genome.fa.s8926.2.7.7.80.10.50.1000.12.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112231_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4069050

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2466439--2466539	22	4.6	22	73	2	69	32	18	17	30	1.95
2470103--2470166	22	2.9	22	82	11	69	46	1	0	51	1.10
2470338--2470383	23	2.0	23	86	0	65	52	0	2	45	1.13
2470458--2470505	14	3.4	14	82	2	60	52	0	0	47	1.00
2470484--2470533	21	2.4	21	80	16	59	60	0	0	40	0.97
2470485--2470543	17	3.6	17	75	13	61	59	0	0	40	0.97
2470979--2471040	31	2.0	31	84	6	81	67	9	0	22	1.19
2470973--2471022	26	1.9	26	88	8	75	66	8	0	26	1.19
2476656--2480478	4	970.0	4	94	3	6829	24	0	26	49	1.50
2481608--2481637	14	2.1	14	93	0	51	56	30	0	13	1.37
2481607--2481659	21	2.5	22	81	9	65	54	28	0	16	1.43
2481648--2481768	14	8.4	14	76	10	100	52	20	0	27	1.47
2481662--2481715	21	2.6	20	73	5	54	53	20	0	25	1.45
2481646--2481809	74	2.3	74	93	3	280	50	23	0	25	1.49
2481730--2481789	21	2.8	20	75	9	57	53	18	0	28	1.45
2481948--2481994	22	2.1	22	88	7	69	55	19	0	25	1.43
2482135--2482188	21	2.6	21	80	8	65	46	20	1	31	1.61
2490558--2490609	22	2.5	21	87	9	79	17	38	23	21	1.93
2492609--2492649	2	20.5	2	100	0	82	51	0	0	48	1.00
2495460--2495522	28	2.3	27	78	8	63	46	1	3	49	1.27
2495602--2495635	16	2.0	18	88	11	54	64	5	2	26	1.30
2495758--2495800	21	2.0	21	100	0	86	39	0	13	46	1.44
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2495769--2495854	35	2.5	35	84	0	100	37	1	20	40	1.61
2495985--2496044	29	2.1	29	87	6	86	28	8	28	35	1.86
2501046--2501133	40	2.2	40	100	0	176	31	7	27	32	1.86
2503715--2503783	23	3.2	22	66	26	58	47	11	15	24	1.79
2503711--2503815	41	2.6	41	92	1	176	47	13	14	24	1.80
2506724--2506772	19	2.5	20	83	3	55	28	0	8	63	1.23
2508888--2509016	26	5.4	26	61	29	72	43	13	21	21	1.86
2508562--2509031	228	2.1	230	87	2	678	44	12	22	20	1.85
2508562--2509042	46	10.5	46	87	1	662	44	12	22	20	1.85
2511863--2511887	11	2.3	11	100	0	50	68	8	8	16	1.38
2514401--2514448	24	2.1	23	84	7	62	25	18	37	18	1.94
2520272--2520313	21	2.0	21	90	0	66	26	19	23	30	1.98
2526990--2527038	19	2.5	20	90	3	73	38	12	26	22	1.89
2527473--2527915	46	9.6	46	86	0	564	43	12	22	21	1.86
2527476--2527744	26	11.5	24	65	21	101	41	13	23	21	1.88
2529987--2530025	19	2.1	19	85	0	51	51	7	7	33	1.59
2531147--2531179	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
2532132--2532166	18	1.9	18	88	0	52	65	5	0	28	1.15
2539849--2539892	18	2.4	18	92	0	70	15	27	15	40	1.88
2543929--2544041	47	2.4	48	79	10	126	31	16	21	30	1.95
2544230--2544275	20	2.3	20	100	0	92	26	10	26	36	1.89
2546294--2546324	16	1.9	16	100	0	62	58	22	12	6	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2546396--2546457	16	3.9	16	84	0	70	59	19	11	9	1.58
2547538--2547606	24	2.9	24	93	0	111	56	18	11	13	1.66
2547558--2547613	14	4.3	14	76	17	66	53	25	12	8	1.67
2555838--2555936	49	2.0	49	86	3	137	42	16	22	19	1.89
2555952--2556052	30	3.4	29	81	2	112	36	20	16	25	1.94
2555977--2556050	29	2.5	30	88	2	105	36	22	13	27	1.92
2556046--2556152	30	3.7	29	77	6	101	31	14	35	17	1.91
2556046--2556124	30	2.7	30	84	2	106	31	16	35	16	1.91
2556101--2556176	28	2.7	28	81	0	89	34	18	28	18	1.95
2556777--2556805	14	2.1	14	93	6	51	41	13	24	20	1.89
2559993--2560059	30	2.2	30	81	0	80	32	20	23	22	1.98
2562561--2562641	22	3.7	22	79	0	99	25	19	22	32	1.98
2565704--2565964	55	4.7	55	89	0	378	36	15	11	36	1.84
2572148--2572408	55	4.7	55	92	0	387	35	18	10	35	1.85
2573874--2573922	20	2.5	20	96	0	89	28	20	26	24	1.99
