genome.fa.s9639.2.7.7.80.10.50.1000.10.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: VEPZ01009639.1 Hibiscus syriacus cultivar Beakdansim tig00117048_pilon, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  15077257

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2319493--2319535	17	2.6	16	82	10	50	13	0	2	83	0.74
2319496--2319539	22	2.0	23	90	4	72	13	0	2	84	0.73
2320964--2320998	12	2.8	13	86	8	54	42	0	0	57	0.99
2320966--2321001	11	3.2	11	88	7	54	44	0	0	55	0.99
2320996--2321111	62	1.9	60	91	3	187	42	9	1	46	1.46
2320996--2321092	31	3.1	31	69	5	97	42	11	2	44	1.52
2321489--2321537	19	2.5	19	81	15	64	20	16	24	38	1.92
2321489--2321540	20	2.7	20	85	11	72	21	19	23	36	1.95
2323569--2323682	57	2.0	55	96	3	210	25	35	6	32	1.81
2326322--2326430	23	4.7	23	88	0	146	27	26	19	26	1.99
2331034--2331103	34	2.1	33	84	5	88	25	27	15	31	1.96
2331318--2331357	21	1.9	22	90	10	66	12	10	40	37	1.77
2331669--2331731	30	2.1	29	85	11	83	49	12	6	31	1.66
2331680--2331737	30	2.0	29	93	3	98	44	13	5	36	1.66
2334499--2334568	34	2.1	32	84	5	86	27	30	11	31	1.91
2335131--2335193	30	2.1	29	82	11	74	49	11	6	33	1.64
2335142--2335199	30	2.0	29	89	3	89	44	12	5	37	1.64
2336667--2336737	23	3.1	23	91	0	115	23	23	22	29	1.99
2336673--2336750	23	3.4	23	89	0	102	26	25	21	25	2.00
2343133--2343179	20	2.4	20	89	3	69	53	4	8	34	1.51
2344432--2344475	20	2.3	19	84	4	52	18	31	11	38	1.86
2345108--2345163	28	2.0	29	85	3	78	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2345137--2345179	19	2.3	19	84	8	52	58	0	0	41	0.98
2345159--2345208	23	2.3	21	93	6	82	62	0	4	34	1.14
2345210--2345285	21	3.6	21	76	3	71	59	1	5	34	1.28
2345202--2345285	43	2.0	43	85	0	114	58	1	5	34	1.30
2345172--2345285	34	3.1	34	69	20	102	58	0	6	34	1.29
2349372--2349458	43	2.0	43	100	0	174	44	22	4	27	1.72
2352129--2352181	20	2.7	20	88	5	72	41	24	18	15	1.89
2352148--2352360	81	2.6	80	84	4	241	37	24	18	19	1.94
2352190--2352362	20	8.6	20	78	4	186	36	24	19	19	1.94
2352129--2352360	121	1.9	121	81	3	279	37	24	18	19	1.94
2352190--2352360	40	4.2	41	90	1	256	37	23	18	19	1.94
2352924--2352999	20	3.8	20	84	5	84	51	17	18	13	1.76
2353044--2353100	14	3.7	14	70	20	51	10	22	22	43	1.84
2353027--2353159	33	3.8	33	87	8	176	11	22	21	45	1.83
2353091--2353158	20	3.5	19	84	6	73	11	23	22	42	1.86
2353027--2353167	19	7.8	19	73	17	140	11	22	19	46	1.82
2355176--2355242	21	3.2	21	66	6	55	23	35	20	19	1.95
2355124--2355242	42	2.8	42	81	5	107	22	36	18	22	1.95
2356587--2356622	14	2.6	14	95	0	63	33	0	22	44	1.53
2356733--2356821	33	2.7	32	85	3	106	48	21	16	13	1.81
2356761--2356837	19	4.3	19	76	15	74	46	23	14	15	1.82
2356833--2356930	19	5.7	19	69	22	90	12	24	19	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2356837--2356930	33	2.8	33	98	0	179	12	24	19	43	1.85
2359172--2359198	14	1.9	14	100	0	54	7	11	29	51	1.64
2359398--2359451	24	2.2	24	93	0	90	40	20	18	20	1.91
2359398--2359465	24	2.8	24	84	0	64	38	20	17	23	1.93
2360308--2360599	20	14.5	20	80	7	268	19	17	23	39	1.92
2362255--2362336	34	2.4	34	93	2	137	37	0	1	60	1.04
2367522--2367561	3	13.3	3	100	0	80	32	0	0	67	0.91
2371486--2371560	3	24.7	3	77	8	71	40	0	1	58	1.06
2376483--2376536	26	2.1	26	100	0	108	59	11	3	25	1.48
2378017--2378141	64	2.0	64	96	3	236	47	13	8	31	1.72
2378034--2378165	64	2.1	62	83	8	162	49	12	9	28	1.73
2386755--2386924	91	1.9	91	87	4	254	26	12	11	49	1.75
2389978--2390011	2	17.5	2	87	6	52	52	0	0	47	1.00
2391254--2391289	5	7.2	5	100	0	72	22	58	19	0	1.40
2397529--2397987	105	4.4	105	77	6	338	34	14	12	37	1.84
