genome.fa.s8926.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112231_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4069050

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

This is table  1  of  20  ( 2371 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2176--2217	17	2.5	17	92	0	75	9	38	16	35	1.81
3154--3439	54	5.3	54	83	5	353	33	19	17	29	1.95
3157--3431	109	2.5	108	86	3	374	34	19	16	29	1.94
6193--6249	30	1.9	30	88	0	87	40	24	26	8	1.84
10989--11037	20	2.5	20	100	0	98	46	22	14	16	1.82
11482--11522	19	2.2	18	86	4	55	24	2	24	48	1.63
11538--11581	23	1.9	23	85	0	61	45	4	9	40	1.56
17641--17703	18	3.5	18	82	8	83	22	17	28	31	1.96
23577--23636	30	2.0	31	90	3	95	36	21	8	33	1.84
23581--23644	30	2.2	30	80	2	76	34	20	7	37	1.81
24254--24304	22	2.3	22	93	0	93	43	3	3	49	1.39
26682--26712	8	3.8	8	91	8	53	0	12	0	87	0.55
26682--26724	17	2.6	16	82	10	50	6	11	0	81	0.87
29883--29931	24	2.0	24	92	0	80	44	14	10	30	1.78
46068--46232	90	1.8	90	97	0	312	46	6	10	36	1.64
52833--53007	90	2.0	89	87	3	253	46	3	10	38	1.56
59513--59692	41	4.4	41	82	2	182	32	9	20	37	1.85
70389--70519	45	2.9	45	79	0	154	30	23	12	33	1.91
71560--71605	19	2.4	19	100	0	92	28	26	26	19	1.99
72467--72509	21	2.1	20	83	12	52	72	6	4	16	1.24
81616--81653	20	2.0	20	89	5	60	50	7	18	23	1.73
85296--85950	55	11.9	55	79	4	653	31	18	20	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86710--86944	45	5.2	45	80	3	188	41	19	14	24	1.89
86673--86944	90	3.0	88	76	9	239	41	19	14	23	1.89
86673--86944	135	2.0	134	84	2	348	41	19	14	23	1.89
98794--98837	19	2.4	19	92	3	72	72	0	4	22	1.02
98792--98837	23	2.0	23	83	8	58	71	0	4	23	1.03
99243--99272	12	2.5	12	88	0	51	66	3	23	6	1.30
101023--101092	5	13.0	5	72	14	50	71	2	5	20	1.19
101048--101091	11	4.0	11	82	8	54	77	0	4	18	0.94
106694--106838	77	1.9	79	82	5	188	44	6	10	37	1.65
107303--107350	15	3.2	15	78	16	55	41	2	10	45	1.50
108875--109053	63	2.7	63	82	10	198	54	15	0	29	1.45
111207--111268	21	3.0	21	95	0	106	29	25	17	27	1.98
119871--119933	25	2.5	25	92	0	99	36	11	22	30	1.89
120401--120464	32	2.0	32	96	0	119	35	15	14	34	1.88
124835--124892	20	2.9	21	80	10	59	44	5	18	31	1.72
124993--125059	21	3.2	21	69	12	66	41	10	4	43	1.59
125004--125068	20	3.2	20	70	12	69	41	9	4	44	1.57
124983--125073	41	2.2	41	98	0	173	42	10	4	41	1.60
127636--127815	41	4.4	41	81	2	173	31	8	20	38	1.83
131008--131190	65	2.8	65	84	7	219	38	8	21	31	1.83
130955--131190	65	3.5	67	79	8	216	37	9	22	30	1.85
131160--131224	21	3.4	21	68	24	70	43	9	23	24	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131165--131225	19	3.3	19	68	22	58	44	8	22	24	1.80
131139--131502	36	10.5	35	75	14	283	39	12	20	28	1.89
131085--131400	174	1.8	174	86	1	454	40	11	20	26	1.87
131139--131293	73	2.1	72	86	3	213	39	12	21	26	1.89
131315--131578	102	2.6	102	93	1	433	35	12	21	30	1.90
131616--131653	19	2.0	19	100	0	76	31	21	10	36	1.87
133061--133198	69	2.0	69	92	2	233	24	13	23	38	1.91
133277--133318	13	3.2	12	81	18	57	2	16	2	78	0.96
134553--134596	7	6.1	7	94	5	79	59	13	13	13	1.62
136534--136580	18	2.7	18	80	3	60	72	0	12	14	1.13
136607--136690	36	2.3	36	84	8	100	65	5	4	23	1.34
136685--136727	17	2.4	18	80	7	52	72	0	4	23	1.04
136766--136823	2	29.5	2	96	3	109	51	0	0	48	1.00
136768--136830	12	5.5	11	94	1	54	50	1	1	46	1.20
138879--138947	24	3.0	22	80	8	75	20	0	4	75	0.97
