genome.fa.s8094.2.7.7.80.10.50.1000.5.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008094.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00110610_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  9952466

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   

This is table  5  of  43  ( 5090 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
807313--807356	20	2.2	20	91	0	70	38	20	18	22	1.93
807352--807476	20	6.2	20	82	7	146	42	23	13	20	1.88
807352--807476	40	3.1	39	86	4	169	42	23	13	20	1.88
807327--807476	81	1.9	79	84	8	205	42	21	14	22	1.88
808024--808067	20	2.2	20	83	0	52	13	18	18	50	1.79
810205--810244	21	1.9	21	89	0	62	22	35	20	22	1.96
810254--810301	21	2.3	21	88	0	69	22	27	25	25	2.00
810203--810321	42	2.8	42	75	5	114	21	31	21	24	1.98
811892--811972	34	2.4	34	89	4	119	23	17	20	38	1.93
811955--812011	20	2.8	20	78	0	69	40	19	15	24	1.90
812288--812323	18	2.0	18	94	0	63	19	0	25	55	1.43
814571--814624	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
814571--814638	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
814761--814814	22	2.5	22	96	0	99	33	7	20	38	1.80
815585--815634	20	2.5	21	75	12	52	28	10	24	38	1.87
815566--815636	19	3.7	20	77	3	74	29	9	23	36	1.87
815624--815710	20	4.3	20	94	0	147	17	11	25	45	1.81
815704--815743	20	2.0	20	95	0	71	22	20	20	37	1.94
815624--815730	40	2.7	40	84	8	103	18	13	24	43	1.85
815707--815750	20	2.2	20	83	0	52	27	22	20	29	1.99
821092--821133	21	2.0	21	100	0	84	23	23	19	33	1.97
829365--829406	8	5.4	8	82	5	59	73	0	4	21	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
829956--829985	12	2.6	12	94	5	53	63	3	26	6	1.35
830130--830157	12	2.3	12	100	0	56	53	7	0	39	1.28
830079--830274	77	2.6	76	81	10	226	56	13	1	28	1.46
830869--830916	23	2.1	23	92	0	78	47	0	0	52	1.00
830961--831004	13	3.5	13	90	3	63	15	15	50	18	1.79
835465--835513	8	6.4	8	84	15	68	75	0	2	22	0.90
835465--835513	15	3.2	15	81	13	64	75	0	2	22	0.90
835581--835614	17	2.0	17	88	0	50	73	2	0	23	0.97
836996--837021	12	2.2	12	100	0	52	42	0	0	57	0.98
837228--837282	28	2.0	27	85	3	74	47	30	1	20	1.60
840831--840859	12	2.3	13	94	5	51	6	10	0	82	0.83
841503--841533	4	7.8	4	100	0	62	74	0	0	25	0.82
841790--841846	29	2.0	29	100	0	114	14	38	28	19	1.90
841863--841919	13	4.1	13	83	16	78	0	22	47	29	1.52
841859--841916	30	1.9	30	100	0	116	0	22	48	29	1.51
842185--842209	12	2.1	12	100	0	50	16	0	60	24	1.36
842246--842313	35	1.9	35	90	0	109	27	29	16	26	1.97
842747--842790	21	2.1	21	86	0	61	29	0	18	52	1.46
843285--843333	18	2.5	20	83	9	66	38	0	12	48	1.41
843558--843622	26	2.6	25	79	13	62	50	6	1	41	1.36
846513--846864	26	14.2	26	75	12	265	43	2	9	45	1.49
846455--846848	124	3.2	124	95	1	695	43	2	9	45	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
846823--846864	14	3.1	14	86	3	59	45	2	4	47	1.36
846817--846890	38	1.9	38	83	5	96	45	4	5	44	1.45
846966--847048	14	6.2	14	72	20	63	38	7	9	44	1.65
846977--847010	11	3.2	11	83	8	52	38	8	5	47	1.59
846977--847020	21	2.1	21	86	0	61	40	9	4	45	1.56
847015--847047	17	1.9	17	93	0	57	36	6	12	45	1.66
847958--848010	23	2.4	21	75	9	52	54	0	3	41	1.18
849191--849228	15	2.6	15	91	4	60	55	7	0	36	1.29
849282--849361	34	2.5	34	84	9	98	48	12	0	38	1.41
849402--849505	46	2.2	48	83	11	126	49	11	0	39	1.39
849596--849634	16	2.3	18	86	8	55	56	5	0	38	1.22
849849--849956	50	2.2	50	93	4	186	22	18	38	20	1.93
849994--850085	29	3.2	29	93	0	148	23	31	29	15	1.95
850072--850143	32	2.2	32	87	0	108	8	31	29	30	1.87
