genome.fa.s8926.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112231_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4069050

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

This is table  10  of  20  ( 2371 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1906136--1906190	24	2.3	24	84	6	67	58	3	3	34	1.33
1907421--1907461	2	20.5	2	100	0	82	48	0	0	51	1.00
1913489--1913543	24	2.3	24	84	6	67	56	3	5	34	1.40
1915473--1915502	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
1918963--1919029	11	6.0	11	71	10	55	23	2	1	71	1.08
1920996--1921042	15	3.2	15	71	17	53	65	4	0	29	1.11
1922303--1922346	18	2.5	18	85	3	63	34	4	27	34	1.77
1922602--1922655	20	2.7	20	85	2	72	37	22	27	12	1.91
1923905--1923946	20	2.1	20	95	0	75	76	2	7	14	1.10
1923914--1924063	10	14.8	10	67	22	57	76	2	7	14	1.11
1923886--1923994	19	5.4	19	71	19	69	72	2	11	12	1.23
1923981--1924124	5	28.2	5	66	24	52	74	4	6	13	1.19
1923958--1924076	9	13.4	8	71	20	69	75	5	5	14	1.14
1924931--1924994	26	2.5	26	97	0	119	37	23	18	20	1.94
1931246--1931523	105	2.6	107	84	4	337	23	19	16	41	1.90
1931501--1931808	136	2.3	135	93	0	517	25	22	17	34	1.96
1931835--1931916	41	2.0	42	85	2	112	32	19	23	24	1.97
1931898--1932147	89	2.8	90	91	1	394	36	20	16	26	1.93
1932117--1932238	55	2.3	52	79	10	147	43	13	9	32	1.78
1933278--1933535	125	2.1	125	93	1	437	26	27	14	31	1.95
1942746--1942770	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
1944075--1944368	43	6.9	42	79	2	259	27	20	18	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1946295--1946337	3	14.3	3	100	0	86	67	0	0	32	0.91
1952706--1952753	24	2.0	24	100	0	96	45	4	16	33	1.67
1954439--1954618	86	2.1	86	100	0	360	52	7	8	30	1.61
1954458--1954594	42	3.2	42	63	15	109	48	8	10	33	1.66
1954704--1954770	3	22.3	3	100	0	134	0	32	0	67	0.91
1955634--1955708	19	3.8	19	69	11	62	21	14	30	33	1.93
1961183--1961258	22	3.5	22	75	10	77	32	23	18	25	1.97
1961311--1961360	20	2.5	20	86	0	64	34	12	22	32	1.90
1981249--1981287	21	1.9	21	94	5	71	30	12	17	38	1.88
1981247--1981301	21	2.7	21	83	13	62	27	14	20	38	1.91
1987842--1987916	32	2.3	32	84	4	98	24	14	28	33	1.94
1991209--1991244	15	2.4	15	90	0	63	25	19	22	33	1.97
1997289--1997339	22	2.3	22	82	3	66	29	19	23	27	1.98
1999565--1999702	60	2.3	60	81	7	156	31	19	15	34	1.93
2002193--2002253	28	2.2	28	82	11	72	26	13	21	39	1.90
2002511--2002552	3	14.0	3	94	0	75	69	0	0	30	0.89
2002756--2002782	14	1.9	14	100	0	54	22	11	29	37	1.89
2005643--2005739	48	2.0	48	97	0	185	21	30	17	29	1.96
2007367--2007450	41	2.0	41	93	0	141	34	21	9	34	1.86
2009073--2009114	16	2.6	17	77	11	52	33	0	21	45	1.52
2015109--2015175	27	2.3	30	85	15	113	17	14	32	34	1.91
2015115--2015172	27	2.1	27	100	0	116	20	12	31	36	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2016822--2016851	15	2.0	15	100	0	60	40	6	13	40	1.71
2022648--2022690	22	2.0	22	90	9	70	13	0	48	37	1.43
2022660--2022715	25	2.2	25	84	6	78	12	0	50	37	1.41
2022991--2023064	22	3.2	22	70	17	69	28	17	28	25	1.98
2023041--2023309	131	2.1	131	83	1	333	28	15	28	26	1.96
2023402--2024130	61	11.7	61	86	4	953	24	16	20	38	1.92
2023402--2024130	190	3.9	184	84	7	950	24	16	20	38	1.92
2023402--2024130	251	2.9	248	86	4	1045	24	16	20	38	1.92
2024524--2024623	32	3.1	32	86	2	130	35	24	13	28	1.92
2027316--2027365	19	2.6	19	87	6	66	2	14	2	82	0.86
2030311--2030404	29	3.2	28	72	10	82	61	9	9	19	1.53
2040789--2041026	115	2.0	116	86	5	329	32	20	15	32	1.93
2041700--2041742	19	2.3	19	95	0	77	51	13	0	34	1.42
2043060--2043104	18	2.4	18	82	10	56	55	2	4	37	1.32
2043077--2043132	27	2.0	28	86	3	78	55	7	1	35	1.38