141364--141411	24	2.0	24	100	0	96	41	0	25	33	1.55
143287--143347	22	2.8	22	82	0	77	31	19	22	26	1.98
145385--145561	88	2.0	88	100	0	354	38	15	3	42	1.64
149076--149126	22	2.4	22	90	3	77	15	39	9	35	1.81
151689--151966	151	1.8	152	89	0	441	32	17	9	39	1.82
151876--151993	36	3.2	36	71	10	112	31	14	11	43	1.80
151689--151993	76	4.0	76	84	2	389	32	17	10	40	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151968--152076	39	2.8	39	90	1	175	29	17	16	36	1.92
151718--152071	151	2.3	151	81	3	361	32	16	12	38	1.86
152050--152100	25	2.0	25	96	0	93	19	17	15	47	1.83
152019--152139	64	1.9	64	96	0	224	28	17	16	38	1.91
152075--152366	39	7.6	39	89	1	446	32	15	16	35	1.90
152075--152360	115	2.5	115	93	1	466	32	16	16	34	1.91
152943--152989	24	2.0	24	91	8	78	40	40	14	4	1.66
153394--153446	2	27.0	2	96	3	99	50	0	0	49	1.00
154190--154241	19	2.7	19	66	0	50	23	3	5	67	1.29
154370--154744	186	2.0	188	98	1	736	30	13	14	40	1.85
158048--158097	24	2.2	22	82	7	55	48	2	0	50	1.12
162693--162742	18	2.8	18	81	0	64	36	30	16	18	1.92
162719--162854	65	2.1	64	83	4	166	31	24	17	26	1.97
164787--164826	21	1.9	21	90	10	64	55	5	7	32	1.50
168661--168806	23	6.7	22	73	8	120	23	27	23	25	2.00
168661--168781	44	2.8	44	92	2	199	23	25	25	25	2.00
171410--171566	65	2.4	63	82	9	183	30	24	17	27	1.97
174141--174189	19	2.6	19	86	0	71	22	28	14	34	1.93
174665--174728	23	2.8	23	92	0	101	9	9	18	62	1.52
174675--174735	13	4.8	13	78	17	58	9	9	18	62	1.53
174810--174840	16	1.9	16	100	0	62	6	12	22	58	1.58
178657--178698	21	2.0	21	95	0	75	26	28	21	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
181131--181176	24	2.0	23	95	4	83	43	8	4	43	1.55
187745--187780	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
190645--190737	2	46.0	2	77	14	75	45	1	5	48	1.32
190745--190835	37	2.5	37	83	8	114	45	1	4	49	1.29
191824--191862	18	2.2	18	95	0	69	23	17	43	15	1.87
193987--194286	149	2.0	148	97	0	564	44	14	7	35	1.72
197944--197991	18	2.6	18	78	21	55	10	4	41	43	1.58
198032--198128	3	33.3	3	81	13	114	64	1	1	32	1.07
198349--198470	40	3.0	40	79	11	97	26	22	22	28	1.99
198449--198698	118	2.1	118	87	1	358	27	20	15	37	1.92
212614--212679	3	21.7	3	78	9	71	60	4	1	33	1.26
214341--214630	37	7.6	38	85	8	369	46	2	7	43	1.44
214569--214657	35	2.5	33	77	16	90	43	0	7	48	1.32
214687--214742	6	8.7	6	79	14	58	17	1	0	80	0.80
214697--214742	10	4.6	10	82	17	60	19	0	0	80	0.71
214678--214740	14	4.6	14	86	7	85	19	3	0	77	0.90
215889--215924	17	2.1	17	100	0	72	36	25	27	11	1.90
216753--216784	13	2.5	13	94	0	55	25	21	18	34	1.96
216948--216992	2	22.5	2	95	0	81	46	0	0	53	1.00
228711--228991	72	3.9	72	77	0	276	32	20	21	24	1.98
229691--229736	22	2.1	22	95	0	83	47	28	8	15	1.74
230219--230259	17	2.3	18	87	4	57	39	2	2	56	1.26
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230364--230396	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
230341--230446	41	2.5	41	77	11	99	44	0	4	50	1.22
230453--230550	45	2.2	46	81	7	112	43	2	7	46	1.42
236290--236329	21	1.9	21	85	10	55	40	2	0	57	1.12
236388--236435	15	3.4	14	80	8	53	50	2	0	47	1.12
236388--236428	15	2.8	15	88	3	57	48	2	0	48	1.14
241629--241658	15	2.0	15	100	0	60	40	6	33	20	1.78
241632--241665	15	2.3	15	89	0	50	47	5	32	14	1.69
242686--242711	8	3.2	8	100	0	52	26	26	0	46	1.53
243329--243416	43	2.0	43	100	0	176	35	26	6	31	1.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20