genome.fa.s8094.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008094.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110610_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9952466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2431199--2431245	24	2.0	23	84	8	60	70	8	4	17	1.29
2437900--2437948	17	2.9	17	87	0	71	59	12	6	22	1.55
2442398--2442443	22	2.0	23	91	4	76	23	0	4	71	1.03
2442408--2442458	3	18.0	3	84	11	63	31	0	1	66	1.03
2446203--2446236	6	5.7	6	89	0	50	23	14	11	50	1.76
2446125--2446218	21	4.6	20	69	15	66	22	12	8	56	1.63
2446216--2446266	26	2.0	26	84	0	66	19	13	9	56	1.65
2452914--2452968	22	2.5	22	90	0	92	34	9	14	41	1.77
2453478--2453799	162	2.0	165	89	3	499	35	13	13	37	1.84
2453879--2454403	113	4.7	113	95	0	912	38	16	20	25	1.92
2454347--2454447	39	2.5	40	95	1	186	47	8	21	21	1.78
2454381--2454444	17	3.4	17	69	22	56	50	7	23	18	1.73
2454355--2454427	22	3.5	21	67	25	57	50	8	23	17	1.73
2454122--2454650	264	2.0	266	88	2	798	38	14	19	27	1.91
2454232--2454559	152	2.2	152	88	2	480	40	13	20	26	1.89
2454387--2454650	113	2.3	113	92	2	424	37	13	20	28	1.90
2454981--2455052	22	3.3	21	81	11	74	27	1	2	68	1.12
2454999--2455052	19	2.8	19	85	0	72	31	0	1	66	1.02
2455000--2455052	3	19.0	3	81	14	60	32	0	1	66	1.03
2456278--2456325	25	2.0	25	84	12	64	33	4	6	56	1.44
2463135--2463202	24	2.8	24	88	4	102	33	39	13	13	1.83
2463168--2463265	12	8.2	12	78	4	72	29	45	10	14	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2463181--2463265	24	3.5	24	73	0	80	28	47	9	15	1.76
2465263--2465294	13	2.5	13	94	0	55	31	3	6	59	1.38
2473333--2473382	21	2.4	21	100	0	100	34	22	18	26	1.96
2478206--2478235	4	7.5	4	100	0	60	76	0	0	23	0.78
2480830--2480874	17	2.6	19	76	20	53	46	6	2	44	1.42
2480794--2481016	83	2.7	79	75	15	213	46	6	1	45	1.39
2480794--2480999	38	5.2	38	77	12	186	46	6	1	44	1.41
2480914--2480956	15	2.6	17	78	14	54	48	9	0	41	1.35
2480970--2481025	26	2.0	26	86	13	76	46	5	0	48	1.25
2481912--2482044	69	2.0	66	92	4	221	38	10	24	27	1.88
2489838--2489900	29	2.2	29	91	5	101	57	7	9	25	1.58
2490899--2490940	22	1.9	22	90	0	66	23	35	11	28	1.91
2492346--2492372	11	2.5	11	100	0	54	66	14	0	18	1.25
2492340--2492398	15	3.9	15	78	13	59	67	10	0	22	1.20
2493571--2493635	34	1.9	34	100	0	130	29	20	20	30	1.97
2496690--2496723	10	3.4	10	87	0	50	32	8	32	26	1.87
2498987--2499036	26	2.0	25	84	4	64	64	8	0	28	1.22
2499009--2499052	20	2.2	20	83	4	52	65	4	0	29	1.12
2499499--2499555	18	3.5	18	69	30	56	59	3	5	31	1.36
2499499--2499557	30	2.0	30	93	6	102	61	3	5	30	1.34
2509745--2509960	105	2.1	105	83	1	263	42	17	12	27	1.85
2509772--2510332	105	5.3	106	77	10	478	40	17	12	29	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2509823--2510332	206	2.4	208	84	6	620	40	17	12	29	1.86
2512610--2512878	132	2.0	132	93	2	459	29	18	15	36	1.91
2514582--2514623	21	2.0	21	90	9	68	38	23	19	19	1.93
2522740--2522771	13	2.3	15	89	10	50	59	0	0	40	0.97
2524994--2525033	20	2.0	20	95	0	71	37	22	15	25	1.93
2528943--2528969	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2529178--2529208	15	2.1	15	100	0	62	38	0	22	38	1.54
2541835--2542021	33	5.5	33	73	8	151	43	5	6	44	1.52
2541892--2542094	18	11.5	18	66	19	72	43	4	5	46	1.46
2541868--2542022	52	2.9	52	88	3	213	43	5	6	45	1.52
2542114--2542190	9	8.9	9	73	18	56	46	2	6	44	1.43
2541998--2542175	2	87.0	2	65	24	52	44	3	5	46	1.43
2542203--2542332	42	3.0	43	80	10	160	39	5	8	46	1.57
2542203--2542320	22	5.6	22	78	15	99	38	5	8	46	1.59
2542239--2542285	11	3.9	13	73	21	57	40	2	6	51	1.39