2045174--2045329	54	2.9	54	83	1	159	32	19	12	35	1.89
2045193--2045329	54	2.5	54	85	2	175	31	20	13	34	1.92
2046783--2046807	11	2.3	11	100	0	50	76	16	8	0	1.02
2056011--2056389	55	6.9	54	87	2	488	31	18	12	36	1.89
2056740--2056780	19	2.2	19	86	0	55	29	19	14	36	1.92
2059160--2059208	16	3.1	16	85	11	73	42	4	18	34	1.69
2064520--2064584	31	2.1	31	97	0	121	30	9	15	44	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2065073--2065155	33	2.6	33	92	7	136	50	1	7	40	1.38
2066663--2066712	15	3.3	15	84	15	75	40	6	18	36	1.75
2066662--2066709	16	3.1	16	82	17	73	39	6	18	35	1.76
2066805--2066902	22	4.5	22	83	6	119	15	21	28	34	1.94
2069950--2070023	3	25.0	3	86	8	107	62	0	2	35	1.10
2070194--2070539	45	7.7	45	90	0	494	32	20	23	23	1.98
2076515--2076600	43	2.0	43	84	4	111	34	22	10	32	1.88
2078533--2078559	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
2079097--2079131	2	17.5	2	93	0	61	48	0	0	51	1.00
2079513--2079553	18	2.2	20	82	8	50	56	2	0	41	1.13
2079570--2079634	11	5.9	11	70	13	53	63	1	6	29	1.28
2079677--2079758	29	2.8	30	81	7	89	60	2	6	30	1.33
2081013--2081096	3	28.0	3	85	4	116	60	0	4	34	1.18
2083393--2083451	31	1.9	31	89	0	91	42	6	10	40	1.65
2083511--2083583	22	3.3	22	72	16	62	54	15	0	30	1.41
2083537--2083965	54	8.1	54	85	9	573	52	12	0	34	1.42
2083586--2083628	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2083588--2083636	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2083640--2083682	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2083642--2083690	22	2.2	22	88	3	71	55	14	0	30	1.40
2083694--2083736	22	2.0	22	100	0	86	51	13	0	34	1.42
2083586--2084032	130	3.5	129	80	10	535	51	11	0	37	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2083748--2083812	22	3.0	22	95	0	112	49	12	1	36	1.50
2083750--2083820	22	3.2	22	89	2	79	52	12	1	33	1.48
2083855--2083942	22	3.7	22	76	16	95	52	12	0	35	1.39
2083826--2083950	22	5.2	22	71	17	70	53	14	0	32	1.41
2083890--2084047	69	2.3	67	85	4	201	50	5	0	44	1.26
2083945--2084090	15	9.3	15	83	10	177	50	1	0	47	1.09
2089086--2091857	347	8.0	347	95	0	5012	32	14	22	30	1.94
2094060--2094121	31	2.0	31	93	0	106	35	25	12	25	1.92
2098591--2098651	31	2.0	31	96	0	113	36	29	9	24	1.88
2099486--2099510	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
2101224--2101262	20	2.0	20	84	0	51	51	7	5	35	1.53
2101578--2101627	18	2.8	18	90	0	82	44	28	6	22	1.76
2104933--2104976	23	1.9	23	95	0	79	29	11	4	54	1.56
2107075--2107231	65	2.4	65	88	2	217	30	18	22	28	1.97
2111447--2111487	17	2.4	17	100	0	82	46	19	4	29	1.71
2115746--2115796	19	2.7	19	100	0	102	21	21	35	21	1.96
2115784--2115938	65	2.4	65	82	2	168	32	18	20	29	1.96
2124775--2124910	68	2.0	68	100	0	272	33	19	16	30	1.93
2137704--2137765	29	2.1	30	96	3	117	37	22	6	33	1.80
2142786--2142812	13	2.1	13	100	0	54	40	14	14	29	1.86
2154748--2155320	286	2.0	286	95	0	1031	34	26	12	26	1.92
2166181--2166236	27	2.1	27	96	0	103	33	25	12	28	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2166748--2166821	35	2.1	35	82	12	89	51	2	1	44	1.24
2166927--2167376	224	2.0	229	97	2	865	37	16	17	28	1.92
2170894--2170933	20	2.0	21	85	14	57	42	5	7	45	1.54
2171164--2171202	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92
2171150--2171312	65	2.5	64	85	3	220	30	26	15	27	1.96
2173334--2173381	24	2.0	25	87	4	71	43	8	18	29	1.79
2176983--2177038	22	2.7	21	83	10	62	30	23	17	28	1.97
2178573--2178616	21	2.1	21	86	0	61	9	36	15	38	1.80
2179384--2179423	20	2.0	21	85	14	57	42	5	7	45	1.54
2179654--2179692	19	2.1	19	95	0	69	20	38	15	25	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20