genome.fa.s8926.2.7.7.80.10.50.1000.14.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112231_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4069050

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2784233--2784297	24	3.0	22	76	17	64	29	20	26	24	1.99
2784499--2784545	17	2.8	17	93	0	85	29	6	14	48	1.69
2790424--2790491	2	34.5	2	97	2	129	51	0	0	48	1.00
2791218--2791282	31	2.2	31	83	10	82	52	3	9	35	1.49
2791309--2791351	17	2.5	17	88	11	61	44	0	2	53	1.13
2792274--2792369	32	2.9	33	70	17	92	44	8	2	44	1.45
2792397--2792491	29	3.2	28	80	8	93	55	2	5	36	1.34
2792595--2792722	31	4.1	33	78	9	124	51	1	10	36	1.45
2792407--2792776	30	12.5	30	71	11	176	52	1	8	37	1.43
2794060--2794097	13	2.9	13	84	7	51	28	5	2	63	1.30
2798014--2798063	23	2.2	23	85	0	64	32	26	22	20	1.98
2798109--2798185	23	3.0	23	66	25	55	37	6	11	44	1.67
2799012--2799037	13	2.0	13	100	0	52	7	7	7	76	1.15
2799384--2799617	28	8.3	28	73	12	167	32	2	17	47	1.61
2799342--2799599	55	4.6	57	80	5	265	31	2	17	48	1.61
2799327--2799617	29	10.4	28	75	7	216	32	2	18	46	1.63
2799396--2799606	57	3.7	57	81	5	205	31	2	17	48	1.60
2801598--2801673	30	2.5	30	89	4	109	53	1	3	40	1.27
2801677--2801740	31	2.1	30	85	11	85	56	0	9	34	1.32
2801679--2801865	29	6.4	28	74	13	137	49	2	10	37	1.49
2801696--2801823	29	4.3	30	81	7	138	49	1	10	39	1.46
2801696--2801823	59	2.2	59	86	8	172	49	1	10	39	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2803516--2803588	38	1.9	38	91	0	119	47	8	12	31	1.70
2806221--2806261	21	2.0	21	95	0	73	51	7	12	29	1.66
2806221--2806278	21	3.1	18	83	11	71	48	8	12	31	1.70
2808329--2808399	34	2.1	33	84	7	90	26	22	15	35	1.94
2814951--2814989	6	6.5	6	82	11	53	20	15	15	48	1.81
2814951--2814989	13	3.2	12	86	10	53	20	15	15	48	1.81
2819886--2819957	37	1.9	37	85	0	99	40	27	15	16	1.89
2819958--2820401	217	2.0	216	81	5	511	33	14	19	32	1.92
2820344--2820568	93	2.4	93	87	1	317	32	17	19	29	1.95
2820439--2820895	135	3.4	135	91	1	711	31	17	20	31	1.95
2820532--2820926	42	9.0	42	67	15	122	31	17	20	31	1.95
2832069--2832131	23	2.7	23	90	0	90	19	23	33	23	1.97
2832050--2832131	23	3.7	21	82	9	76	18	25	31	24	1.97
2839590--2839964	45	8.4	43	90	1	430	20	22	11	44	1.84
2839594--2839964	90	4.1	90	90	0	580	20	23	11	44	1.84
2839594--2839965	135	2.8	135	91	0	591	20	23	11	44	1.84
2840328--2840517	95	2.0	96	84	7	253	26	21	10	42	1.84
2841984--2842052	33	2.2	31	84	10	86	50	4	11	33	1.58
2842080--2842111	15	2.1	16	94	5	57	46	0	0	53	1.00
2842178--2842221	2	22.0	2	100	0	88	50	0	0	50	1.00
2842893--2842987	30	3.2	29	84	10	104	58	2	4	34	1.29
2843013--2843268	30	8.6	30	77	7	110	51	1	8	37	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2843076--2843283	30	6.9	30	74	7	127	51	1	8	38	1.42
2843003--2843273	60	4.5	59	76	8	226	51	1	8	38	1.43
2843212--2843259	25	1.9	25	83	8	62	54	2	8	35	1.42
2843261--2843304	18	2.3	18	78	21	54	40	0	6	52	1.28
2846454--2846495	16	2.7	16	85	3	50	33	19	30	16	1.94
2848679--2848780	31	3.3	29	78	8	96	58	1	5	33	1.33
2848795--2849037	30	8.2	30	76	9	140	51	1	10	36	1.44
2848694--2849037	30	11.7	29	71	14	134	52	1	9	36	1.43
2849439--2849509	36	1.9	38	88	5	110	45	1	7	46	1.39
2849579--2849686	50	2.2	50	88	3	157	38	0	10	50	1.43
2849611--2849642	13	2.5	13	95	5	57	34	0	12	53	1.39
2849564--2849724	85	1.9	84	86	7	227	40	1	8	49	1.42
2849624--2849783	37	4.3	39	79	14	117	42	0	8	48	1.39
2849624--2849805	38	4.9	36	80	12	158	42	1	8	47	1.40
2849761--2849853	32	2.9	31	79	10	100	46	2	3	48	1.30
2849854--2849915	3	19.7	3	75	21	56	27	1	0	70	0.96
