genome.fa.s8926.2.7.7.80.10.50.1000.11.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01008926.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00112231_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  4069050

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2179640--2179800	65	2.5	65	86	3	218	30	26	16	27	1.96
2179640--2179820	64	2.8	64	83	2	220	29	26	17	27	1.97
2181482--2181581	34	2.9	34	91	5	150	57	13	15	15	1.67
2181771--2181812	14	3.0	14	85	0	66	57	14	14	14	1.66
2181868--2181959	40	2.3	40	98	0	175	38	14	6	41	1.71
2194529--2194590	24	2.9	20	76	17	61	11	12	24	51	1.72
2194542--2194590	24	2.0	24	100	0	98	8	14	24	53	1.68
2194542--2194583	14	3.3	14	75	25	56	7	14	26	52	1.67
2194548--2194603	24	2.3	24	90	0	85	12	10	19	57	1.64
2195103--2195142	11	3.6	11	89	0	62	27	25	22	25	2.00
2195464--2195504	16	2.7	16	88	7	59	12	9	17	60	1.57
2199462--2199537	39	1.9	39	89	0	116	18	15	40	25	1.90
2200135--2200660	73	7.2	73	93	0	845	30	20	20	28	1.97
2200825--2200849	11	2.3	11	100	0	50	8	28	28	36	1.85
2201308--2201365	22	2.6	22	94	0	98	36	15	17	31	1.91
2201734--2201888	55	2.9	54	78	1	157	28	23	13	34	1.93
2210320--2210377	28	2.1	27	84	6	73	60	1	5	32	1.29
2210403--2210427	7	3.6	7	100	0	50	32	0	0	68	0.90
2211062--2211095	11	3.0	11	95	4	59	79	2	0	17	0.86
2212260--2212343	39	2.2	39	86	0	114	19	14	44	22	1.86
2230166--2230241	30	2.6	30	93	2	127	39	10	6	43	1.65
2230166--2230248	15	5.7	15	71	14	75	37	9	6	46	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2231364--2231918	143	3.9	143	86	3	684	35	17	10	36	1.84
2231365--2231916	287	1.9	287	84	3	716	35	17	10	36	1.84
2242893--2242929	17	2.1	19	90	10	60	67	5	0	27	1.12
2255618--2255666	19	2.7	17	79	14	53	53	12	18	16	1.73
2257595--2257666	36	2.0	36	94	0	126	23	22	25	29	1.99
2259736--2259784	19	2.7	17	79	14	53	53	12	18	16	1.73
2290349--2290448	23	4.3	23	97	0	182	45	7	5	43	1.53
2291772--2292012	129	1.9	129	100	0	482	45	20	4	29	1.71
2292148--2292224	23	3.2	25	81	7	63	37	22	15	24	1.93
2292155--2292222	23	3.0	23	88	0	91	35	23	17	23	1.95
2292241--2292302	21	3.0	21	74	6	65	37	25	16	20	1.93
2292219--2292302	42	2.0	41	84	6	107	38	22	14	25	1.92
2292979--2293046	35	1.9	35	85	5	93	27	27	16	27	1.97
2296180--2296319	21	6.6	21	76	3	136	36	25	15	22	1.94
2300934--2300990	21	2.7	21	80	17	73	29	14	28	28	1.95
2300978--2301052	21	3.6	21	82	7	98	17	21	26	34	1.95
2300962--2301052	42	2.2	42	88	4	130	19	19	27	32	1.96
2300978--2301071	42	2.2	42	86	3	136	20	20	25	34	1.96
2306937--2306984	16	2.8	18	78	12	57	62	0	0	37	0.95
2308229--2308261	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
2308808--2308863	27	2.1	27	86	6	78	21	37	16	25	1.93
2309422--2309502	35	2.3	32	77	20	83	25	8	9	55	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2314698--2314730	14	2.4	14	94	0	57	6	12	27	54	1.60
2315475--2315549	10	7.7	10	68	21	52	10	12	20	57	1.64
2315481--2315543	16	3.9	16	95	0	117	7	12	22	57	1.61
2327270--2327354	44	1.9	44	83	4	109	42	11	9	36	1.74
2327387--2327564	89	2.0	89	100	0	356	31	16	15	35	1.91
2328596--2328642	12	4.0	12	81	13	53	34	0	0	65	0.93
2328602--2328642	22	1.9	21	90	5	64	31	0	0	68	0.90
2328602--2328644	21	2.0	21	86	8	61	34	0	0	65	0.93
2329133--2329179	3	15.7	3	100	0	94	34	0	0	65	0.93
2335917--2336071	62	2.5	63	81	1	195	28	20	15	35	1.93
2336037--2336117	42	1.9	42	92	0	135	32	22	18	27	1.97
2336078--2336304	62	3.7	61	74	9	199	28	22	13	36	1.92
2336500--2336944	163	2.9	150	79	7	370	39	20	16	24	1.92
2336634--2336944	82	3.8	81	84	3	372	39	19	16	24	1.92
