genome.fa.s8926.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112231_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4069050

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
743566--743608	17	2.5	17	100	0	86	4	11	37	46	1.61
744374--744505	36	3.6	36	86	5	176	38	15	20	25	1.92
744570--744656	37	2.4	36	84	3	111	40	16	19	24	1.91
744569--744754	87	2.1	86	85	3	230	36	13	18	30	1.90
744672--744753	36	2.2	37	82	6	105	35	13	18	32	1.90
744589--744767	87	2.1	87	92	0	304	35	13	18	32	1.90
745026--745346	106	3.0	106	89	0	464	22	19	23	33	1.97
745906--745995	32	2.8	33	83	5	121	37	22	11	28	1.88
746940--747077	69	2.0	69	89	0	213	25	14	22	37	1.92
747150--747187	13	2.9	13	92	7	60	0	15	2	81	0.80
750342--750421	25	3.4	22	74	19	56	77	1	5	16	1.01
750356--750448	23	3.7	23	72	23	64	73	1	3	22	1.05
750340--750446	47	2.2	51	80	12	127	74	0	3	20	1.02
750330--750448	17	7.4	16	70	14	59	74	0	3	21	1.01
750317--750448	38	3.5	35	72	13	93	73	0	4	21	1.06
750419--750477	2	29.5	2	83	6	57	59	0	1	38	1.08
750386--750463	30	2.5	30	81	8	86	67	0	2	29	1.03
750370--750465	32	3.2	30	78	19	101	67	1	2	29	1.08
750535--750595	23	2.8	21	74	16	54	67	4	6	21	1.33
751154--751211	21	2.8	21	92	2	91	24	8	13	53	1.68
753595--753641	20	2.3	20	96	0	85	14	31	25	27	1.95
753596--753648	20	2.7	20	90	0	70	18	28	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
764567--764615	23	2.1	23	85	7	64	26	2	14	57	1.48
765105--765129	11	2.3	11	100	0	50	16	8	8	68	1.38
765486--765530	18	2.5	18	100	0	90	11	4	8	75	1.17
771460--771504	20	2.2	20	84	7	56	15	17	0	66	1.25
774712--774760	23	2.1	23	85	7	64	28	2	12	57	1.46
775252--775276	11	2.3	11	100	0	50	16	8	8	68	1.38
778561--778597	3	12.3	3	100	0	74	64	0	0	35	0.94
778444--778791	171	2.0	170	96	3	624	39	13	16	30	1.87
778735--778774	3	13.3	3	100	0	80	65	0	0	35	0.93
778985--779436	111	4.1	111	87	1	631	29	15	23	32	1.95
780604--780660	21	2.9	21	85	12	68	12	12	0	75	1.05
780626--780679	17	3.3	15	80	17	54	9	9	1	79	1.00
787514--787556	21	2.0	21	90	0	68	32	16	20	30	1.95
794075--794108	3	11.3	3	100	0	68	64	0	0	35	0.94
794330--794387	15	3.7	15	78	13	71	27	32	3	36	1.74
794324--794405	33	2.5	33	97	0	155	29	34	3	32	1.75
794320--794417	18	5.8	18	76	13	109	29	32	5	32	1.79
794346--794432	18	5.4	16	73	21	58	27	33	3	35	1.74
796626--796693	34	2.0	34	100	0	136	26	26	17	29	1.98
796829--796884	24	2.3	24	87	0	76	30	7	10	51	1.63
796840--796892	24	2.2	24	86	0	70	35	5	11	47	1.63
800163--800216	15	3.4	15	73	14	54	24	33	3	38	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
800154--800242	18	5.1	18	67	17	71	29	30	4	35	1.77
800154--800257	36	3.0	35	88	6	149	26	31	3	37	1.75
800196--800257	18	3.4	18	72	16	65	20	33	1	43	1.62
802792--802847	24	2.3	24	87	0	76	30	7	10	51	1.63
802803--802855	24	2.2	24	86	0	70	35	5	11	47	1.63
805116--805373	118	2.2	117	84	2	320	30	17	13	38	1.88
808822--808867	12	3.8	12	79	0	56	41	19	8	30	1.82
812297--812384	39	2.3	39	95	0	158	42	6	14	36	1.73
812309--812371	19	3.3	19	67	10	56	44	9	11	34	1.73
813305--813562	47	5.6	47	77	3	184	27	17	20	34	1.95
813305--813506	94	2.1	94	83	0	242	26	16	20	36	1.93
813660--813733	17	4.4	17	77	3	69	58	9	9	22	1.59
813757--813840	17	4.9	17	72	5	62	60	10	14	14	1.58
814328--814366	20	2.0	20	100	0	78	35	0	15	48	1.45
817537--817609	6	12.2	6	97	0	110	28	49	16	5	1.68
817607--817655	5	9.8	5	93	0	62	16	36	40	6	1.73
