.0	77	87	3	222	29	1	12	57	1.43
8004338--8004371	17	2.0	17	88	0	50	23	0	2	73	0.97
8005363--8005393	11	2.8	11	95	0	53	22	0	0	77	0.77
8007977--8008035	23	2.6	23	83	0	73	33	27	18	20	1.96
8011096--8011126	11	2.8	11	95	0	53	22	0	3	74	0.96
8011998--8012073	21	3.5	22	74	13	59	30	23	18	27	1.98
8012011--8012092	23	3.7	23	79	7	82	29	24	20	25	1.99
8012224--8012287	6	9.7	6	78	18	65	21	28	3	46	1.66
8012224--8012295	27	2.7	27	95	0	126	22	26	4	47	1.69
8012437--8012515	22	3.5	23	87	5	108	32	21	20	25	1.97
8016533--8016584	21	2.6	21	87	6	72	34	15	5	44	1.70
8018331--8018419	23	4.0	23	92	5	139	26	25	17	29	1.98
8018573--8018624	21	2.5	21	93	0	95	21	32	3	42	1.71
8018554--8018609	27	2.1	27	93	0	94	23	32	3	41	1.71
8018784--8018851	23	3.0	22	80	8	73	26	22	22	29	1.99
8021932--8021958	11	2.5	11	100	0	54	18	0	7	74	1.05
8023002--8023053	27	1.9	27	96	0	95	25	26	3	44	1.71
8023007--8023053	15	3.3	15	82	17	73	23	27	4	44	1.72
8027287--8027348	23	2.7	23	94	0	106	29	25	19	25	1.99
8027502--8027552	21	2.4	21	93	0	93	25	29	3	41	1.73
8027496--8027552	6	8.5	6	75	21	51	24	29	3	42	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8027480--8027538	27	2.2	27	93	0	100	25	28	3	42	1.71
8027527--8027560	15	2.3	15	89	0	50	29	23	2	44	1.68
8029756--8029782	13	2.1	13	100	0	54	29	29	7	33	1.85
8031784--8031842	23	2.6	23	91	0	91	32	23	16	27	1.96
8031974--8032019	21	2.2	21	96	0	83	23	30	4	41	1.74
8032173--8032247	23	3.4	22	80	7	80	29	25	20	25	1.99
8036176--8036286	46	2.5	44	81	10	120	30	24	18	26	1.98
8036176--8036295	23	5.3	23	78	10	108	32	23	18	25	1.97
8036608--8036690	23	3.8	21	72	17	62	30	24	21	24	1.99
8040555--8040598	23	1.9	23	90	0	70	25	18	20	36	1.95
8040738--8040802	6	9.8	6	75	18	58	26	30	0	43	1.55
8040740--8040809	27	2.6	27	93	0	113	27	30	1	41	1.65
8040962--8041029	23	3.0	23	72	8	66	33	17	20	27	1.95
8041798--8041844	21	2.3	20	85	10	60	29	25	10	34	1.90
8041889--8041935	23	2.0	23	87	0	67	25	19	8	46	1.77
8045903--8045942	10	3.8	10	90	9	62	87	2	10	0	0.63
8045903--8045953	11	4.5	11	87	9	68	84	1	11	1	0.79
8045909--8045950	15	2.8	15	85	7	50	88	0	9	2	0.61
8051851--8051924	23	3.3	22	76	14	80	32	27	16	24	1.96
8054596--8054634	19	2.1	19	90	0	60	25	17	38	17	1.92
8054660--8054699	21	1.9	21	89	0	62	25	12	27	35	1.92
8057241--8057320	24	3.5	24	73	11	78	28	22	23	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8063102--8063150	19	2.7	17	84	9	53	26	18	30	24	1.98
8063103--8063309	64	3.2	60	78	11	166	26	16	25	31	1.96
8065623--8065654	11	2.9	11	90	0	55	25	0	3	71	1.00
8066563--8066621	23	2.6	23	91	0	91	32	23	16	27	1.96
8066430--8067139	369	1.9	369	88	1	1057	29	20	13	36	1.91
8072845--8072941	23	4.3	22	82	7	106	30	24	17	26	1.97
8073675--8073742	23	2.9	24	76	12	79	30	19	19	30	1.96
8079933--8079999	31	2.2	31	91	0	107	47	7	23	20	1.75
8086764--8086801	2	19.5	2	94	5	69	50	0	0	50	1.00
8086938--8086997	30	2.0	31	90	3	95	53	8	8	30	1.60
8087016--8087054	20	2.0	19	85	5	51	46	10	12	30	1.75
8090328--8090421	44	2.1	44	94	3	163	31	8	15	43	1.77
8092427--8092470	22	2.1	22	83	8	56	45	0	4	50	1.22
8093897--8093941	3	15.3	3	81	4	56	37	2	0	60	1.09
8093894--8093940	14	3.3	14	85	5	58	38	2	0	59	1.09
8094045--8094117	24	3.0	23	78	9	74	49	39	6	4	1.49
8094055--8094126	12	5.8	12	74	11	56	48	41	5	4	1.45
8106925--8106966	22	2.0	22	90	4	68	66	7	7	19	1.39
