genome.fa.s8094.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008094.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110610_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9952466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   

This is table  40  of  43  ( 5090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8661655--8661696	16	2.7	16	82	14	52	35	11	23	28	1.91
8667283--8667308	13	2.0	13	100	0	52	7	23	0	69	1.14
8669934--8669963	15	2.1	14	93	6	51	40	13	0	46	1.43
8675940--8675991	24	2.2	24	96	0	95	32	26	13	26	1.94
8678179--8678218	19	2.2	18	90	4	62	37	15	10	37	1.80
8682015--8682141	40	3.2	39	79	8	139	28	21	14	35	1.93
8682036--8682159	40	3.1	40	73	9	117	27	18	15	38	1.91
8682211--8682299	39	2.3	39	82	0	115	32	16	12	38	1.86
8683688--8683822	61	2.2	61	97	0	252	33	19	11	36	1.87
8686183--8686232	22	2.3	21	80	6	55	64	6	2	28	1.28
8686909--8686940	16	2.0	16	93	0	55	65	3	6	25	1.31
8690970--8690994	10	2.5	10	100	0	50	88	0	12	0	0.53
8694341--8694365	11	2.3	11	100	0	50	56	12	8	24	1.62
8695981--8696018	4	9.8	4	88	5	51	28	0	0	71	0.87
8696204--8696247	16	2.8	16	80	13	54	31	29	4	34	1.78
8697697--8697744	21	2.3	21	88	0	78	45	27	0	27	1.54
8706160--8706298	42	3.3	42	83	3	165	38	20	15	25	1.92
8706160--8706316	40	3.8	40	83	2	134	35	19	17	26	1.95
8706652--8706769	42	2.9	41	76	8	123	33	17	17	31	1.94
8706487--8706835	82	4.2	83	77	4	323	30	18	18	32	1.95
8706513--8706803	41	7.1	41	68	12	148	30	19	17	31	1.95
8706487--8706835	164	2.1	164	83	2	432	30	18	18	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8706597--8706795	42	4.8	42	70	9	113	30	18	19	32	1.95
8724777--8724841	30	2.1	32	85	5	89	29	9	9	52	1.64
8725520--8725573	22	2.5	22	100	0	108	22	24	25	27	2.00
8725742--8725792	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
8726205--8726244	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
8726518--8726570	27	2.0	27	84	0	70	77	3	16	1	1.01
8726510--8726589	18	4.6	16	72	22	56	75	6	15	3	1.15
8729059--8729118	30	2.0	31	86	3	86	28	8	10	53	1.63
8730708--8730766	19	3.0	20	74	20	61	74	3	20	1	1.05
8734208--8734258	20	2.6	20	87	3	68	39	13	5	41	1.69
8734672--8734711	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
8737760--8737811	10	5.3	10	79	11	54	84	0	13	1	0.70
8737761--8737811	8	6.4	8	76	15	52	84	0	13	1	0.71
8737760--8737807	16	2.8	17	84	9	62	85	0	12	2	0.69
8737761--8737811	14	3.5	15	78	10	61	84	0	13	1	0.71
8741990--8742029	19	2.0	20	90	4	64	25	10	0	65	1.24
8743462--8743512	20	2.6	20	90	3	77	37	13	5	43	1.69
8751403--8751471	33	2.1	33	83	5	86	31	1	36	30	1.67
8755169--8755197	12	2.4	12	100	0	58	31	48	0	20	1.50
8755711--8755819	49	2.2	51	85	3	150	37	15	19	27	1.92
8760285--8760342	29	2.0	29	83	10	73	5	13	5	75	1.14
8761070--8761120	19	2.6	20	90	3	77	43	5	13	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8765967--8766007	20	2.0	20	90	9	66	19	14	0	65	1.26
8772660--8772713	23	2.3	23	78	6	56	64	0	20	14	1.28
8772843--8772887	20	2.2	21	80	11	58	4	15	2	77	1.02
8773320--8773387	35	1.9	36	93	3	120	32	2	33	30	1.73
8783549--8783599	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
8785334--8785378	22	2.0	22	83	8	56	51	11	17	20	1.75
8787465--8787515	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
8787874--8787920	12	3.8	12	83	5	58	38	34	2	25	1.68
8791599--8791708	45	2.5	45	94	2	188	11	17	10	60	1.57
8806921--8806972	23	2.2	24	86	3	79	59	13	17	9	1.60
8806928--8806978	24	2.2	23	89	3	75	60	11	19	7	1.55
8823019--8823061	20	2.2	20	87	4	61	34	9	6	48	1.62
8823402--8823506	36	2.9	36	91	1	167	29	37	5	27	1.80
8823939--8823980	5	8.8	5	80	19	54	80	0	19	0	0.70