823494--823554	6	10.2	6	96	0	95	29	49	16	4	1.66
823552--823591	5	8.0	5	94	0	53	12	40	40	7	1.71
825523--825596	21	3.5	21	75	0	76	28	13	20	37	1.90
825512--825591	42	1.9	42	84	0	106	28	15	21	35	1.93
825521--825609	42	2.1	42	80	0	97	26	13	23	35	1.92
825614--825672	21	2.8	21	86	0	82	16	16	27	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
828104--828176	35	2.1	35	89	0	110	30	13	16	39	1.87
828654--828954	150	2.0	150	96	0	548	43	4	17	34	1.70
830091--830176	23	3.8	23	86	6	113	18	19	27	33	1.96
830047--830177	21	6.0	21	76	10	102	19	18	25	36	1.94
830091--830177	44	2.0	44	88	0	129	18	19	27	34	1.95
832308--832526	42	5.3	42	94	1	379	21	20	22	36	1.96
832317--832522	21	9.8	21	75	15	194	20	20	22	36	1.95
833147--833184	6	6.5	6	90	3	60	2	15	50	31	1.58
833277--833373	42	2.3	42	89	3	142	37	18	17	26	1.93
833281--833352	21	3.4	21	67	17	60	40	18	15	26	1.90
833306--833377	21	3.4	21	72	14	67	36	19	19	25	1.95
833436--833483	21	2.3	21	88	0	69	31	27	18	22	1.97
833498--833614	21	5.6	21	91	0	171	24	22	23	29	1.99
836363--836407	23	2.0	22	83	12	56	73	0	4	22	1.01
840137--840180	21	2.1	21	87	8	63	22	18	18	40	1.91
841723--841766	21	2.1	21	87	8	63	20	15	20	43	1.88
847960--848029	35	2.0	35	83	10	90	32	15	22	28	1.95
848771--848931	21	7.6	21	76	8	112	22	15	22	38	1.92
848855--848907	23	2.4	21	87	6	70	16	13	28	41	1.86
848818--848939	21	5.7	21	76	11	113	21	18	24	36	1.95
851065--851510	54	8.2	54	87	0	604	38	17	12	32	1.87
864281--864343	21	2.9	21	85	4	81	17	25	36	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
878270--878611	109	3.1	107	85	6	447	36	18	12	31	1.89
878270--878611	54	6.3	54	84	4	402	36	18	12	31	1.89
878280--878604	163	2.0	165	85	2	440	38	17	12	32	1.87
880763--880853	44	2.0	45	97	2	175	32	4	6	56	1.45
880771--880864	44	2.1	44	94	2	161	34	2	6	57	1.36
886267--886314	2	24.0	2	100	0	96	50	0	0	50	1.00
888970--889003	2	17.0	2	93	0	59	52	0	0	47	1.00
891773--891817	20	2.2	20	84	8	54	48	11	2	37	1.51
892338--892389	22	2.3	23	80	12	63	57	11	17	13	1.64
893736--893774	19	2.0	20	85	14	55	71	2	2	23	1.10
893731--893806	11	6.8	11	72	13	66	76	2	3	17	1.06
893750--893852	48	2.2	46	80	14	106	72	1	3	21	1.10
893876--893910	2	17.5	2	100	0	70	51	0	0	48	1.00
893980--894007	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
894975--895031	25	2.3	24	82	11	71	54	3	3	38	1.35
896825--896867	19	2.1	21	87	8	63	9	9	2	79	1.03
896899--896938	17	2.4	17	87	8	55	2	15	0	82	0.77
896910--896938	6	5.0	6	91	8	51	0	17	0	82	0.66
896911--896936	11	2.4	11	100	0	52	0	15	0	84	0.62
902804--902861	20	2.7	20	86	10	62	32	20	20	25	1.97
902824--902861	20	1.9	20	100	0	76	31	21	23	23	1.98
904388--904496	23	4.7	23	88	0	155	18	27	25	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
909823--909893	34	2.1	33	86	2	97	32	14	28	25	1.94
911389--911430	19	2.3	19	88	8	61	38	2	21	38	1.67
912570--912626	18	3.1	18	81	16	71	29	10	8	50	1.67
912570--912621	21	2.6	21	88	8	65	32	11	9	46	1.73
919599--919625	10	2.7	10	100	0	54	37	33	11	18	1.86
921025--921510	243	2.0	244	97	1	933	28	13	17	40	1.87
922723--922872	75	2.0	75	100	0	300	30	18	16	34	1.93
924768--924792	13	1.9	13	100	0	50	12	0	24	64	1.27
925134--925183	14	3.3	17	69	30	58	66	0	0	34	0.92
925123--925187	28	2.3	28	94	0	121	64	3	0	32	1.09

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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