genome.fa.s8926.2.7.7.80.10.50.1000.13.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112231_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4069050

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2631674--2631713	6	6.2	6	83	16	53	37	0	0	62	0.95
2632378--2632430	3	18.0	3	76	3	54	33	5	1	58	1.32
2633986--2634023	2	19.5	2	91	5	60	44	2	0	52	1.14
2636076--2636115	21	2.0	20	85	5	53	15	27	15	42	1.86
2637928--2638258	4	82.8	4	81	0	365	45	5	4	45	1.47
2637928--2638258	10	33.1	10	81	0	365	45	5	4	45	1.47
2637928--2638258	18	18.4	18	81	0	365	45	5	4	45	1.47
2638942--2639055	58	2.0	58	96	0	210	43	16	8	30	1.78
2644610--2644675	2	33.0	2	96	0	123	48	0	1	50	1.10
2645358--2645490	58	2.3	58	88	3	187	43	16	9	30	1.80
2645404--2645490	29	3.0	29	66	11	70	44	17	6	31	1.75
2645494--2645538	17	2.6	18	82	6	58	13	20	46	20	1.83
2649116--2649192	37	2.1	37	92	2	129	29	18	14	37	1.90
2649260--2649819	140	4.0	139	84	2	667	30	27	15	26	1.96
2650086--2650135	3	17.0	3	79	4	57	34	4	2	60	1.27
2656038--2656168	42	3.1	42	85	1	183	34	16	18	30	1.93
2675377--2675406	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
2676937--2677283	156	2.2	156	92	3	565	27	21	19	31	1.97
2677214--2677284	37	1.9	37	91	5	117	26	21	14	38	1.91
2678182--2678281	21	4.8	20	80	15	112	22	36	20	22	1.96
2678301--2678344	20	2.2	20	91	0	70	18	29	22	29	1.97
2678301--2678353	20	2.7	20	87	0	61	18	30	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2681687--2681767	23	3.7	23	76	15	98	23	30	20	24	1.99
2681666--2681787	20	5.8	20	72	17	95	22	32	20	23	1.98
2681666--2681788	43	2.8	43	95	1	210	22	32	20	24	1.98
2681807--2681859	20	2.7	20	93	0	88	18	28	24	28	1.98
2684908--2685056	37	4.0	37	93	0	253	21	19	17	41	1.90
2685028--2685285	119	2.2	119	88	0	381	25	20	23	30	1.98
2687058--2687246	99	1.9	99	88	0	288	31	18	17	32	1.94
2693281--2693327	13	3.6	13	88	0	76	29	19	17	34	1.94
2696182--2696274	20	4.7	20	84	0	123	30	22	27	19	1.98
2696575--2696614	21	1.9	21	84	0	53	52	10	7	30	1.62
2697730--2697769	19	2.2	19	86	4	55	35	15	0	50	1.44
2699702--2699786	23	3.7	23	93	0	134	23	18	36	21	1.95
2699702--2699806	23	4.7	21	88	2	66	22	18	37	21	1.94
2700029--2700068	21	1.9	21	84	0	53	52	10	7	30	1.62
2702587--2702639	20	2.7	20	93	0	88	28	22	30	18	1.98
2702659--2702720	23	2.7	23	92	0	106	22	19	37	20	1.95
2702659--2702740	23	3.7	21	85	3	65	21	18	37	21	1.94
2702961--2703000	21	1.9	21	84	0	53	52	10	7	30	1.62
2704109--2704166	19	3.1	17	79	16	53	37	12	1	48	1.51
2705991--2706037	20	2.3	20	88	0	76	31	23	27	17	1.96
2706057--2706117	23	2.7	23	89	2	88	24	18	34	22	1.96
2709486--2709532	20	2.3	20	85	0	67	31	21	27	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2709552--2709630	23	3.7	21	75	8	79	24	20	32	22	1.97
2711018--2711055	20	2.0	20	89	5	60	36	10	5	47	1.61
2712971--2713039	20	3.5	20	95	0	120	28	20	30	20	1.97
2713063--2713139	20	3.7	19	72	17	64	22	20	32	24	1.98
2713366--2713405	21	1.9	21	84	0	53	52	10	7	30	1.62
2715535--2715607	20	3.7	20	83	3	94	28	20	28	21	1.98
2715627--2715705	23	3.7	21	77	11	72	24	20	31	24	1.98
2718874--2718946	20	3.7	20	88	0	110	30	21	28	19	1.98
2719224--2719263	21	1.9	21	89	0	62	52	7	7	32	1.58
2722342--2722434	20	4.7	20	94	0	150	30	21	31	17	1.96
2722454--2722531	20	3.8	20	80	9	93	24	21	30	23	1.99
2725878--2725930	20	2.7	20	93	0	88	30	24	28	16	1.97
2725949--2726023	20	3.5	20	76	18	71	21	18	37	22	1.94
2728806--2728840	6	5.8	6	100	0	70	0	48	0	51	1.00
2731227--2731305	23	3.2	23	69	27	72	56	2	2	37	1.26