8823939--8823980	14	2.9	15	86	13	61	80	0	19	0	0.70
8823944--8823982	11	3.4	11	89	10	60	79	0	20	0	0.73
8827190--8827254	13	5.4	12	75	21	57	29	3	35	32	1.73
8827172--8827276	36	2.9	36	92	1	167	29	5	34	30	1.81
8832064--8832147	11	7.1	11	71	23	64	32	33	3	30	1.75
8832064--8832164	36	2.8	36	93	1	168	31	33	3	30	1.76
8840554--8840603	21	2.5	20	87	12	68	34	10	6	50	1.60
8841314--8841370	10	5.5	10	83	8	78	85	1	12	0	0.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8841314--8841370	22	2.8	18	78	21	60	85	1	12	0	0.66
8841314--8841370	21	2.7	21	83	5	71	85	1	12	0	0.66
8852911--8853030	36	3.4	36	88	2	172	32	35	2	29	1.71
8864201--8864316	36	3.2	36	91	1	189	30	36	3	30	1.74
8864201--8864299	13	8.3	11	71	23	67	30	36	3	30	1.73
8872674--8872725	21	2.6	21	90	6	81	34	13	5	46	1.67
8874572--8874623	15	3.5	14	74	10	50	69	0	15	15	1.20
8877847--8877885	19	2.0	20	90	5	62	20	15	0	64	1.30
8877845--8877888	19	2.3	18	85	11	61	22	13	0	63	1.29
8881402--8881452	20	2.6	20	90	3	77	35	15	5	43	1.71
8881867--8881906	19	2.0	20	90	4	64	20	15	0	65	1.28
8884847--8884886	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
8889417--8889456	19	2.0	20	90	4	64	65	0	15	20	1.28
8891936--8892022	45	1.9	45	90	0	138	17	9	14	58	1.62
8892225--8892264	19	2.0	20	90	4	64	65	0	17	17	1.28
8895010--8895069	30	2.0	31	83	3	77	26	8	8	56	1.57
8895959--8896009	20	2.6	20	87	3	59	33	15	5	45	1.71
8896919--8897029	35	3.2	34	89	3	168	30	2	37	28	1.71
8908926--8909085	51	3.1	52	91	3	245	25	19	11	43	1.84
8909699--8909755	30	1.9	30	92	0	96	38	22	19	19	1.93
8920496--8920567	34	2.2	31	85	11	92	73	2	16	6	1.17
8921437--8921522	33	2.6	32	72	22	88	17	27	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8925295--8925380	33	2.6	32	72	22	88	17	27	24	30	1.97
8935522--8935573	19	2.6	21	90	6	81	46	7	13	32	1.72
8937820--8937862	23	1.9	21	81	13	50	32	18	13	34	1.90
8945185--8945213	15	1.9	15	100	0	58	31	13	20	34	1.92
8948067--8948243	36	4.9	36	90	0	255	28	34	4	32	1.77
8948633--8948658	11	2.4	11	100	0	52	84	0	15	0	0.62
8948684--8948729	13	3.4	14	76	14	51	78	0	17	4	0.91
8952216--8952392	36	4.9	36	92	0	273	28	35	4	31	1.77
8952492--8952535	22	2.0	22	100	0	88	31	31	9	27	1.88
8953103--8953263	52	3.1	52	87	2	236	26	19	9	43	1.83
8955617--8955674	24	2.4	25	88	2	82	56	15	15	12	1.67
8958706--8958764	14	4.5	14	73	16	54	11	11	18	57	1.64
8958716--8958762	24	2.0	24	82	0	58	12	12	19	55	1.69
8959612--8959663	11	4.6	11	80	4	59	32	17	25	25	1.97
8959898--8959964	16	4.3	16	84	3	84	11	8	17	61	1.56
8962666--8962693	14	2.0	14	100	0	56	21	42	0	35	1.53
8962762--8962798	11	3.4	11	92	0	56	27	29	2	40	1.70
8962892--8962939	15	3.0	16	77	20	55	12	29	0	58	1.35
8975774--8975820	16	2.8	16	81	12	51	68	0	17	14	1.22
8980814--8980864	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
8984614--8984664	19	2.6	20	87	3	68	45	5	15	33	1.71
8987800--8987825	11	2.4	11	100	0	52	0	15	0	84	0.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8992472--8992527	13	4.7	11	74	21	51	0	19	1	78	0.84
8992472--8992528	18	3.1	18	81	18	73	0	19	1	78	0.83
8992472--8992528	11	5.2	12	76	19	54	0	19	1	78	0.83
9002365--9002537	90	1.9	91	86	1	249	21	26	23	28	1.99
9003321--9003374	23	2.3	24	87	3	83	62	11	16	9	1.52
9003321--9003380	24	2.6	23	81	7	77	63	10	18	8	1.50
9006127--9006156	13	2.4	13	94	5	53	43	0	30	26	1.55
9010580--9010617	14	2.7	14	88	11	60	0	18	2	78	0.86
9013374--9013409	13	2.8	13	86	0	54	27	36	0	36	1.57
9013481--9013507	11	2.5	11	100	0	54	25	37	0	37	1.57

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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