2849854--2849909	10	5.8	10	81	14	55	28	1	0	69	0.98
2849854--2849916	17	3.9	16	82	17	69	26	1	0	71	0.95
2849867--2849926	31	1.9	31	86	0	84	20	3	0	76	0.92
2849847--2849915	13	5.8	12	72	24	58	26	1	0	72	0.93
2851175--2851199	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
2851342--2851371	12	2.4	13	94	5	53	40	0	0	60	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2856350--2857035	165	4.2	164	88	0	933	30	25	21	22	1.99
2856372--2857039	81	8.1	80	79	5	663	30	25	21	22	1.99
2857610--2858065	35	12.9	35	71	18	125	42	1	7	48	1.41
2857801--2857883	13	6.5	13	76	15	84	36	0	12	51	1.39
2857830--2858067	36	6.5	36	78	11	198	42	1	6	50	1.35
2858067--2858133	3	21.7	3	75	22	50	26	1	1	70	1.05
2858067--2858134	10	6.6	10	75	16	59	26	1	1	70	1.04
2858085--2858144	31	1.9	31	86	0	84	18	3	1	76	1.00
2858091--2858129	21	1.9	20	89	5	60	20	2	2	74	1.06
2858062--2858134	17	4.5	16	73	20	55	24	1	1	72	1.00
2858066--2858133	13	5.5	13	75	18	65	26	1	1	70	1.04
2859392--2859426	2	17.5	2	100	0	70	48	0	0	51	1.00
2863157--2863437	30	9.4	30	75	7	180	52	0	8	38	1.35
2863288--2863437	59	2.6	57	77	15	146	50	0	9	39	1.39
2867065--2867133	33	2.2	31	84	10	86	52	4	8	34	1.52
2868002--2868128	63	2.0	63	96	0	236	47	7	16	28	1.74
2871494--2871544	21	2.5	20	84	9	59	52	7	3	35	1.49
2871493--2871544	20	2.7	18	80	16	59	51	7	3	36	1.49
2872027--2872082	26	2.2	25	93	3	94	33	28	16	21	1.95
2876568--2876617	23	2.2	23	96	0	91	48	28	8	16	1.74
2878167--2878276	41	2.7	41	88	6	170	18	20	25	36	1.94
2878192--2878262	20	3.5	20	67	3	61	11	22	26	39	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2878171--2878276	20	5.2	21	66	7	58	17	19	26	35	1.95
2878313--2878386	21	3.6	21	73	10	80	20	17	25	36	1.94
2878309--2878409	41	2.5	41	96	0	184	18	18	23	38	1.93
2878334--2878406	20	3.6	20	75	3	83	15	20	24	39	1.91
2878138--2878409	142	1.9	142	91	1	447	19	22	23	34	1.96
2878378--2878441	22	3.0	21	69	13	51	15	20	21	42	1.89
2878517--2878637	6	21.7	6	92	7	179	28	53	18	0	1.44
2878517--2878637	17	7.2	17	94	5	180	28	53	18	0	1.44
2878517--2878637	29	4.4	28	92	7	187	28	53	18	0	1.44
2879119--2879149	5	6.4	5	96	3	55	0	41	22	35	1.54
2879285--2879398	22	5.5	21	68	13	83	36	23	21	18	1.95
2879263--2879397	41	3.3	41	88	6	202	38	22	20	19	1.93
2879270--2879335	19	3.3	19	68	12	60	40	19	19	19	1.91
2879279--2879516	41	6.1	40	81	13	221	37	23	21	17	1.94
2879386--2879443	30	1.9	30	100	0	116	37	25	22	13	1.91
2879345--2879480	71	1.9	71	92	3	229	38	25	22	14	1.92
2879416--2879520	21	5.1	21	69	4	88	38	26	19	16	1.92
2879538--2879574	19	1.9	19	94	0	65	32	16	27	24	1.96
2881770--2881803	17	1.9	18	88	5	52	47	14	23	14	1.82
2883830--2883892	32	1.9	33	84	12	85	25	7	14	52	1.68
2887956--2888099	42	3.4	42	92	0	234	24	22	19	34	1.97
2888009--2888070	19	3.1	19	67	24	54	22	25	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2888217--2888318	42	2.4	42	83	0	141	26	21	17	34	1.96
2888009--2888475	219	2.1	219	91	0	763	31	18	17	32	1.94
2888632--2889207	37	15.2	37	72	9	363	36	22	17	23	1.95
2888709--2889012	116	2.6	116	89	1	439	35	23	17	24	1.95
2888859--2889144	79	3.7	76	75	10	285	33	24	17	24	1.96
2888824--2889202	153	2.5	153	90	0	569	36	22	17	23	1.94
2888669--2889164	269	1.8	269	90	0	803	35	22	17	24	1.95
2896352--2896391	21	2.0	20	85	5	53	27	10	20	42	1.83
2903980--2904029	20	2.4	21	81	18	61	50	10	4	36	1.55
2904332--2904398	32	2.1	30	81	13	73	44	5	1	47	1.36

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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