genome.fa.s8094.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008094.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110610_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9952466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   

This is table  35  of  43  ( 5090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7492356--7492389	7	4.9	7	100	0	68	29	29	29	11	1.92
7492387--7492437	18	2.9	17	91	5	84	15	19	47	17	1.83
7492459--7492503	10	4.5	10	83	10	56	44	24	17	13	1.85
7503179--7503331	42	3.6	42	89	3	227	52	18	4	24	1.64
7503179--7503341	84	1.9	88	88	7	255	52	19	4	24	1.64
7506307--7506618	57	5.5	57	91	1	493	37	10	18	33	1.85
7506307--7506618	113	2.7	114	92	1	502	37	10	18	33	1.85
7506307--7506618	170	1.8	171	92	0	527	37	10	18	33	1.85
7507320--7507432	45	2.5	45	89	0	163	46	6	23	24	1.75
7521865--7521895	13	2.4	13	94	0	53	19	22	41	16	1.89
7521871--7521947	18	4.6	18	75	15	74	15	22	46	15	1.83
7521865--7521943	31	2.5	31	85	0	113	17	22	44	15	1.86
7528406--7528441	18	2.1	17	89	5	54	41	0	5	52	1.24
7528489--7528552	22	3.1	21	82	6	78	43	0	4	51	1.22
7528520--7528609	31	2.9	30	79	12	92	43	2	4	50	1.34
7528520--7528594	30	2.4	33	80	14	95	44	2	5	48	1.39
7528520--7528609	32	2.9	31	76	14	94	43	2	4	50	1.34
7530019--7530072	20	2.7	19	75	8	63	33	29	18	18	1.95
7530122--7530174	20	2.7	20	88	5	72	43	22	18	15	1.87
7530122--7530397	81	3.4	81	76	5	263	38	23	18	19	1.93
7530193--7530396	20	10.1	20	77	4	194	37	23	18	20	1.94
7530184--7530394	41	5.2	41	85	1	282	38	23	18	19	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7530956--7531004	19	2.5	20	90	3	73	57	18	12	12	1.65
7531032--7531144	20	6.1	19	76	13	101	13	23	20	42	1.87
7533136--7533229	42	2.2	42	81	7	102	23	35	20	21	1.96
7534576--7534611	14	2.6	14	90	0	54	30	0	22	47	1.52
7534703--7534757	20	2.8	20	91	0	83	21	21	23	32	1.98
7538082--7538293	20	10.6	19	81	8	174	21	17	21	39	1.93
7538082--7538293	40	5.3	40	89	3	257	21	17	21	39	1.93
7538082--7538260	60	3.0	60	81	4	225	21	18	20	39	1.93
7538403--7538456	20	2.7	19	69	8	54	16	16	31	35	1.92
7549348--7549377	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
7561208--7561234	14	1.9	14	100	0	54	62	22	0	14	1.31
7571754--7571803	8	6.2	8	77	9	57	60	0	0	40	0.97
7571772--7571801	15	2.0	15	93	0	51	63	0	0	36	0.95
7571909--7572008	33	3.3	30	79	15	93	54	1	1	44	1.13
7576636--7576675	21	1.9	21	94	0	71	27	30	15	27	1.96
7576635--7576687	21	2.5	21	84	0	70	30	26	15	28	1.96
7580636--7580690	24	2.3	24	96	3	103	27	23	12	36	1.91
7583744--7583777	13	2.4	15	90	9	54	70	2	5	20	1.21
7595655--7595692	20	2.0	20	89	5	60	55	2	2	39	1.28
7598240--7598271	16	2.1	15	94	5	55	40	0	3	56	1.15
7610539--7610616	39	2.0	39	89	0	120	30	28	17	23	1.97
7610542--7610615	18	3.9	18	75	13	69	31	29	17	21	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7617001--7617051	21	2.4	21	86	0	75	23	19	0	56	1.42
7617487--7617539	20	2.7	20	84	0	70	32	15	22	30	1.94
7625308--7625383	31	2.4	32	78	8	93	27	30	26	15	1.96
7631370--7631422	26	2.0	26	82	7	63	26	20	16	35	1.94
7635689--7635715	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
7635705--7635838	56	2.4	56	77	12	143	36	11	0	51	1.43
7635737--7635929	30	6.6	28	72	12	129	36	10	1	51	1.43
7635904--7635949	22	2.0	22	84	12	58	32	4	2	60	1.28
7635953--7635993	19	2.2	19	86	4	57	41	0	0	58	0.98
7636320--7636372	24	2.3	22	90	9	88	49	18	15	16	1.80
7636457--7636510	2	27.0	2	100	0	108	0	50	0	50	1.00
7639989--7640038	10	4.7	11	85	11	61	72	0	0	28	0.86
7639991--7640038	3	17.0	3	80	20	59	70	0	0	29	0.87
7639989--7640037	16	3.1	16	83	13	66	73	0	0	26	0.83