850128--850240	33	3.2	33	86	13	172	14	15	34	36	1.87
856095--856140	23	2.0	23	83	8	58	45	8	0	45	1.34
857979--858007	14	2.1	14	100	0	58	48	6	17	27	1.72
859431--859598	39	4.3	39	79	1	167	30	23	25	20	1.98
859431--859598	78	2.2	78	82	2	194	30	23	25	20	1.98
860350--860379	7	4.4	7	91	8	53	26	26	30	16	1.97
860350--860379	13	2.2	14	94	5	53	26	26	30	16	1.97
865426--865473	25	1.9	25	91	8	80	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
865452--865528	30	2.4	31	78	12	84	58	1	0	40	1.06
865442--865504	17	3.9	17	72	15	55	58	1	0	39	1.07
865452--865528	33	2.4	33	78	6	86	58	1	0	40	1.06
865501--865545	24	2.0	22	82	8	54	57	2	0	40	1.11
868766--868800	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
873269--873309	18	2.3	18	91	4	66	29	4	2	63	1.28
875204--875241	9	4.2	9	93	0	67	34	23	34	7	1.84
875204--875238	3	11.7	3	87	0	52	34	25	34	5	1.80
875207--875245	12	3.2	12	88	0	51	33	23	33	10	1.88
875459--875543	35	2.5	33	78	14	91	25	8	10	55	1.62
879120--879201	41	2.0	41	82	0	101	15	31	31	20	1.94
885182--885219	19	2.1	19	85	5	51	47	2	0	50	1.15
886054--886189	71	1.9	69	91	5	220	52	6	8	32	1.58
886346--886402	23	2.4	24	80	13	73	42	1	14	42	1.55
886443--886752	2	157.5	2	75	15	254	47	3	4	44	1.40
887331--887376	23	1.9	24	83	16	60	45	2	2	50	1.26
887481--887519	13	3.0	12	80	20	51	51	0	7	41	1.31
888940--889102	67	2.4	67	81	2	184	25	19	14	40	1.89
891654--891775	36	3.4	36	82	8	151	45	18	4	32	1.68
891703--891767	21	3.4	21	66	24	61	47	18	3	30	1.64
897604--897642	20	2.0	20	84	0	51	23	7	23	46	1.78
897802--897862	20	2.9	20	82	7	68	18	26	32	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909109--909170	32	2.0	32	83	3	81	50	3	6	40	1.44
920611--920814	102	2.0	102	99	0	399	25	14	22	38	1.92
925251--925454	102	2.0	102	99	0	399	25	14	22	38	1.92
932126--932359	88	2.7	87	88	5	312	22	22	26	29	1.99
934760--934798	21	1.9	21	89	5	62	33	23	2	41	1.68
934206--935185	357	2.7	353	84	7	1226	37	12	12	37	1.82
935919--935990	30	2.4	30	92	0	117	30	25	20	23	1.99
935977--936147	31	5.5	30	73	12	123	30	17	17	34	1.93
936013--936165	62	2.5	63	90	2	256	31	16	15	35	1.91
936030--936146	31	3.7	30	78	12	128	31	16	16	35	1.91
936010--936162	31	4.9	31	72	10	125	30	16	16	35	1.92
955148--955220	27	2.6	29	91	6	123	32	13	10	42	1.79
957502--957532	14	2.2	14	94	0	53	58	16	12	12	1.64
959504--959588	23	3.7	23	88	0	125	12	9	16	61	1.56
959537--959581	13	3.7	13	82	17	69	13	8	15	62	1.54
959488--959588	10	9.2	10	72	18	67	13	8	14	62	1.54
962417--962456	17	2.4	17	86	0	53	40	5	2	52	1.37
963836--963888	24	2.4	21	87	12	79	24	3	9	62	1.42
963836--963891	22	2.5	24	91	8	91	25	3	10	60	1.45
968246--968357	59	1.9	57	82	8	136	42	5	8	42	1.59
969580--969673	19	5.1	19	71	16	65	28	3	7	60	1.39
972558--972588	14	2.2	14	100	0	62	51	6	12	29	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
978701--978731	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
978894--978986	12	7.8	12	71	13	66	51	17	13	17	1.76
978894--979000	24	4.5	24	76	6	101	51	16	14	16	1.77
978895--979000	48	2.2	48	84	3	133	51	16	15	16	1.76
979549--979591	17	2.5	17	96	0	77	27	30	0	41	1.56
983563--983631	25	2.8	25	97	0	129	20	21	4	53	1.62
983768--983830	30	2.1	30	93	0	108	25	6	11	57	1.57
996658--996695	20	1.9	20	94	0	67	31	34	15	18	1.92
996718--996805	46	1.9	46	90	2	142	28	27	19	25	1.99
996726--996827	46	2.2	45	81	6	107	30	27	18	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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