2542239--2542301	13	5.5	12	72	27	57	38	3	7	50	1.47
2542455--2542504	22	2.2	22	92	7	82	50	4	4	42	1.40
2542464--2542509	22	2.1	22	92	4	76	52	6	4	36	1.47
2542530--2542803	20	13.6	20	70	12	116	43	4	5	46	1.46
2542540--2542577	11	3.5	11	88	0	58	44	2	2	50	1.30
2542645--2542803	2	82.0	2	69	17	95	45	3	3	47	1.34
2542645--2542803	9	16.4	10	70	16	95	45	3	3	47	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2548950--2549102	32	4.8	32	79	9	172	26	15	20	37	1.93
2551671--2551752	39	2.1	39	93	0	137	46	7	23	23	1.77
2553016--2553045	13	2.2	14	94	5	53	60	6	0	33	1.23
2553251--2553326	26	3.0	26	92	5	120	65	1	6	26	1.24
2553253--2553341	26	3.5	25	85	11	103	68	2	5	23	1.22
2553404--2553468	29	2.2	29	83	0	85	64	7	7	20	1.44
2553414--2553477	29	2.2	29	81	8	78	60	6	10	21	1.51
2554732--2555123	80	4.8	83	80	5	386	23	18	23	34	1.96
2555070--2555181	58	1.9	58	92	0	188	22	19	21	36	1.95
2554988--2555265	142	2.0	142	93	0	475	22	17	23	36	1.95
2555124--2555933	80	9.9	80	83	3	913	24	17	22	34	1.96
2555124--2555939	83	10.0	83	83	4	953	24	17	22	34	1.96
2555124--2555933	163	5.0	162	87	3	1070	24	17	22	34	1.96
2556734--2557003	100	2.7	99	89	2	400	31	16	17	34	1.93
2559231--2559322	41	2.2	41	88	7	150	39	10	16	33	1.83
2559849--2559904	29	1.9	29	96	0	103	60	8	5	25	1.47
2559850--2559913	29	2.2	29	86	8	96	59	7	7	25	1.52
2559850--2559930	29	2.8	29	83	9	85	59	11	7	22	1.56
2561167--2561202	13	2.4	16	86	13	51	25	30	22	22	1.99
2570651--2570741	45	2.0	45	100	0	182	32	15	17	34	1.91
2574918--2575040	31	4.0	31	95	2	212	38	22	19	19	1.94
2575714--2575758	21	2.1	21	87	0	63	15	24	28	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2579561--2579683	31	4.0	31	95	2	212	38	22	19	19	1.94
2580359--2580403	21	2.1	21	87	0	63	15	20	28	35	1.93
2584203--2584325	31	4.0	31	95	2	212	38	22	19	19	1.94
2585001--2585045	21	2.1	21	84	8	56	15	22	28	33	1.95
2595247--2595324	35	2.2	35	88	0	111	42	23	2	32	1.67
2595258--2595340	35	2.4	35	83	0	103	40	30	2	26	1.69
2596140--2596219	35	2.3	35	88	0	115	31	1	23	43	1.62
2596941--2597125	88	2.1	88	98	0	361	45	8	6	40	1.60
2600665--2600692	13	2.2	13	100	0	56	28	25	14	32	1.94
2601925--2602032	33	3.3	33	85	1	119	12	4	36	46	1.63
2604352--2604486	67	2.0	67	95	0	243	21	17	18	42	1.90
2606460--2606498	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2606481--2606586	45	2.3	46	85	6	153	30	22	16	31	1.95
2613975--2614018	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
2615042--2615078	19	1.9	19	94	0	65	21	37	16	24	1.93
2614979--2615188	65	3.3	63	78	4	213	30	24	16	28	1.96
2615028--2615208	64	2.8	64	82	0	209	29	25	17	28	1.97
2617119--2617185	22	3.0	22	75	16	84	46	13	4	35	1.63
2617095--2617204	44	2.4	44	90	4	166	44	12	6	36	1.68
2622211--2622276	22	3.0	22	69	8	71	42	9	7	40	1.65
2625922--2626290	38	9.7	38	88	6	493	46	2	5	44	1.42
2625955--2626290	111	3.0	111	91	5	525	46	2	5	44	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2626255--2626323	25	2.7	26	82	8	79	47	0	5	46	1.26
2626364--2626430	33	2.0	33	83	11	84	31	0	1	67	1.00
2626407--2626447	18	2.3	18	91	0	64	24	4	0	70	1.06
2627690--2627819	5	25.4	5	68	21	74	23	3	1	71	1.11
2639831--2639924	23	4.4	21	77	9	75	27	26	22	23	1.99
2639831--2639902	21	3.5	20	79	9	65	29	26	20	23	1.99
2639850--2639930	23	3.7	23	75	8	87	27	25	24	22	2.00
2639831--2639924	44	2.2	42	86	7	127	27	26	22	23	1.99
2639831--2639948	43	2.8	43	77	8	109	27	26	23	22	1.99
2641463--2641506	21	2.1	21	86	0	61	9	40	15	34	1.79

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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