2574715--2574744	15	2.0	15	100	0	60	26	13	13	46	1.80
2577781--2577822	22	2.0	22	95	4	77	59	7	9	23	1.53
2577993--2578044	21	2.5	20	84	9	61	63	3	0	32	1.12
2578870--2578927	29	2.0	29	100	0	116	6	20	37	34	1.80
2579475--2579563	3	29.7	3	81	4	90	57	1	4	37	1.26
2579723--2579861	75	1.9	74	92	1	233	35	17	22	25	1.95
2579794--2579947	45	3.4	45	97	0	281	33	18	24	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2579843--2580067	120	1.9	119	95	0	405	34	17	23	24	1.96
2579716--2580251	165	3.2	166	90	4	770	34	18	22	24	1.96
2579962--2580251	45	6.4	45	92	0	481	34	18	22	24	1.96
2580259--2580349	45	2.0	46	95	4	166	31	20	24	23	1.98
2581445--2581672	54	4.2	54	81	9	234	22	21	14	41	1.90
2581476--2581694	54	4.0	54	80	9	214	23	20	14	41	1.89
2581488--2581694	108	1.9	108	81	9	253	23	20	14	41	1.89
2585907--2585942	16	2.2	16	90	9	56	0	16	0	83	0.65
2590997--2591028	2	17.0	2	87	12	50	50	0	0	50	1.00
2592901--2593007	3	34.7	3	85	5	133	58	0	3	36	1.22
2593737--2594127	197	2.0	198	99	0	775	36	18	11	32	1.88
2595120--2595194	32	2.3	33	88	6	109	44	29	9	17	1.80
2595396--2595472	23	3.2	23	66	16	66	59	3	5	31	1.37
2596669--2596699	15	2.0	16	93	6	55	61	6	0	32	1.21
2601077--2601115	13	3.0	13	84	0	51	17	41	20	20	1.91
2603556--2603670	24	4.8	24	88	4	160	25	14	20	40	1.90
2603559--2603687	24	5.4	24	85	3	134	26	12	20	40	1.88
2603759--2603859	35	2.9	35	96	0	184	7	29	28	33	1.86
2605848--2605877	10	3.0	10	95	0	51	10	30	36	23	1.87
2608291--2608419	24	5.4	24	86	3	161	27	10	20	41	1.86
2610541--2610582	18	2.3	18	83	0	57	14	47	23	14	1.80
2613006--2613120	24	4.8	24	88	4	160	25	14	19	40	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2613336--2613378	2	21.5	2	95	0	77	48	2	0	48	1.14
2613978--2614026	24	2.0	24	84	7	64	12	16	26	44	1.82
2613988--2614019	14	2.3	14	94	0	55	9	15	28	46	1.77
2614897--2614964	12	5.8	12	81	6	86	32	22	23	22	1.98
2614889--2614975	23	3.8	23	92	0	138	31	21	22	24	1.99
2614889--2614978	11	7.9	11	76	7	90	31	21	23	24	1.98
2614909--2615000	34	2.7	32	75	12	85	28	20	23	27	1.99
2615095--2615215	32	3.7	32	69	17	104	22	15	26	35	1.94
2615057--2615215	72	2.3	69	90	8	243	22	16	26	35	1.95
2615276--2615348	16	4.7	16	89	3	96	9	10	17	61	1.55
2616949--2616977	6	4.8	6	100	0	58	51	13	0	34	1.42
2618241--2618275	16	2.2	16	94	0	61	2	25	0	71	1.00
2619914--2619939	6	4.3	6	100	0	52	50	15	19	15	1.79
2619926--2620017	40	2.3	40	100	0	184	36	10	17	34	1.85
2620057--2620152	38	2.5	38	93	0	174	15	13	13	57	1.66
2620057--2620150	14	7.3	13	67	22	56	15	13	12	57	1.66
2620216--2620252	17	2.1	19	90	10	60	45	5	0	48	1.25
2620340--2620405	10	6.3	10	71	10	51	12	12	16	59	1.62
2621941--2622158	95	2.3	95	83	1	276	35	15	23	25	1.94
2622498--2622651	56	2.8	56	86	3	188	35	12	19	32	1.89
2622859--2623315	68	6.7	68	90	1	664	30	14	25	28	1.95
2627437--2627510	20	3.7	20	96	0	121	36	14	25	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2627342--2627601	135	1.9	135	86	3	371	36	16	24	23	1.94
2627939--2628092	56	2.8	56	88	2	204	34	11	21	33	1.88
2628306--2628759	68	6.7	68	89	0	642	31	15	24	27	1.95
2628707--2628953	81	3.0	81	91	2	399	38	12	23	25	1.90
2631018--2631058	20	2.0	22	90	9	68	36	4	51	7	1.51
2631018--2631066	22	2.3	20	86	6	62	32	6	55	6	1.49
2631118--2631157	20	2.0	20	85	0	53	47	0	2	50	1.14
2631599--2631655	24	2.3	26	82	11	75	40	5	1	52	1.34
2631611--2631670	27	2.4	26	86	10	81	43	3	0	53	1.17
2631649--2631692	20	2.2	20	95	0	79	47	4	0	47	1.22

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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