genome.fa.s8094.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008094.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110610_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9952466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2642070--2642104	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2642683--2642754	19	3.8	19	100	0	144	26	36	20	16	1.94
2645322--2645382	29	2.1	30	81	9	72	26	27	1	44	1.64
2656419--2656458	18	2.3	18	86	4	55	47	2	20	30	1.63
2656833--2657404	257	2.3	251	88	6	826	41	20	12	26	1.87
2663152--2663222	2	35.5	2	80	10	83	45	0	4	50	1.21
2663152--2663255	10	10.3	10	76	13	70	47	0	6	46	1.29
2663778--2663821	20	2.2	20	83	0	52	40	13	13	31	1.84
2666954--2666992	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2666940--2667100	65	2.5	65	85	3	209	31	26	15	27	1.96
2666940--2667120	64	2.8	64	82	2	211	29	26	16	27	1.97
2668515--2668546	15	2.1	15	100	0	64	31	37	6	25	1.81
2670709--2670865	65	2.4	65	81	5	185	31	23	17	28	1.97
2672790--2672829	21	1.9	21	90	10	64	57	5	7	30	1.48
2673217--2673277	18	3.4	18	97	2	115	42	18	19	19	1.89
2676673--2676750	23	3.5	22	67	13	61	24	17	25	32	1.97
2679435--2679591	65	2.4	63	79	11	158	29	22	19	28	1.98
2682933--2682982	21	2.4	21	90	3	75	38	24	10	28	1.87
2687696--2687746	14	3.4	14	75	15	57	3	11	29	54	1.54
2692162--2692196	15	2.3	15	90	0	52	60	5	11	22	1.52
2693812--2693964	60	2.6	60	81	8	163	39	9	6	44	1.64
2693874--2694460	58	10.2	57	72	14	336	43	11	6	38	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2694048--2694424	172	2.2	174	83	5	471	43	11	6	37	1.68
2694199--2694460	115	2.3	117	81	9	299	43	12	7	36	1.71
2695575--2695617	20	2.2	19	84	12	52	39	2	11	46	1.53
2702478--2702568	31	2.9	31	85	3	121	45	6	8	39	1.61
2706994--2707025	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
2714412--2714444	15	2.2	15	89	10	50	21	0	0	78	0.75
2721387--2721518	3	44.0	3	100	0	264	66	0	0	33	0.92
2722906--2722947	23	1.9	23	85	9	61	45	7	4	42	1.52
2730653--2730689	13	2.7	14	88	12	51	72	0	24	2	0.97
2735477--2735525	25	2.0	25	95	0	89	61	2	20	16	1.44
2740942--2741034	42	2.2	42	84	7	118	31	7	16	45	1.75
2743287--2743338	27	2.0	26	88	3	77	0	26	3	69	1.06
2751989--2752042	23	2.3	23	93	0	90	27	16	22	33	1.95
2770747--2770775	14	2.0	15	93	6	51	20	13	27	37	1.91
2775405--2775584	92	2.0	92	80	6	204	27	18	13	40	1.88
2776024--2776267	129	1.9	129	82	3	303	32	22	18	27	1.97
2776597--2776623	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2779265--2779338	29	2.6	30	85	12	102	29	1	1	67	1.07
2779265--2779354	29	3.1	28	77	14	69	28	2	2	66	1.15
2786813--2786855	22	1.9	23	95	4	79	37	16	13	32	1.88
2788738--2788861	59	2.1	59	90	1	196	50	19	4	25	1.65
2793106--2793138	17	2.0	16	94	5	57	30	12	12	45	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2798101--2798195	29	3.2	29	63	14	75	25	14	9	50	1.73
2798101--2798222	61	2.0	61	98	0	235	23	14	10	50	1.74
2800779--2800864	39	2.2	39	87	0	118	16	24	23	36	1.94
2801277--2801303	14	1.9	14	100	0	54	0	0	40	59	0.98
2803193--2803235	20	2.2	20	91	0	68	34	20	11	32	1.89
2803848--2803885	16	2.3	17	95	4	69	0	13	0	86	0.56
2810743--2810798	29	1.9	29	85	0	76	41	12	12	33	1.81
2815406--2816183	387	2.0	387	100	0	1556	33	26	11	28	1.91
2816206--2816341	68	2.0	68	97	0	254	30	14	11	43	1.81
2823478--2823511	15	2.3	15	100	0	68	11	11	20	55	1.67
2823484--2823517	15	2.3	15	89	0	50	14	17	11	55	1.68
2827789--2827815	14	1.9	14	100	0	54	14	29	14	40	1.86
2830182--2830234	20	2.5	20	81	6	61	37	26	15	20	1.92
2830784--2831003	81	2.6	82	80	11	243	35	20	5	37	1.76
2830893--2830959	33	2.0	33	88	5	100	41	22	4	31	1.73