8107152--8107181	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
8107254--8107296	22	1.9	22	85	4	59	27	20	20	30	1.98
8116571--8116631	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
8116563--8116681	35	3.3	37	88	8	174	31	5	19	43	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8121191--8121251	21	3.2	21	65	29	64	31	4	21	42	1.74
8121183--8121301	35	3.3	37	88	8	174	31	5	19	43	1.72
8123464--8123531	31	2.2	31	91	0	118	39	20	23	16	1.91
8125107--8125146	11	3.5	11	86	3	53	15	5	47	32	1.66
8135306--8135611	54	5.6	56	77	10	213	31	8	16	43	1.79
8135306--8135518	55	3.9	55	80	6	225	31	8	15	44	1.76
8135880--8136423	238	2.3	239	85	3	742	31	17	16	34	1.92
8135880--8136481	237	2.5	239	83	5	756	30	17	17	34	1.93
8136491--8136518	9	3.1	9	100	0	56	89	0	0	10	0.49
8136477--8136519	15	2.9	15	86	3	52	83	0	4	11	0.78
8137784--8137822	2	19.5	2	84	10	53	43	0	53	2	1.14
8138704--8138764	30	2.1	29	84	9	79	32	11	6	49	1.65
8139760--8139804	2	22.5	2	100	0	90	51	0	0	48	1.00
8148937--8148961	9	2.8	9	100	0	50	48	20	0	32	1.50
8148953--8149016	32	2.0	33	90	3	103	45	15	12	26	1.82
8150810--8150873	23	2.8	23	97	0	119	57	17	9	15	1.63
8150955--8150991	17	2.2	18	85	9	51	40	0	10	48	1.38
8150942--8151129	95	2.0	95	97	0	358	32	2	15	50	1.56
8151145--8151229	34	2.5	34	78	0	98	50	17	15	16	1.78
8151152--8151198	24	2.0	24	82	0	58	53	17	12	17	1.73
8153250--8153423	89	2.0	88	90	5	280	30	25	24	20	1.98
8155718--8156083	89	4.1	90	82	6	395	33	24	20	20	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8155748--8156075	178	1.8	178	84	2	453	34	23	20	21	1.96
8159488--8159521	2	18.0	2	88	11	54	52	0	0	47	1.00
8159764--8159811	19	2.5	19	89	0	69	31	4	25	39	1.74
8159764--8159818	19	2.9	19	86	0	65	34	3	21	40	1.71
8160008--8160078	29	2.5	28	78	10	74	46	4	9	39	1.57
8160460--8160503	2	21.5	2	95	4	79	50	0	2	47	1.13
8160627--8160668	21	2.0	20	82	13	50	54	0	0	45	0.99
8162569--8162609	17	2.4	17	100	0	82	24	0	43	31	1.54
8164693--8164799	42	2.5	42	92	0	178	14	21	14	48	1.80
8165572--8165630	6	9.8	6	80	7	66	0	25	1	72	0.93
8165593--8165629	9	4.2	9	89	6	58	0	24	0	75	0.80
8165541--8165641	6	16.3	6	74	17	55	1	17	2	77	0.99
8169106--8169154	24	2.0	24	84	7	64	71	8	16	4	1.26
8169117--8169175	20	3.0	20	76	11	59	64	8	16	10	1.48
8174407--8174466	22	2.7	23	86	5	95	25	26	25	23	2.00
8174598--8174664	21	3.2	21	93	0	116	25	25	4	44	1.72
8174810--8174892	23	3.7	22	75	9	71	26	25	21	26	2.00
8178906--8178965	23	2.6	23	89	0	84	33	21	18	26	1.96
8179097--8179163	21	3.2	21	97	0	125	23	26	4	44	1.72
8179316--8179390	23	3.4	22	78	7	80	29	26	18	25	1.98
8183310--8183407	23	4.3	23	81	10	96	27	22	22	27	1.99
8183547--8183605	6	8.8	6	79	20	64	23	30	1	44	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8183569--8183620	21	2.5	21	96	0	95	23	28	3	44	1.71
8183547--8183605	27	2.2	27	96	0	109	23	30	1	44	1.64
8183780--8183845	23	2.9	23	86	0	96	27	24	21	27	1.99
8186909--8186939	11	2.8	11	95	0	53	22	0	3	74	0.96
8187692--8187764	23	3.3	22	83	12	71	30	24	19	26	1.98
8187897--8187945	15	3.5	15	72	16	59	26	32	0	40	1.56
8187896--8187967	27	2.7	27	84	0	99	26	29	2	41	1.70
8188120--8188187	23	3.0	23	82	0	91	29	20	22	27	1.98
8188953--8189015	20	3.1	21	82	8	60	28	22	11	38	1.88
8188969--8189015	21	2.3	21	85	3	60	29	23	10	36	1.89

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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