7639995--7640034	13	3.1	13	86	10	55	72	0	0	27	0.85
7642923--7642975	3	17.7	3	80	7	63	69	0	0	30	0.88
7643509--7644595	110	9.9	110	90	0	1653	24	17	22	34	1.96
7648367--7648411	19	2.4	19	80	0	54	33	28	11	26	1.91
7648466--7648577	19	5.7	19	82	12	120	33	24	12	30	1.92
7648466--7648585	38	3.0	41	80	15	144	33	23	12	30	1.92
7649538--7649584	24	2.0	24	95	0	85	27	21	17	34	1.95
7652137--7652175	20	2.0	20	94	0	69	41	20	17	20	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7652083--7652224	63	2.3	63	85	1	187	32	19	21	26	1.97
7652223--7652271	20	2.5	20	68	0	53	26	24	20	28	1.99
7652287--7652349	20	3.2	20	86	0	90	22	17	22	38	1.93
7652404--7652561	64	2.5	64	95	1	280	51	15	1	31	1.54
7653926--7654044	21	5.7	21	81	8	127	24	20	35	20	1.96
7653926--7654044	42	2.8	41	83	9	150	24	20	35	20	1.96
7656233--7656272	20	2.0	20	85	0	53	15	12	22	50	1.77
7656968--7656992	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
7662133--7662165	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
7662223--7662282	15	4.1	14	78	19	61	68	0	5	26	1.10
7663494--7663557	12	5.9	11	74	22	64	56	0	0	43	0.99
7663506--7663562	3	19.0	3	85	0	78	59	0	0	40	0.97
7663494--7663562	21	3.3	21	88	11	106	57	0	0	42	0.98
7663721--7664507	76	10.4	76	95	0	1393	34	22	19	22	1.96
7663721--7664507	302	2.6	303	95	0	1407	34	22	19	22	1.96
7665182--7665258	22	3.5	22	90	0	127	37	14	12	35	1.84
7667618--7667841	114	2.0	114	91	0	367	30	20	16	33	1.94
7670429--7670496	2	34.0	2	96	0	127	51	0	0	48	1.00
7675101--7675163	26	2.5	26	78	17	69	68	0	6	25	1.13
7675834--7675866	15	2.3	15	89	5	50	57	0	0	42	0.98
7675924--7675983	15	4.1	14	78	19	61	68	0	5	26	1.10
7677118--7677193	12	6.9	11	78	15	70	57	0	0	42	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7677130--7677198	3	23.0	3	87	0	102	60	0	0	39	0.97
7677118--7677196	15	5.7	14	78	18	94	58	0	0	41	0.98
7685221--7685315	36	2.6	36	84	0	118	42	11	11	34	1.78
7687878--7687990	55	2.0	56	84	1	147	35	19	8	36	1.83
7692805--7692994	36	5.3	36	79	9	183	31	20	12	35	1.90
7692805--7693005	107	1.9	107	82	8	257	31	19	13	35	1.90
7693481--7693554	35	2.1	35	82	5	87	50	14	14	20	1.78
7695151--7695203	17	3.1	17	83	0	61	33	16	5	43	1.72
7699742--7699771	15	2.0	15	100	0	60	40	6	6	46	1.56
7711295--7711347	17	3.1	17	91	0	61	33	15	7	43	1.74
7717872--7718096	114	2.0	114	81	3	265	31	12	20	34	1.91
7718090--7718143	21	2.6	21	84	0	72	33	11	27	27	1.91
7720048--7720089	21	2.0	21	81	9	50	73	2	7	16	1.15
7723923--7723966	20	2.2	20	84	4	63	65	0	15	18	1.27
7729881--7729920	6	6.7	6	83	11	55	82	5	0	12	0.82
7730812--7730861	24	2.1	24	85	7	66	60	12	2	26	1.43
7731256--7731300	17	2.5	19	72	13	51	51	8	2	37	1.46
7731875--7731918	3	14.7	3	100	0	88	34	0	0	65	0.93
7731964--7732003	17	2.3	18	91	4	64	62	0	0	37	0.95
7737407--7737453	19	2.5	19	92	0	85	25	19	31	23	1.98
7737479--7737644	65	2.6	64	81	9	194	25	16	24	33	1.96
7740310--7740384	21	3.4	22	76	12	91	26	25	22	25	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7746125--7746286	66	2.5	65	86	4	211	27	19	23	30	1.98
7748936--7748974	13	2.9	14	80	7	53	38	10	0	51	1.36
7750347--7750434	21	4.2	21	83	0	113	29	27	9	34	1.87
7756159--7756355	108	1.8	109	87	2	299	25	19	28	25	1.99
7763749--7764167	54	7.8	54	89	1	556	28	17	20	33	1.95
7765819--7765943	54	2.3	53	84	5	153	30	17	18	33	1.94
7767467--7767495	10	2.9	10	100	0	58	10	27	0	62	1.28
7767467--7767505	20	2.0	20	85	10	53	10	25	0	64	1.25
7770637--7770861	122	1.9	121	85	4	319	41	13	12	32	1.81
7770960--7771038	2	39.5	2	100	0	158	50	0	0	49	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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