2831186--2831238	25	2.1	26	96	3	99	37	13	0	49	1.42
2842528--2842724	21	9.6	21	72	3	114	21	18	22	37	1.95
2842549--2842675	41	3.1	41	90	2	193	22	19	20	37	1.94
2842616--2842744	61	2.1	61	94	0	222	18	20	19	41	1.91
2842570--2842771	102	2.0	102	90	3	318	19	20	19	39	1.93
2842672--2842790	41	2.9	41	85	8	147	19	21	21	38	1.93
2842570--2842744	20	8.6	20	69	3	125	19	20	20	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2842716--2842784	20	3.5	19	70	16	59	18	21	20	39	1.93
2842738--2842828	22	4.3	22	76	9	91	20	17	24	37	1.94
2842935--2842965	5	6.0	5	96	3	53	19	61	19	0	1.35
2843468--2843505	6	6.5	6	96	3	69	0	15	52	31	1.43
2843585--2843610	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
2843601--2843804	41	5.2	40	69	18	117	36	24	20	19	1.95
2843635--2843751	20	5.7	21	78	3	87	35	25	20	17	1.95
2843659--2843751	20	4.6	20	79	2	114	37	24	22	15	1.93
2843773--2843825	22	2.4	22	100	0	106	35	28	18	16	1.93
2843773--2843870	22	4.6	22	80	12	91	35	27	19	17	1.94
2862683--2862716	17	2.0	17	100	0	68	11	17	17	52	1.73
2865807--2865888	32	2.6	32	88	0	119	7	29	37	25	1.83
2881906--2882201	139	2.1	139	86	1	405	25	16	28	30	1.96
2882289--2882579	36	8.4	36	74	12	234	37	14	18	28	1.91
2882193--2882542	137	2.6	138	81	8	380	38	14	18	29	1.89
2882224--2882542	66	4.7	66	77	7	338	38	14	18	29	1.90
2882537--2882648	56	2.0	57	92	1	190	41	16	17	24	1.90
2886303--2886690	195	2.0	196	97	0	742	40	16	16	26	1.89
2887168--2887207	17	2.4	17	95	0	71	22	42	10	25	1.84
2887405--2887442	19	2.0	19	100	0	76	26	15	26	31	1.96
2888528--2889016	228	2.1	228	88	0	737	18	22	28	29	1.98
2889407--2889485	35	2.3	35	100	0	158	45	2	0	51	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2890142--2890203	23	2.7	23	71	11	65	43	6	0	50	1.28
2890298--2890379	26	3.2	25	79	10	85	39	6	0	54	1.25
2890310--2890389	26	3.1	25	74	15	74	38	7	1	52	1.38
2890438--2890501	30	2.1	30	91	5	103	53	1	10	34	1.46
2890511--2890606	31	3.2	31	95	2	169	55	0	5	39	1.22
2892148--2892177	3	10.0	3	100	0	60	66	33	0	0	0.92
2892347--2892376	13	2.2	14	94	5	53	20	23	13	43	1.86
2900636--2900712	39	2.0	39	92	0	127	46	11	23	18	1.81
2907401--2907501	27	3.8	27	73	16	102	35	20	18	24	1.95
2915111--2915174	26	2.4	27	78	17	64	35	21	15	26	1.94
2920655--2920815	27	6.1	27	74	12	138	35	23	17	23	1.95
2920655--2920815	79	2.0	79	86	2	225	35	23	17	23	1.95
2920714--2920838	52	2.3	53	80	11	123	37	19	17	25	1.93
2921321--2921377	24	2.5	24	86	11	75	17	7	3	71	1.22
2924309--2924367	21	2.8	21	94	0	100	18	37	32	11	1.87
2924950--2924980	16	1.9	16	93	0	53	54	0	0	45	0.99
2925286--2925350	35	1.9	34	84	6	87	47	3	12	36	1.57
2928308--2928865	45	12.5	45	90	3	849	39	10	23	26	1.87
2935345--2935384	21	1.9	21	90	10	64	30	15	15	40	1.87
2935438--2935490	18	2.9	18	91	0	88	16	20	33	28	1.95
2937759--2937941	95	1.9	94	86	3	260	37	13	24	24	1.91
2938364--2938851	45	10.9	45	91	1	791	39	11	22	26	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2941782--2941978	95	2.1	96	84	3	256	31	16	22	29	1.95
2942404--2942477	20	3.3	20	68	28	60	41	12	24	21	1.87
2942391--2942582	47	4.1	47	87	4	271	41	11	23	23	1.87
2948429--2948565	70	2.0	70	95	0	247	35	14	21	28	1.93
2948429--2948592	70	2.4	68	88	6	219	34	15	20	29	1.93
2948617--2948797	95	1.9	96	86	2	258	34	13	22	29	1.92
2948771--2948815	20	2.1	22	88	8	67	40	11	22	26	1.87
2949224--2949276	20	2.7	20	96	0	97	37	13	30	18	1.89
2949263--2949343	27	3.3	27	63	22	77	41	13	22	22	1.88
2949243--2949374	47	2.8	47	92	1	219	41	12	23	21	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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