2397594--2397975	210	1.8	211	81	4	475	35	14	12	36	1.85
2406098--2406133	16	2.2	17	90	5	56	30	30	8	30	1.87
2409367--2409412	3	16.0	3	82	8	60	60	0	2	36	1.09
2409348--2409412	29	2.3	29	86	2	87	55	1	3	40	1.25
2409366--2409412	20	2.3	20	92	0	76	59	0	2	38	1.09
2411879--2411956	24	3.2	24	75	10	79	50	16	12	20	1.78
2414700--2414747	20	2.4	20	89	0	69	41	18	20	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2416246--2416354	24	4.5	24	71	6	96	48	15	15	20	1.81
2416246--2416354	48	2.3	47	80	6	112	48	15	15	20	1.81
2418582--2418623	17	2.4	18	84	4	59	33	23	23	19	1.97
2425406--2425441	17	2.1	18	89	5	56	63	0	0	36	0.94
2425585--2425659	37	2.0	36	82	14	91	61	0	1	37	1.05
2425663--2425713	12	4.2	12	80	9	59	56	3	0	39	1.18
2425685--2425736	3	18.0	3	78	21	58	65	1	0	32	1.04
2425657--2425725	24	3.0	24	81	8	63	56	5	0	37	1.23
2425686--2425762	15	4.6	16	76	17	68	68	2	1	27	1.10
2425715--2425790	26	3.0	25	79	11	75	69	3	3	22	1.21
2427032--2427097	3	22.7	3	78	6	73	66	3	0	30	1.06
2427248--2427582	123	2.8	119	74	12	349	26	19	14	39	1.90
2428554--2428747	44	4.4	44	88	1	282	34	13	16	35	1.88
2428553--2428747	22	8.9	22	82	5	216	34	13	16	35	1.88
2428554--2428753	66	3.0	66	82	5	244	34	13	17	35	1.88
2430103--2430263	75	2.1	75	86	2	216	31	21	16	31	1.95
2436562--2436600	20	2.0	20	84	0	51	64	7	10	17	1.48
2436807--2436889	43	1.9	43	87	4	123	33	21	12	32	1.90
2438175--2438203	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
2439108--2439164	25	2.2	27	84	12	75	63	7	3	26	1.36
2439100--2439164	25	2.5	24	81	16	69	63	6	3	27	1.33
2440418--2440498	3	28.0	3	73	12	71	65	3	0	30	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2440419--2440512	27	3.4	28	80	12	90	65	3	1	29	1.14
2442696--2442747	24	2.2	24	85	0	68	50	0	7	42	1.31
2443492--2443638	74	2.0	73	98	1	285	25	16	16	41	1.88
2444028--2444101	31	2.4	31	86	4	96	36	6	1	55	1.35
2444086--2444175	29	3.1	28	82	4	90	40	7	2	50	1.44
2444325--2444431	28	3.8	29	78	10	96	54	0	6	39	1.27
2444307--2444440	57	2.3	59	79	8	150	53	0	5	40	1.29
2446506--2446552	21	2.2	21	96	0	85	40	4	19	36	1.71
2457758--2457790	16	2.1	16	94	0	57	24	12	9	54	1.66
2459604--2459630	14	1.9	14	100	0	54	14	11	0	74	1.08
2459629--2459662	13	2.6	13	90	0	50	23	2	5	67	1.26
2462490--2462518	10	3.0	10	95	5	51	82	0	17	0	0.66
2463451--2463498	19	2.5	20	78	18	57	27	2	8	62	1.35
2466779--2466989	58	3.6	57	72	10	169	41	12	6	38	1.70
2468639--2468689	26	2.0	26	96	0	93	43	21	9	25	1.83
2468813--2468853	19	2.2	19	86	8	57	65	17	2	14	1.37
2476363--2476484	60	2.0	60	98	0	235	49	9	18	22	1.77
2483224--2483282	31	1.9	31	92	0	100	42	5	8	44	1.57
2483306--2483759	22	20.6	22	87	4	621	48	10	0	41	1.37
2483746--2483776	12	2.6	12	94	0	53	51	0	3	45	1.17
2484269--2484313	2	23.0	2	95	4	83	51	0	0	48	1.00
2484483--2484617	26	5.3	26	81	7	150	30	28	14	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2484483--2484618	51	2.7	51	88	2	202	30	27	15	26	1.96
2487272--2487328	29	1.9	30	82	10	73	28	17	8	45	1.78
2489475--2489516	21	2.0	21	90	0	66	33	16	23	26	1.96
2499199--2499549	173	2.0	174	92	7	595	33	22	19	23	1.97
2502289--2502356	27	2.5	27	92	0	118	66	1	22	10	1.30
2519726--2519860	29	4.8	28	89	5	139	20	20	18	40	1.92
2519750--2519861	29	3.9	29	92	1	172	18	22	19	39	1.93
2519749--2519876	29	4.4	29	84	5	170	16	21	19	42	1.89
2522400--2522445	2	23.0	2	100	0	92	50	0	0	50	1.00
2526350--2526391	4	10.8	4	94	5	77	26	0	0	73	0.83

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
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