2731276--2731319	23	1.9	23	81	9	54	61	2	4	31	1.28
2731965--2732002	14	2.7	14	91	0	58	10	10	18	60	1.57
2735318--2735386	33	2.2	32	87	10	97	52	4	10	33	1.55
2735417--2735482	24	2.8	23	82	13	73	42	1	1	54	1.18
2736212--2736589	30	12.9	31	71	14	198	52	1	8	37	1.41
2736212--2736589	60	6.4	60	73	13	247	52	1	8	37	1.41
2736267--2736336	25	2.7	25	77	4	68	55	0	8	35	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2736416--2736578	59	2.7	60	84	5	197	51	1	9	38	1.42
2736194--2736589	59	6.8	60	70	15	188	53	1	8	36	1.41
2736569--2736622	18	3.1	17	77	17	56	44	0	9	46	1.35
2740130--2740269	64	2.2	64	84	0	172	30	15	22	31	1.95
2740608--2742282	233	7.2	233	91	1	2595	34	16	16	32	1.91
2742116--2742522	150	2.7	150	92	0	661	35	14	12	37	1.85
2744274--2744303	14	2.1	14	93	0	51	26	26	6	40	1.81
2750092--2750133	21	2.0	22	86	13	61	14	14	28	42	1.84
2751779--2752132	177	2.0	177	97	0	672	22	16	16	43	1.87
2752697--2752740	23	1.9	23	81	9	54	43	6	4	45	1.51
2753337--2753374	9	4.3	9	90	3	60	44	0	2	52	1.14
2755544--2755589	21	2.2	21	85	11	60	80	4	6	8	1.01
2756357--2756390	2	17.0	2	100	0	68	50	0	50	0	1.00
2757191--2757259	31	2.2	31	84	10	86	53	5	8	31	1.55
2757954--2758041	32	2.8	30	77	8	86	40	9	2	47	1.48
2758085--2758451	30	12.6	30	72	16	195	54	1	6	37	1.36
2758130--2758180	25	2.1	24	85	10	68	56	0	3	39	1.18
2758101--2758339	90	2.8	85	75	13	220	55	1	5	36	1.34
2759119--2759187	30	2.2	31	87	10	97	31	1	1	65	1.11
2759120--2759164	23	1.9	24	86	4	65	35	0	0	64	0.94
2761557--2761632	2	38.0	2	100	0	152	50	0	0	50	1.00
2763562--2763617	3	18.3	3	76	10	51	55	0	1	42	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2763564--2763617	17	3.3	16	82	10	65	55	0	1	42	1.10
2763562--2763617	14	3.9	14	77	13	51	55	0	1	42	1.10
2763562--2763617	20	2.8	20	81	7	60	55	0	1	42	1.10
2763753--2764084	135	2.5	135	88	3	472	25	22	16	35	1.95
2764201--2764234	15	2.2	16	94	5	61	29	17	20	32	1.96
2764787--2764836	15	3.5	15	72	10	50	34	16	16	34	1.90
2764780--2764836	28	2.0	28	93	0	96	38	15	14	31	1.87
2764810--2765090	36	8.1	36	73	16	211	39	12	20	27	1.89
2764772--2764940	66	2.6	66	84	8	220	38	12	21	27	1.89
2764903--2764965	21	3.3	21	66	25	66	41	9	25	23	1.85
2764810--2765070	102	2.6	102	88	2	391	38	12	21	27	1.90
2764974--2765063	37	2.4	37	90	3	137	40	13	17	28	1.88
2765054--2765519	40	11.7	40	88	1	623	41	11	15	32	1.82
2771020--2771199	90	2.0	90	100	0	360	33	26	15	24	1.95
2771584--2771613	13	2.3	13	94	0	51	30	33	0	36	1.58
2772915--2772952	17	2.2	18	86	9	53	60	7	5	26	1.46
2773630--2773673	2	23.5	2	86	13	67	50	0	0	50	1.00
2773625--2773674	18	2.8	18	88	11	68	48	2	0	50	1.12
2773625--2773673	16	2.9	17	90	9	82	46	2	0	51	1.12
2774375--2774426	15	3.5	15	94	0	86	11	38	17	32	1.85
2775667--2775725	3	19.3	3	77	10	57	55	0	1	42	1.09
2775669--2775714	17	2.7	17	86	6	58	58	0	2	39	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2775667--2775714	20	2.4	19	89	6	69	58	0	2	39	1.10
2775670--2775714	14	3.4	14	74	20	51	57	0	2	40	1.11
2775667--2775725	23	2.6	23	83	5	66	55	0	1	42	1.09
2777170--2777231	30	2.1	30	96	0	115	51	1	6	40	1.37
2778695--2778770	30	2.5	31	85	8	88	52	0	5	42	1.24
2778733--2778775	22	2.0	22	81	9	52	53	0	4	41	1.21
2778776--2778961	58	3.2	56	72	13	146	48	1	10	39	1.47
2778817--2778919	30	3.5	30	85	1	127	46	2	10	39	1.54
2778819--2778951	59	2.3	59	81	5	146	46	2	9	41	1.49
2783153--2783193	21	1.9	22	85	5	57	21	17	24	36	1.94

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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