2341166--2341200	2	17.0	2	94	5	61	48	0	2	48	1.16
2342854--2342881	6	4.7	6	100	0	56	14	0	0	85	0.59
2343130--2343180	21	2.5	21	80	3	68	54	0	0	45	0.99
2344018--2344052	14	2.5	14	90	0	52	34	8	20	37	1.83
2344169--2344206	14	2.4	16	87	12	53	47	2	0	50	1.15
2344256--2344301	24	1.9	24	82	8	58	54	0	4	41	1.20
2344562--2344633	23	2.9	24	76	19	67	50	0	2	47	1.15
2344951--2345136	93	2.0	93	97	0	354	37	20	19	22	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2347403--2347441	2	19.5	2	100	0	78	48	0	0	51	1.00
2357259--2357354	31	3.2	30	82	8	90	40	12	7	39	1.71
2358505--2358562	3	19.7	3	85	3	82	32	3	0	63	1.11
2359907--2359945	18	2.2	18	100	0	78	17	28	23	30	1.97
2360371--2360533	59	2.7	58	76	12	161	34	23	4	37	1.75
2360660--2360790	60	2.2	60	82	9	160	38	6	20	35	1.78
2360695--2360824	60	2.2	60	85	2	181	40	3	17	38	1.65
2363753--2363832	3	26.3	3	87	2	52	47	0	0	52	1.00
2363754--2363831	21	3.8	21	76	11	81	48	0	0	51	1.00
2364334--2364375	15	2.8	15	89	7	59	71	2	26	0	0.98
2365176--2365214	20	2.0	20	85	10	53	23	0	7	69	1.14
2376621--2376678	11	5.2	11	80	12	64	84	0	12	3	0.74
2376631--2376671	15	2.7	15	85	10	57	82	0	12	4	0.81
2376618--2376682	26	2.7	23	84	13	78	83	0	13	3	0.77
2376618--2376682	10	6.6	10	77	12	64	83	0	13	3	0.77
2377828--2378619	83	9.6	83	96	1	1450	27	14	22	35	1.93
2379342--2379864	113	4.6	113	91	1	724	37	15	18	28	1.92
2380135--2380249	3	38.3	3	85	3	97	45	0	0	54	0.99
2380747--2380782	15	2.4	15	90	9	56	75	2	22	0	0.94
2380971--2381016	21	2.2	21	100	0	92	26	30	34	8	1.86
2386308--2386352	22	2.0	22	100	0	90	51	17	13	17	1.77
2390952--2391038	35	2.5	34	78	12	88	56	10	8	25	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2391226--2391258	12	2.8	12	95	0	57	24	36	9	30	1.86
2391227--2391279	9	5.9	9	86	0	52	18	35	13	32	1.90
2393139--2393360	111	2.0	111	95	0	399	44	10	9	35	1.71
2393484--2393524	10	4.1	10	84	12	57	39	0	29	31	1.57
2393646--2393743	50	2.0	49	88	8	144	22	28	32	16	1.95
2393658--2393771	50	2.3	50	84	0	147	21	28	33	15	1.95
2394055--2394092	2	19.0	2	100	0	76	50	0	0	50	1.00
2394193--2394238	22	2.1	22	100	0	92	47	8	13	30	1.72
2394284--2394312	14	2.0	15	93	6	51	41	0	0	58	0.98
2396815--2397013	101	2.0	100	80	11	228	31	18	24	25	1.98
2398375--2398454	27	3.2	26	77	13	69	63	3	0	32	1.12
2398411--2398457	23	2.0	24	91	4	78	68	2	0	29	1.02
2399851--2399957	3	35.3	3	77	9	110	58	0	3	36	1.22
2400138--2400612	74	6.4	73	90	2	689	33	20	17	28	1.95
2401279--2401332	22	2.5	22	100	0	108	38	14	12	33	1.85
2402654--2402823	75	2.3	75	82	2	189	28	21	15	34	1.94
2405253--2405347	32	3.0	32	93	3	156	21	14	18	45	1.85
2408683--2408713	15	2.1	15	94	5	55	58	6	19	16	1.59
2411015--2411047	17	1.9	17	88	11	50	72	0	0	27	0.85
2411999--2412094	27	3.5	29	79	12	89	62	2	0	35	1.07
2412043--2412094	26	2.0	26	88	7	79	69	0	0	30	0.89
2412044--2412094	3	17.3	3	76	11	52	68	0	0	31	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2413046--2413091	20	2.2	22	81	14	53	4	17	26	52	1.63
2413523--2413599	3	25.3	3	84	2	100	59	1	3	35	1.24
2414511--2414557	24	2.0	25	87	8	71	34	21	2	42	1.65
2417341--2417401	31	2.0	30	84	9	79	32	31	8	27	1.86
2428994--2429033	21	1.9	21	89	0	62	10	25	40	25	1.86
2441975--2442138	60	2.7	59	80	1	166	35	19	4	40	1.71
2447485--2447515	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
2452689--2452752	29	2.2	29	100	0	128	32	32	10	23	1.89
2454490--2454526	14	2.6	14	91	0	56	8	51	2	37	1.46
2466472--2466529	22	2.6	22	83	0	80	37	15	17	29	1.90

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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